Генерал Г. Гудериан, узнав об очередной неудаче, лично прибыл к крепости и после уточнения задач и вопросов взаимодействия отдал приказ начать новый штурм. Но и этот штурм захлебнулся. Пехота отошла с большими потерями. Выстрелом польского снайпера был убит адъютант командира корпуса подполковник Браух. Но и положение оборонявшихся было тяжелым: потери убитыми и ранеными достигли 40 процентов, заканчивались снаряды и гранаты, многие укрепления были превращены в руины, была нарушена связь с польским командованием, находившимся в Пинске.
В 17 часов 16 сентября на совещании у коменданта крепости было решено прекратить сопротивление и прорываться из Бреста через еще свободный путь на Тересполь, Кодень. Выход войск был начат ночью. Но именно в эту ночь немецкое командование решило начать новый штурм крепости. Вырываться пришлось с боями, оставив заслоны.
В первой половине 17 сентября в цитадель по неразрушенному мосту ворвались подразделения 76-го пехотного полка. Со стороны города в крепость пошли части 20-й моторизованной дивизии. Брестская крепость, которая сопротивлялась четверо суток, пала. Потери обеих сторон в этом сражении остались неизвестными. Но известно, что в районе крепости в немецкий плен попало 988 польских солдат и офицеров.
Но Брест по секретному протоколу должен был находиться на территории Советского Союза, войска которого в то время продвигались к городу с востока, совершая «освободительный поход» в Западную Белоруссию. 21 сентября советские войска вошли в Брест, и в 16 часов на улице Люблинской унии состоялся совместный парад советских и немецких войск. В Брест из Иванцевичей переместился штаб 4-й армии Белорусского военного округа, который 11 июля 1940 года был преобразован в Западный Особый военный округ.
Летом 1940 года началось строительство 62-го Брестского укрепленного района. Долговременные сооружения возводились по восточному берегу Западного Буга непосредственно вдоль границы на виду у немецких пограничных застав. Полоса предполья, вследствие того что сооружения строились по берегу реки, не создавалась. Подобное расположение дзотов не позволяло подступы к ним прикрыть минными полями и провести предварительную пристрелку из вмонтированных в них орудий.
К 21 июня 1941 года в Брестском укрепленном районе было забетонировано 128 долговременных огневых точек, из которых 11 находились в районе города и крепости Брест. В Брестской крепости и возле нее размещались части 6-й и 42-й стрелковых дивизий 28-го стрелкового корпуса (командир – генерал-майор В. С. Попов), а также части окружного подчинения.
Город Брест, состоявший в основном из строений частного сектора, особого интереса в плане обороны не представлял. Брестская крепость как фортификационное сооружение давно утратила свое значение. Ее постройки, частично восстановленные после событий сентября 1939 года, использовались для размещения войск и складов в мирное время. Оборона крепости не предусматривалась. В случае начала военных действий гарнизон Бреста должен был выходить в районы сосредоточения или занимать оборону на подготовленных позициях в Брестском укрепленном районе. В условиях внезапного нападения выход войск из крепости становился нереальным. Для того чтобы покинуть крепость, войскам требовалось не менее четырех часов времени.
Но немецкое командование, имевшее опыт штурма Брестской крепости в 1939 году, более тщательно готовилось к овладению этой твердыней. Так, генерал Г. Гудериан в своей книге «Воспоминания солдата» пишет:
«Крепостью Брест-Литовск (Брест) с ее старыми укреплениями, отделенной от нас реками Зап. Буг и Муховец, а также многочисленными наполненными водой рвами, могла овладеть только пехота. Танки смогли бы взять ее только внезапным ударом, что мы и попробовали сделать в 1939 году. Но в 1941 году условий для этого уже не было.
Поэтому я решил танковыми дивизиями форсировать Западный Буг по обе стороны Брест-Литовска, а для наступления на крепость попросил подчинить мне пехотный корпус... 4-я армия должна была также временно придать мне для обеспечения форсирования реки Западный Буг несколько пехотных и прежде всего артиллерийских частей... Я не рассчитывал на немедленное падение крепости Брест-Литовск...»
