После этого султан посетил Афины, которые были захвачены турками двумя годами раньше у герцога Флоренции. Османам Афины были известны как «город мудрых», и на Мехмеда, «мудрого и великого проэллинского монарха», произвели большое впечатление реликвии классической Античности. Он особенно восхищался Акрополем. Султан великодушно обошелся с афинянами, подтвердив их гражданские свободы и освобождение от налогов, но особенно восхитил их тем, что после краха Римско-католической церкви даровал привилегии ортодоксальному клиру.
Братоубийственная вражда между двумя деспотами Палеологами вспыхнула снова вскоре после отъезда султана, причем Димитрий поддерживал турок и договор с ними, а Фома нарушил договор и призвал на помощь войска римского папы. В 1460 году Мехмед еще раз пришел со своей армией в Грецию. Димитрий сначала бежал от него, но в итоге сдал город Мистру и свою деспотию, за исключением Монемвазии, которая противостояла туркам с помощью папских войск. Затем Мехмед намеревался подавить силы деспота Фомы. Но тот вскоре бежал на Запад, оставив свой народ во власть турок.
Таким образом, османы установили господство над всем Греческим полуостровом, за исключением нескольких прибрежных аванпостов, которые могли снабжаться по морю и благодаря этому оставались в руках венецианцев. Отныне там утвердился Pax Ottomanica, сменивший феодальные отношения франков, причем с греческим народом обращались с разумной терпимостью, не перегружая чрезмерными налогами, не беря дань детьми. Грекам разрешалось свободно торговать и выбирать свою собственную местную власть. Вместе с тем христианский мир Запада предпочитал видеть греков народом, угнетенным иноверцами и жаждущим освобождения руками латинян. С течением времени именно Греция сменила Константинополь и Святую землю в качестве цели европейского крестового энтузиазма.
Мехмед II, стремясь возродить Византийскую империю под своим правлением, как свидетельствуют турецкие исторические источники, старался не оставить ни одного «из византийских греков, кого можно было бы назвать королем». Он избавился от Палеологов. Теперь наступила очередь Комнинов. Пришло время уничтожить империю Трапезунда. Великий Комнин, император Иоанн IV, уже фактически отказался от ее независимости, выплачивая султану значительную ежегодную дань. После смерти Иоанна его младший брат, император Давид, выбрал себе в союзники против султана не только его известных европейских врагов – Венецию, Геную и папство, но и его признанного врага в Азии, туркменского правителя Узун-Гасана из племенной конфедерации Белого барана (Ак-Коюнлу). Мусульманин с христианской кровью, связанный с Комнинами брачным союзом, Узун-Гасан создал в Восточной Анатолии мощную оппозицию османам, которая объединила также местных турецких правителей Синопа и Карамана и христианских князей Грузии.
Когда Давид потребовал от султана снять дань, наложенную на его отца, он сделал это через послов Узун-Гасана в Стамбуле, которые предъявили султану и ряд других экстравагантных требований. Султан решил, что пришло время разрушить этот нечестивый союз и наконец разрешить все анатолийские вопросы в османских интересах. В 1461 году Мехмед организовал морскую и сухопутную карательную экспедицию в Азию. Захватив сначала порт Амастри, последний торговый пункт генуэзцев на Черном море, он посредством переговоров забрал себе и город Синоп. Затем отправился походом на земли Узун-Гасана, который, не получив никакой поддержки от своих караманских союзников, отступил в восточном направлении. Его мать, принцесса Сара, христианка сирийского происхождения, прибыла к султану от его имени, нагруженная подарками, и согласилась на мирный договор, по которому Узун-Гасан обязался не помогать Комнинам из Трапезунда. Но когда принцесса Сара попыталась убедить Мехмеда не подвергать себя опасностям, связанным со штурмом города, он ответил: «Мать, в моей руке меч ислама».
Выступив в поход со своими войсками, Мехмед совершил трудный переход через Понтийский горный хребет, в то время как его флот осадил Трапезунд с моря, хотя и без особого успеха. После восемнадцатидневного перехода авангард турецкой армии под командованием Махмуд-паши, великого визиря султана, появился под стенами города. Турки не привезли с собой осадной артиллерии, у них почти не было кавалерии, и, более того, путь снабжения армии был крайне ненадежен. Но император Давид не был воином. Брошенный своим самым могущественным союзником, он не имел желания погибнуть среди развалин города и империи, как это сделал его героический соплеменник, император Константин. Предпочитая мир и выживание, Давид был вполне готов принять предложения, сделанные ему Махмудом через греческого сановника сомнительной лояльности, а султан, в свою очередь, оказался более восприимчивым к миролюбивым призывам принцессы Сары.
