о. Никандр не увидел конца обители, поскольку в 1929 году был осужден и отправлен в лагерь вместе с другими «участниками контрреволюционной группировки». Архимандриту Никандру, в отличие от многих и многих, посчастливилось выжить, и он до конца жизни окормлял верующих.
В конце 1920-х годов все захоронения задонских старцев из Митрофановой пещеры были изъяты и захоронены на городском кладбище в одной могиле.
В 1946 году Орловский облисполком присвоил Владимирскому собору статус памятника истории и культуры.
К 1988 году на территории Задонской обители, занятой различными производствами, царила полная разруха. В мае 1988 года по личному распоряжению митрополита Воронежского и Липецкого Мефодия (Немцова) в Задонск прибыла бригада строителей-реставраторов Н.Д. Телегина. Она приступила к ремонту здания Владимирского собора, несмотря на то, что собор еще не был передан Церкви.
Весной 1989 года митрополит Мефодий обратился к председателю Липецкого областного Совета народных депутатов В.В. Донских с просьбой о передаче Владимирского собора в ведение епархии, а 23 августа того же года Владимирский собор был передан общине Свято-Троицкой церкви Задонска.
В 1989 году руководством Липецкой области было дано принципиальное согласие на возвращение всего комплекса зданий Задонского монастыря Русской Православной Церкви.
14 мая 1990 года игумен Иосиф (Пальчиков) был назначен клириком Владимирского собора с возложением обязанностей благочинного и эконома, ответственного за координацию работ по восстановлению собора и обители в целом.
В 1990 году при поддержке первого заместителя председателя Липецкого облисполкома М.Т. Наролина Задонский монастырь был наконец возвращен Церкви.
Осенью 1990 года началось восстановление росписей Владимирского собора. Руководил реставрационными работами художник-реставратор В.А. Наумов.
31 октября 1990 года колокольню монастыря внесли в реестр памятников архитектуры, охраняемых государством.
Примерно в это же время наместником возрождающейся обители был назначен архимандрит Нафанаил (Черняк).
Великим постом 1991 года архимандрит Нафанаил совершил первый постриг пяти иноков Задонского мужского монастыря.
1 июля 1991 года наместником монастыря назначен архимандрит Никон (Васин).
25 августа 1991 года мощи святителя Тихона Задонского были возвращены в Задонский монастырь.
10 января 1992 года митрополитом Воронежским и Липецким Мефодием был утвержден Устав Задонского Рождество-Богородиц-кого мужского монастыря.
10-12 октября 1993 года были обретены и возвращены в монастырь с городского кладбища мощи Задонских старцев.
В октябре 1994 года состоялось открытие источника у южных стен монастыря. Осенью того же года началось восстановление Задонского Богородице-Тихоновско (Тюнинского) женского монастыря.
31 марта 1996 года состоялась хиротония архимандрита Никона (Васина) во епископа Задонского, викария Воронежско-Липецкой епархии, совершенная Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II в Патриаршем Богоявленском соборе.
В том же году было полностью восстановлено здание колокольни, в верхнем ярусе установлен часовой механизм электромеханических курантов.
В 1997 году начались отделочные работы и роспись храма во имя святителя Тихона.
16 ноября 1998 года, в рамках первого за всю историю патриаршества официального визита Первосвятителя в Воронежско-Липецкую епархию, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II посетил Рождество-Богородицкий мужской монастырь.
В 1999 году закончились работы по реконструкции и росписи храма святителя Тихона и началось строительство храма-часовни в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник».
В 2001 году закончено строительство храма-часовни Божией Матери «Живоносный Источник..
30 июля 2003 года утвержден новый Устав Православной религиозной организации Задонского Рождество-Богородицкого мужского епархиального монастыря…, сменивший Устав 1992 года.
В 2004 году наместником Задонского монастыря назначен игумен Гермоген (Крицын).
В марте 2005 года закончена реставрация самой древней постройки монастыря — западных ворот и ограды.
22 апреля 2005 года на колокольню был поднят самый крупный пятитонный колокол, отлитый на Воронежском литейном заводе «Вера».
Летом 2005 года закончена роспись стен алтарной части трапезного храма в честь Вознесения Господня.
26 августа 2005 года открыт и освящен памятник святителю Тихону Задонскому работы воронежского скульптора И.П. Дикунова.
16 августа 2006 года установлена новая серебряная рака для мощей святителя Тихона Задонского.
В июле 2007 года завершена реставрация центрального иконостаса Владимирского собора.
18 июля 2007 года состоялось освящение главного престола Владимирского собора архиерейским чином.
31 октября 2007 года освящен престол в честь Покрова Пресвятой Богородицы в правом приделе Владимирского собора.
26 августа 2010 года, в день памяти святителя Тихона, впервые в истории Задонской обители состоялось торжественное Патриаршее Богослужение. Его Святейшеству сослужили управляющий делами Московской Патриархии митрополит Саранский и Мордовский Варсонофий, митрополит Воронежский и Борисоглебский Сергий, епископ Липецкий и Елецкий Никон, руководитель Административного секретариата Московской Патриархии — епископ Солнечногорский Сергий, схиархимандрит Илий (Ноздрин), духовенство Липецкой епархии. На богослужении присутствовали руководители Липецкой области во главе с губернатором П. Королевым.
15 сентября 2011 года в день памяти преподобных Антония и Феодосия Печерских был освящен второй храм монастыря — церковь в честь Рождества Богородицы.
Храмы Задонского монастыря
Храм Владимирской иконы Божией Матери
Первым храмом Задонской обители была деревянная церковь Владимирской иконы Матери Божией, построенная основателями монастыря схимонахами Кириллом и Герасимом около 1610 года. Она сгорела в пожаре 1692 года, и на ее месте была построена деревянная церковь, также освященная в честь Владимирской иконы Божией Матери. Этот храм простоял более сорока лет.
В 1736–1741 годах на этом же месте была построена третья Владимирская церковь. Новый храм был каменным. Правый его придел был освящен в честь рождества святого Иоанна Предтечи, левый — в память священномученика Евсевия, епископа Самосатского, небесного покровителя схиигумена Евсевия, строителя этого храма и прочих первых каменных монастырских построек. Каменная Владимирская церковь простояла около ста лет.
Однако со временем и каменный храм обветшал и был разобран. На его месте в 18451953 годах по проекту знаменитого архитектора Константина Андреевича Тона была построена новая Владимирская церковь, существующая и поныне. В настоящее время это главный и самый большой храм Задонского монастыря.
Храм Владимирской иконы Божией Матери — светлый, трехэтажный, восьмипрестольный. В нижнем этаже, законченном в 1848 году, средний престол освящен в честь Пресвятой Троицы; правый — во имя святой праведной Анны; левый — во имя святой великомученицы Екатерины. В среднем этаже, завершенном в 1853 году, главный престол освящен в честь Владимирской иконы Божией Матери; правый — в честь Покрова Богородицы; левый — во имя святителя Алексия, митрополита Московского, и преподобного Симеона Столпника. В верхнем ярусе на хорах в 1853 году правый престол был освящен во имя святой мученицы царицы Александры, левый — во имя святого первомученика архидиакона Стефана.
Храм был украшен настенной живописью, которая была выполнена в 1890–1891 годах известным московским художником К.Е. Морозовым. Орнаменты сделаны мастерами его бригады. За образец при этом бралось внутреннее убранство храма