Для содержания своего киевского училища, которое называл то школами, то гимназиею, то коллегиумом или коллегиею, Могила назначил два лаврских имения – Вишеньки и Гныдин и свой собственный фольварк – Позняковщизну, который купил за четыре тысячи злотых. Построил для училища в братском монастыре особую деревянную церковь во имя святых мучеников Бориса и Глеба, которая называлась конгрегационною, так как в ней собиралась на молитву «конгрегация» воспитанников. Для помещения классов соорудил большое двухэтажное здание; завел при училище библиотеку, а для бедных учеников учредил бурсу. О внутреннем устройстве киевского училища и преподавании в нем наук при Петре Могиле подробных сведений не сохранилось; известно только, что здесь преподавались и «высшие науки», что преподаватели назывались «профессорами», а ученики, конечно высших классов, «спудеями – студентами». Заботясь не об умственном только, но и о нравственном воспитании в своей коллегии. Могила сам составил и напечатал для руководства своим питомцам книгу «Анфологион, сиречь молитвы и поучения душеполезные, в душевную пользу спудеов и всех благочестивых любомолитвенник» (24 мая 1636 г.). В предисловии к книге он говорил к этим спудеям: «Постаравшись с Божиею помощию при моих слабых силах на мои собственные средства обновить гимназию, т. е. школы в Киеве, отчасти бывшие уже в упадке и опустелые, я снабжал вас, снабжаю и до конца моей жизни не престану снабжать книгами, учителями, содержанием в них бедных сотоварищей-студентов и прочими надобностями. Но мне желательно также, чтобы в тех школах не только преподавались высшие науки, а еще более и выше всего посеевалось и вкоренялось в сердцах ваших благочестие, без которого всякая мудрость есть глупость пред Богом и справедливо так именутся. Поручал я и приказывал трудящимся, как при мне, так и в тех школах, чтоб каким-либо методом, кратким и вам, юношам, совершенно приличным, собрали, расположили и издали в свет аскетические упражнения. Ни одному, однако ж, из них при всей охоте и усердии не представлялось, как вам известно, к тому досуга, частию по случаю беспрестанных бедствий и хлопот, частию же по причине занятий и других трудов церковных и школьных. Тогда, подумав, что кто ищет времени, тот уже тратит время, я сам решился как бы для отдохновения от других ежедневных трудов и забот взять на себя обязанность, чтобы в весеннее цветущее время вашему цветущему, детскому и юношескому, возрасту собрать на лугах богодухновенных церковных наук и св. писаний издающие достойное признательности благовоние цветы благочестивых размышлений и умиленных молитв и вам, всему содружеству, т. е. конгрегации киевских школ, в знак отеческой любви в дар принести, – что теперь и исполняю». В самой книге «Анфологионе» действительно изложены благочестивые размышления или только наставления о них и умиленные молитвы: сначала размышления и молитвы вечерние, которыми должны были юноши оканчивать каждый день своей жизни, отходя ко сну; потом – утренние, которыми они должны были начинать каждый день своей жизни, восстав от сна. Первым ректором киево-могилянской коллегии был Исаия Трофимович Козловский, «доктор богословия» и «премудрый богословия учитель», как называли его современники. Он был духовником Петра Могилы и пользовался особым его доверием: по его поручению ездил в Царьград за патриаршею грамотою на посвящение Могилы в митрополита; потом вместе с другими членами комиссии принимал от униатов Киево-Софийский собор и, как увидим, исполнял и иные весьма важные дела. Могила отдал ему в управление свой собственный монастырь, Пустынно-Николаевский, который получил от короля для усиления средств своего содержания по сану митрополита, и Исаия оставался игуменом этого монастыря до самой своей кончины (15 марта 1651 г.). Ректорствование Исаии в коллегии продолжалось около шести лет (1632–1638). В последующее время упоминаются как ректоры ее: в 1640 г. Иосиф Кононович Горбацкий, в 1641 г. Игнатий Оксенович Старушич и в 1646 г. Иннокентий Гизель. Кононович и Старушич были вместе и игуменами Киево-братского монастыря. Трофимович и Гизель хотя числились настоятелями иных монастырей, но, вероятно, имели пребывание в самой коллегии, которою управляли, а все профессоры ее и учители состояли иноками братского монастыря и назывались «отцами коллегиатами киевского Богоявленского братства».
