После освобождения святитель был этапирован в Туруханский край на три года. Там произошла радостная встреча с митрополитом Кириллом, который буквально отмолил его во время пребывания в «ужасной туруханской каталажке». «Митр[ополит] Кирилл стал читать за меня Евангелие, — вспоминал епископ, — и я неожиданно был освобожден, так что Евангелие от Иоанна мы дочитывали вместе»[27]. В туруханской ссылке Владыка получил известие о кончине самого близкого ему человека — матери. «Со смертию мамы окончилась для меня целая эпоха»[28], — писал он. После смерти Матроны Андреевны Владыка начал свой труд «О поминовении усопших», на титульном листе которого стоит: «Посвящаю памяти любимой матери». Этот труд очень хвалил митрополит Кирилл Казанский, который находился в тех же местах, где и святитель Афанасий, и настаивал на его распространении.
После выхода ряда церковных документов, ознаменовавших недопустимый компромисс с властями высшей церковной власти, епископ Афанасий вместе с митрополитом Кириллом Казанским выработали церковную позицию, на которой основывали свои действия. Святитель Афанасий писал: «Мы поминали одного первоиерарха м[итрополита] П[етра] и не поминали временно за него управлявшего церковными делами, как никогда не возносилось во всей епархии имя викария, хотя бы и управлявшего епархией за отсутствующего или болеющего епарх[иального] архиерея»[29]. Не признав полномочий Заместителя Патриаршего Престола, епископ Афанасий, возвратившись из ссылки в 1933 г., написал митрополиту Сергию о своем отходе и прекратил открытые служения.
После ссылки с 1933 г. до своего нового ареста в 1936 г. Владыка жил во Владимирской области, иногда нелегально приезжая в Москву. Установилась его связь с членами церковных общин, не поминающих митрополита Сергия, в первую очередь с прихожанами храма Свт. Николая в Клённиках, а также с духовными чадами архимандрита Серафима Битюкова, протоиерея Владимира Богданова, священников Александра Гомановского, Владимира Криволуцкого, Михаила Шика и некоторых других. Службы происходили в домашних церквах, Владыкой Афанасием тайно были рукоположены во иереи Сергий Никитин, Федор Семененко и др. Рукоположение о. Федора совершалось в доме, где нелегально проживал иеромонах Иеракс (Бочаров). На этой службе была освящена икона «Всех святых, в земле Российской просиявших», написанная М. Н. Соколовой (впоследствии монахиней Иулианией). В церковных общинах Москвы, где не поминалось за богослужением имя митрополита Сергия, Владыку Афанасия считали своим епископом.
Вся жизнь Владыки протекала вдали от нормального человеческого быта, в изоляции от близких. Зырянская область, Туруханский край, Соловки, Сибирские лагеря, Беломорско–Балтийский комбинат — вот различные «этапы» жизни Владыки. Допросы, непосильный труд и бесчеловечное отношение к заключенному в лагерях отражено в письмах к властям предержащим.
В 1936 г. последовал арест, епископ был приговорен к пяти годам Беломорско–Балтийских лагерей с нелепым обвинением в связи с Ватиканом (епископ писал, что у него не было ни одного знакомого не только католического священника, но и рядового католика). В Медвежьегорском лагере, входящем в систему Белбалтлага, святитель познакомился и подружился с протоиереем Григорием Синицким[30], с которым некоторое время жил в одном бараке. Общение протоиерея Григория и епископа Афанасия началось с конца 1937 г. и продолжалось до середины 1938–го. Протоиерей Григорий писал: «Частое, по несколько раз в день, общение с Дядей [так называл он Владыку из конспирации] дает отдохновение душе». После перевода епископа Афанасия в другое место вспоминал: «Мы и говорили, и шутили, и смеялись. Обслуживали друг друга и не беспокоились о хозяйственных вещах. Все оставляли открытым»[31]. После смерти замученного в лагере протоиерея Григория Синицкого Владыка продолжал переписку с его вдовой Людмилой Ивановной и ее дочерьми Татьяной, Ольгой, Фаиной и Серафимой. Во время подготовки книги «Молитва всех вас спасет», желая помочь составителю иллюстративными материалами, внук протоиерея Григория Герман Николаевич Медведев и его супруга Нина Андреевна чудесным образом обрели в своей квартире в чемодане на антресолях переписку о. Григория с семьей, где было обнаружено 71 письмо епископа Афанасия (большинство писем опубликовано в сборнике «Молитва всех вас спасет») и семейную переписку протоиерея Григория с женой и дочерьми[32], которая также издана. Письма были свернуты в рулончики и зашиты в ткань. Развернуть рассыпавшиеся листочки стоило немалого труда.
