Главным представителем этой партии была царевна Софья, ученица Симеона Полоцкого, личность безусловно умная и энергичная, которой душно было в тесной полумонашеской обстановке, окружавшей московских царевен; образование расширило ее умственный кругозор, выработало в ней широкие запросы жизни а отсутствие стесняющего внешнего авторитета родительской власти позволило Софье искать ответы на эти вопросы вне терема. Она тесной сердечной связью сблизилась с замечательнейшей личностью того времени, князем В. В. Голицыным, и вмешивалась в обшественную жизнь. Кровными узами привязанная к дворцовой партии Милославских, Софья прониклась ее интересами. Как сильная и страстная натура, она лучше и сильнее всех чувствовала эти интересы и стала руководительницей этой партии. Противники (т. е. Нарышкины, и более всех Наталья Кирилловна) были ей ненавистны, как обидчики ее и ее родных. В то же время очень развитое честолюбие Софьи показывало ей возможность в случае воцарения Ивана стать во главе государства опекуншей неспособного брата, заменить ему мать, управлять государством. С воцарением Петра место это было занято Натальей Кирилловной, которая видела, конечно, в Софье свою соперницу; отсюда взаимная ненависть мачехи и падчерицы. Кроме Софьи у Милославских был другой способный человек, И. М. Милославский, падкий на интригу, изворотливый и лишенный твердых нравственных понятий. За Иваном Милославским стоял родовитый князь И. А. Хованский, который не столько дружил с Милославскими, сколько не любил их противников. Но Хованский и Голицын не были деятельными участниками той политической интриги, которая была ведена в мае 1682 г. преимущественно Софьей и Милославскими против Нарышкиных.
В последние дни царя Федора и в первые дни царствования Петра московские стрельцы пришли в некоторое движение. Стрелецкое войско было сформировано в полки, носившие название по фамилиям полковников. Жило оно отдельно от прочего населения Москвы, в особых «стрелецких слободах» в разных частях города. И сами стрельцы, и их семьи помимо службы занимались промыслами и мелкой торговлей. Поэтому стрельцы, имея военную организацию, в то же время не были замкнуто живущим военным сословием, а сохраняли живые связи с остальным московским населением. В начале 1682 г. главным начальником стрелецкого войска был князь Юрий Алексеевич Долгорукий, «развалина от старости и паралича», как характеризует его С. М. Соловьев. Он не мог поддержать должной дисциплины. Полковники стрелецкие начали притеснять стрельцов, стрельцы на злоупотребления властью отвечали нарушением порядка. В грубой форме заявляют они протест против притеснений, подавая с ругательствами челобитья на начальников и употребляя силу для освобождения наказанных товарищей. Это движение началось еще при Федоре, а при новом правительстве выразилось довольно резко: сразу от 16 полков подана была во дворец челобитная на полковников с угрозой, если не накажут полковников, расправиться с ними самосудом. Правительство Натальи Кирилловны сделало промах: вместо спокойного расследования дела оно с испуга уступило стрельцам и, уволив полковников, взыскало с них все денежные к ним претензии стрельцов. Уступка разнуздала стрельцов окончательно, дисциплины не стало, самосудом расправлялись они со всеми неприятными им начальниками. Полный беспорядок царил в слободах. С переменой правительства стрельцы почувствовали, что они сила, которую боятся даже во дворце.
Всеми этими обстоятельствами воспользовалась партия Милославских, чтобы направить движение в свою пользу, сообщить ему политический характер, которого оно до сих пор не имело. Через преданных себе стрельцов эта партия постаралась возбудить неудовольствие полков против правительства Петра, I перенести их внимание от своих стрелецких дел на политическое положение. Стрельцы усердней рассказывали, что за малолетним Петром стоят бояре-«изменники», которые не хотят ему добра и государством управляют в свою пользу, а другим во вред; эти изменники злоумышляют на царскую семью, т. е. на царя Ивана и на Милославских. Стрельцы верили всем этим слухам и главными изменниками считали (конечно, но наущению Милославских) Матвеева, Нарышкиных и Языкова. Они явно грозили «свернуть шею» этим лицам и готовы были стать за царя и за благополучие царской семьи. Милославским таким образом, удалось настроить стрельцов против своих политических противников. Между стрельцами был распространен список изменников, которых следовало истребить, но Милославские ждали еще приезда в Москву опаснейшего своего противника Матвеева, чтобы истребить и его, и потому удерживали стрельцов от решительных действий. Матвеев приехал 11 мая и хотя был предупрежден о волнениях стрельцов, но не придал им большого значения и не принял предосторожностей.
