Так праведный гнев Божий карал делателей зла, и они, думая праздновать свою победу, в действительности несли страшное поражение, терзаясь и душей и телом. А в это самое время великий угодник Божий, державшийся того христианскаго убеждения, что "Господня земля и исполнение ея", нашел себе успокоение и даже радость в самом Кукузе, который своею удаленностью от суеты грешнаго мира как бы вновь возвратил его к пустынножительству, столь сладостному для его утомленнаго невзгодами духа. Там у него нашлись и почитатели в лице местнаго епископа Аделфия и именитаго жителя деревни Диоскора, который предоставил в распоряжение святителя свой дом и заботился о всех его нуждах. Не забыли его и старые друзья, и многие из них приходили посетить его в заточении даже из Константинополя и Антиохии. Особенно сочувственно отозвались антиохийцы, эти возлюбленнейшия его духовныя дети, которых он более всего любил и для блага которых более всего потрудился. Когда слух о заточении св. Иоанна дошел до Антиохии, то из нея потянулись в Кукуз целые караваны поклонников и почитателей, так что ничтожная армянская деревня сделалась для них как бы местом благочестиваго паломничества. Не даром озлобленные враги святителя с ярою завистью говорили: "Вся Антиохия в Кукузе!" И сам святитель не забывал своих прежних друзей и духовных чад. Он вел с ними оживленную переписку, и особенно с благочестивой диакониссой Олимпиадой, сохранившияся до нас письма к которой дышат глубокохристианскою любовию святителя и отца церкви, не перестававшаго и в своем заточении пещись о духовном благе своих чад. Переписывался он и со многими епископами как восточными, так и западными, и в этих письмах оставался все тем же великим святителем, который, как бы забыв о своем собственном печальном положении, продолжал заботиться о благе и преуспеянии церкви Христовой. Мало того, он не оставлял и своей заветной мечты - возможно шире распространять царство Божие среди сидящих во тьме и сени смертной. Сам находясь в заточении, он подобно апостолу Павлу, во время его нахождения в узах, продолжал заботиться о спасении других, и вновь обращал свои взоры к Финикии, где так много уже сделал для разогнания языческой тьмы. Он заботился о снаряжении туда новой миссии, старался утверждать уже ранее основанныя там церкви. Неподалеку от него находилась Персия, которая первоначально представляла весьма благоприятную почву для распространения Евангелия, но в это время христиане стали там подвергаться ожесточенным гонениям, как враги государства. Многие христиане кровно запечатлели свою преданность вере, и положение всех было угнетенное. И вот великий святитель пришел на помощь и к этим угнетенным христианам и своею апостольскою ревностью поддержал христианство и в этой стране. Но более всего его занимала мысль о просвещении светом евангельской истины полуварварских готов, эту молодую сипу, которая в своем непросвещенном состоянии представляла грозу для христианскаго цивилизованнаго мира, а с принятием православной веры могла бы обновить дряхлевший греко-римский мир. Таким образом ничтожная армянская деревня, о которой раньше едва ли кому было известно, теперь сделалась средоточием апостольства, лучи которого распространялись далеко - во все страны света, и все это потому, что в этой деревне заточено было великое духовное светило мира, светившее не заимствованным, а своим собственным духовным светом.