Другая школа, основанная Петром Могилою в Виннице, продолжала также существовать, но скоро начала называться не винницкою, а гойскою, потому что перенесена была в местечко Гойсчы Луцкого повета. Владелица местечка Раина Соломерецкая, кастелянша смоленская, основала здесь, при каменной церкви святого архистратига Михаила мужеский монастырь и подчинила его навсегда велебным отцам Киево-братского училищного монастыря, с тем чтобы ими заведена была в новом монастыре школа, по подобию других академий и коллегиумов, для преподавания свободных наук детям шляхты и простого народа. На содержание этого монастыря и школы Соломерецкая подарила (2 генваря 1639 г.) фольварк и село Курозвон с крестьянами, с полями, лесами, реками, озерами, мельницами, пасеками и разными другими угодиями; немедленно передала все это во владение назначенному уже митрополитом Петром Могилою и киевскими отцами коллегиатами игумену и ректору Гойского монастыря и училища Игнатию Оксеновичу Старушичу и определила, чтобы и впредь чрез каждые три года назначался игумен и ректор в Гойский монастырь и училище митрополитом Петром Могилою как их патроном и фундатором и отцами Киево-братского монастыря, а по смерти Могилы – только названными отцами. Старушич недолго оставался ректором гойского училища: в следующем году он занимал уже должность наместника Киевской лавры, а игуменом и ректором училища в Гойском монастыре был Иннокентий Гизель. Петр Могила имел утешение скоро увидеть плоды забот своих об устроенных им училищах. Едва прошло восемь лет со времени их основания, как он просил, «паче всех прошений своих», царя Михаила Федоровича соорудить в Москве особый монастырь, в котором могли бы жить «старцы и братия общежительного Киевского братского монастыря» и обучать детей боярских и простого народа грамоте греческой и славянской, и уведомлял, что по неоднократной просьбе валашского воеводы Василия уже послал к нему «благообразных иноков и добре ученых учителей» для заведения школы. Даже отступник от православия Сакович говорил (в 1642 г.) униатам: «Что ваши училища? Они ничего не значат не только пред латинскими (иезуитскими), но и пред училищами отца Могилы, киевским и гойским». И Могила отвечал Саковичу: «Ты вспоминаешь о школах киевских и гойских и признаешь, что в них учат хорошо, – это ты говоришь правду, ибо поистине в них учат хорошо».
Не обошлось, конечно, и в Киеве без столкновений с униатами и латинянами и вообще без огорчений, особенно для самого Петра Могилы. В феврале 1637 г. скончался униатский митрополит Иосиф Велямин Рутский в Дерманском монастыре, где скончался и Смотрицкий. На место Рутского назначен был его коадъютор Рафаил Корсак, епископ Пинский и Туровский, который вскоре по просьбе униатских епископов (от 1 марта) и утвержден папою. Новый митрополит прибыл было в Киев, предъявляя свои права на владения и доходы Киево-Софийского собора. Но принужден был Могилою удалиться, так как по известным «Статьям» примирения эти имения оставлены были за униатскою митрополиею только до смерти Рутского. Воеводою в Киеве был Ян Тышкевич, ярый католик, старавшийся всячески вредить православным. «Я терплю великое преследование от пана воеводы киевского, – писал Могила в 1640 г. Минскому братству, – тут, в Киеве, вновь начали чинить над нами тиранство и проливать кровь. Досадуя, что в моем коллегиуме обучается великое множество (громада) молодежи русской, и опасаясь, что юноши эти, изучив науки, могут показать правду всему свету и могущественно оборонять св. Церковь, воевода приказал своему замковому наместнику взвести клевету на какого-либо студента в важном преступлении, чтобы студенты, устрашившись, все разбежались по другим училищам, в которых прежде учились. И вот в первый понедельник Великого поста, когда студент Федор Гоголевский шел через площадь, его схватили и повлекли в замок. Там слуга наместника Сепач удостоверял, будто ночью, когда он с другими находился в корчме, студенты сделали нападение на дом и кого-то ранили. Наместник, вместо того чтобы произвесть расследование, приказал тотчас студента обезглавить, – и это случилось в мое отсутствие из Киева». Может быть, студент действительно был виноват, но как дело не было расследовано законным порядком, то Могила и мог подозревать здесь одну злонамеренность. Латиняне имели уже в Киеве два монастыря на Подоле: доминиканский и бернардинский. Но монашествующие этих орденов не в состоянии были бороться с православными. Потому воевода Тышкевич с общего совета своих единоверцев решился водворить в Киеве иезуитов с их школою и назначил для будущей иезуитской коллегии фундуш. С этою целию в 1645 г. вызваны были из Кракова в Киев предварительно только два иезуита, Станислав Сметка и Николай Циховский. Они начали совершать исповедь в храмах доминиканском и бернардинском и будто бы совратили в латинство четырех православных. Затем Циховский открыл в бернардинском храме ряд проповедей об исхождении Святого Духа и возбудил ими общее внимание, так что славившийся между своими единоверцами «ректор могилянской коллегии и профессор философии» Иннокентий Гизель пригласил проповедника иезуита к себе в коллегию и предложил ему иметь с ним публичный диспут. С обоюдного согласия диспут об исхождении Святого Духа состоялся 8 июня 1646 г. и продолжался три дня. Обе стороны по обычаю остались при своем, и каждая усвояла себе победу. Вскоре иезуитская коллегия при покровительстве воеводы Тышкевича, к великому негодованию православных, действительно основалась в Киеве.