Александр I выразил недовольство тем, что Кутузов, несмотря на его повеление не вступать ни в какие переговоры с французами, все-таки принял Лористона. Но фельдмаршал, скорее всего, пошел на переговоры исключительно с целью выиграть дополнительное время, чтобы привести армию в боевую готовность. Он прекрасно понимал, что с каждым днем его армия крепла в Тарутинском лагере, а Великая армия разлагалась в Москве. Как оказалось, такой расчет Кутузова полностью себя оправдал: Наполеон еще несколько дней тщетно ждал ответа от Александра I. Но, как известно, русский император в очередной раз оставил без ответа это предложение, которое стало последним.
Когда уже окончательно стала понятна бесперспективность заключения мирных соглашений с русским императором и невозможность обеспечить продовольствием войска, Наполеон принял решение оставить Москву. Этому также способствовала и резко ухудшившаяся погода с ранними заморозками. К тому же Тарутинское сражение показало, что Кутузов усилился, и можно было ожидать дальнейших столкновений по инициативе российской армии. Барон Дедем писал: «Провести зиму в Москве было немыслимо. Мы пробились до этого города, но ни одна из пройденных нами губерний не была нами покорена».
Вскоре Наполеон отдал приказ маршалу Мортье, назначенному им московским генерал-губернатором, перед уходом из Москвы поджечь магазины с вином, казармы и все публичные здания в городе, за исключением Воспитательного дома. Также был отдан приказ о поджоге кремлевского дворца и кремлевских стен. Планировалось, что взрыв Кремля должен был последовать за выходом последних французских войск из города.
7 (19) октября армия двинулась из Москвы по старой Калужской дороге. В городе остался только корпус маршала Мортье. Плохое предчувствие не оставляло французских солдат во время выхода из Москвы: «Что-то мрачное было в этом походе. Ночной мрак, молчание солдат, дымящиеся развалины, которые мы попирали нашими ногами, и каждый из нас с тревогой предчувствовал все беды этого памятного отступления. Даже солдаты понимали затруднительность нашего положения; они были одарены и умом, и тем поразительным инстинктом, который отличает французских солдат и который, заставляя их взвешивать со всех сторон опасность, казалось, удваивал их мужество и давал им силу смотреть опасности в лицо».
Особое впечатление на очевидца производил обоз отступающей французской армии. Христофор-Людвиг фон Иелин вспоминал и удивлялся: «Но какую ужасную картину представляла теперь Великая армия: все солдаты были нагружены самыми разнообразными вещами, которые они хотели забрать из Москвы, – может быть, они надеялись отнести их себе на родину, – и в то же время забыли окончательно запастись самым необходимым на время своего длинного путешествия. Обоз же походил на орду, как будто пришедшую к нам из чужих, незнакомых стран, одетую в самые разнообразные платья и имевшую вид маскарада. Этот обоз первым нарушил порядок при отступлении, так как каждый солдат старался отправить забранные им в Москве вещи впереди армии, чтоб считать их в безопасности».
Сразу после начала отступления Наполеон планировал напасть на российскую армию и, разгромив ее, попасть в не разоренные войной районы страны, чтобы обеспечить своих солдат продовольствием и фуражом. Но, находясь несколько дней в селе Троицком на берегу реки Десны, он отказался от своего первоначального плана – напасть на Кутузова, так как в этом случае ему предстояло выдержать сражение, подобное Бородинскому.
После этого Наполеон решил повернуть со старой Калужской дороги вправо и, обойдя российскую армию, выйти на Боровскую дорогу. Далее он планировал двинуть армию нетронутыми войной местами по Калужской губернии на юго-запад, к Смоленску. Он намеревался, спокойно дойдя через Малоярославец и Калугу до Смоленска, перезимовать в Смоленске или в Вильне и в дальнейшем продолжить войну.
В письме жене от 10 (22) октября Наполеон писал: «Я покинул Москву, приказав взорвать Кремль». Этот приказ был отослан маршалу Мортье накануне вечером. Последний, выполнив его, должен был немедленно присоединиться со своим корпусом к армии. Но вследствие нехватки времени Мортье не успел основательно заняться подготовкой взрыва Кремля.
