Божией Матери была найдена невредимой. Это чудо привлекло в восстанавливающуюся обитель многочисленных паломников и жертвователей.
В это время настоятелем обители был игумен Трифон. Построенные при нем храмы и другие здания простояли следующие полвека практически без изменений. Именно тогда, в 1693 году, был возведен новый деревянный храм в честь Сретения Владимирской иконы Божией Матери.
В конце XVII века за обителью числилось около 220 гектаров пахотной земли, а также покосы, мельницы, рыбные ловли, торги и перевоз. Последний находился в откупе у монастыря с 1692 по 1704 год и приносил доход порядка 15 рублей в год.
Общее напряжение сил в петровское время привело к некоторому оскудению обители, но монастырь не запустел и со временем смог выправить свое имущественное положение. В это время в обители было 25 человек братии.
В 1736 году игумен Евфимий (настоятельствовал в 1735–1745 годах) начинает в монастыре каменное строительство. Он возводит каменный трехпрестольный храм в честь Сретения Владимирской иконы Божией Матери. Другие два престола были освящены во имя святого Иоанна Предтечи и святителя Евсевия Самосатского. Также была устроена колокольня в готическом стиле с храмом Николая Чудотворца.
В середине XVIII века крестьяне монастырской слободы Тешевка неоднократно бунтовали против обители. Первый такой бунт случился при архимандрите Питириме. Другой, более серьезный, был при архимандрите Варсонофии в 1752 году. Первоначально спор возник из-за монастырских покосов, которыми бесплатно пользовались крестьяне. Когда же настоятель из-за засухи отказал им в этом, они ворвались в монастырь, избили настоятеля и его помощника игумена Евфимия, а потом еще и подали на монастырь в суд. Впоследствии по взаимному согласию дело удалось замять.
Во время секуляризации церковных земель и введения монастырских штатов при императрице Екатерине II, Задонский Богородицкий монастырь был признан штатным и третьеклассным. Ему было определено жалование в 806 рублей на 15 человек штата, а монастырская слобода в 1765 году — переведена в казну.
Несколько лет спустя, в 1769 году, в Задонской обители поселился святитель Тихон, бывший воронежский архиерей. Именно благодаря ему Задонская обитель стала известна всей России, а его мощи впоследствии стали главной святыней обители.
Указом императрицы Екатерины II от 25 сентября 1779 года Задонск стал уездным городом. 21 сентября 1781 года Задонску был дан герб — за Доном-рекою построенная башня в серебряном поле, означающая подлинное положение сего города.
19 марта 1782 года был утвержден Генеральный план застройки Задонска, согласно которому сформировался архитектурный облик города, мало изменившийся за минувшие две сотни лет.
В 1798 году Задонский Богородицкий монастырь стал архимандрией третьего класса.
Новообразованье уездный город во многом зависел от Задонского монастыря. Приходской церковью долгое время был Владимирский собор; присутственные места, в том числе тюрьма и казначейство, также располагались на территории монастыря. Только в начале XIX века — снова силами и за счет монастырской братии — были построены и открыты приходская школа и уездное духовное училище. Впоследствии город во многом существовал за счет паломников, приходящих к гробнице святителя Тихона.
В 1830 и 1831 годах, во время эпидемии холеры, вновь прославилась Владимирская икона Божией Матери, пребывавшая в Задонском монастыре. Холера, отнявшая жизнь у многих горожан в Задонске, не нанесла большого ущерба внутри монастыря: болели здесь многие, но умерших не было. Чудотворный образ еще не раз защищал обитель и город: в 1848 году при следующей эпидемии холеры, в 1861 и 1869 годах во время страшных пожаров. Почитание чудодейственной иконы усилилось, жители просили принести в свои дома образ Владимирской Богоматери, жертвовали на монастырские нужды.
В 1824–1837 годах при архимандритах Самуиле (Стебловском) и Иларии (Иродионове) в монастыре строится комплекс главных врат, колокольни и гостиниц.
Также при архимандрите Иларии в 1838 году в среднем этаже колокольни устраивается надвратный храм святителя Николая Чудотворца. Верхний ярус украшен часами с боем и трехсторонним циферблатом в 1836 году.
В 1838 году при демонтаже старой колокольни была разобрана и бывшая келья святителя Тихона. В 1844 году стараниями архимандрита Илария был утвержден проект нового соборного храма взамен ветхого, простоявшего к тому времени более века. Смета проекта составляла около 132 тысяч рублей серебром.
10 июня 1845 года в Задонском монастыре был заложен новый обширный собор по проекту архитектора К.А. Тона. После смерти архимандрита Илария строительство храма завершил его преемник архимандрит Серафим.
В 1846 году при архимандрите Серафиме и архиепископе Антонии (Смирницком) произошло обретение нетленных мощей святителя Тихона. Однако, поскольку Святейший Синод не дал добро на канонизацию святителя, мощи были вновь закрыты и уложены в гробницу.
В 1853 году было завершено строительство Владимирского собора. Он был освящен архиепископом Воронежским Иосифом (Богословским).
А в 1861 году произошло прославление святителя Тихона и торжественное открытие его мощей. Это событие имело огромное значение для Задонского монастыря. К мощам новопрославленного святого шли толпы паломников. Задонская обитель была переведена из третьего класса в первый.
В 1862 году был построен и освящен теплый храм Рождества Пресвятой Богородицы. В том же году закончено строительство Вознесенской церкви, под которой разместилась мемориальная часовня-усыпальница «Митрофанова пещера».
В 1865 году на месте бывшей кельи святителя Тихона построили малую каменную однопрестольную церковь во имя святителя Тихона Задонского.
В 1869–1870 годах был сооружен храм в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник».
В эти годы иеромонахом Геронтием (Кургановским) создается первая официально изданная летопись обители. Более тридцати лет о. Геронтий публиковал свои статьи и собирал коллекцию древностей.
К началу XX столетия Задонский Богородицкий монастырь окончательно сформировался как духовный и паломнический центр, числившийся среди первых вместе с Киево-Печерской и Троице-Сергиевой Лаврами. В это время Задонский монастырь представлял собой целый городок, состоявший из 6 храмов, колокольни, странноприимного дома, больницы, аптеки, двух кирпичных заводов, одного свечного, церковноприходской школы. Братия монастыря насчитывала около 300 человек.
Задонский Рождество-Богородицкий мужской монастырь
После революции, в 1918 году, здания Задонского Богородицкого монастыря были национализированы Задонским уездным исполкомом.
28 января 1919 года были осквернены останки святителя Тихона Задонского. Мощи святителя Тихона с весны 1922 года находились в руках раскольников-обновленцев, которые при содействии властей захватили Задонскую обитель, а в 1932 году мощи святителя были вывезены из Задонска.
В 1920 году у братии было конфисковано личное имущество, а постройки монастыря — разделены между советскими учреждениями и организациями.
В 1922 году на территории обители был размещен Задонский концентрационный Тихоновский лагерь.
С 1923 года и до января 1930 года, времени фактического закрытия Задонского монастыря, руководил братией и поддерживал жизнедеятельность монашеской общины архимандрит Никандр (Стуров). Впрочем, сам