15 мая произошел так называемый стрелецкий бунт. Милославские дали знать утром этого дня в стрелецкие слободы, что изменники задушили царя Ивана. Стрельцов звали в Кремль. В боевом порядке выступили стрелецкие полки в Кремль, успели занять кремлевские ворота, прекратили сношения Кремля с остальным городом и подошли ко дворцу. Во дворце собрались, услыша о приближении стрельцов, бояре, бывшие в Кремле, и патриарх. Из криков стрельцов они знали, зачем явилось стрелецкое войско, знали, что они считали царя Ивана убитым. Поэтому на дворцовом совете было решено показать стрельцам и Ивана, и Петра, чтобы сразу убедить их в полном отсутствии всякой измены и смуты во дворце. Царица Наталья вывела обоих братьев на Красное крыльцо, и стрельцы, вступив в разговор с самим Иваном, услышали от него, что «его никто не изводит, и жаловаться ему не на кого». Эти слова показали стрельцам, что они жертва чьего-то обмана, что изменников нет и истреблять некого. Старик Матвеев умелой и сдержанной речью успел успокоить стрельцов настолько, что они хотели разойтись. Но Михаил Юрьевич Долгорукий испортил дело. Будучи, после отца своего Юрия, вторым начальником Стрелецкого приказа и думая, что теперь стрельцы смирились совсем, он отнесся к толпе с бранью и грубо приказывал ей расходиться. Стрельцы, рассердясь и подстрекаемые людьми из партии Милославских, бросились на него, убили его и, опьяненные первым убийством, бросились во дворец искать других «изменников». Матвеева они схватили на глазах царицы Натальи и Петра (некоторые рассказывали, что даже выхватили из их рук) и рассекли на части; за Матвеевым были схвачены и убиты бояре князь Ромодановский, Аф. Кир. Нарышкин и другие лица. Особенно искали стрельцы ненавистного Милославским Ив. Кир. Нарышкина, способнейшего брата царицы, но не нашли, хотя обыскали весь дворец.
Убийства совершались и вне дворца. В своем доме был убит князь Юрий Долгорукий. На улице схвачен и потом убит Ив. Макс. Языков, представитель третьей дворцовой партии. Над трупами убитых стрельцы ругались до позднего вечера и, оставив караул в Кремле, разошлись по домам.
16 мая возобновились сцены убийства. Стрельцы истребили всех тех, кого сторона Милославских считала изменниками. Но желаемого Ив. Кир. Нарышкина не нашли и в этот день — он искусно прятался во дворце. 17 мая утром стрельцы настоятельно потребовали его выдачи, как последнего уцелевшего изменника. Чтобы прекратить мятеж, во дворце нашли необходимым выдать Ивана Кирилловича. Он причастился и предался стрельцам, его пытали и убили. Этим окончился мятеж.
Петр и его мать были потрясены смертью родных, ужасами резни, которая совершалась на их глазах, и оскорблениями, которые получали они от грубых стрельцов. Около них не осталось ни одного помощника и советника: все их сторонники были истреблены, а уцелевшие попрятались. У Милославских, таким образом, исчезли их политические противники. Хозяевами дел становились теперь они, Милославские; представительницей власти стала Софья, потому что Наталья Кирилловна удалилась от дел. В те дни ее грозили даже «выгнать из дворца». Вступление во власть со стороны Милославских выразилось тотчас же после бунта тем, что места, занятые прежде в высшей московской администрации людьми, близкими к Нарышкиным, еще до окончания бунта перешли к сторонникам Софьи. Князь В. В. Голицын получил начальство над Посольским приказом; князь Ив. Андр. Хованский с сыном Андреем стали начальниками Стрелецкого приказа (т. е. всех стрелецких войск). Иноземский и Рейтарский приказы подчинены были Ив. Мих. Милославскому.
Но, завладев фактически властью, уничтожив одних и устранив от дел других своих врагов, Софья и ее сторонники не заручились еще никаким юридическим основанием своего господствующего положения. Таким юридическим основанием могло быть воцарение царя Ивана и передача опеки над ним какому-нибудь лицу его семьи. Этого Софья достигла с помощью тех же стрельцов. Конечно, по наущению ее сторонников, стрельцы били челом о том, чтобы царствовал не один Петр, а оба брата. Боярская дума и высшее духовенство, боясь повторения стрелецкого бунта, 26 мая провозгласили первым царем Ивана, а Петра — вторым. Немедленно затем стрельцы били челом о том, чтобы правление поручено было, по молодости царей, Софье. 29 мая Софья согласилась править. Мятежных, но верных ей стрельцов Софья угощала во дворце. Таким образом партия Софьи достигла официального признания своего политического главенства.