Безусловно, с Волковым согласился сенатор Мельгунов, но Орлов предложил, не согласится ли собрание вместо смертной казни наказать на теле по указу 754 года, а двоих по жребию повесить. Собрание приняло это мнение относительно убийц архиепископа Амвросия, но постановило казнить смертию еще одного из мятежников и грабителей по жребию. Этим желали выставить всю важность преступления, совершенного бунтовщиками, независимо от убийства архиепископа.
Заботы о малолетних, оставшихся после умерших от чумы родителей, кончились тем, что Опекунский совет согласился принимать их в Воспитательный дом, вполне сохранившийся от заразы благодаря строгому оцеплению. Последнее предложение Орлова, сделанное им в Сенате 7 ноября, состояло в том, чтоб для доставления пропитания и жителям окрестных селений прокопать каналы из окружающих Москву болот и протоков в реку Неглинную для увеличения воды в этой реке; также исправлять Тульскую, Калужскую, Коломенскую и другие большие дороги. 17 ноября в Сенате уже слушался указ об отозвании гр. Орлова и назначении московским главнокомандующим возвратившегося из Варшавы князя Мих. Никол. Волконского. Тут же объявлено Еропкину, что ему пожалован Андреевский орден и 20000 рублей денег. Он вышел в отставку.
В Москве считали до 12538 домов; из них в 6000 домах были больные чумою, а в 3000 все жители перемерли. С апреля 1771 до конца февраля 1772 в больницах и карантинах на казенный счет содержалось 12565 человек. До нас дошло донесение Орлова о Москве во время чумы; в нем, между прочим, говорится: «Весьма б полезно было, если б большие фабриканты добровольно согласились перенести фабрики в уездные города, ибо Москва отнюдь не способна для фабрик. Попов надобно стараться завести в Москве получше, а чтоб иметь их лучше, то надобно им содержание дать побольше, а чтоб дать содержание побольше, то приходы сделать побольше; а ныне много их умерло; и для того. переговоря с архиереями, чтоб малые приходы сообщить с другими и покуда церкви еще не опустели, то б служить в церквах, ежели они в дальнем расстоянии, священникам по очереди. Этот род людей много зла в Москве причиняет. Также московские военные гвардейские команды, отставные гарнизонные; они до того развратны, что способу поправить их не будет, разве перевесть их совсем, ибо их повиновение и дисциплина слово в слово, как чума. Я видел пример, где постояли на карауле великолуцкие солдаты с ними вместе, то и их узнать было неможно; они все почти имеют свои дворы, все торгуют, никто за ними не смотрит, перероднились с фабричными и с прочими жителями Москвы. Какой это народ обитателей здешних! Как посмотришь во внутренность их жизни, образ мыслей, так волосы дыбом становятся, и удивительно, что еще более чего в Москве и сквернее не делается».
Мысль о выводе больших фабрик из Москвы встречается здесь не в первый раз. Еще 31 августа генерал-прокурор предлагал Сенату в Петербурге, что так как умножение фабрик в Москве с давнего времени признано вредным и уже думали было о выводе их в другие города, то теперь по причине оказавшейся в Москве прилипчивой болезни этого требует самая необходимость и безопасность как города, так и всего государства, тем более что зараза и начало свое получила на фабриках. Приказали: послать указ в Мануфактур-коллегию, что Сенат находит нужным вывести некоторые фабрики из Москвы в другие города, а именно: все суконные, полотняные, сургучные, ценинные, булавочные, пуговочные, проволочные и латунную, инструментальные, красильные, каразейные, купоросные, замшевые, сафьянные и все кожевенные, красочные, а назначить им место в других городах, где кто пожелает; хотя же и оставляются шелковые, картные, мишурные, плащенного и волоченного золота и серебра, сусального листового золота и серебра, инструментальные (?), галунная, столярная, веерная, зеркальная, ситцевая и полуситцевая, труб заливных, беленья воску, латунные (?), но с тем, что привилегии их, которыми они уволены от постою, будут уничтожены. Но Сенат, видимо, поспешил этим делом, не обдумав препятствий к его исполнению и употребив, к несчастию, довольно употребительный детский способ: от известного учреждения при известных условиях произошла невыгода – долой это учреждение! Прежде всего в Москве существовали казенные фабрики, необходимые для армии и флота; и так уже нанесен был большой ущерб казне остановкою их во время чумы, теперь нужно было спешить приведением их в действие, но для этого не было людей, а Адмиралтейство предложило, нельзя ли взять людей с других фабрик и восполнить таким образом число недостающих рабочих на его парусной фабрике. Сенатор Волков подал мнение, что требование Адмиралтейства противно закону и правосудию; пусть Адмиралтейская коллегия даст парусные образцы, по которым без большой передачи потребное число полотен сделано будет на частных фабриках. Сенат сначала согласился, но потом генерал-прокурор представил, что дело слишком важно для казенного интереса и потому нельзя ли наперед потребовать известия, сколько именно людей и какого мастерства Адмиралтейству нужно для пополнения его московской фабрики, дабы, смотря по этому, хотя некоторым числом рабочих по необходимости можно было снабдить фабрику; и Сенат принял предложение генерал-прокурора.