Итогом стал мирный договор, не делавший чести грекам, по которому османская армия вступала в Трапезунд без помех. Последний император с семьей и чиновниками двора вместе с их золотом и другим ценным личным имуществом по милости султана были доставлены специальным судном в Стамбул, а Сара была вознаграждена за посредничество подарком в виде горсти драгоценных камней. С населением города османы обошлись не столь лояльно. И мужчины и женщины были обращены в рабство и разделены между султаном и его сановниками, мальчики были зачислены в корпус янычар, а большое число семей было лишено собственности и депортировано в Стамбул для увеличения числа жителей города.
Дни Комнинов тем не менее были сочтены. Не прошло и двух лет, как император Давид снова стал тайно плести интриги против османов с Узун-Гасаном. Султан заключил его в новую тюрьму Семи башен, расположенную внутри городских стен Стамбула, и здесь несколько месяцев спустя Давид и остальные Комнины – его брат, семеро сыновей и племянник – были убиты. Более того, султан распорядился, чтобы их тела не предавались земле, а были брошены на съедение бродячим псам и хищным птицам.
Мехмед в ходе Трапезундской кампании включил в свою империю большую часть северного прибрежного района Малой Азии с тремя важными черноморскими портами. В последующей кампании, имевшей место после смерти в 1464 году Ибрагим-бея, великого эмира Карамана, и развала его династии семью недовольными сыновьями, он аннексировал путем захвата почти весь Караман, воинственного соперника турок на протяжении последних 150 лет. Это должно было привести к фактическому османскому контролю над Киликией и азиатским побережьем Средиземного моря.
Обезопасив таким образом на какое-то время тылы на востоке, Мехмед вновь обратил свой взор на запад. Здесь его целью было не что иное, как полное, неделимое османское господство над всем Балканским полуостровом. Дабы достичь этого, Мехмед теперь должен был «округлить» свою территорию на оконечностях, подобно тому как это было сделано на Греческом полуострове, и консолидировать ее в качестве базы для дальнейших завоеваний в Западной Европе. К северу за Дунаем лежала Валахия, которой правил уже упоминавшийся Влад Дракул, иначе Дракула, один из монстров мировой истории. Его жестокость намного превосходила все известные примеры, обычные для того века, и сделала его одним из чудовищных персонажей легенды.
Несмотря на все это, султан был склонен оставить Дракулу в покое, пока тот исправно выплачивал дань и не беспокоил турецких соседей. Но в 1461 году Дракул оформил союз против турок с королем Матиашем Корвином, который наследовал Хуньяди в качестве правителя Венгрии. Мехмед направил посла, чтобы заманить Дракулу с долгами по дани в Стамбул, вместе с контингентом валахов для османской армии. Командующему своими войсками на Дунае Мехмед приказал устроить засаду и взять Дракулу в плен еще по пути в Стамбул. Но ситуация коренным образом изменилась в ходе стычки, в которой личная гвардия Дракулы обратила турок в бегство, и по его приказанию посол и командующий были посажены на колья, причем самый большой кол достался старшему по рангу. Затем Влад Дракул переправился через Дунай и вторгся в Болгарию во главе армии, с которой он разграбил османскую территорию и убил большинство населения.
В ответ на это султан, движимый жаждой мести, повел в Валахию большую армию. В ходе кампании турки наткнулись на «лес трупов», в котором гнили останки двадцати тысяч болгар и турок, посаженных на колья и распятых на крестах. Это был один из мрачных примеров массовых казней и экзекуций, которые Дракул любил устраивать для собственного удовольствия и в назидание своим соседям. Армия султана, хотя и измотанная стремительными схватками в ходе непривычной для нее мобильной партизанской войны, в конце концов одолела противника и вынудила Влада Дракулу бежать в Молдавию, а османский командующий смог положить к ногам своего суверена две тысячи отрубленных голов валахов. На посту правителя Валахии Влада сменил его брат Раду, бывший заложником в Стамбуле – красивая внешность привлекла внимание султана и сделала одним из самых любимых его пажей. При Раду Валахия стала вассальным государством, но не считалась турецкой провинцией.