С этого времени уния прочно утвердилась в Вильне и получила решительный перевес над православием. У православных осталась во всем городе одна только церковь во имя Святого Духа вместе с монастырем, который в 1611 г. был уже несомненно общежительным. Этой церкви Святого Духа не могли отнять у православных униаты или как-либо ее закрыть и уничтожить, потому что она сооружена была на памяти всех людьми несомненно православными, отказавшимися принять унию, и сооружена на земле частного владельца, а на своей земле по законам страны каждый владелец мог строить всякие здания, какие хотел. Но Потей не думал оставить православных виленцев в покое и при их последней, единственной церкви. В Вильне продолжали еще существовать медовые братства: панское, или радецкое, купецкое, кушнерское и роское, которые часть своих доходов употребляли на свои богадельни при церквах, а часть отсылали по-прежнему православному Троицкому братству, даже после того как оно принуждено было переместиться от Троицкого монастыря к Свято-Духовской церкви. Потей донес об этом королю, а король дал приказ (17 августа 1609 г.) виленским бурмистрам, чтобы впредь медовые братства отнюдь не вносили своих доходов на новую Свято-Духовскую церковь и ее братство, а делали свои взносы в Троицкий монастырь Троицкому униатскому братству. Главным вождем в последней борьбе виленского духовенства и вообще православных против унии был архимандрит Сенчило. Его-то и решились униаты переманить на свою сторону, чтобы более посрамить своих противников. Сам Рутский просил Потея простить Сенчилу и примириться с ним. Потей хотя получал о нем неблагоприятные сведения, как о человеке неискреннем и нераскаянном, но выразил (17 июля 1611 г.) желание «принять его под свою милость, особенно ради врагов; пусть бы они, – писал Потей Рутскому, – устыдились своей клеветы и воочию увидели, что те же люди, которые были защитниками беспокойств, как моих личных, так и всей Церкви Божией, обращаются ко мне, сознавая свои неправды». И вскоре Рутский уже определил Сенчилу наместником Супрасльского, тогда униатского, монастыря с согласия местного архимандрита. Была еще Свято-Духовскому братству скорбь и от виленской ратуши, которая вновь покушалась отнять у него братские домы.
Надобно, однако ж, заметить, что недолго пришлось униатам совершать свои богослужения во всех тех двенадцати виленских церквах, какие они отняли у православных. Во время страшного пожара, истребившего половину Вильны в 1610 г. (1 июля), сгорело или обгорело восемь из этих церквей. И хотя по ходатайству Потея для возобновления их король назначил (1 августа 1611 г.) все доходы с медовых виленских братств и потом (28 августа 1612 г.) три тысячи коп грошей из той пени, какая должна была поступить в королевскую казну с трех главных виленских мещан за их будто бы незаконный позыв, сделанный в 1609 г. Рутскому в трибунальный суд, но возобновлен был униатами только один Пречистенский собор, а прочие семь церквей, Спасская, Покровская, Пятницкая, Рождества Христова, святого Иоанна Предтечи и святого Петра остались в развалинах, одни надолго, другие навсегда. Заботились униаты лишь о Троицком монастыре. При этом монастыре издавна существовал и женский, который доселе содержался на средства мужского Троицкого монастыря. Теперь по ходатайству Потея король пожаловал (8 августа 1609 г.) виленской игуменье Василисе Сапежанке и ее сестрам-черницам на содержание их монастырь Брацлавский со всеми его имениями и доходами навсегда, с тем только чтобы виленские игуменьи постоянно имели при Брацлавском монастыре двух попов и дьякона для отправления служб церковных.
Троицким монахам король по желанию Потея отдал (1 августа 1611 г.) в вечное владение Пятницкую церковь, вменив им в обязанность возобновить ее, но монахи церковь оставили в запустении, а начали только владеть ее плацом, домами и доходами.
Подобное тому, что происходило в Вильне, совершалось и в других местах Западнорусской митрополии. Мы уже упоминали, что в Киев, пока жив был киевский воевода князь Острожский, не могла проникнуть уния. Случилось так, что чрез несколько месяцев после его смерти какие-то чернецы Киево-Печерского монастыря принесли жалобу королю, будто их архимандрит Елисей Плетенецкий и старшие палатники и застолпники злоупотребляют монастырскими доходами и обижают младшую братию. И король воспользовался этим случаем, чтобы отправить в Киев самого митрополита Потея, и поручил ему (10 сентября 1608 г.) расследовать все по жалобе чернецов и водворить в Киевской лавре порядок, а также обозреть и все прочие киевские монастыри и церкви и учинить в них надлежащий порядок и предписал киевскому духовенству слушаться Потея и исполнять его волю. Как исполнил Потей возложенное на него поручение, неизвестно, но он успел во время своего пребывания в Киеве заключить с православными сделку о передаче ему Киево-Софийского собора (в 1609 г.) и вскоре за тем назначил в Киев своего наместника – протопопа, или официала. Это был известный Антоний Грекович, некогда иеродиакон Свято-Духовского братства, перешедший в унию. Несколько лет он служил диаконом при дворе Потея, потом возведен в сан иеромонаха, а теперь, посылая его в Киев своим наместником-протопопом, Потей назначал его вместе своею грамотою от 22 января 1610 г. игуменом Киево-Выдубицкого монастыря с правом на владение всеми его имениями. Грекович прибыл в Киев к первой неделе Великого поста (9 марта), т. е. к торжеству православия, и явился в Софийский собор, куда по случаю торжества собрались все киевские священники и бесчисленное множество богомольцев не только из Киева, но и из окрестностей; во всеуслышание прочел грамоту митрополита Потея о своем назначении и требовал от священников, чтобы они признали его, Грековича, своим протопопом и совершили вместе с ним богослужение, – священники не согласились. Тогда Грекович объявил, что иначе он запечатает собор и не дозволит им совершить богослужение и что начнет хватать их и заключать в темницу, пока они не покорятся митрополиту. Ввиду таких угроз священники и весь народ, собравшийся для богомолья, пошли из Софийского собора в другую соборную церковь – Пречистенскую и там надлежащим образом отправили службу. Но Грекович на другой день внес в киевские городские книги протестацию, в которой утверждал, будто киевские священники грозили ему бунтом, возбудили против него запорожских казаков и произвели народное волнение. Против этой протестации прежде всего протестовали в том же городском суде (20 марта) казаки Григорий Середа и его товарищи именем всего запорожского войска, а потом (26 марта) и киевские священники вместе со всею православною шляхтою Киевской земли и народом. Между тем Грекович поселился при Софийском соборе и начал совершать в нем церковные службы, не допуская в него киевских священников. Возмущенные этим запорожские казаки писали (29 мая) киевскому подвоеводе Холоневскому и просили его возбранить «оному расстриге и преступнику» такие своевольные действия, а если он не уймется, грозили его, «як пса, убить». Грекович принужден был переселиться в Выдубиций монастырь, но и там один казак выстрелил в него во время его прогулки по двору, хотя и неуспешно. Грекович пожаловался Потею, и Потей 20 августа внес во владимирские гродские книги свой протест против киевских войта, бурмистров и всех жителей русской веры, против киевских священников и запорожских казаков. Желая учредить в Киево-Софийском соборе срою униатскую капитулу. Потей успел выпросить у короля жалованную грамоту (от 15 сентября 1612 г.), которою передавался этой будущей капитуле Киево-Михайловский монастырь со всеми его имениями и доходами. Но киевское православное духовенство и, в частности, Михайловский монастырь вовсе не думали подчиняться власти Потея, так что ему оставалось только протестовать и жаловаться. Ион действительно жаловался сперва (16 октября 1612 г.) лишь на настоятеля и братию Киево-Печерского монастыря, а в следующем году на настоятелей и иноков киевских монастырей: Печерского, Николаевского, Михайловского, Межигорского и Кирилловского – и на всех киевских священников за то, что они не отдавали «послушенства его милости отцу митрополитови», приняли к себе какого-то грека – Софийского митрополита Неофита, прибывшего около Пасхи 1612 г., и позволяют ему у себя рукополагать священников и диаконов и освящать церкви. В марте и апреле 1613 г. всем обвиняемым вручены были позвы явиться на трибунальный суд в Люблине, неизвестно как решивший дело. Что же касается до Софийского митрополита или архиепископа Неофита, то он несомненно находился тогда в Киеве и освятил (21 апреля 1612 г.) в Межигорском монастыре три церкви: Петропавловскую на монастырских воротах. Николаевскую трапезную и Спасскую соборную, воздвигнутые тогдашним игуменом Афанасием, которого назначил сюда еще в 1599 г. князь К. К. Острожский и который в 1609 г. испросил себе королевскую грамоту на пожизненное игуменство в этом монастыре, а в 1610 г. добыл своему монастырю грамоту на ставропигию от Матфея, архиепископа Мирликийского, экзарха патриаршего Константинопольского престола.