Сопротивление Аплыгерыма было сломлено, и подвластная ему территория вошла в состав Московской Руси. Попали в плен и были отправлены в Москву младший сын князька Таутай и его внук Учет.
Летом 1593 г. воины русского отряда начали строительство на берегу р. Тавды около устья Пелыма укрепления — Пелымского городка, который должен был прикрывать путь между Лозьвинским городком и Тобольском. После окончания строительства городка П. И. Горчаков с частью отряда остался в нем в качестве гарнизона, другая часть отряда с Н. В. Траханиотовым убыла в Тобольск. В составе первых жителей Пелыма кроме стрельцов и казаков были и присланные из Каргополя, Перми и Вятки крестьяне. Царский наказ Горчакову предписывал устроить под новым сибирским городком крестьянскую слободу, выделив переведенным крестьянам места под дворы и наделы под пашню. Наделы под пашню получали и оставленные на жительство в Пелыме стрельцы и казаки. Такая же политика проводилась властями и в других создаваемых русских сибирских городках.
К концу XVI в. русские укрепленные городки появились на всей Нижней Оби. Прибывший с Н. В. Траханиотовым из Пелыма в Тобольск отряд был пополнен тобольскими служилыми людьми и летом 1593 г. направился на стругах вниз по Иртышу и Оби для основания в Югорской земле русского укрепленного городка. Местом для нового городка Траханиотов выбрал левый берег Северной Сосьвы, примерно в 20 км от места ее впадения в Обь (у 64° с. ш.).
Там проходил древний путь из Руси в Приобье, который назывался Зырянской дорогой, или Русским тесом. Он начинался с Печоры и ее притоков и шел через «Камень» к югорскому городку Ляпин на р. Сыгве и далее по Северной Сосьве на Обь. Рядом находилось заброшенное югорское укрепление под названием Березовый город. Так что новый русский городок был назван Березовским острогом (17, с.34).
Зимой 1594 г. из Березова отряд «письменного головы» Ивана Змеева выступил в поход против вогулов, живших южнее, на р. Конде. Дело в том, что кондинские вогулы воевали с кодскими остяками (хантами), во главе которых был князь Игичей Алачеев, сын Алачи, союзника русских со времен похода Ермака. В результате Кондинское княжество потеряло независимость и стало выплачивать ясак царю. В бассейне Нижней Оби жили вперемежку остяки и вогулы, а в устье Оби кочевали ненцы.
С помощью все тех же кодских князей были присоединены обдорские земли в низовьях Оби, где в 1595 г. у полярного круга был основан Обдорский острог (Носовой острог, теперь г. Салехард), служилые люди которого производили сбор ясака и с окрестных самоедов (ненцев).
В феврале 1594 г. из Москвы в Обский городок отправился небольшой отряд служилых людей во главе с воеводамии Ф. П. Барятинским и В. Аничковым с целью закрепить за Московской Русью земли Приобья выше устья Иртыша. В Обский городок из Березова для усиления присланного московского отряда воевода Траханиотов послал отряд березовских служилых людей и кодских хантов. Соединенный отряд поплыл вверх по течению Оби во владения принявшего русское подданство остяцкого «князца» Бардака и поставил в центре «княжества» на правом берегу Оби при впадении в нее р. Сургутки новый город Сургут. Туда перевели служилых из ликвидированного по приказу Москвы Обского городка.
После основания Сургута началось активное продвижение русских отрядов и промышленников в районы Средней и Верхней Оби. Он стал опорным пунктом в Приобье для борьбы с союзом родственных ненцам селькупских племен, известным как «Пегая орда» (русские называли в те времена селькупов остяками, видимо из-за сходства материальной культуры и рода занятий). Возглавлял этот союз «князь» Воня, глава селькупской знати, связанной с Кучумом. В 1596 г. Кучум специально подошел к территории Пегой орды, чтобы совместно совершить нападение на Сургутский уезд. Именно для предотвращения возможного союза Вони с Кучумом в 1595 г. в центре территории Пегой орды был поставлен Нарымский острог и весь этот район присоединили к русским владениям. Из него промышленники и казаки продолжили продвижение вверх по реке в поисках новых «угодных» мест и «ясашных землиц».
Теперь страдавшие от набегов татар Кучума племена Средней и Верхней Оби убедились в силе Русского государства и надеялись получить от него защиту от набегов беспокойных южных соседей. Поэтому на Средней Оби русские обычно не встречали сопротивления и русская власть распространилась почти до р. Томи. Покорность новой власти и согласие на выплату ясака проявило все население по р. Кети, впадающей в Обь справа, приблизительно в 100 км выше Нарыма. В 1596 г. в нижнем течении Кети воевода Молчанов поставил Кетский острог.
