Давши такой ответ, мятежники пошли дальше и во второй половине февраля стояли уже в 30 верстах от Казани; в Казанском уезде между Камою и Волгою и за Камою русские и вотяцкие села и деревни почти все были разорены, люди побиты или взяты в плен. Отряд под начальством Осипа Бартенева выступил из Казани по Арской дороге и прогнал воров в Уфимский уезд; с другой стороны, станичный атаман Невежин стал успешно действовать из Сергиевска (где сера из воды бежит); лучшие башкирские батыри не могли взять Билярска и были поражены наголову Невежиным, у которого было 200 русских да сотня чуваш. 22 февраля Хованский выступил с полками из Казани. Воры тотчас оробели и начали пересылаться с ним. Кудрявцев говорил Хованскому, чтоб воровских обманов не слушал и учинил им военный страх. «Не учи меня!» — отвечал боярин и вступил в переговоры. Мятежникам было объявлено прощение, только заводчик бунта, хан, был казнен. Но оставались уфимские башкирцы. Не имея возможности при шведской войне послать значительные русские отряды на отдаленный восток, Петр позволил собираться вольнице, которая бы из добычи истребляла воровские жилища огнем и мечом. Кроме того, он хотел усмирить варваров с помощию других варваров. В январе 1708 года стольник Иван Бахметев получил приказ ехать в калмыцкие улусы к тайше Аюке и уговорить его выслать 20.000 калмыков против башкирцев. Аюка дал 20.000 калмыков Бахметеву, но 22 мая прислали к нему из Казани начальные люди грамоту, что воры донские козаки Игнашка Некрасов и Лунка Хохлач вошли в Камышенку и идут к Саратову: чтоб он, Аюка, послал своих калмыков на этих воров к Саратову. Аюка в присутствии Бахметева сказал присланному из Казани: «По указу великого государя я отдал всех своих людей вот ему, Бахметеву, на башкирцев, у меня останется немного людей, которые мне нужны на караулы и разъезды». Согласились разделить калмыков на два отряда: 10000 отправить под Саратов против воровских Козаков, а другие десять тысяч с Бахметевым на башкирцев. 13 июня явился в войско к Бахметеву калмык, который был на Яике, и рассказал, что при нем на Яик приехали три башкирца и говорили, что их, башкирцев, в собрании много, имеют согласие с каракалпаками, киргизами, донскими козаками и кубанцами: положено у них всех друг друга не выдавать. Услыхавши такие вести, Бахметев поспешно пошел вперед, чтоб не допустить башкирцев до воровского соединения, перешел реку Ик, вступил в жилища самих воровских заводчиков, крепкие и лесистые места, побил их на многих боях и загонах, жилища выжег, много побрал полону, лошадей, скота, захвачен был сын главного заводчика — муллы Измаила. Сначала башкирцы положили было не мириться: «Миром нас русские люди обманут», но теперь, увидавши свое бессилие, усмирились: мулла Измаил и батыри приехали к Бахметеву с просьбою, чтоб по указу великого государя вины им отдать, и казали грамоту князя Хованского, в которой говорилось о прощении: «А если мы теперь с калмыцким и русским войском бились, то виноваты и куран целовать станем». Мулла целовал куран за все четыре дороги, что башкирцы изменять впредь не будут и полон весь отдадут.
Несмотря на то, волнения все еще продолжались. Петр Матвеевич Апраксин, назначенный губернатором в Казань, писал в феврале 1709 года: «О башкирцах доношу: уже три года до меня и ныне стоят в злодейственном своем упорстве и воровстве, и ныне по призыву от них знатного вора приехал к ним из каракалпак некакой вор, будто ханов сын, тому, что у нас казнен, дядя или брат. Посланные мною к башкирцам пишут, что многие обещаются стоять верно, а иные злодействуют». Апраксин прислал при этом ведомость, чего восточной украйне стоил башкирский бунт: всего в Казанском и Уфимском уездах пожжено и разорено было сел и деревень 303; людей погибло и в плен отведено 12705 человек. В марте Апраксин писал: «О тех башкирах доношу тебе, государю: народ их проклятый, многочисленный и военный, да безглавный, никаких над собою начал, хотя б так, как на Дону, подобно атаману — и таких не имеют, приняться не за кого и чтоб особно послать не к кому». Наконец в апреле Апраксин донес: «Башкирцы лучшие люди Кусюм с товарищи прислали выборных людей, вины свои принесли и обещались служить и дани давать по-прежнему».