Только в июле 1773 года Мануфактур-коллегия отвечала Сенату, что к выводу фабрик из Москвы приступить нельзя. Сенат должен был признать представление Мануфактур-коллегии основательным, но все же хотел настоять на прежнем своем мнении о необходимости вывесть из Москвы некоторые фабрики, о которых, впрочем, в прежнем мнении не было ни слова. Приказали: так как между фабриками есть такие, которые наносят городу вред дурным запахом, как-то: сальные, мыльные и т. п., которые непременно должно из города вывести, только об них здесь по заочности точного определения сделать нельзя, и для того коллежское представление отослать к главнокомандующему кн. Волконскому на общее его с президентом Мануфактур-коллегии рассмотрение, чтоб они вывели те фабрики, которые жителям города вред наносят, причем Мануфактур-коллегии предписать, чтоб она впредь без представления в Сенат не давала позволения на устройство фабрик.
Дело о переводе фабрик замолкло; но вследствие чумы приведена была в исполнение повсеместно очень важная мера: запрещено хоронить внутри городов при церквах и отведены за городом места для кладбищ. В конце 1771 года Синод разослал об этом повсюду указы.
Мы видели, что в Москве Опекунский совет взялся приютить оставшихся после умерших чумою детей. В июле 1772 года Бецкий объявил Сенату изустное повеление императрицы принимать в Московский воспитательный дом малолетних детей, шатающихся без всякого призрения; Бецкий писал в своем представлении: «Как все таковые дети, кои во время заразительной болезни Московским воспитательным домом призрены и избавлены от смерти, так и впредь всякого звания сирот, которые, не имея пропитания, остаются без всякого присмотра, должно почитать погибшими, и потому они имеют право быть причисленными к детям, содержащимся в Воспитательном доме на основании его генерального плана. Сенат решил подать императрице доклад: 1) устные указы принимать велено только от сенаторов, генерал-прокурора, президентов первых трех коллегий и от дежурных генерал-адъютантов; но Бецкий не имел ни одного из этих званий; 2) новый указ отменяет прежние относительно шатающихся малолетних, а в Воспитательный дом идут одни подкидыши и зазорно рожденные младенцы. Может произойти такое злоупотребление, что помещичьи люди и солдаты, матросы и другие служивые люди, желая избавить детей своих – первые от помещиков, а последние от службы, станут приводить их в Воспитательный дом; да могут быть приведены и такие дети, которые зайдут далеко от дому по ребячеству, а родители их вовсе не хотят отдавать их в Воспитательный дом и будут плакать, что лишились своих детей, помещики лишатся крестьян, а государство – служивых людей. Генерал-прокурор испугался дурного впечатления, какое этот доклад мог произвести на императрицу, и чрез несколько дней предложил, не соизволит ли Сенат отменить свое определение и принять рапорт Бецкого только к известию, потому что Бецкий никакой от Сената резолюции не требует, а извещает только, что он о том от себя писал в Воспитательный дом. Но Сенат, что случалось редко, остался при своем прежнем мнении.
Новый главнокомандующий в Москве начал по обыкновению дело тем, что удалил человека, пользовавшегося полным доверием прежнего главнокомандующего. Кн. Волконский писал императрице в начале 1772 года: «Обер-полицеймейстер Бахметев нашелся неисправен по своей должности и в чинении неосновательных рапортов, того ради исполнительная комиссия третьего дня с ведома моего в наказание от команды ему отказала. Сия строгость нужна как при нынешних обстоятельствах, так и для переду, чтоб всякий, не ослабевая по положенной на него должности и по данным повелениям, с точностью исправлял». Обвинение, было совершенно голословное, но кто мог заступиться за Бахметева в Петербурге? От 4 февраля 1772 года Волконский доносил: «Чрез целый месяц ни умершего, ни заболевшего не было, а сего 2 числа в доме майора Маркова одна женщина оною (чумою) занемогла; тотчас вся предосторожность взята: больная в госпиталь отвезена; люди, которые с ней сообщение имели, отведены в карантин; пожитки ее сожжены; избу, в которой она жила, велено разломать, а дом весь запереть до выдержания карантина». Но потом найдено, что женщина была больна простою горячкою. 14 ноября 1772 года последовал именной указ об открытии московских присутственных мест с 1 декабря. 25 ноября в Петербурге и Москве служили благодарственный молебен за прекращение моровой язвы.