В своем выступлении Беннигсен объявил, что отступление делает совершенно бессмысленным кровопролитие в Бородинском сражении. По его словам, сдача священного города подорвет боевой дух солдат российской армии. Велики будут и чисто материальные потери от разорения дворянских имений. После того как большинство участников совета признали выбранную Беннигсеном позицию невыгодной, последний предложил, несмотря на наступавшую темноту, перегруппироваться и двинуться навстречу Великой армии Наполеона.
Предложение Беннигсена поддержали генералы Ермолов, Коновницын и Уваров. Дохтуров выступил против атаки, но счел возможным дать сражение на позиции между Филями и Воробьевыми горами.
В прениях первым выступил Барклай-де-Толли, подвергший критике позицию армии под Москвой и предложивший отступать: «Сохранив Москву, Россия не сохраняется от войны, жестокой, разорительной. Но сберегши армию, еще не уничтожаются надежды Отечества, и война… может продолжаться с удобством: успеют присоединиться в разных местах за Москвой приготовляемые войска».
Позицию Барклая-де-Толли поддержали генералы Остерман-Толстой, Раевский и полковник Толь. В частности, последний указывал, что истощенная в бородинском сражении армия не готова к новому столь же масштабному бою, тем более что многие командиры выведены из строя ранениями. При этом все понимали, что отступление армии по улицам Москвы произведет тягостное впечатление на горожан. На это Кутузов возразил, что «армия французская рассосётся в Москве, как губка в воде», и предложил отступать на рязанскую дорогу.
По версии А. Михайловского-Данилевского, опираясь на мнение меньшинства присутствующих и завершая спор, Кутузов поддержал мнение Барклая. Он решил не давать сражения на неудачной позиции и оставить Москву (ибо, по его словам, повторявшим мнение Барклая-де-Толли, «с потерянием Москвы не потеряна еще Россия»), чтобы сохранить армию для продолжения войны, а заодно соединиться с подходящими резервами.
Коновницын позднее вспоминал, что от решения отступать у всех генералов волосы встали дыбом, ибо все время после Бородинской битвы Кутузов объяснял отступление поиском новой удобной позиции для еще одного сражения. А теперь он приказал сдать Первопрестольную без боя.
Имеются воспоминания о том, что ночью адъютант Кутузова будто бы слышал, как тот плакал. После этого российской армии, которая еще днем перед этим готовилась к бою, был отдан приказ отступать. Это вызвало всеобщее недоумение и ропот.
Генерал от инфантерии Дохтуров, который на совете поддержал идею нового боя под Москвой, писал в письме жене: «Я, слава Богу, совершенно здоров, но я в отчаянии, что оставляют Москву. Какой ужас! Мы уже по сю сторону столицы. Я прилагаю все старание, чтобы убедить идти врагу навстречу… Какой стыд для русских покинуть Отчизну без малейшего ружейного выстрела и без боя. Я взбешен, но что же делать? Следует покориться, потому что над нами, по-видимому, тяготеет кара Божья. Не могу думать иначе. Не проиграв сражения, мы отступили до этого места без малейшего сопротивления. Какой позор! Теперь я уверен, что все кончено, и в таком случае ничто не может удержать меня на службе».
Несомненно, решение оставить Москву требовало необыкновенного мужества, поскольку мера ответственности за сдачу исторической столицы неприятелю была очень велика и могла обернуться для главнокомандующего отставкой. Тем более, никто не мог предсказать, как это решение будет воспринято при императорском дворе.
По окончании военного совета Кутузов вызвал к себе генерал-интенданта Д. Ланского и поручил ему обеспечить подвоз продовольствия на рязанскую дорогу. Чтобы избежать возмущения и паники жителей Москвы, отступление через город производилось ночью. Стоит отметить, что решение об отступлении застало врасплох и московские власти во главе с графом Ростопчиным.
4 (16) сентября Кутузов писал Александру I: «Осмеливаюсь, всеподданнейше донести вам, Милостивый Государь, что вступление неприятеля в Москву не есть еще покорение России… Теперь в недальнем расстоянии от Москвы, собрав мои войска, твердою ногою могу ожидать неприятеля, и пока армия Вашего Императорского Величества цела и движима известною храбростию и нашим усердием, дотоле еще возвратная потеря Москвы не есть потеря отечества. Впрочем, Ваше Императорское Величество, всемилостивейше согласиться изволите, что последствия сии нераздельно связаны с потерею Смоленска и с тем расстроенным совершенно состоянием войск, в котором я оные застал».