В 1942 г. Владыку ненадолго освободили из лагеря и отправили в ссылку в Ишимскую область. В течение недолгого пребывания в ссылке Владыка пытался наладить церковную жизнь в городе, где не было ни одной церкви, совершал богослужения на дому, хлопотал через своих духовных чад об открытии храма[33].
Решение о воссоединении с Московской Патриархией созрело уже в марте 1943 г., когда стало ясно, что Местоблюстителя Патриаршего Престола митрополита Петра Крутицкого уже нет в живых.
Епископ Афанасий. 1943 г.
Тюремная фотография из следственного дела № Р-35561
В 1943 г. несмотря на перемену официальной политики в отношении Церкви не прекратились преследования церковных деятелей, находившихся в оппозиции к митрополиту Сергию (Страгородскому). В их числе был и епископ Афанасий (Сахаров). Его арест был произведен по обвинению «в проведении про–фашистской агитации и распространении провокационных слухов и участии в антисоветской агитации». В 1944 г. дела епископа Афанасия (Сахарова), епископа Василия (Преображенского), иеромонаха Иеракса (Бочарова), священника Петра Шипкова, монахини Ксении (Гришановой) и Н. В. Трапани были объединены в одно следственное производство. Следствие стремилось получить картину стройной и разветвленной организации нелегальной церковной жизни, которая возглавлялась епископом Афанасием в то время, когда большинство оппозиционных архиереев были замучены или расстреляны. Н. Г. Трапани в своих воспоминаниях о святителе Афанасии писала, что в тюрьме, куда она попала вместе с епископом, о. Петром Шипковым, иеромонахом Иераксом и монахиней Ксенией, она столкнулась с созданной ГПУ гипотезой о существовании «Антисоветского церковного подполья».
Владыке инкриминировались тайные богослужения, рукоположения, ему предъявляли обвинения в том, что в своих письмах он отвечал на текущие вопросы церковной жизни.
Приговоренный к восьми годам ИТЛ, он отбывал срок сначала в Сибирских лагерях. Здесь в 1945 г. Владыка узнал об избрании на Архиерейском Соборе Патриарха Алексия (Симанского). Сразу после получении этого известия он и другие священнослужители, близкие ему, стали возносить на своих молитвах имя Святейшего Патриарха Алексия, «как законного первоиерарха Русской Православной Церкви, признанного всеми восточными патриархами, чрез которого совершается и наше единение со Вселенскою Церковию»[34].
Последнее место заключения святителя Афанасия. Дубравлаг. Зубово-Полянский дом инвалидов. Фотография 1959 г.
С декабря 1946 по июль 1947 г. Владыка томился в Темниковских лагерях. С июня 1947 г. — в Дубровлаге. В мае 1954 г. перемещен в Зубово–Полянский дом инвалидов для заключенных, где находился до 7 марта 1955 г. О пребывании в доме инвалидов свидетель–ствует письмо Председателю Совета Министров СССР Г. М. Маленкову. Уже предельно измученный, больной святитель описывает условия, в которых жил он и другие заключенные инвалиды, среди которых было немало священнослужителей[35]. 7 марта 1955 г. Владыка был освобожден из инвалидного дома и поселился в г. Тутаеве (Романово–Борисоглебск) у своего давнего знакомого исповедника Георгия Седова, который заявил себя опекуном епископа. С 24 октября 1955 г. до дня кончины святитель прожил в г. Петушки Владимирской области.