Один из местных рабочих, которого заставили рыть подкопы для взрывчатки, вспоминал: «Меня взяли туда французы, и других многих работников из наших привели и приказали нам подкопы рыть под кремлевские стены, под соборы и дворец, и сами тут же рыли. А у нас просто руки не подымались. Пусть все погибает, да хоть не нашими руками. Да воля-то не наша была: как ни горько, а копай. Окаянные-то тут стоят, и как увидят, что кто из нас плохо копает, так сейчас прикладами бьют. У меня вся спина избита».
Когда Мортье выступил из Москвы, за ним начались взрывы подложенных мин: «Раздетые, израненные осколками стекол, камнями, железом, несчастные выбежали в ужасе на улицы. Непроницаемый мрак окутывал Москву; холодный осенний дождь лил потоками. Отовсюду слышались дикие крики, визг, стоны людей, раздавленных падающими зданиями. Слышались призывы о помощи, но помогать было некому. Кремль освещен был зловещим пламенем пожара. Один взрыв следовал за другим, земля не переставала колебаться. Все напоминало, казалось, последний день мира».
В результате до основания была уничтожена лишь Водовзводная башня, сильно пострадали башни Никольская, 1-я Безымянная и Петровская, также кремлевская стена и часть арсенала. От взрыва обгорела Грановитая палата. Современники отмечали, что не удалась попытка подорвать самое высокое здание Москвы, колокольню Ивана Великого. Она осталась невредимой, в отличие от позднейших пристроек: «Огромная пристройка к Ивану Великому, оторванная взрывом, обрушилась подле него и на его подножия, а он стоял так же величественно, как только что воздвигнутый Борисом Годуновым для прокормления работников в голодное время, будто насмехаясь над бесплодною яростию варварства XIX века».
После отхода французских войск из Москвы в город вступил кавалерийский авангард российской армии под командованием А. Бенкендорфа. Тот писал 14 октября М. Воронцову: «Мы вступили в Москву вечером 11-го числа. Город был отдан на расхищение крестьянам, которых стеклось великое множество, и все пьяные; казаки и их старшины довершали разгром. Войдя в город с гусарами и лейб-казаками, я счел долгом немедленно принять на себя начальство над полицейскими частями несчастной столицы: люди убивали друг друга на улицах, поджигали дома. Наконец все утихло, и огонь потушен. Мне пришлось выдержать несколько настоящих сражений».
О наличии в городе толп крестьян, которые бежали грабить его со всей округи, писал и А. Шаховской: «Подмосковные крестьяне, конечно, самые досужие и сметливые, но зато самые развратные и корыстолюбивые во всей России, уверясь в выходе неприятеля из Москвы и полагаясь на суматоху нашего вступления, приехали на возах, чтобы захватить недограбленное, но гр. Бенкендорф расчел иначе и приказал взвалить на их воза тела и падаль и вывести за город, на удобные для похорон или истребления места, чем избавил Москву от заразы, жителей ее от крестьянского грабежа, а крестьян от греха».
Свои первые мысли при виде Москвы описал А. Булгаков, чиновник для особых поручений при графе Ростопчине: «Но Боже, что я ощущал при каждом шаге вперед! Мы проехали Рогожскую, Таганку, Солянку, Китай-город, и не было и одного дома, который бы не был сожжен или разрушен. Я почувствовал на сердце холод и не мог говорить: всякое попадавшееся лицо, казалось, просило слез об участи несчастной нашей столицы».
Много было разрушенных домов: «От Никитских до Тверских ворот по левую сторону все сожжено, а по правую – целы дома кн. Щербатова, гр. Строгановой и еще дома с два… Тверская от Тверских ворот до дома главнокомандующего, по обеим сторонам, вся цела; а потом, от Черткова вниз до Моховой, вся выгорела, по обеим сторонам…» При этом сильно пострадала немецкая слобода, «образовалось обширное поле, покрытое обгоревшими трубами, и, когда выпадет снег, они будут казаться надгробными памятниками, и весь квартал обратится в кладбище». Хотя среди москвичей распространялись разговоры о чудом уцелевших домах: «Арсенал взлетел на воздух, стена, около Никольских ворот – тоже, самая башня разрушена, и среди этих развалин не только уцелел образ, но и стекло и фонарь, в котором находится лампада. Я был поражен и не мог оторваться от этого зрелища. Понятно, что в городе только и толка, что про эти чудеса».
Из данных московского обер-полицмейстера Ивашкина можно узнать о количестве вывезенных с улиц Москвы человеческих трупов – 11 959, а также лошадиных – в 12 546. Большинство погибших – это оставленные в городе после Бородинского сражения раненые солдаты русской армии.