В 1854 г. по распоряжению турецкого правительства Сефербей прибыл в Сухуми с поручением собрать крупные силы горцев и направить их в Западную Грузию для присоединения к Батумскому корпусу. Горцы не пожелали собирать ополчение и отсылать его на чужбину, оставляя без защиты свой край. Кроме того, представители простых сословий крайне подозрительно отнеслись к деятельности Сефер–Бея, опасаясь, что он восстановит старинные права их владельцев. С другой стороны, начавшаяся неприкрытая политическая борьба между ним и Магсмед–Амином за власть над черкесским народом, расколола и без того шаткое единство горцев. Дело началось с взаимных обвинений в провале мобилизации горцев перед турецким правительством и закончилось рядом вооруженных конфликтов. Так, в мае 1856 г. Магомед–Амин, поддерживаемый абадзехами, собрал огромный отряд и привел его к р. Супе, которая являлась границей между шапсугами и бжедугами. Туда же прибыл и Сефер–Бей с шапсугами и натухайцами. Несколько дней продолжались переговоры и взаимные угрозы, закончившиеся восьмичасовой перестрелкой. С той и с другой стороны были убиты по три человека и раненые.
Эти и другие обстоятельства объясняют пассивность, которую 1,'орцы проявили в первые годы Крымской войны. Они рассчитывали на поддержку Турции и союзников и не понимали, почему их защитники сами просят у них помощи в борьбе с Россией. Видя со стороны Турции и союзников только постоянную агитацию и обещания, горцы с большой осторожностью относились к попыткам склонить их к решительным действиям протиз русских войск. Боясь потерять свою независимость, они не поддержали планы союзников в Крымской войне.
После окончания Крымской войны по Парижскому трактату в 1856 г. Россия получила обратно Черноморское побережье Кавказа, но в силу того, что Черное море было объявлено нейтральным, позиции России на Черноморском побережье были ослаблены. Неудивительно, что вновь здесь процветали работорговля и контрабанда. В 1857 г. возобновилось хрейсирование русских военных судов по побережью, однако силы русского флота были настолько малы, что не удавалось воспрепятствовать контрабандной доставке сюда пороха, свинца и оружия для новых вооруженных конфликтов. Союзные державы продолжали вести свою подстрекательскую деятельность на Кавказе. В сложившейся сложной ситуации перед царским правительством встал вопрос о покорении Северо–Западного Кавказа.
В 1856 г. главнокомандующим Кавказской армией был назначен князь Барятинский. С его приходом наступил новый этап в покорении Западного Кавказа. Он считал единственно действенным средством колонизацию обоих склонов Кавказского хребта и выселение горцев на прикубанскую плоскость.
Летом 1859 г. русские войска окружили аул Гуниб и взяли в плен Шамиля.
После покорения Восточного Кавказа русские войска начали стягиваться в Кубанскую область.
Для более успешных действий против горцев были сформированы новые отряды. В декабре 1859 г. войска Адагумского отряда прошли по землям натухайцев и привели их к присяге на верность русскому правительству. В начале 1860 г. адагумский отряд предпринял боевые действия на землях шапсугов, а в апреле приступил к устройству Адагумской оборонительной линии. В течение лета этот отряд провел рейды в долинах рек Шепша, Коафо, Абина и Бугундыря, а в сентябре перешел главный Кавказский хребет и спустился к геленджикской бухте.
Наступательные действия в землях шапсугов вели главный, средний и промежуточные Шапсугские отряды. Против абадзехов действовал нижний абадзехский отряд. Абадзехам и бесленеевцам было предложено уступить земли для казачьих поселений и готовиться к переселению на равнинную часть Кубанской области.
Командующий войсками Кубанской области генерал Евдокимов объявил, что военные действия будут вестись непрерывно, даже зимою, а в войне с горцами придется использовать не только оружие, но еще топор и лопату. Началась разработка дорог и рубка просек для устройства прямого сообщения. Военно–тактической целью этих акций было выселение горцев на равнинную часть, где их аулы окружались цепью казачьих станиц, способных пресечь всякие выступления горцев против колониальной политики царизма.
18 сентября 1861 г. граф Евдокимов доложил Александру II, прибывшему на Кубань, план покорения Западного Кавказа, рассчитанный на пять лет. Евдокимов подчеркивал, что «лучше потерять… одно поколение, чем, затянув медлейными действиями войну, терять постепенно».
