более 100 опухолей - на нашу матрицу. И мы знаем, у кого есть дефекты в RNASE-L, а у кого нет. Я показываю вам сигнал с чипа. И я показываю блок ретровирусных олиго [олигонуклеотиды - короткие молекулы РНК или ДНК]. И вот что я вам скажу по этому сигналу: у мужчин, у которых есть мутация в этом ферменте противовирусной защиты и у которых есть опухоль, в 40% случаев обнаруживается сигнатура, которая выявляет новый ретровирус...
По моим оценкам, это был настоящий научный подвиг. Соединить технологию со знаниями биологии. Именно так и должна строиться наука: наблюдение порождает вопрос, проводится исследование и получаются результаты.
Было установлено, что генетический дефект, обнаруженный у мужчин, у которых рак простаты может развиться в раннем возрасте, представляет собой дефект в гене, создающем фермент противовирусной защиты.
В ходе исследования более сотни таких опухолей были помещены в прибор DeRisi для обнаружения вирусов, и было видно, что из них всплывает.
Результаты показали, что 40% этих опухолей содержали интегрированные последовательности ретровируса мыши.
Наука не может быть чище, чем это.
ДеРизи продолжил:
Ладно, это довольно дико. Что же это такое? Итак, мы клонируем весь вирус. Прежде всего, я скажу, что небольшое автоматическое предсказание показало нам, что он очень похож на вирус мыши. Но это не говорит нам о многом, поэтому мы действительно клонировали его целиком. А вирусный геном, который я вам сейчас показываю? Это классический гамма-ретровирус. Но он совершенно новый. Никто никогда не видел его раньше.
Его ближайший родственник, по сути, происходит от мышей. Поэтому мы бы назвали его ксенотропным ретровирусом, поскольку он инфицирует не мышей, а другие виды. А это небольшое филогенетическое дерево, позволяющее увидеть, как он связан с другими вирусами. Мы сделали это для многих пациентов, и можем сказать, что все они являются независимыми инфекциями.
Сильверман, ДеРизи и Гупта не клонировали весь вирус в 2006 году из одной биопсии. На самом деле они клонировали вирус из нескольких биопсий разных мужчин, создав гибрид, вирус Франкенштейна, который никогда не существовал у человека.
Если бы они сказали правду в 2006 году, то дискредитировать нашу работу в 2011 году было бы гораздо сложнее. Мы бы никогда не включили результаты ПЦР в нашу научную статью. Данные по белкам, электронные микрофотографии и результаты серологических исследований, приведенные в нашей научной статье 2009 г., являются истиной и по сей день. Сокрытие правды, как это было сделано, значительно облегчило работу злоумышленников.
Типичный ретровирус имеет размер от восьми тысяч до десяти тысяч пар оснований.
Клон VP62 был создан на основе образцов тканей трех разных пациентов, у которых было выявлено всего около трехсот пар оснований в оболочечном гене вируса и несколько сотен в gag, или основном теле вируса.
Как можно использовать синтетический инфекционный молекулярный клон для характеристики нового семейства вирусов, если последовательность этого клона составляет менее 10% от природного изолята?
Меня часто спрашивают, в чем разница между обычным вирусом и ретровирусом.
Ответ прост.
Многие вирусы состоят из ДНК.
Ретровирус состоит из РНК.
Но подождите, скажете вы, разве почти все живые существа не основаны на ДНК?
Ответ: да, это так.
Хотя никто не знает ответа на этот вопрос, в настоящее время считается, что РНК должна была быть предшественницей ДНК, которую использовали самые примитивные организмы на заре зарождения жизни на нашей планете. Природа в своей беспрецедентной эффективности использует строительные блоки нуклеиновых кислот - РНК в ДНК - практически для всех организмов, но тем патогенам, которые состоят из РНК, например ретровирусам, для выживания необходим фермент, превращающий их РНК в ДНК и встраивающийся в ДНК хозяина. Ретровирус не может жить и реплицироваться без использования механизмов клетки-хозяина.
Фермент, с помощью которого ретровирусы превращают свою РНК в ДНК, называется обратной транскриптазой. Я считаю, что наличие обратной транскриптазы при каком-либо заболевании является почти дымовым доказательством причастности ретровируса.
Если вы ретровирус, то есть одна особенность - обратная транскриптаза.
Это неэффективный фермент для копирования генетического кода.
Обратная транскриптаза подвержена ошибкам копирования, в результате чего ретровирусы легко мутируют в вирусы с совершенно разными генетическими профилями. Это означает, что между различными штаммами ретровирусов одного типа могут быть большие различия.
Эта особенность ретровирусов заставила многих ученых поверить в то, что они никогда не смогут причинить большого вреда человеку, поскольку кажутся нестабильными. Поскольку их обычно легко заглушить и искалечить, большинство ученых считали их неинфекционной нежелательной ДНК. Возможно, это одна из причин, по которой Джон Коффин и Гарольд Вармус советовали Фрэнку не утруждать себя поиском ретровирусов человека, вызывающих заболевания.
Ретровирусы казались неким биологическим реликтом нашего далекого прошлого, интересным, как утконос, интригующим нас сочетанием черт млекопитающих, птиц и рептилий.
Но ВИЧ-СПИД стал тревожным сигналом, свидетельствующим об опасности ретровирусов. Они могут быть столь же опасны, как и типичные вирусы. Но ВИЧ действительно был исключением среди ретровирусов. Он убивал своих жертв в течение нескольких лет.
ВИЧ погибал относительно быстро для ретровируса. XMRV отключились, сохранив жизнь своим хозяевам, но в таком состоянии, когда они, как правило, не могут восстановить свое здоровье.
Моя жизнь связана с ретровирусами с тех пор, как 6 июня 1983 года я пришел в лабораторию Фрэнка Рускетти в качестве техника. Мы с Фрэнком всегда помним эту дату, поскольку она совпала с днем вторжения в Европу во время Второй мировой войны.
С того самого дня в 1983 году я живу тем, что учу вирусы выживать в культуре клеток. Это тридцать семь лет. Вы, наверное, помните, что в те времена, когда еще не было ВИЧ-СПИДа, Фрэнк и Берни Пойесс были суперзвездами ретровирусологии, поскольку они выделили самый первый ретровирус человека, вызывающий рак, - вирус Т-клеточной лейкемии человека (HTLV-1). Берни был клиническим стипендиатом, а Фрэнк - наставником Берни. Роберт Галло был заведующим лабораторией, получал все почести и не делал практически никакой работы.
В Японии HTLV-1 был эндемичен, так почему же Фрэнк и его команда первыми выделили этот вирус? Потому что Фрэнк лучше всех, кого я когда-либо знал, понимал, как использовать клеточные линии для выращивания вирусов и контролировать ключевой фермент - обратную транскриптазу. Именно там я научился выращивать вирусы, потому что если вы не можете вырастить эти вирусы, вы не можете их изучать.
Лучшей линией тканей для выращивания XMRV оказалась линия LNCaP (карцинома лимфатических узлов простаты), полученная от 62-летнего мужчины, у которого рак простаты распространился на лимфатические узлы. Почему эта клеточная линия оказалась столь удачной? Одна из причин заключается в