По сути, решение оставить Москву вело к падению авторитета не только главнокомандующего Кутузова, но и самого Александра I. Об этом свидетельствует, прежде всего, письмо великой княгини Екатерины Павловны к императору: «Мне невозможно далее удерживаться, несмотря на боль, которую я должна вам причинить. Взятие Москвы довело до крайности раздражение умов. Недовольство дошло до высшей точки, и Вашу особу далеко не щадят. Если это уже до меня доходит, то судите об остальном. Вас громко обвиняют в несчастье, постигшем Вашу империю, во всеобщем разорении и разорении частных лиц, наконец, в том, что Вы погубили честь страны и Вашу личную честь. И не один какой-нибудь класс, но все классы объединяются в обвинениях против Вас. Не входя уже в то, что говорится о том роде войны, которую мы ведем, один из главных пунктов обвинений против Вас – это нарушение Вами слова, данного Москве, которая Вас ждала с крайним нетерпением, и то, что Вы ее бросили. Это имеет такой вид, что Вы ее предали. Не бойтесь катастрофы в революционном роде, нет. Но я предоставляю Вам самому судить о положении вещей в стране, главу которой презирают… На Вас жалуются и жалуются громко. Я думаю, мой долг сказать Вам это, дорогой друг, потому что это слишком важно. Что Вам надлежит делать, – не мне Вам это указывать, но спасите Вашу честь, которая подвергается нападениям…».
В своем обстоятельном ответе Александр I писал следующее: «Нечего удивляться, когда на человека, постигнутого несчастьем, нападают и терзают его. Что лучше, чем руководствоваться своими убеждениями? Именно они заставили меня назначить Барклая главнокомандующим 1-й армией за его заслуги в прошлых войнах против французов и шведов. Именно они говорят мне, что он превосходит Багратиона в знаниях. Грубые ошибки, сделанные сим последним в этой кампании и бывшие отчасти причиной наших неудач, только подкрепили меня в этом убеждении». Далее император обосновывает причины назначения главнокомандующим именно Кутузова: «В Петербурге я нашел всех за назначение главнокомандующим старика Кутузова – к этому взывали все. Так как я знаю Кутузова, то я противился сначала его назначению, но когда Ростопчин в своем письме ко мне от 5 августа известил меня, что и в Москве все за Кутузова, не считая ни Барклая, ни Багратиона годными для главного начальства, и когда Барклай, как нарочно, делал глупость за глупостью под Смоленском, мне не оставалось ничего иного, как уступить общему желанию – и я назначил Кутузова». Исходя из этого, можно сделать вывод, что император учитывал, прежде всего, общественное мнение при назначении главнокомандующим Кутузова.
После решения оставить Москву российская армия совершила два дневных перехода и свернула с Рязанской дороги к Подольску на старую Калужскую дорогу, а оттуда – на новую Калужскую. Поскольку часть казаков продолжала отступать на Рязань, французские лазутчики были дезориентированы и Наполеон в течение 9 дней не имел представления о местонахождении русских войск.
Реакция простых жителей города после отступления армии за Москву, по словам С. Маевского, состоявшего при корпусе генерала российской армии А. Розенберга, была следующей: «С рассветом мы были уже в Москве. Жители ее, не зная еще вполне своего бедствия, встречали нас как избавителей; но узнавши, хлынули за нами целою Москвою! Это уже был не ход армии, а перемещение целых народов с одного конца света на другой».
Подпрапорщик и будущий декабрист И. Якушкин писал об оставлении местным населением родного города: «Не по распоряжению начальства жители при приближении французов удалялись в леса и болота, оставляя свои жилища на сожжение. Не по распоряжению начальства выступило все народонаселение Москвы вместе с армией из древней столицы. По Рязанской дороге, направо и налево, поле было покрыто пестрой толпой, и мне теперь еще помнятся слова шедшего около меня солдата: “Ну, слава Богу, вся Россия в поход пошла!”. В рядах между солдатами не было уже бессмысленных орудий; каждый чувствовал, что он призван содействовать в великом деле…».
При эвакуации катастрофически не хватало лошадей, а те, кому они доставались, часто быстро их лишались: «При выезде из заставы я приобрел себе дорожных товарищей, – отмечал участник ополчения, писатель И. Лажечников, – шесть или семь дюжих мужичков. Они не преминули упрекнуть меня за оставление Первопрестольной столицы, и если б не быстрота лошадей в моей повозке, мне пришлось бы плохо».