К этому времени сопротивление горцев было сломлено и они готовы были покориться русскому правительству. В декабре 1859 г. скончался Сефер–Бей Зан, в этом же году Магомед–Амин после поражения Шамиля пришел к выводу о бесполезности дальнейшей борьбы с Россией и вместе с абадзехами сдался русским войскам. Шаг его был высоко оценен правительством Александра II. Он был лично принят императором в Петербурге и пожалован пожизненной пенсией в размере 3 тыс. рублей ежегодно.
Казалось бы, что со смертью Сефер–Бея и капитуляцией Магомед–Амина прекратятся боевые действия и горцы признают власть России, но этого не произошло.
После смерти Сефер–Бея его преемником стал сын Карабатыр. Летом 1861 г. к нему из Константинополя прибыло «посольство» в составе капитана турецкой службы Смеля (родом убых), эфенди Гасана (родом шапсуг) и одного английского офицера. Они разослали воззвание ко всем народам Западного Кавказа, в котором говорилось, что правительства Англии, Франции и Турции уполномочили их объявить всем черкесам, что государства эти обещают им покровительство и защиту от притеснений России и силою оружия заставят ее признать независимость Черкесии, если только черкесы соединят свои силы и составят общий союз для борьбы с ней.
Вновь авантюрные планы Турции и ее союзников всколыхнули часть горского населения. На р. Пшиш состоялось большое народное собрание из представителей шапсугского, абадзехского и убыхского племен, на котором было решено учредить Центральное управление черкесским народом, состоявшее из пятнадцати старшин. Это вновь образованное бутафорское правительство, не обладая реальной властью над всеми горскими народами, надеясь на помощь Англии и Турции, не смогло объединить под своим началом крупные военные силы. Турция и союзные государства вновь не оказали обещанной ими эффективной помощи, разыгрывая в очередной раз политическую игру, жертвой которой в конечном итоге оказались доверчивые на обещания горцы.
В начале 1862 г. военные действия были перенесены и в земли абадзехов. В районе рек Дахо и Белая действовал даховский отряд. Вверх и вниз по реке Пшехе наступал пшехский отряд.
В 1863 г. войска Адагумского отряда заняли шапсугские земли до р. Иля и перенесли действия на южный склон хребта. Даховский и пшехский отряды завладели нагорной частью до р. Пшехи и верхнего течения Пшиша. Малолабинский и хамышеевский отряды овладели подступами с южного склона хребта на Белореченскую линию. Для прикрытия новых поселений были устроены Абйнская, Хабльская, Шепская, Курджипская, Пшепская и Пшишская кордонные линии.
В начале 1864 г. северные предгорья Кавказского хребта полностью захватили царские войска. После разгрома (март 1864 г.) генералом Гейманом убыхов в селении Сочи к графу Евдокимову прибыли депутаты последних непокорных племен Западного Кавказа. Они объявили, что войну вести больше не хотят и желают переселиться в Турцию.
Осталось непокоренным лишь общество Ахчипсу, располагавшееся в труднодоступной котловине, образуемой течениями р. Мзымты на Южном склоне. Против него было двинуто четыре отряда. 20 мая все они собрались вместе в урочище Кбааде. Здесь 21 мая и было отпраздновано окончание многолетней войны.
Царская администрация на Северном Кавказе приступила к переселению горцев из горной части Кубанской области на равнинную часть, заселяя освобожденные земли казаками и переселенцами. Так, только за четыре года после окончания боевых действий на территории Закубанья было поселено 111 казачьих станиц с 3 поселками, в которых насчитывалось 14 396 семейств. Основная цель этой акции заключалась в том, чтобы закрепиться на территории Северного Кавказа и обезопасить свои границы в случае возникновения новой войны с Турцией.
Переселение на равнинную часть горцы встретили неоднозначно. Одни смирились с этим, другие уходили в Турцию под предлогом совершения хаджа в святые места. Эмиграция приняла массовый характер. Под воздействием турецких агитаторов, обещавших помощь и покровительство турецкого султана, тысячи горцев начали покидать свою родину. Так, с 1859 по 1864 гг. с территории Западного Кавказа переселились в Турцию около 307 тыс. черкесов. Возможно, эта цифра была меньше реальной, так как нередко горцы уходили без официальных разрешений властей. Горцы отправлялись через порты Новороссийск, Тамань, Туапсе, Анапу, Батуми, Сухуми.