Такова была внешняя деятельность правительства Софьи. Государственные вопросы развивались своим чередом; семейная вражда в то же время шла своим чередом и сплеталась с другими обстоятельствами общественной жизни в очень сложные комбинации общественного движения в Москве.
Правила делами одна часть царской семьи, власть которой воплощала в себе Софья. Она знала, что в другой части царской семьи первым человеком была царица Наталья. Обе женщины враждовали друг против друга, сильно и сознательно вдохновляли ненависть к врагу и своих близких. Одна (Софья) жила настоящим, знала, что власть ее падет скоро, с совершеннолетием Петра, и не желала этого. Другая (Наталья Кирилловна) была лишена власти, была в опале и знала, что скоро сын возвратит ей надлежащее место во дворце; все ее надежды были в будущем. Семейная вражда породила две враждебные партии людей, связавших себя с той или другой частью царской семьи и враждовавших из-за влияния, из-за карьеры и личного возвышения. Эта борьба была уже не семейной, но политической враждой. Личное чувство любви поставило Голицына около Софьи; он не чувствовал ненависти к Нарышкиным, но сознание, что они считают его своим врагом и в будущем не пощадят, заставляло его в отчаянии желать вслух смерти царицы Натальи. Но с начала и до конца он не был активным участником борьбы, стоял далеко не в центре политических интриг. Вел интригу Шакловитый, человек безнравственный и злобный, службой Софье строивший свою личную карьеру. Шакловитый спокойно выражал сожаление, что не все Нарышкины побиты в 1682 г.; он старательно стремился поправить такую ошибку и при случае уничтожить врагов, укрепить Софью на престоле, а себя — на службе. И много лиц мечтали, как он, помогая Софье, устроиться сами. На противоположной стороне, у Натальи Кирилловны, было не меньше друзей. Во главе ее партии стояли два человека: брат царицы Лев Кир. Нарышкин, сдержанный, умный, но малообразованный и не привыкший к широкой деятельности человек, и князь Борис Алексеевич Голицын, «дядька» (т. е. воспитатель) Петра. Это был человек, по образованию мало уступавший своему двоюродному брату, князю В. В. Голицыну. Не уступал он ему и умом, и общей нравственной высотой, но был жертвой грустной привычки — пьянства.
Бояре в ссоре упрекали его, что он «весь налит вином», в народе шел говор, что князь Борис «и государя (т. е. Петра) пить научил». Слабость эта много мешала ему и в жизни, и в службе; однако, охраняя интересы Петра против Софьи, князь Борис явился боевым руководителем партии Нарышкиных и доставил Петру победу в последнем столкновении 1689 г. Партия Нарышкиных, как и партия Софьи, имела многих приверженцев во всех слоях общества, даже среди бывших помощников Милославских стрельцов. И чем ближе подходило время совершеннолетия Петра, тем более примыкало к партии Нарышкиных дальновидных людей, предвидевших, в чью пользу разрешится семейно-политическая борьба.
В 1689 г., когда Петру минуло 17 лет, он мог уже, как взрослый, упразднить регентство Софьи. Неудача второго Крымского похода 1689 г. возбудила обшее недовольство и дала удобный повод к действиям против нее. Соображая эти обстоятельства, партия Петра приготовилась действовать; руководителем в этих приготовлениях, по довольно распространенному мнению, был князь Б. Голицын.
Но прямо начать дело против Софьи не решались. В то же время и Софья, понимая что время близится к развязке, что следует отдать власть Петру, и не желая этого, не решалась на какие-нибудь резкие меры для укрепления себя на престоле. Ей очень хотелось из правительницы стать «самодержицей», иначе говоря, венчаться на царство. еще с 1687 г. она и Шакловитый думали достигнуть этой цели помошью стрелецкого войска. Но стрельцы не хотели поднимать новый бунт против Нарышкиных и требовать незаконного восшествия на престол Софьи. Лишенная в этом деле сочувствия стрельцов, Софья отказывается от мысли о венчании, но решается самозванно именовать себя «самодержицей» в официальных актах. Узнав об этом, Нарышкины громко протестуют: раздается ропот и в народе против этого нововведения. Чтобы удержать власть, Софье остается одно: привлечь к себе народную симпатию и в то же время возбудить народ против Петра и Нарышкиных. Вот почему и Софья, и ее верный слуга Шакловитый жалуются народу на своих противников и употребляют все средства, чтобы поссорить с ними народ, особенно стрельцов. Но стрельцы весьма мало поддавались речам Софьи, и это лишало ее храбрости. Со страхом следила она за поведением Нарышкиных и ждала от них нападения. Отношения двух сторон с часу на час обострялись.
Петр, вызванный матерью из Переяславля в Москву летом 1689 г., начал показывать Софье свою власть. В июле он запретил Софье участвовать в крестном ходе, а когда она не послушалась, сам уехал, устроив таким образом сестре гласную неприятность. В конце июля он едва согласился на выдачу наград участникам Крымского похода и не принял московских военачальников, когда они явились к нему благодарить за награды. Когда Софья, напуганная выходками Петра, стала возбуждать стрельцов с надеждой найти в них поддержку и защиту, Петр не задумался арестовать на время стрелецкого начальника Шакловитого.
Петр или, вернее, руководившие им лица опасались стрелецкого движения в пользу Софьи. Находясь в Преображенском, они внимательно следили за положением дел и настроением стрельцов в Москве через преданных им лиц. В то же время и Софья боялась дальнейших неприятностей со стороны Петра и посылала в Преображенское своих лазутчиков. Отношения к началу августа 1689 г. стали до того натянуты, что все ждали открытого разрыва; но ни та, ни другая сторона не хотели быть начинающей, зато обе старательно приготовлялись к обороне.
Разрыв произошел таким образом: 7 августа Софья собрала в Кремле значительную вооруженную силу. Говорят, что ее напугал слух о том, что в ночь 7 на 8 августа Петр с потешными явится в Москву лишит Софью власти. Стрельцов, призванных в Кремль, волновали в пользу Софьи и против Петра несколько преданных правительнице лиц. Видя военные приготовления в Кремле, слыша зажигательные речи против Петра, приверженцы царя (в числе их были и стрельцы) дали ему знать об опасности. Но они преувеличил опасность и сообщили Петру, что на него с матерью стрельцы «идут бунтом» и замышляют на них смертное «убийство». Петр прямо с постели бросился на лошадь и с тремя провожатыми ускакал из Преображенского Троицкую Лавру. В следующие дни, начиная с 8 августа, в Лавру съехались все Нарышкины, все бывшие на стороне Петра знатные и чиновные лица; явилась вооруженная сила — потешные и Сухарев стрелецкий полк. С отъездом Петра и его двора в Лавру настал открытый разрыв.
Из Лавры Петр и руководящие им лица потребовали от Софьи отчета в вооружениях 7 августа и присылки депутаций от всех стрелецких полков. Не отпустив стрельцов, Софья отправила к Петру патриарха Иоакима как посредника для перемирия. Но преданный Петру патриарх не вернулся в Москву. Петр вторично потребовал представителей от стрельцов и от тяглых людей Москвы. На этот раз они явились в Лавру наперекор желаниям Софьи. Видя, что сопротивляться Петру невозможно, что в стрельцах нет поддержки, Софья сама едет к Троице мириться с Петром. Но ее возвращают с дороги именем Петра и угрозой, если она приедет к Троице, обойтись с нею «нечестно». Возвратясь в Москву, Софья пробует поднять стрельцови народ на Петра, но терпит неудачу. Стрельцы сами заставляют Софью выдать Петру Шакловитого, которого он потребовал. Лишается Софья и князя В. В. Голицына; после выдачи Шакловитого Голицын добровольно явился в Лавру и ему от Петра была объявлена ссылка в Каргополь (позднее Пинегу) за самоуправство в управлении и за нерадение в Крымском походе. Шакловитый подвергся допросу и пытке, повинился во многих умыслах против Петра в пользу Софьи, выдал много единомышленников, — но не признался в умысле на жизнь Петра. С некоторыми близкими ему стрельцами он был казнен (11 сентября). Не избег казни и преданный Софье Сильвестр Медведев. Обвиненный как еретик и государственный преступник, он сперва был приговорен к ссылке, но позднее (1691), вследствие новых на него обвинений, казнен.
Вместе с участью друзей Софьи решалась и ее участь. Расправляясь с этими друзьями, Петр написал своему брату Ивану письмо о своих намерениях: «Теперь, государь братец, настает время нашим обоим особам Богом врученное нам царство править самим, понеже пришли есмы в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу, сестре нашей, с нашими двумя мужескими особами, в титлах и в расправе дел быти не изволяем… Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте, тому зазорному лицу государством владеть мимо нас». Так высказывал Петр свое желание отстранить Софью и вступить во власть; а немного позднее этого письма Софья получила от Петра прямое приказание идти в монастырь. Повинуясь необходимости, она переехала на житье в Новодевичий монастырь (под Москвой), но в монахини не постриглась.