Письмо Исаии в Лубенский и прилуцкие монастыри о переходе митрополита Киевского Петра Могилы в латинство и решении правительства уничтожить в Литве и Польше православие имело роковые последствия, а надобно заметить, что монастыри эти принадлежали тогда к епархии митрополита и находились под его властию. Игумены и все монашествующие безусловно поверили словам своего Лубенского епископа, как они называли Исаию, и, может быть, по его же совету уговорились между собою немедленно бросить свои монастыри и всею массою, со всем имуществом переселиться в Московское государство для спасения своей веры. С этою целию они еще в начале апреля 1638 г. послали несколько братий в порубежный русский город Путивль, чтобы чрез тамошнего воеводу узнать в Москве, примут ли их в случае их прихода. Когда в мае последовало из Москвы согласие, то в следующем месяце (14-го числа) действительно прибыли в Путивль игумен Густынского монастыря Василий с братнею в числе 66 человек и при них 11 человек крестьян с женами и детьми; игумен-духовник Ладинского женского монастыря Мефодий с настоятельницею монастыря Елисаветою Летинскою и 50 сестрами, а при них 16 человек служек и из третьего, лубенского Мгарского монастыря, – до четырнадцати человек братии, так как сам игумен Каллистрат с остальными братиями одумался и, несмотря на уговор, не захотел покидать своей обители. Прибывшие в Путивль говорили воеводе для передачи царю Михаилу Федоровичу, что они ушли из своих монастырей «от гоненья ляхов на православную веру», и в доказательство сослались прямо на то письмо, которое будто бы писал из Луцка князь Коширский Лубенскому епископу Исаии, а последний писал к ним и которое тут же изложили. Затем рассказывали, что когда густынские монахи стали собираться в путь, то к ним приходили из Прилук священники, сам войт и многие мещане и с мольбою упрашивали их не уезжать из монастыря и жить в нем по-прежнему; что потом владелец края князь Вишневецкий присылал своего урядника и слуг взять игумена монастыря и старцев в Прилуки со всем имуществом, но они убежали, а их церковное и монастырское имущество, уже уложенное на возах и частию отправленное вперед, все попало в руки княжеских слуг и разграблено и что точно так же конотопский урядник Сосновский ограбил на пути всех сестер Ладинского монастыря и отнял у них двадцать возов «со всяким церковным строеньем, и с рухлядью, и с запасы, и с животиною». Бегство этих монахов и монахинь возбудило большую скорбь и сожаление во всех окрестных православных христианах и особенно в митрополите Петре Могиле; все изумлялись их легковерию и легкомыслию, все осуждали их неразумие и упорство. Оставшийся в своем монастыре лубенский игумен Каллистрат с братиею писал в Путивль к игуменам густынскому и ладинскому, чтобы они возвратились на свою сторону и ни в чем не сомневались, а если не хотят возвратиться, то не разглашали бы на него и на его братию клеветы, не называли бы ложно их и митрополита Киевского униатами, ибо они по-старому живут в православной вере и король с своими панами на нынешнем сейме ни в чем им нарушения в вере не учинил. И Каллистрат действительно говорил правду: Петр Могила вовсе не изменял православию; на сейме тогда ничего против православных постановлено не было; никаких особых гонений и преследований за православную веру тогда не воздвигалось, а если и были гонения и преследования, даже весьма сильные и беспощадные, то собственно против казаков, которые в 1637–1638 г. не раз восставали против поляков и сами производили разные неистовства. Писал также Каллистрат к своим лубенским старцам, находившимся в Путивле, и убеждал их воротиться в Лубенский монастырь, а в случае их неповиновения угрожал проклятием. Но из Путивля отвечали Каллистрату только упреками за его измену уговору и общение с латинянами и, между прочим, выражались: «Червь ты, а не человек: како ты отца своего и всех нас общаго пастыря Исаия Копинскаго отрекся еси, благословение и клятву поплевал еси, и его самаго мало на смерть не предал еси, и иному пастырю, мамона ради, последовал еси?» Царь Михаил Федорович поверил монахам и монахиням, бежавшим из Литовского края будто бы от гонений за веру, и приказал поместить первых в белевском Преображенском монастыре, а последних в брянском Вознесенском, но потом велел перевесть первых в Дудин Амвросиев монастырь (Нижегородской губернии), а последних в алатырский Никольский, пока не выстроен был (1640) для них в том же городе новый монастырь, который и начали называть в отличие от прежнего киевским Никольским Новодевичьим. Между тем Густынский монастырь, покинутый прежними жильцами, более года оставался совершенно необитаемым. Окрестные жители, посещая его, брали из него все, что могли и хотели, а латинские монахи бернардины приехали было из Лубен со множеством народа, чтобы совершенно разобрать здания монастыря и перевезти к себе в Лубны. Но православный игумен лубенский Каллистрат возбранил им это и, посоветовавшись с братиею, послал в запустелый Густынский монастырь несколько своих иноков для постоянного жительства. Митрополит Петр Могила по просьбе их дал им игумена из Киево-Печерской лавры Илию Торского, весьма строгого в иноческой жизни и ревностного. Немедленно начались возобновление монастырских зданий и постройка новых. Могила через несколько времени сам приехал в монастырь, утешил братию пастырским словом, порадовался на благолепные сооружения и водрузил крест для созидания большой церкви. Приступив к этому, братия обратились с просьбою к молдовлахийскому воеводе Василию, который и оказал им немалое пособие; потом, начиная с 1641 г., несколько раз обращались в Москву к царю Михаилу Федоровичу и преемнику его Алексею Михайловичу и получали от них, особенно от первого, значительные пожертвования и деньгами, и церковными книгами, и сосудами, и другою церковною утварью. И церковь в Густынском монастыре была сооружена, и монастырь пришел в благоустроенное состояние. Равным образом и лубенский Мгарский монастырь благодаря пожертвованиям от московских государей по ходатайству Петра Могилы более и более устроялся и укреплялся.
