Когда ослушание священников не дало возможности производить консисторские исследования и распоряжения, Амвросий взглянул на дело с санитарной точки зрения. «Между тем, – говорит Бантыш-Каменский, – язва так усилилась в граде, что по 900 с лишком в день умирало; и как по предписанию докторскому запрещено было прикосновение и тесные между народом всякие сборища, то и не мог обойтись преосвященный, чтоб о способах к прекращению у Варварских ворот народного сборища не посоветоваться с г. Еропкиным, который один только в городе и был начальник. Страх, дабы не обратить на себя простолюдинов, произвел у них таковое по сему делу решение; чтоб оставить до времени перенесение иконы; а дабы собираемые у Варварских ворот деньги чрез фабричных не могли быть расхищены, то приложить к ящикам консисторскую печать; для безопаснейшего же исполнения сего дела обещал г. Еропкин прислать от себя несколько солдат». По свидетельству Еропкина, Амвросий приезжал к нему 14 сентября и говорил, что намерен деньги у Боголюбской запечатать в том рассуждении, что явление образа вымышлено от священников, которые за молебны начали приобретать великую прибыль. Здесь неясность. Явление ложное, говорит Амвросий, оно выдумано священниками из корыстных побуждений. Надобно прекратить запрещенное законом явление; если же это опасно, то как из ложности явления следует, что к денежным ящикам надобно приложить консисторские печати? Бантыш-Каменский дает такое объяснение: решились ящики запечатать из страха, чтоб деньги не были расхищены фабричными; но оказывается, что при ящиках находился военный караул. Как бы то ни было, это несчастное распоряжение насчет денег было причиною бунта.
По донесению фельдмаршала Солтыкова, основанному на рапорте обер-полицеймейстера Бахметева, 15 сентября, в четверг, в 8 часов пополудни раздался городовой набатный бой и при рогаточных караулах на улицах бой трещоток. Обер-полицеймейстер послал узнать, что такое, и получил донесение, что у Варварских ворот великое множество черни производит шум и драку. Бахметев в сопровождении троих драгунов и двоих гусар поехал сам и нашел, что от Ильинских до Варварских ворот по обе стороны стены стоит множество народа, тысяч до десяти, и большая часть вооружена дубьем. На вопрос, зачем сбежался народ, обер-полицеймейстеру отвечали, что народ сбежался по набатному бою, а набат произошел оттого, что шестеро солдат с архиерейским подьячим пришли для вынутая из ящиков денег, подаваемых богомольцами на боголюбскую икону богородицы. Около ящиков стоял караул от московского гарнизона; эти караульные объявили, что не позволят распоряжаться ящиками без позволения своего командира (плац-майора); от этого сначала произошел шум, а потом драка: злодеи побиты, которые хотели образ ободрать и казну, принадлежащую богоматери, покрасть, а народ собрался стоять за мать пресвятую богородицу до последнего издыхания. Видя, что с своим конвоем из пяти человек он не в состоянии ничего сделать, Бахметев поехал к Еропкину, который жил в своем доме на Стоженке. В Воскресенских воротах он встретил толпу тысяч до трех, бегущую с дубьем по Тверской, Моховой и из Охотного ряда под предводительством мужика с бородою, в синем китайчатом балахоне, который постоянно кричал что есть мочи: «Ребята, поспешайте постоять за мать пресвятую богородицу и не допустите ограбить божию матерь!» Бахметев успел остановить толпу, человек двадцать или больше из нее стали на сторону обер-полицеймейстера и сделались совершенно ему послушными, так что с их помощью «синий балахон» был схвачен и посажен в будку; на Моховой схватили также другого горлана с помощью господских людей. Приехавши к Еропкину, Бахметев услыхал от него: «Делайте все то, что предусмотрите к лучшему; а я вам ни команды, ни способов дать не могу», Бахметев поехал назад, заехал в будку, где посадил «синий балахон», но вместо него нашел в будке только изувеченных людей, приставленных караулить «балахон». Еще прежде, отправляясь к Еропкину, Бахметев послал полицейского майора к народу с требованием, чтоб отдали под полицейский караул архиерейского подьячего и команду, пришедших к образу за деньгами, потому что такие злодеи должны быть наказаны публично, а что прибиты народом – этого мало. Теперь майор явился к Бахметеву и донес, что народ не только согласен, но и сам просит об этом; только караульные московского гарнизона, стоящие у Варварских ворот, говорят, что сделать этого не смеют без своего командира, т. е. плац-майора. Бахметев послал донесть об этом Еропкину, тот приказал как можно скорее сыскать плац-майора или губернатора Юшкова; но, в то время как происходили эти пересылки и рассылки, разнеслись слухи, что толпа черни в Кремле, грабят в Чудове монастыре архиерейский дом, ищут убить самого хозяина.