Желание принять русское подданство изъявили чатские мурзы, барабинские и теренинские татары. С просьбой о строительстве в его землях русского острога, «чтоб от киргизских людей (имелись в виду воины казахских и калмыкских ханов. — М.Ц.) их оборонить», обратился приехавший в Москву князец эуштинских (томских) татар Тоян. В свою очередь он обещал оказать русским представителям содействие в подчинении окрестных племен.
Панорама Томска. С гравюры XVIII в.
В 1604 г. отряд, состоявший из русских тобольских и тюменских служилых людей, пелымских стрельцов, тобольских татар и кодских хантов под начальством воевод Г. И. Писемского и В. Ф. Тыркова поднялся из Сургута по Оби и на р. Томи в 65 км от ее устья поставил Томский острог, ставший важнейшей опорной базой для освоения Средней Оби (2, с.16). Местом для сооружения острога был выбран высокий мыс горы на правом берегу р. Томи у впадения в нее р. Ушайки против Тоянова поселения, расположенного на левом берегу Томи. Вскоре вслед за ратными людьми в Томском городке, как и в других сибирских городках, появились русские крестьяне и ремесленники. В начале XVII в. Томский городок был самым восточным городком Московской Руси.
В бассейне Верхней Томи, по рекам Кондома и Мрас-Су, жили оседлые шорцы, по происхождению и культуре близкие северным алтайцам. Русские назвали их кузнецами, так как в этом районе имелись богатые месторождения железных руд, а шорцы умели выплавлять железо и изготавливать из него доспехи, котлы, холодное оружие (стрелы, ножи и др.).
В этом краю русские казаки и промышленники открыли Салаирский кряж и Кузнецкий Алатау и вышли к западным склонам Абаканского хребта. Таким образом русские в этом крае попали в первую горную страну за Уралом, достигнув юго-восточной границы Западно-Сибирской равнины.
В 1607 и 1609 гг. несколько томских казаков посылались к «кузнецким татарам» для выяснения возможности сбора там ясака. Разведчики возвратились с самыми неутешительными известиями: «Живут в крепостях великих, и болота обошли и зыбели великие и ржавцы; а зимой живут снеги великие, и воевать их, кроме лета, из жары, неможно» (18, с.260).
Тем не менее зимой 1609–1610 гг. отряд атамана Ивана Павлова из 40 казаков отправился к «кузнецким татарам», но вынужден был возвратиться, не добившись успеха. Правда, летом 1610 г. атаман основал близ устья р. Кондомы Абинский городок (ныне г. Абагур).
На покорение «кузнецов» в конце 1615 г. отправился отряд из 200 казаков под командой атамана Бажена Константинова и сотника Ивана Пущина. Отряд, разделившись на несколько групп, поднялся в долины рек Мрас-Су и Кондомы. Казаки захватили несколько улусов, взяли там заложников и силой начали собирать ясак. На помощь местным жителям прибыло пятитысячное войско «татар» и окружило казаков, которые, просидев 2,5 месяца в тяжелой осаде, сумели все же вырваться с большими потерями и возвратиться в Томск.
Для укрепления русской власти в долине Томи в мае 1617 г. в устье Кондомы на земле «кузнецких татар»— кыштымов, чьи князцы были настроены явно антирусски, был основан Кузнецкий острог (теперь г. Новокузнецк), что значительно укрепило положение новых властей в Горной Шории. В то же время в бассейне р. Чулым, правого притока Оби, были поставлены небольшие острожки — Мелесский и Ачинский. Казаки и стрельцы этих острожков оберегали местных жителей от вторжения киргизских князьков и монгольских ханов.
Лишь в 1625 г. кузнецкие казаки сумели выйти на верховья Томи. В 1624–1625 гг. они перевалили Салаирский кряж из долины р. Кондомы на запад, добрались до долины р. Чумыша и, пройдя по течению реки, взяли ясак у местного населения.
В 1625 г. из бассейна Кондомы казаки прошли к югу и собрали ясак с жителей бассейна Нижней и Средней Бии, правой составляющей р. Обь. А покорение шорцев завершилось через два года, когда первый ясак был взят у жителей «Киченской землицы», то есть в верховьях рек Мрас-Су и Кондомы.
Зимой 1627 г. отряд атамана Петра Дорофеева на лыжах прошел на р. Кондому, а оттуда — на левобережье Бии и объясачил тубаларов (тюркоязычная народность, относимая теперь к северным алтайцам).