По воспоминаниям свидетелей, к 22 июня Брестская крепость, как и сам город Брест, к обороне не готовилась. Тот же генерал Г. Гудериан пишет: «Тщательное наблюдение за русскими убеждало меня в том, что они ничего не подозревают о наших намерениях. Во дворе Брестской крепости, который просматривался с наших наблюдательных пунктов, под звуки оркестра они производили развод караулов. Береговые укрепления вдоль Западного Буга не были заняты русскими войсками. Работы по укреплению берега едва ли хоть сколько-нибудь продвинулись вперед за последние недели. Перспектива сохранения момента внезапности была настолько велика, что возник вопрос, стоит ли при таких обстоятельствах проводить артиллерийскую подготовку в течение часа, как это предусматривалось приказом».
Наступление немецких войск для советского командования на тактическом уровне было внезапным. Немецкая бомбардировочная и штурмовая авиация нанесла по Бресту бомбо-штурмовой удар.
Танковые соединения танковой группы Г. Гудериана сразу же начали охватывать Брестский укрепленный район с севера и с юга. Непосредственно на Брест и Брестскую крепость двинулся 12-й армейский корпус генерала Вальтера Шрота. Непосредственно штурм Брестской крепости был поручен штурмовым отрядам 45-й Верхне-Австрийской дивизии, которая была усилена тремя артиллерийскими полками, девятью тяжелыми мортирами калибра 210 мм и девятью тяжелыми минометными батареями «Небельверфер», в составе которых было 54 280-мм минометов, способных стрелять 45,4-кг минами. Кроме того, для стрельбы по Брестской крепости заранее были доставлены две 126-тонных 600-мм осадных артиллерийских системы «Карл», стрелявших фугасными и бетонобойными снарядами весом 1,7 и 2,2 тонны. Вполне понятно, что потери среди советских войск и разрушения в Брестской крепости уже в первые часы войны были огромными. Уже к 7 часам утра части 45-й и 34-й немецких пехотных дивизий заняли Брест, а остатки войск 4-й армии к исходу дня были отброшены на 25–40 километров от государственной границы. Крепость к 9 часам утра была полностью блокирована противником.
На Брестскую крепость был обрушен шквал артиллерийского огня. Артиллерия стреляла по рубежам. По каждому рубежу огонь велся в течение 4 минут, затем переносился на следующий огневой рубеж, находившийся на удалении в 100 метров. За таким огневым валом двигались штурмовые группы, созданные на базе подразделений 130-го и 135-го пехотных полков, усиленные подразделениями 81-го саперного батальона.
Казалось, наступление такого порядка не может встретить сильное сопротивление. Немецкие войска ворвались в крепость. Но внутри бои приняли ожесточенный характер. Более того, отдельные группы советских подразделений даже контратаковали врага. Но с самого начала оборона распалась на отдельные очаги без единого руководства, без связи и без взаимодействия. Первый отпор противнику был не чем иным, как стихийной реакцией на врага и не носил характер подготовленной обороны.
Бой продолжался. Для преодоления сопротивления защитников крепости немецкое командование было вынуждено применить самоходные орудия, которые, войдя внутрь цитадели, начали расстреливать отдельные огневые точки. Практически в конце первого дня штурма Брестская крепость была занята противником, но официально она продолжала сражаться до конца июля 1941 года.
Потери немцев при штурме Брестской крепости были большими. Они потеряли более 1500 солдат и офицеров. В районе Бреста было оборудовано первое на советской земле немецкое кладбище, где было захоронено 482 солдата и офицера. Но потери советских войск убитыми и пленными в районе Бреста были намного большими.
Но надо понимать, что после 22 июня ни классического штурма, ни классической обороны этой твердыни уже не велось. Несколько уцелевших красноармейцев и командиров, укрывшись на день в подвалах, вечером выходили из своих убежищ и стреляли в немецких часовых. Генерал Вальтер фон Унгу, назначенный комендантом Бреста 30 июля, принимая дела, вынужден был отметить: «В общем-то, это – пустынные груды развалин, дымящиеся и зловонные, где все еще велся ружейно-пулеметный огонь от оставшихся советских солдат».
26 августа 1941 года во время поездки на Восточный фронт Брестскую крепость посетил А. Гитлер в сопровождении Геринга, Риббентропа, Кессельринга и гостей – Б. Муссолини и начальника итальянского Генерального штаба У. Кавальеро. Фюреру демонстрировали свезенную в крепость трофейную технику. Сопровождавший высокую делегацию генерал Клюге рассказал историю крепости и подробности ее последнего штурма. Гитлер слушал рассказ внимательно, а в конце заметил: