Но между тем как униаты, покровительствуемые королем, хотели лишить власти православных владык, православные, в сознании своей полной правоты, пытались лишить власти владык униатских. В начале 1598 г. послы воеводства Волынского, прибыв в Варшаву на собиравшийся сейм, подали королю по поручению всех обывателей своего воеводства позыв на Ипатия Потея и Кирилла Терлецкого и обвиняли их: а) в том, что они своевольно сделали себя послами от всех православных христиан к папе Римскому и именем всех православных заявили ему покорность, тогда как православные никогда им этого не поручали и с ними на это не соглашались; б) в том, что они отважились на такое дело без воли патриархов, своих старших, нарушили данную им присягу – быть всегда послушными Церкви Греческой и таким образом сделались, по правилам святых Соборов и отцов, недостойными своего епископского сана и «духовных хлебов», которыми пользуются; в) в том, что вопреки патриаршим протосинкеллам, прибывшим на Брестский Собор, равно вопреки всем, духовным и светским, обывателям воеводств Киевского, Волынского, Минского, Мстиславского, Новгородского, Подольского, Брацлавского, земель Львовской, Галицкой, Перемышльской, Холмской и других составили иной Собор, соединившись с ксендзами римскими, с которыми иметь общения правила святых отцов возбраняют, и осмелились людей почтенных и добрых, твердо содержащих уставы Церкви Восточной и не согласившихся на схизму – унию, проклинать и отлучать от Церкви, от которой сами прежде отлучились и не имея уже никакой власти отлучать других; г) наконец, в том, что они нарушили права и привилегии, данные прежними королями Церкви Греческой, как и Римской; нарушили генеральную конфедерацию, установившую свободу вероисповеданий в Литве и Польше, и королевскую присягу – свято соблюдать эти права и привилегии и эту свободу. Приняв от послов Волынской земли представленный ими позыв, король немедленно послал Потею и Терлецкому свой приказ (30 генваря 1598 г.), чтобы они явились на варшавский сейм, имеющий открыться со 2 марта, и дали ответ против всех взводимых на них обвинений. Но когда сейм действительно открылся, король не захотел заняться этим делом, столько важным для православных, и отложил его, будто бы за множеством других дел, на два года, до сейма 1600 г.
Подвергаясь постоянно обидам со стороны униатов и латинян, связанных между собою униею, и не находя правосудия у самого короля, православные пришли к мысли заключить своего рода унию, политическую и религиозную, с протестантами, которые также много терпели от латинян в Литве и Польше, чтобы совокупными силами успешнее защищаться от общих врагов. Главными деятелями при этом были со стороны православных князь К. К. Острожский, а со стороны протестантов зять его, воевода виленский Христофор Радзивилл. По их приглашению к 4 мая 1599 г. прибыли в Вильну представители трех протестантских исповеданий: суперинтендент Церквей аугсбургского исповедания в Польше Еразм Глицнер, епископ Церквей богемского исповедания в Малой Польше Симеон Феофил Турновский и старейшина реформатской Церкви в Куявии Даниил Николаевский. Виленское, бывшее прежде православное, духовенство решительно не захотело вступать с ними в какое-либо рассуждение и соглашение о вере, называя их прямо еретиками: иначе оно поступить и не могло, подчинившись, хотя, быть может, только наружно, униатскому митрополиту. Но нашлись православные пастыри, которые не отказались участвовать в съезде, это были: Лука, митрополит Белградский, Исаакий, игумен монастыря в Дубне, и архидиакон Гедеон из того же монастыря, приехавшие вместе с князем Острожским. И 14 мая состоялась первая сходка их с протестантскими духовными особами в доме князя на Покровской улице. При свидании игумен Исаакий, протягивая протестантам свою руку, сказал, что хотя Писание и запрещает приветствовать еретиков даже словом «здравствуй», но он решился в настоящий раз с своими товарищами быть снисходительнее. Турновский на это выразил только удивление, что Исаакий называет еретиками людей, которых доселе никогда не видал и с которыми никогда не говорил. Совещания открылись речью самого князя Константина, который высказал в ней свое пламенное желание, чтобы устроились взаимное согласие и соединение Церквей евангелической и Греческой, равно признающих только одну главу Церкви – Господа Иисуса Христа. Глицнер отвечал князю благодарностию за его ревность о славе Божией и выразил свою и своих товарищей готовность к достижению такого согласия и соединения. «Но вы напрасно надеетесь, – заметил Лука Белградский, – что мы от нашей веры перейдем к вам, вы должны принять нашу веру, оставив свою». Князь смутился этим замечанием и убеждал своих духовных не прерывать при самом начале переговоров, которые могут привести к желанной цели. Тут начал свою речь Турновский и, перечислив многие пункты учения, в которых согласны между собою протестанты и греки, вспомнил о благосклонности, оказанной некогда Цареградским патриархом чешским, или богемским, братьям, и заявил полную готовность от имени своих единоверцев соединиться с православными «на основании Священного Писания как самого истинного судии во всех спорных вопросах». В таком же роде говорил и третий представитель протестантства – Николаевский, перечисляя пункты, в которых, по его словам, паписты впали в заблуждение, а греки, равно как протестанты, учат согласно с Священным Писанием. Последнее слово принадлежало игумену Исаакию. Он соглашался, что православные действительно признают главою Церкви только одного Христа, как и протестанты, и одинаково с ними содержат некоторые другие члены веры, но прибавил, что основанием своей веры православные считают Священное Писание, писания святых отцов и правила Соборов и что православное духовенство не может вступить в соединение с протестантами без разрешения и полномочия от Константинопольского патриарха. Когда совещания окончились, князь Острожский благодарил протестантских духовных за высказанную ими готовность к соглашению с православною Церковию, а православные духовные подали им руки.