Когда таким образом низложенный и униженный всячески патриарх и в своем далеком заточении продолжал оставаться все тем же светилом миру, каким он был в Антиохии и Константинополе, и когда жалкая деревня Кукуз угрожала затьмить самый Константинополь, все это стало до крайности безпокоить тех, кому возвышение Иоанна было равносильно их собственному посрамлению. Все уцелевшие от праведной кары Божией и оправившиеся от страхов враги его (а их еще было много) вновь пришли в движение и стали замышлять новые ковы против низверженнаго ими святителя. Они думали, что он уже умер для них, а между тем он оказывался жив и начинал сосредоточивать на себе глаза всего христианскаго мира. "Смотрите, переговаривались они между собой, как этот мертвец становится опасным для живых и своих победителей". Им уже мерещился страшный призрак, как бы Иоанн вновь не возвратился на константинопольский престол, где он, по их мнению, должным образом расправился бы с своими врагами. И это казалось тем естественнее, что слабый преемник его Арсакий вскоре помер. Нужно принять меры, чтобы поскорее похоронить его. И действительно они приняли все меры к тому. Пущены были в ход все обычныя в таких случаях интриги и подходы для того, чтобы разрушить столь опасное для них гнездо, каким сделалась деревня Кукуз. И вот они добились того, что приказано было удалить оттуда Иоанна и перевесть в новое место заточения - в Пифиунт. Это был самый отдаленный город империи, лежавший между Понтом и Колхидой, на берегу Черного моря, в стране дикой и пустынной, почти всецело предоставленной варварам. Приказ был дан внезапно (в июне 407 г.), с запрещением всякой отсрочки. И вот воины грубо схватили великаго святителя и, не дав ему хорошенько проститься с жителями сделавшейся дорогой его сердцу деревни Кукуз, повлекли его вновь в далекий, трудный и неизвестный путь. Святой Иоанн был уже до крайности ослаблен невзгодами и болезнями, ускорившими для него наступление старческой немощи, и потому это новое ужасное путешествие под конвоем грубых воинов, которым было приказано обращаться с ним жестоко и безпощадно, было уже ему не под сипу. Духом он попрежнему был бодр, непоколебим в своем уповании на Промысл Божий и с безграничною покорностью воле Божией без всякаго опасения готов был переселиться и в новое место его заточения - оставаясь все при том же убеждении, что "Господня есть земля и исполнение ея", и никакия страдания не могли исторгнуть какого-либо ропота или жалобы из надорванной груди того, уста котораго привыкли повторять: "слава Богу за все"; но тело его было уже дряхло и немощно, и потому, когда жестокие воины, исполняя приказ своих безчеловечных начальников, заставляли великого угодника Божия то с обнаженной головой идти по каменистой дороге под палящими, жгучими лучами солнца, то дрогнуть под проливными дождями, страдалец не выдержал. Силы его стали быстро падать, и когда после трех месяцев безпрерывнаго пути воины прибыли с своим узником в Команы, в Понте, и по своему обычаю, не останавливаясь в самом городе, сделали привал с ним за городом, близ церкви св. Василиска, то святитель Иоанн совсем ослабел и не мог уже двигаться. Ночью ему было видение: явился сам св. Василиск (епископ, замученный при Максимине) и сказал ему: "Мужайся, мой брат Иоанн, завтра мы будем вместе!" С наступлением утра святитель, чувствуя полное изнеможение, просил воинов, чтобы они хоть на несколько часов отложили путешествие; но они грубо отказали ему в этом и с жестокостью поволокли его дальше, и только уже убедившись, что он находится при последнем издыхании, вернулись назад к церкви св. Василиска. Тогда, напрягнув все свои силы, страдалец вошел в церковь и, испросив себе полное церковное одеяние, облачился в него, а дорожныя одежды роздал присутствующим. Совершив бож. литургию, он затем причастился св. Таин, и потом несколько времени молился пламенно и громким голосом. Но вот голос его начал все более и более ослабевать. С удивлением и благоговением приступили к нему присутствовавшие и, поддерживая его клонившееся вниз тело, слышали, как уста его едва внятно лепетали: "Слава Богу за все". Осенив себя затем крестным знамением, великий угодник Божий простер свои ноги и сказав: аминь! предал дух свой Богу[35].
Это было 14 сентября 407 года[36]. Ему было 60 лет от роду - век не великий, и из него он в течение шести с половиной лет был архиепископом, а три года и три месяца провел в заточении.
Слава великаго святителя была так велика, что весть о его кончине быстро разнеслась по всем окрестностям, и отовсюду собрались во множестве и священники, и девственницы, и отшельники, а за ними и несметныя массы народа, и все с благоговением теснились ко гробу почившаго владыки, чтобы хоть раз взглянуть в лик угодника Божия и поклониться его праху. Прах его с торжеством погребен был в церкви, рядом с мощами священномученика Василиска, накануне призвавшаго его к себе - для пребывания вместе не только под сводами земной церкви, но и в светозарном царстве славы неизреченной. Когда весть о кончине златословеснаго учителя дошла до Антиохии и Константинополя, то и там она повергла всех в неописанное горе. Народ громко рыдал и проклинал тех, кто погубил великаго святителя, и все, близко знавшие его, восторженно разсказывали о великих делах его милосердия, о его святой жизни и о его дивном, златословесном учении. Впоследствии, когда злоба смертельных врагов смолкла пред гробом почившаго святителя, именно при императоре Феодосие и, мощи его были торжественно перенесены в Константинополь (438 г.) и таким образом прах был водворен в той самой церкви св. Апостолов, из которой некогда был с позором изгнан живой носитель его - архиепископ Иоанн.