Из других мест епархии митрополита важнейшим по-прежнему считалась Вильна. Еще на сейме 1635 г. для исполнения сеймовой конституции король Владислав назначил комиссию и поручил ей объехать все города, где живут униаты и православные, и разделить между ними церкви, а униатскому митрополиту Рутскому дал увещательную грамоту не делать этой комиссии препятствий. Но на первых порах комиссия по каким-то причинам ничего не достигла. В следующем году по просьбе обитателей великого княжества Литовского король вновь приказал (18 июля) тем же комиссарам, чтобы они исполнили возложенное на них поручение, начиная с Вильны как столичного города, и передали здесь взамен Троицкого монастыря, перешедшего к униатам, православному Свято-Духовскому братству церкви, назначенные ему в «Статьях» примирения (т. е. Воскресенскую, Иоанно-Предтеченскую и Юрьевскую в предместье). И чрез несколько времени послал (в марте 1637 г.) грамоту новому униатскому митрополиту Корсаку, убеждая его и прочих униатских епископов нисколько не препятствовать тем комиссарам. Но не видно, чтобы и теперь отданы были в Вильне три названные церкви православным. У них по-прежнему оставалась здесь лишь одна церковь в Свято-Духовском монастыре; только этой церкви и этого монастыря уже не оспаривали у православных, посещать ее и совершать в ней богослужение им не возбраняли и у Свято-Духовского братства и монастыря ни прав, ни владений не отнимали, – все это было теперь признано правительством и ограждено законом. Старшим, или игуменом, монастыря по избрании Иосифа Бобриковича на кафедру Мстиславскую был отец Митрофан Дементиев или Дементьянович (упоминается в 1635 г.), а за ним отец Самуил Шитик-Залесский (упоминается в 1637 г.), принадлежавший по происхождению к местной городской знати и, как увидим, считавшийся одним из самых ученых мужей между православными. С этого времени в Свято-Духовском монастыре установилось правило, по которому старший монастыря избирался только на три года, и чрез каждые три года происходили новые выборы старшего. Самуил Шитик вместе с званием настоятеля монастыря носил также звание «наместника митрополии в великом княжестве Литовском» и, следовательно, был главным духовным лицом в Литве, которому подчинено было митрополитом все православное духовенство митрополичьей епархии. В ноябре 1637 г. два старца виленского Свято-Духова монастыря, наместник монастыря Леонтий Шитик-Залесский и дидаскал училища Вениамин Савастьянович, ходили в Москву за милостынею и получили от царя Михаила Федоровича двести рублей на строение каменного своего храма, который еще не совсем был окончен. При Свято-Духовском монастыре продолжало существовать училище, в котором король Владислав дозволил преподавать не только языки, но и науки, хотя не далее логики и диалектики. И памятником существования этого училища доселе остается небольшая книга, изданная его питомцами в 1635 г. на польском языке в Вильне, под заглавием «Эхо жалости на голос рыдающего по неоплаканной смерти патрона своего, отзывающееся в конгрегации студентов св. Константина и Елены при церкви Св. Духа». Кто это оплакивал смерть своего патрона, кто был самый патрон и почему в скорби о нем принимали участие и питомцы училища, с точностию неизвестно. Но не разумелся ли здесь плач Свято-Духова монастыря по скончавшемся в том году епископе Мстиславском Иосифе Бобриковиче, который столько лет был настоятелем этого монастыря и вместе ректором его училища? Название же конгрегации студентов по имени святых Константина и Елены объясняется тем, что в церкви Свято-Духова монастыря устроен был особый придел во имя святого царя Константина и матери его Елены и отдан навсегда для конгрегации студентов и учеников монастырского училища.