На втором собрании в том же доме князя Острожского, 18 мая, присутствовали уже не одни духовные, но и светские. Больше было и духовных особ, протестантских и православных: к первым присоединилось несколько литовских пасторов – виленский, пиотровский, яницкий и др., к последним – до десяти священников. Но несравненно более находилось светских лиц обоих исповеданий, в том числе сенаторов, воевод и других вельможных панов, каковы были – из православных: князь К. К. Острожский, сын его Александр, воевода волынский, князья Сангушко, Корецкий, Горский, Лузина, Вишневецкие, Соломерецкие; из протестантов: князь Христофор Радзивилл, воевода виленский, Абрамович, воевода смоленский Зенович, воевода брестский, князь Юрий Радзивилл и др. На этом собрании занялись прежде всего вопросом о политическом союзе протестантов с православными и был составлен, или только прочитан предварительно составленный, и утвержден акт конфедерации между ними. Резкими чертами изображены в акте те притеснения и обиды, какие уже терпели тогда в Литовско-Польском государстве от ревнителей папства православные и протестанты. «Наши церкви, – говорят они, – монастыри, зборы по большей части у нас отняты, разорены, опустошены, и это сопровождалось разграблением, великим мучительством, пролитием крови, убийством и неслыханными поруганиями не только над живыми, но и над мертвыми... В некоторых местах нам уже запретили свободные собрания для богослужения и молитвы и построение церквей и кирок. Наши пресвитеры, пастыри, проповедники за твердость в своем исповедании всячески преследуются, терпят нападения и грабежи и в собственных домах подвергаются бесчестию, поруганию, изгоняются, ссылаются, лишаются всего. Их хватают на дорогах и в городах, заключают в узы, бьют, топят, умерщвляют... Наших мещан за различие в исповедании удаляют от цехов, промыслов, торговли и даже житья в городах, считают недостойными доверия в свидетельствах, а по местам подвергают даже инквизиции... Этот пожар, постепенно усиливаясь, касается уже и нас, людей благородного состояния... За то одно, что мы твердо стоим в своей вере, нас хитрыми действиями римского духовенства удаляют от мест и от пропитания по службе, и к сенаторскому званию, чинам, урядам, староствам, управительствам мы уже не можем иметь такого доступа, как другие... А когда жалуемся на оскорбления и обиды и со слезами испрашиваем от властей справедливости, защиты и помощи, то вместо какого-либо утешения получаем насмешки и презрение, соединенное часто с отказом даже в выслушании просьбы... Даже в проповедях церковных высказываются сильные воззвания и возбуждения против нас народа с указанием средств истреблять нас и с обещанием за то благословений и наград». Перечислив все эти притеснения и основываясь на Варшавской генеральной конфедерации 1573 г., утвердившей свободу вероисповеданий в Литве и Польше, православные и протестанты изложили потом в своем акте обещание и клятву сохранять между собою согласие и любовь и общими силами защищать от папистов свои храмы и духовенство, своих единоверцев и друг друга в сенате, на сеймах, сеймиках, пред королем и везде, где придется. А чтобы удобнее наблюдать за положением православных и протестантов и скорее оказывать им помощь в случае каких-либо притеснений от латинян, избрали из своей среды до 120 провизоров, или попечителей, и признали полезным созывать иногда Соборы, с тем чтобы на Соборах православных присутствовали и протестанты, а на протестантских Соборах – и православные.