Летом 2003 года он провел обыски в офисе «Гранда» и дома у некоторых его сотрудников. Позже следователь Лоскутов заявил журналистам: «Это решение (о передаче ему дела как независимому следователю) было принято из-за больших связей подозреваемых с коррумпированными должностными лицами в правоохранительных органах, препятствующих следствию». По его словам, в ходе расследования дела были неоднократные попытки подкупа следствия с целью предоставления планов расследования и оперативно-розыскных мероприятий в отношении подозреваемых. «На одном из обысков у подозреваемых был изъят план расследования этого уголовного дела, — сообщил следователь. — И если бы не поддержка президента России, который держал на личном контроле ход следствия, оно бы не достигло таких результатов».
Через некоторое ряд покровителей Зуева лишатся своих должностей (см. далее).
Так, следователь СК при МВД Виктор Цымбал заявил суду, что руководитель группы оперативного сопровождения этого дела Сергей Киселев доставил в СК сводку прослушанных телефонных переговоров, в которых подозреваемые в контрабанде говорят: «Генпрокуратуре проплачено 2 млн долларов США за закрытие дела» и «будем теперь ментам мазать лоб зеленкой». А бывший первый замначальника СК при МВД генерал Сергей Новоселов заявил: «За этим делом кроется конфликт ведомственных интересов — с одной стороны, СК и ГТК, с другой, Генпрокуратуры и ФСБ». Что интересно, Юрий Заостровцев работал заместителем директора ФСБ, а его отец руководил охранной фирмой, крышевавшей мебельный центр «Три кита».
Генпрокуратура объявила о том, что добилась отстранения от должностей 19 высокопоставленных чиновников, имеющих отношение к уголовным делам о контрабанде по знаменитому делу «Трех китов». Имена отстраненных лиц официально названы не были. Из сообщения Генпрокуратуры следовало, что были временно освобождены от занимаемых должностей несколько руководящих работников ФСБ, в момент отсутствия на Лубянке директора ФСБ Николая Патрушева, который находился в отпуске. Временного отстранения от должностей Генпрокуратура могла добиться, только подав соответствующее ходатайство в суд на основании ст. 114 УПК («Временное отстранение от должности»). Данная мера процессуального принуждения распространяется только на подозреваемых или обвиняемых. В Генпрокуратуре отметили, что на самом деле отставки были связаны с двумя делами о контрабанде — мебельной, так называемом деле «Трех китов», и товаров народного потребления из Китая. Оба дела находились в производстве следователя следственного комитета при МВД Павла Зайцева. Первое дело у него забрала в свое производство Генпрокуратура и прекратила за отсутствием состава преступления. Второе оказалось в производстве ФСБ. Для отставок других чиновников, связанных с мебельным делом, решения судов не потребовалось. Так, после перехода в Минюст генпрокурора Владимира Устинова ушел на пенсию его первый зам Юрий Бирюков, курировавший расследование дела о контрабанде, а позже был подписан приказ об увольнении начальника управления по расследованию особо важных дел Генпрокуратуры Владимира Лысейко, руководившего следователями по делу «Трех китов». Остальные отставники являются чиновниками более низкого уровня. Так, например, в прокуратуре Московской области сообщили, что за последнее время ее покинули руководитель Сергей Васильев, который теперь занимает должность замминистра юстиции, и зампрокурора Павел Барковский, он сам ушел на пенсию. Последний, кстати, курировал соблюдение законов на транспорте и в таможенных органах.
История вопроса
13 августа 2000 года сотрудники ГТК закрыли мебельный магазин «Три кита» и арестовали партию мебели, поставленную компаниями ООО «Бастион» и ООО «Лига Марс». Поставщиков обвинили в контрабанде 400 тонн мебели, а владельцу «Трех китов» Сергею Зуеву предъявили претензии на 5 млн долларов США недоимок по таможенным платежам. 7 сентября 2000 года ГУВД Московской области возбудило дело о контрабанде через ООО «Лига Марс», а в октябре дело передали в следственный комитет (СК) МВД РФ. В ноябре 2000 года Генпрокуратура затребовала это уголовное дело на проверку и закрыла. Генпрокуратура возбудила дело против следователя СК Павла Зайцева, обвинив его в превышении полномочий и незаконном задержании двух подозреваемых, кроме того, было возбуждено уголовное дело по статье «Превышение должностных полномочий» против сотрудников ГТК Марата Файзулина и Александра Волкова. В свою очередь, руководство ГТК провело пресс-конференцию, на которой рассказало о раскрытии сети контрабандистов, организатором которой был назван Сергей Зуев. Центральной оперативной таможней на него было заведено дело об уклонении от уплаты таможенных платежей.
Многие эксперты усмотрели, что дело «Трех китов» приобрело политическую окраску в начале 2002 года и рассматривалось в контексте борьбы за сферы влияния между старой, ельцинской командой, сохранившей свои позиции при Владимире Путине, и пришедшей вместе с новым президентом группой силовиков.
Но решительный удар по остаткам ельцинской команды был нанесен в ходе дела «Юкоса», когда президентскую администрацию был вынужден покинуть Александр Волошин.
В марте 2002 года на основании депутатского запроса Генпрокуратура возобновила дело о контрабанде. Расследовать его поручили прокурору из Ленинградской области Владимиру Лоскутову, которого Владимир Путин лично привлек для разрешения конфликта между Генпрокуратурой и ГТК.
5 сентября 2002 года Мосгорсуд вынес оправдательный приговор Павлу Зайцеву, но впоследствии он был отменен Верховным судом. В 2003 году Дорогомиловский суд Москвы полностью оправдал Александра Волкова и Марата Файзулина. В ноябре 2003 года Мосгорсуд приговорил Павла Зайцева к двум годам условно.
Со скандалом вокруг дела «Трех китов» связывают проведенную в мае 2006 года чистку в силовых ведомствах. Тогда должности потеряли руководитель ФТС Александр Жерихов и его замы, три генерала ФСБ, сотрудники МВД и прокуратуры.
В июне 2006 года Генпрокуратура в рамках расследования дела о контрабанде арестовала Сергея Зуева, гендиректора фирмы «Альянс-96» Андрея Латушкина и еще трех человек.
Один из сподвижников президента Черкесов направил Владимиру Путину докладную записку, в которой якобы привел новые факты по этому делу. В ней, в частности, были перечислены имена госчиновников из ближайшего окружения самого президента Путина, ряд высокопоставленных сотрудников ФСБ и других силовых структур.
Большинство из упомянутых в записке чекистов в разные годы возглавляли управлениие собственной безопасности (УСБ) ФСБ РФ.