В январе 1993 года на совместном заседании президентского совета Абхазии и парламента Конфедерации народов Кавказа Шамиля назначили командующим «экспедиционным корпусом». Ему вменялось в обязанности «координировать, объединять, направлять в одно русло и контролировать прибывающий поток чеченцев».
Басаевских «янычар» (а их было пять тысяч) отличала на той войне бессмысленная жестокость. Осенью 1993 года в окрестностях Гагры и поселка Лиселидзе сам «командующий» лично руководил карательной акцией по уничтожению беженцев. Несколько тысяч грузин были расстреляны, вырезаны сотни армянских, русских и греческих семей. По рассказам чудом спасшихся очевидцев, бандиты с удовольствием записывали на видеопленку сцены издевательств и изнасилований.
По возвращении в Чечню в феврале 1994 года Басаев занял обособленное место, на некотором удалении от тогдашних «авторитетов». В отличие от Р. Лабазанова и Б. Гантамирова, Басаев включился в борьбу за особое политическое и экономическое влияние в Чечне. Пока шли кровавые разборки, он безо всякого шума застолбил за собой такой доходный бизнес, как грабеж проходящих через республику железнодорожных составов.
Но наступил момент, когда хочешь не хочешь, а надо сделать выбор. Летом 1994 года «абхазский батальон» выступил на стороне Дудаева, яростно повел бои с группировками Руслана Лабазанова. Отряд Шамиля сыграл ключевую роль в провале попытки оппозиции штурмом взять Грозный. Наградой за эту услугу стало назначение в личную охрану Дудаева бойцов из «абхазского батальона». В Чечне это дорогого стоит.
К началу боевых действий с «федералами» под командованием Басаева было две тысячи боевиков. Но после разгрома в Ведено (май-июнь 95-го) в «батальонном» строю осталась лишь десятая часть бойцов.
Никогда не забудется Шамилю день 3 июня, когда ракетно-бомбовым ударом был уничтожен дом Басаева, в котором погибли 11 членов его семьи, в том числе официально зарегистрированная жена и дети. Через 11 дней последовал акт мести. Захват больницы в Буденновске сделал его самым знаменитым на Западе «чеченским волком», тогда как все нормальные люди с осуждением отнеслись к этой чудовищной акции.
Во время чеченской войны 1994–1996 годов Басаев занимал должности командующего Юго-восточным, а позже и Центральным фронтом. В его активе, кроме рейда на Буденновск, операция по захвату Грозного в августе 1996 года, в пассиве — позорные поражения в Ведено, Ножай-Юрте, Центорое.
Власти проявляли к нему то гнев, то милость. Басаева в упор не замечал Зелимхан Яндарбиев (сменивший убитого Дудаева), который принадлежит к конкурирующему тейпу Мелхи. Сменивший его А. Масхадов, напротив, приглашает Шамиля в правительство, на должность вице-премьера, а затем исполняющего обязанности премьера.
Но словесно-политические баталии, подковерные интриги явно тяготили опытного вояку, и он возвращается к привычному делу — со своим другом Хаттабом начинает подготовку к новой «священной» войне. С этой целью они создают «Конгресс народов Ичкерии и Дагестана», в полевых лагерях растят новых воинов-ваххабитов.
В редкие дни отдыха Шамиль наведывается в абхазский аул Лыхны, в пяти километрах севернее Гудауты, где живет его новая жена — абхазка Джения Индира с их ребенком.
У Басаева, как и у Хаттаба, был весьма прибыльный бизнес — производство и продажа наркотиков, им принадлежали плантации мака и конопли в Курчалойском, Гудермесском, Ножай-Юртовском, Веденском районах. Известно, что родной брат Шамиля — Ширвани прикупил за бесценок для расширения дела здание грозненской школы № 40. Завод огражден был колючей проволокой под электронапряжением. Германское оборудование, в консультантах — индийские профессора-фармакологи. За день предприятие «имени братьев Басаевых» могло производить до трех килограммов чистого героина, а на черном рынке один грамм этого зелья стоил 200 долларов.
Новоявленные наркобароны открыли свои «представительства» в Санкт-Петербурге, Волгограде, Краснодаре, Уфе, Калуге. Деньги текли рекой.
Но наступил «мир», и весной 1999 года, заскучав по военным делам, Шамиль послал гонцов в Албанию, чтобы предложить помощь командованию косовских боевиков. Те деликатно отказались от услуг «чеченского волка». А вот в Турции влиятельные ваххабитские лидеры сделали Басаеву такое предложение, от которого, как говорится, невозможно отказаться. Договоренность скрепила весьма крупная сумма. По словам Ахмата Кадырова (еще при А. Масхадове возглавившего в республике борьбу с ваххабизмом), еще один миллион долларов в целях «укрепления дружбы между народами» прямо накануне дагестанского похода «спонсировал» Борис Березовский.
От таких денег у кого хочешь голова пойдет кругом, но не у Басаева. Он-то прекрасно понимал: чтобы начать в Дагестане победоносный джихад («священную» войну), ему необходимо получить фетву — благословение высших духовных лиц, почитаемых в мусульманском мире.
За полтора месяца до начала августовских событий 1999 года в Ботлихском районе Басаев и Хаттаб пригласили в Грозный лидеров дагестанских ваххабитов — Тайфура Эльдарханова, Багаутдина Магомедова и упоминавшегося уже Адолло Алиева и предложили им дать фетву. Но те, предвидя ужасающие последствия, такого благословения не дали. Раздосадованные Ш. Басаев и М. Удугов тайно обратились за фетвой к известным в Дагестане алимам, но снова получили категорический отказ. Так кто же дал благословение на вторжение в соседнюю республику?
Как сообщили компетентные источники, «добро» на оккупацию Дагестана чеченские боевики получили от ярых ваххабитов со стороны — от амина Абдуль Омара из Саудовской Аравии и амина шейха Абдуллы из Пакистана.
Кто платит, тот и заказывает музыку. Согласно бухгалтерским книгам Басаева, накануне вторжения около 500 дагестанцев получили только в качестве аванса по 150 долларов каждый — за обещание влиться в ряды ваххабитов. Правда, когда «труба позвала в поход», к Шамилю пришли лишь 17 добровольцев.
Позже Басаев предпочитал раздавать по 700 долларов новообращенным «борцам за веру» непосредственно в окопах. Семьям погибших обещалась успокоительная одноразовая пенсия в 1500 «зеленых». Особые надбавки к «зарплате» устанавливались для тех, кто вел разведку, собирал сведения о перемещениях российских войск. Но при всем своем бедственном материальном положении дагестанцы (за редким исключением) отказались помогать «чеченскому Шамилю».
Басаев явно просчитался, надеясь на поддержку горцев. Против «мусульманского экспедиционного корпуса» поднялось практически все население Дагестана. Жители захваченных дагестанских сел первыми ощутили на себе все «прелести» правления сторонников «ваххабитского ислама». Чеченские «освободители» и даже женщины-чеченки из «корпуса» Басаева первым делом срывали с груди горянок традиционные мешочки с деньгами и драгоценностями. А когда «чистые» мусульмане стали убивать «нечистых» мусульман, 25 тысяч дагестанских добровольцев за считаные дни пополнили ряды народного ополчения, помогая Российской армии очистить родную землю от непрошеных гостей.