В ноябре 332 г. он пришел в Египет. Народ встретил его как освободителя, и персидский сатрап Мазак предпочел сдаться. В Мемфисе Александр принес жертву священному быку египтян Апису и был коронован традиционной двойной короной фараонов; в результате местные жрецы были умиротворены, а их религия получила поддержку власти македонского царя. Зиму он провел, занимаясь административным устройством Египта, назначая наместников провинций из местной знати, держа, однако, армейские отряды в городах в постоянной готовности под командованием преданных македонцев. Он основал город Александрию в устье западного рукава Нила, а также отправил экспедицию в верховья реки, чтобы выяснить причины постоянного летнего разлива Нила. Из Александрии он пошел вдоль моря к Паретонию, а оттуда с небольшим отрядом в глубь пустыни, чтобы посетить Сиутский оазис, где находился знаменитый оракул бога Амона. Жрецы Амона встретили Александра традиционным приветствием, как фараона, сына Амона. Александр задал прорицателю ряд вопросов об успехе своего похода, но не получил ответа ни на один из них. Однако все равно использовал это посещение с большой выгодой для себя. Позже этот случай способствовал возникновению истории о том, что он был признан сыном Зевса, и тем самым его «обожествлению». Весной 331 года он вернулся в Тир, назначил наместником Сирии знатного македонца Асклепиодора и приготовился выступить в глубь персидской державы, в Месопотамию. С завоеванием Египта его власти на всем восточном побережье Средиземного моря более ничего не угрожало; она была полной.
От Гавгамел до смерти Дария. В июле 331 г. Александр находился в Фапсаке, на реке Евфрат. Вместо прямого пути вниз по реке до Вавилона он выбрал путь через Северную Месопотамию к реке Тигр. Дарий, узнав об этом от своего полководца Мазея, посланного с передовым отрядом к месту переправы через Евфрат, прошел вверх по Тигру, чтобы ему помешать. На равнине у Гавгамел, между Ниневией и Арбелами, произошла решающая битва этой войны. Александр преследовал разбитую армию персов тридцать пять миль до Арбел, но Дарий со своей бактрианской конницей и греческими наемниками скрылся в Мидии.
Александр занял и провинцию, и город Вавилон. Сдавший город Мазей был утвержден на посту сатрапа вместе с македонским военным командующим и в порядке исключения получил даже право чеканить монеты. Такое же поощрение получило в Египте местное жречество. Столица Персии Сузы сдалась без сопротивления, и здесь Александр захватил огромные сокровища. В столице Александр оставил захваченную еще при Иссе семью Дария. Затем, разгромив горные племена уксиев, он прошел через перевалы хребта Загр в Центральную Персию и, успешно обойдя горный проход Персидские врата, удерживаемые сатрапом Ариобарзаном, захватил Персеполь и Пасаргады.
В Персеполе он торжественно сжег дотла дворец Ксеркса как символ того, что панэллинистическая война отмщения за поруганные ранее греческие святыни подошла к концу: таким представляется вероятное значение этого поступка, который позже предание объясняет как совершенный в состоянии пьяного веселья и вдохновленный афинской куртизанкой Таис. Весной 330 г. македонец двинулся в Мидию и занял ее столицу Экбатаны. Здесь он отпустил многих воинов фессалийцев и греческих союзников домой, щедро наградив их. С этого времени он постоянно подчеркивает, что ведет чисто личную войну против Дария.
Назначение Мазея сатрапом Вавилона говорило о том, что взгляды Александра на империю меняются. Он стал привлекать к управлению огромной захваченной территорией не только македонцев, но и местную знать, персов, и это послужило причиной растущего непонимания между ним и его людьми. Прежде чем продолжать преследования ушедшего в Бактрию Дария, он собрал всю персидскую казну и поручил ее Гарпалу, который должен был, как главный казначей, хранить ее в Экбатанах. Парменион тоже был оставлен в Мидии для охраны коммуникаций: присутствие этого пожилого человека, одного из полководцев Филиппа, стало его тяготить.
В середине лета 330 г. Александр стремительно двинулся в восточные провинции через Раги (ныне Рэй близ Тегерана) и Каспийские ворота, где он узнал, что бактрийский сатрап Бесс сместил Дария с престола. После стычки близ современного Шахруда узурпатор заколол Дария и оставил его умирать. Александр отправил тело Дария для погребения со всеми почестями в царской усыпальнице в Персеполе.
Поход на восток в Центральную Азию. Со смертью Дария у Александра не осталось никаких препятствий, чтобы объявить себя великим царем, и в Родосской надписи этого года (330) он именуется «Повелителем, господином Азии» — то есть Персидской империи. Вскоре после этого на монетах, отчеканенных в Азии, с его профилем появляется титул царя. Перейдя горы Эльбрус и пройдя в Каспий, он захватил город Задракарты в Гиркании и принял капитуляцию группы сатрапов и персидской знати; некоторых из них он оставил на прежних местах управлять городами и провинциями. Отклонившись во время этого похода на запад, возможно к современному Амолу, он частично уничтожил, частично покорил мардов и принял капитуляцию греческих наемников Дария. Теперь ничто не мешало ему стремительно двигаться на восток. В Ариане он учинил резню за то, что арии сначала сдались, но затем по наущению своего сатрапа Сатибарзана взялись за оружие. Сатибарзан бежал. Здесь, в этих землях, Александр основал еще один город — Александрию Арианскую (ныне Герат). Находясь в Дрангиане, в Фарахе, Александр получил известие о заговоре Филота, сына Пармениона. Здесь он наконец решился и принял меры, чтобы уничтожить Пармениона и его семью. Сын Пармениона Филот, командир элитарной конницы «друзей», был якобы замешан в заговоре против жизни Александра, осужден армией и казнен, а Клеандр, заместитель Пармениона, получил тайный приказ убить его, которому он покорно подчинился. Эта жестокость навела много страха на всех критиканов его политики и тех, кого он считал людьми своего отца, но укрепила его положение по отношению к сторонникам. Все сторонники Пармениона были ликвидированы, а люди, близкие Александру, получили повышение. Конница «друзей» была реорганизована и разбита на два отряда по четыре гиппархии в каждом (гиппархия — современный эскадрон. — Примеч. пер.). Одной частью командовал старый друг Александра, Гефестион, другой — Клит, младший брат кормилицы Александра.
Из Фразы македонец во время зимы 330/329 г. прошел вверх по долине реки Гельманд через Арахозию и далее по горам мимо месторасположения современного Кабула в страну парапамисатов, где он основал город Александрию Кавказскую.