Как скоро начались перекоры между караульными московского гарнизона и архиерейским подьячим относительно денег, в толпе, вмешавшейся в споры, уже послышались выходки против Амвросия. «Архиерей, – кричали, – ни один раз должного почтения божией матери с служением по своему чину не сделал; а как сведал, что можно взять 1000 рублей, которые доброхотные датели, некоторые почти из последнего имения своего, сложили, то уже взять деньги безо всяких замедлительств себе готов; он безбожник, надлежит предать его смерти перед этим самым образом!» Возбужденная этими криками толпа двинулась в Кремль. Амвросию, как видно, дали знать об этих выходках и угрозах, и он уехал из Чудова в Донской монастырь. Толпа, ища его в Чудове монастыре, что могла, пограбила, остальное переломала, перебила, исковеркала; большой винный погреб, снимаемый в Чудове монастыре купцом Птицыным, был разграблен, и началось пьянство. Но на другой день, 16 числа, вспомнили, зачем пришли в Кремль, в Чудов; кто-то дал знать, что архиерей в Донском монастыре; и толпа в 300 человек двинулась туда. Амвросий, узнав о разграблении Чудова монастыря, велел находившемуся при нем племяннику Николаю Бантыш-Каменскому написать об этом Еропкину и просить билета для свободного выезда из города. Вместо билета Еропкин прислал офицера конной гвардии, который объявил, чтоб преосвященный переоделся и поскорее выезжал из Донского монастыря, что он, присланный, будет дожидаться его в конце сада кн. Трубецкого и оттуда велит проводить на село Хорошево в Воскресенский монастырь. Пока сыскали платье, пока Амвросий переодевался, пока заложили кибитку, услыхали шум, крики и пальбу у монастыря. Амвросий вышел, чтоб садиться в кибитку, но в это время народ стал уже ломать монастырские ворота со всех сторон; все бывшие с Амвросием разбежались; тогда он пошел прямо в большую церковь, где служили обедню, приобщился и хотел было спрятаться на хорах сзади иконостаса; но толпа, ворвавшаяся в церковь, открыла это убежище; несчастного вытащили из церкви, из монастыря, и перед задними воротами умертвили самым варварским образом: били в восемь кольев целые два часа, так что, по словам очевидца, «ни виду, ни подобия не осталось».
Между тем Еропкин весь этот день, пятницу 16 числа, собирал у себя на Стоженке кусочками команду. Главную военную силу, которою располагало московское начальство, составлял Великолуцкий полк; но во всем этом полку числилось только 350 человек, а из них 300 человек расположены были в 30 верстах от Москвы для безопасности от чумы и только 50 человек находилось в Москве. К ним Еропкин присоединил гвардейские команды, присланные из Петербурга, и таким образом составился отряд из 130 человек; но при этом маленьком отряде было две пушки, которые обеспечивали успех против толпы, вооруженной дубьем и каменьями. В половине шестого часа пополудни Еропкин со своею командою двинулся в Кремль, на улице захватил священника с крестом и заставил идти с собою. При входе в Кремль чрез Боровицкие ворота отряд был встречен дубьем и кирпичами; Еропкин послал увещевать мятежников обер-коменданта царевича грузинского, но увещатель был встречен также каменьями. Той же участи подвергся бригадир Мамонов, который по доброй воле явился в Чудов монастырь со своими людьми и начал уговаривать мятежников: ему разбили голову и лицо. Видя, что увещание не помогает, Еропкин велел стрелять в толпу из пушек и ружей; не менее ста человек пало от этой стрельбы, 249 человек взяты под караул, остальные разбежались. Но Еропкин, раненный в двух местах шестом и камнем, истомленный, в лихорадочном припадке, принужден был слечь в постель и не принимал участия в дальнейших распоряжениях.
На другой день, в субботу 17 сентября, на рассвете толпы начали ломиться в Кремль, в Спасские ворота, в которых стоял губернатор Юшков. Мятежники требовали, чтоб им отдали всех товарищей, захваченных войском накануне; чтоб бани были распечатаны, карантины уничтожены, лекарей к их должности не употребляли. Накануне, 16 числа, Еропкин уведомил Солтыкова о бунте, и в 9 часов утра 17 числа фельдмаршал был уже в Москве; одновременно с ним по его распоряжению накануне вступал в Москву и Великолуцкий полк, т. е. 300 человек солдат. Солтыков поручил начальство над полком обер-полицеймейстеру Бахметеву и велел ему вести солдат на Красную площадь, чтоб прекратить бунт. Бахметев, выстроив полк на площади, сказал окружающим толпам: «Советую вам расходиться по домам, в противном случае все побиты будете». Чрез полминуты площадь опустела, и этим бунт кончился.