В то время, когда башкирцы начали уже успокаиваться, бунт запылал там, откуда уже давно ждали его недовольные, — на Дону: здесь наконец явился новый Разин. Мы видели, что Петр уже давно стал требовать нарушения основного козацкого права, права принимать к себе всякого без отдачи. Побеги из украинских мест на Дон все усиливались; помещики били челом государю, что они от этих побегов разоряются, платят за беглых всякие подати спуста , велено взять с двадцати дворов человека в солдаты, а с десяти дворов — работника в Петербург, а беглые крестьяне, живучи в козачьих городках, государевой службы не служат и податей не платят. Легко понять, как раздражали Петра эти указания, что столько людей отбывает от службы и от податей. На Дон шли царские грамоты с требованием, чтоб такие-то и такие крестьяне, поименованные в челобитных, были сысканы и отданы челобитчикам. Атаманы сыскивали некоторых и отдавали, но много оставалось на Дону: где их всех сыскать, особенно когда искать не хочется? Атаманы и старые козаки уступали, волею-неволею, царским требованиям, но эти требования увеличивались все более и более; было видно, что время совершенного подчинения вольной реки государству близко. Мы видели уже, что царь распорядился переводом Козаков из одних мест на другие для населения Азовской дороги. В мае 1705 года пошла на Дон новая грамота: «Указали мы, великий государь, те городки, которые поселены не по указу и не на шляхах, свесть, и жителей из тех городков перевесть и поселить за Северским Донцом по шляху в пристойных местах, и в те, и в другие городки беглецов и никаких пришлых и работных людей ниоткуда отнюдь не принимать; за укрывательство таких беглецов козаки сосланы будут вечно на каторги, а пущие заводчики без милости казнены будут; пришлых людей, которые приняты после 1695 года, всех послать в русские города, откуда кто пришел, потому что работники, будучи у наших, великого государя, дел, забрали в зачет работы многие деньги и, не хотя заработать, бегали и бегают всегда в те города, а которые городки поселены по Северскому Донцу до азовских походов, тем быть по-прежнему».
Вспыхнул астраханский бунт: Дон повел себя хорошо, и царь за такое поведение в феврале 1706 года пожаловал козаков войсковыми клейнотами, послал им пернач серебряный с каменьем золочен, бунчук с яблоком и с доскою и с трубкою серебряною золочен, знамя большое, писанное на камке золотом, шесть знамен камчатых станичных. Но Петр, награждая козаков за верную службу, не забыл, что указ 1705 года о сведении городков не был исполнен. В 1706 году он отправил на Дон прежнее требование: свесть городки, построенные после азовских походов не по указу и не на шляхах, свесть, не дожидаясь нового указа, а в городках, что на шляхах, жильцов всех переписать, старожильцев козаков оставить для почтовой гоньбы, потому что чрез те городки установлена будет к Черкаску и до Азова обыкновенная ради скорости почта, а новопришлых людей выслать в те места, откуда кто пришел.
Новопришлых людей не высылали, и число их увеличивалось все более и более. В каких размерах происходило в описываемое время бегство крестьян, можно судить из следующих донесений: «В нынешнем 1706 году, в январе и феврале, в Шуйском уезде, в вотчине Покровского женского монастыря села Ярлыкова, в разных числах в ночах крестьяне с женами и детьми, 26 семей, со всеми своими животы бежали незнамо куды». Так было в северных областях, откуда нелегко было пробраться на какую-нибудь украйну: что же в местах, близких к Дону? Но на великую реку бежали не одни крестьяне; мы видели, что туда бежали работники с публичных работ, забравши деньги вперед; туда в последнее время прибежало много солдат и драгунов из армии фельдмаршала Шереметева, когда он шел из Астрахани в Киев. Царь не хотел терпеть более, особенно когда нужда в служилых и платящих людях увеличивалась все более и более, и в 1707 году отправил на Дон полковника князя Юрия Владимировича Долгорукова с отрядом войска для отыскания всех беглецов и высылки их на прежние места жительства. Есть известие, что и сами старшины, атаман Лукьян Максимов с товарищами, сильно оскорбились этим окончательным уничтожением исконного козацкого права и решились под рукою помешать Долгорукому: тем более должны были встревожиться новоприбылые люди, беглые, которым предстояло теперь расстаться с вольною жизнию на великой реке. Дело шло теперь не о том только, помочь или нет астраханцам отстоять старое платье; притом же на Дону было не без людей, которые жалели, что Дон повел себя не так в астраханский бунт. В Качалинском городке дьячки говорили: «В Астрахань сосланы с Москвы болваны, чтоб им покланяться, и астраханцы кланяться им не стали, и за то что над ними сделалось? Напрасно и тех отдали, которые и в Черкаском были!» Теперь надобно было стать за собственную волю; людей, которые должны были отчаянно ратовать против исполнения царского указа, теперь было много на Дону; нашелся и предводитель.