Но прежде нежели трибунальный суд приступил к рассмотрению всех ограждая этих жалоб, Рутский и Потей не бездействовали. Рутский, ограждая свои права, внес (7 апреля) в виленский городской суд ту королевскую грамоту, по которой введен был Буйвилом в управление Троицким монастырем. А к концу того же месяца пожаловался королю, что некоторые знатные мещане Вильны – Иван Тупека, Исаак Кононович, Семен Красовский и другие похваляются против него, угрожают ему самою смертию, и просил себе защиты, и король прислал строгий приказ (от 28 апреля) названным мещанам, чтобы они не делали никаких покушений и похвальбы против Рутского, ни сами, ни чрез своих слуг, и грозил штрафом в несколько тысяч польских грошей. Потей уведомил короля (10 апреля), что Сенчило, хотя еще в октябре прошлого года предан духовным судом проклятию и лишен духовного сана, продолжает, однако ж, своевольно священнодействовать и дерзает еще тягаться с своим архипастырем, и просил короля подвергнуть виновного преследованию светской власти. И король осудил Сенчило своим декретом (22 апреля) на баницию и вытребовал от него (28 апреля) самую грамоту свою, которою некогда пожаловал ему в управление Троицкий монастырь «до его живота». Не упускал Потей из виду и того, что от него отпали с своими церквами и все униатские священники в городах Новогрудке и Гродне по примеру виленских, и просил себе защиты у короля. И король грамотою от 25 апреля приказал новогрудскому воеводе Федору Скумину-Тышкевичу, чтобы он усмирил в обоих названных городах своевольное духовенство, прекратил возмущение его против своего архипастыря и всячески помогал Потею наказывать непокорных и назначать на места их новых священников.
Когда, наконец, открылся главный трибунальный суд и приступил 20 мая к разбирательству жалоб, поданных православными виленцами на Потея и Рутского, то уполномоченный Потея пан Мартин Пядевский и отец Рутский заявили, что жалобы эти должны разбираться не самим трибунальным судом, состоящим из одних светских лиц, а судом смешанным – из нескольких членов трибунального суда и из такого же числа духовных депутатов. Трибунальный суд не согласился, ссылаясь на то, что ему именно предоставлены такого рода дела сеймовою конституциею 1609 г., а противная сторона ссылалась на добавление к означенной конституции, отдававшее эти дела суду смешанному. Потому состоялись два совершенно отдельные разбирательства и два противоположные решения. Трибунальный суд обвинил Потея и Рутского в том, что они совершенно незаконно отняли у православных Троицкий монастырь, и приговорил виновных к уплате десяти тысяч злотых. А духовные депутаты, которые все были из латинского духовенства (чего можно было ожидать от них православным?), действуя в качестве смешанного суда, хотя на нем не было ни одного светского члена, совершенно оправдали Потея и Рутского и обвинили самих жалобщиков, т. е. Свято-Духовское братство, Сенчилу и виленских бурмистров русской лавицы, и, кроме того, положили отослать свое решение на усмотрение самого короля. Король тотчас же отменил решение трибунального суда и передал дело на рассмотрение задворного суда. Ровно через полмесяца, т. е. 5 июня, трибунальный суд приступил к рассмотрению жалобы митрополита Потея на виленских священников, будто бы незаконно отнявших у него виленские церкви. Но и теперь тот же уполномоченный Потея заявил, что дело должно разбираться не на трибунальном, а на смешанном суде, и теперь трибунальный суд не уважил этого заявления, и сам рассмотрел дело во всех подробностях, и решил, что Потей не имеет никакого права на виленские православные церкви, во-первых, потому, что он несправедливо называет себя митрополитом, будучи лишен сана Цареградским патриархом за отпадение в унию, а во-вторых, потому, что право подаванья виленских церквей принадлежит вовсе не митрополиту, а виленским бурмистрам русской веры. Вместе с тем суд признал виленского протопопа Жашковского и священников совершенно оправданными и оставил при их правах и обязанностях. Духовные судьи протестовали, а Потей принес на такое решение трибунального суда жалобу королю, в его задворный, или асессорский, суд. Задворный королевский суд из нескольких сенаторов, под председательством канцлера Льва Сапеги открыл свои заседания в Вильне, куда прибыл король к концу июня; суд этот, во-первых, по жалобе Потея на протопопа Жашковского и виленских священников осудил (8 июля) протопопа как бунтовщика и определил возвратить Потею Пречистенский собор с митрополичьим домом и все виленские церкви; во-вторых, по жалобам Сенчилы и других православных Вильны на Потея и Рутского отменил и кассировал (10 июля) решение трибунального суда и утвердил во всем решение суда смешанного или, вернее, духовного; наконец, признал виновными в бунте и оскорблении величества и присудил к смертной казни двух русских радцев – Ивана Тупеку и Исаака Кононовича, отнесшихся в марте с таким неуважением к королевской грамоте об отобрании виленских церквей и бывших главными виновниками тогдашних беспорядков. Впрочем, король смягчил наказание обвиненным и приказал, чтобы они были только лишены своих должностей и обязаны что-либо соорудить для укрепления или украшения Вильны.
Решениями задворного королевского суда только начиналось торжество Потея, находившегося тогда в Вильне. К 25 июля съехалось сюда множество униатского духовенства из Городни, Минска, Новогрудка, Жировиц и других мест, где оно отпало было от Потея: видно, воевода Скумин-Тышкевич очень поусердствовал при исполнении королевского приказа. Собравшиеся составили приговор, в котором объявляли, что хотя некоторые из них увлеклись было заверениями Сенчила, Жашковского и членов Свято-Духовского братства, будто митрополит Ипатий замыслил вытеснить унию латинскою верою, и потому отступили от подчинения ему, но теперь, достаточно убедившись, что все эти заверения были пустою выдумкою и ложью, они просят Бога не вменить им в грех то их отступничество и обязуются под страхом вечного проклятия оставаться всегда под властию архипастырей, пребывающих в святой унии, и всячески защищать ее. Приговор подписали: три архимандрита, один игумен, шесть протопопов, два иеромонаха, тринадцать священников, пять иеродиаконов и четыре монаха, всего 34 человека, в этом числе из виленского духовенства кроме архимандрита Иосифа Велямина Рутского и иеромонаха Иоасафа Кунцевича один только пятницкий священник Александр Львов, «писарь клиросу собору виленского». А в августе совершилось и отобрание виленских церквей и передача их Потею. Два королевских дворянина, Сенковский и Краевский, с двумя виленскими поветовыми и пятью шляхтичами прежде всего (6 августа) отобрали Пречистенский собор и митрополичий дом во власть и распоряжение короля как «найвышшаго подавцы и оборонцы церквей Божиих», причем будто бы имели с собою несколько сот гайдуков, разбили замки у церкви, забрали весь ее скарб и заключили в темницу двух священнослужителей, совершавших в соборе утреню, хотя Потей решительно это отвергает. Отбирать другие церкви в тот же день поудержались, опасаясь, как бы не возбудить народного возмущения, особенно при отобрании церкви Перенесения мощей святителя Николая, так как священником здесь был сам протопоп Жашковский, и он собрал и припрятал в своей церкви сокровища всех прочих виленских церквей и чудотворную икону Богоматери Остробрамскую, которой не захотел выдать даже панам бурмистрам, объявлявшим, будто сам король с королевою и королевичем Владиславом желает прибыть в Троицкий монастырь и там помолиться пред этою иконою. Но 9 августа Сенковский и Краевский отобрали на имя короля и Перенесенскую церковь, причем также будто бы имея с собою гайдуков, поразбивали церковные замки и двери, позабрали церковный скарб и сделали насилие жене и детям Жашковского, находившегося тогда в отсутствии из Вильны, хотя и это Потей отвергает и этого действительно не могло быть, так как Жашковский жены вовсе не имел. В тот же день отобраны были в распоряжение короля и прочие церкви: Воскресенская, Спасская, Покровская, Пятницкая, святого Юрья, святого Петра, святых Косьмы и Дамиана, Рождества Христова, Успения святителя Николая и Ивановская, т. е. святого Иоанна Предтечи. Таким образом оказывается, что в начале XVII в. русских церквей в Вильне было только двенадцать, тогда как прежде число их восходило до двадцати. Чрез два дня, т. е. 11 августа, все отобранные церкви переданы были по повелению короля с подробною описью их имущества митрополиту Потею, который тотчас приказал бурмистрам переписать и те сокровища этих церквей, которые спрятаны были в церкви Перенесенской. Торжество Потея было полное, но и возбуждение между православными достигало крайних пределов. В тот же день Потей отправился в церковь Перенесения мощей святителя Николая, чтобы поклониться чудотворной иконе Богоматери, и, осматривая храм со вниманием, нашел в приделе, на левой стороне от входа, под алтарем, несколько бочонков пороха. Из церкви Перенесенской он пошел в дом латинского бискупа, чтобы поделиться с ним своею радостию и поблагодарить папского нунция Францеско Симонетту за оказанные им услуги. Оттуда пошел по большой улице в Троицкий монастырь и уже достиг площади у ратуши (где ныне театр), как вдруг бросился на него сзади неизвестный человек (гайдук какого-то пана, приехавшего в Вильну) и, выхватив саблю, ударил ею Потея в шею, рассек несколько колец золотой цепи, воротник у рясы и рубашки, но самой шеи едва коснулся, а когда Потей поднял левую руку для защиты себя, то отсек на руке два пальца и другие два повредил. Потея перенесли в ближайший дом одного сенатора; отсеченные пальцы митрополита Рутский и Кунцевич подобрали и положили на престоле в Свято-Троицком монастыре, а виновный гайдук тотчас же был схвачен и подвергся тяжким побоям, потом вынес страшные пытки и казнен смертию.