отряд под командованием одесского горного инженера Афанасия Клименко в составе 33 бойцов-добровольцев из числа местных жителей должен был постоянно находиться в катакомбах и периодически совершать боевые вылазки на поверхность. Заместителем Клименко был Яков Васин, до войны сотрудник одесского уголовного розыска. Второй отряд (так называемый городской) возглавлял партийный активист, бывший председатель Нерубайского сельсовета Антон Брониславович Федорович (оперативный псевдоним
Пётр Бойко). В начале 20‑х годов он служил помощником уполномоченного в особом отделе одесской ЧК. Отряд состоял из пяти-шести разведгрупп численностью от шести до десяти человек каждая и имел в городе свои конспиративные квартиры, склады с оружием и взрывчаткой. Третий отряд, состоящий из 19 чекистов, являлся центром разведывательной сети. Он размещался на отдельной базе, взяв полугодовой запас продуктов и снаряжения. Никто не предполагал, что оккупация затянется надолго.
16 октября части Красной армии оставили Одессу и по морю были вывезены в Крым. Румынские власти объявили Одессу столицей губернаторства Транснистрия, занимавшего территорию между Днестром и Южным Бугом. Однако многие вопросы решались немцами, особенно при проведении карательных операций. 19 октября оккупанты казнили тысячи пленных красноармейцев, евреев и коммунистов — часть из них расстреляли, а часть сожгли заживо, заперев в бывших пороховых складах. Всего за время оккупации немцы и румыны уничтожили около 82 тыс. одесситов. Ещё 78 тыс. горожан были угнаны в рабство.
В ответ на этот террор уже 22 октября с помощью радиофугаса партизанами Бадаева была взорвана румынская комендатура во время проводившегося там совещания, в результате чего было уничтожено два генерала — в том числе комендант одесского гарнизона Ион Глогожану и 147 офицеров. 17 ноября в районе станции Застава был взорван спецпоезд «Люкс», на котором в Одессу ехала новая администрация, в результате чего погибло более 250 офицеров и чиновников. 9 декабря Берия докладывал в ГКО: «По сообщению нелегального резидента в Одессе в ночь на 12 ноября партизанский отряд НКВД, руководимый тов. Бадаевым, разрушил в районе села Нерубайское Одесской области полотно единственной введенной в эксплуатацию железной дороги на Одессу. В результате произошло крушение двух воинских эшелонов».
Работа резидентуры строилась следующим образом. Наземный «городской» отряд собирал данные о дислокации румынских и немецких воинских частей и военных объектов и через своих связных передавал эти сведения в катакомбы, откуда ежедневно — как правило, в половине одиннадцатого вечера — они по рации с позывными «Корреспондент-12» передавались в Центр. С помощью них советская авиация дальнего действия смогла нанести точные удары по румынской мотоколонне, скоплениям боевой техники, уничтожить склады горючего под Первомайском. Сами бадаевцы неоднократно разрушали линии проводной связи, железнодорожное полотно, совершали диверсии в морском порту, взорвали дамбу Хаджибейского лимана.
Наиболее ценную информацию Бадаев получал от своей личной агентуры, в которую входили: оперуполномоченная 4‑го отдела УНКВД по Одесской области сержант госбезопасности Тамара Межигурская, одесситки из отряда Клименко — Тамара Шестакова и Галина Иванова, руководитель «молодёжной десятки» наземного отряда Яша Гордиенко, оперуполномоченный транспортного отделения НКВД станции Гайворонская Пётр Болонин, который устроился на железную дорогу, и ещё ряд чекистов. По заданию Бадаева Яша Гордиенко, который командовал 16‑летними подростками, лично ликвидировал двух провокаторов румынской сигуранцы.
Что касается обшей численности резидентуры, то полного списка всех бойцов, агентов, информаторов, связников, содержателей конспиративных квартир и просто добровольных помощников не существует. В результате кропотливой работы над архивными документами, в том числе румынскими, на сегодняшний день в список внесены 135 имён. Все эти люди отвлекали на себя значительные силы полевой жандармерии, СС и полиции численностью до 16 тыс. человек, которые блокировали, взрывали, минировали и бетонировали выходы из катакомб, пускали туда ядовитые газы, отравляли воду в колодцах, устраивали засады — но отряд продолжал действовать.
И это при том, что трудно даже передать, что испытывает человек, подолгу находясь в тёмных и сырых лабиринтах подземелий. Связная отряда Галина Марцишек вспоминала: «Первое знакомство с местом дислокации вызвало самые неприятные ощущения: темнота, сырость, глубокая, удручающая тишина. Лагерь имел вид буквы Т, был соединен обводными дорогами с главной штольней: Нерубайское — Усатово. Вправо по штреку, в узком и длинном забое, были оборудованы каменные нары — спальня. Рядом — склад, еще спальня на двадцать пять человек, другие помещения. Долгое время я не могла преодолеть в себе страха перед катакомбами. Чтобы привыкнуть к ним, я ходила с фонарем по необжитым штольням. Свет пробивал темноту подземелий не дальше чем на пять-шесть метров. Пористые стены поглощали звуки, лишь изредка раздавались неясные шорохи — это срывались с потолка отслоившиеся плитки песчаника».
По воспоминаниям Павла Пустомельника, «мебелью служил камень ракушняк, сверх которого было застелено рулоном линолеума, постельная принадлежность — состояла из простыни и баевого одеяла. Матрацы были набиты морской травой, что предотвращает сырость. Морская трава нам понадобилась и тогда, когда в лагере не стало, что курить».
Для Бадаева была оборудована отдельная комната — «кабинет-забой». В ней из ракушечника устроили кровать, сделали письменный стол и стулья, которые были покрыты линолеумом и красным материалом. Именно там командир давал инструкции разведчикам и встречался со связными, осуществлявшими связь с наземной частью отряда — их так и называли «верховыми». По словам Васина, «в селе Нерубайское, во дворе колхозника Помялковского имелся колодец, к середине которого подходил штрек шахты. В условленные часы бойцы отряда дежурили вблизи колодца и получали в ведре, якобы опускаемом для набора воды, ценнейшие сведения и продукты питания. Или другое: в селе Куяльник жил Василий Иванович Иванов, хата которого имела специальное сообщение с коридором катакомбы. К нему привозили сведения, продукты, боеприпасы из города, за которыми приходили бойцы отряда. За связь с партизанами В.И. Иванов был расстрелян в 1942 году».
Беда подкралась как всегда незаметно. В январе 1942 года спецподразделение румынской контрразведки — «бюро партизанских расследований» арестовало командира наземного отряда Петра Бойко. Он сразу же согласился на сотрудничество, после чего был отпущен. В то же самое время Бадаев, недовольный работой Бойко, решил сам выйти на поверхность и лично проверить деятельность отряда. Со связными Межигурской и Шестаковой он дважды пробирался мимо румынских постов и встречался в городе с руководством «городских» партизан. 8 февраля вместе с Межегурской он в третий раз вышел из катакомб — и не вернулся. 12 февраля на их поиски послали Шестакову, которая также исчезла. Через несколько дней за ними отправился сотрудник внешней разведки Сергей Виноградов, прибывший из Москвы в составе группы «Форт». Ему удалось установить, что 9 февраля Молодцов, Межигурская, Гордиенко и еще двое подпольщиков были арестованы сигуранцей на квартире командира наземного отряда Бойко, а Шестакова была схвачена возле его дома.
Следствием по делу бадаевцев руководил Аргир — начальник «бюро партизанских