Между сепаратистами начались кровавые междоусобицы. Вести переговорный процесс между Москвой и Грозным стало крайне трудно, так как было неизвестно, каково реальное влияние отдельных лидеров. Чечня фактически распалась на территории, контролируемые полевыми командирами, которые объединялись в неустойчивые коалиции или вели борьбу «всех против всех». Местные банды открыто обогащались на похищениях людей, набегах на соседние территории, контрабанде наркотиков, печатании фальшивых денег. Из Чечни были организованы террористические акты в Пятигорске, Владикавказе, Армавире и других городах юга России.
Спасаясь от войны и междоусобиц, сотни тысяч жителей Чечни, в том числе чеченцев, покинули республику и обосновались в Москве и других городах и регионах России. Многие из них стали видными предпринимателями. Чеченская диаспора играла важную роль в урегулировании конфликта и в жизни республики.
С 1998 г. радикальное крыло сепаратистов фактически потеряло интерес к хозяйственному строительству. Оно сделало ставку на распространение джихада (священной войны) против России на соседние республики и ее глубинные территории, создание исламского имамата «от Каспийского моря до Черного моря». Особое место в этих планах занимал Дагестан, где к тому времени в горных районах сложилось несколько анклавов, контролируемых мусульманскими экстремистами – ваххабитами.
Летом 1999 г. отряд Басаева вторгся в Дагестан, рассчитывая на поддержку ваххабитов и чеченцев-аккинцев, проживающих в пограничных с Чечней районах. Однако жители Дагестана решительно выступили на стороне федеральных сил, отражавших агрессию. Масхадов осудил действия Басаева и его сподвижников, но ничего не предпринял, чтобы их предотвратить. Бои в горах на севере Дагестана продолжались три недели.
В это же время произошло несколько кровавых террористических акций, окончательно изменивших отношение большинства российских граждан к чеченским сепаратистам – ночные взрывы многоэтажных жилых домов в Москве (9 и 13 сентября) и Волгодонске (16 сентября), приведшие к очень большому числу жертв. Через несколько дней в Рязани был предотвращен еще один взрыв. В ходе расследования ФСБ объявила, что это была не подготовка нового покушения, а организованные ею учения. Некоторые не до конца выясненные обстоятельства (например, использование в учениях не муляжей, а настоящих взрывчатых устройств на основе того же вещества, что и в предыдущих покушениях) породили версию о том, что взрывы организовала ФСБ в политических целях.
Большинство политических сил и общественное мнение были едины в том, что дальнейшее промедление с подавлением очага сепаратизма и терроризма в Чечне грозит дестабилизацией всему Северному Кавказу и может привести к распаду Российской Федерации. По окончании успешных боев на севере Дагестана федеральные силы перенесли боевые действия на территорию Чечни. Началась новая кампания, которая получила название второй чеченской войны. Российская армия заняла сначала левобережные равнинные районы Чечни, а во второй половине октября форсировала Терек и к декабрю заняла большую часть республики. Сепаратисты сосредоточились в Грозном и горных районах. На этот раз федеральные силы были гораздо лучше вооружены и подготовлены. Во избежание крупных потерь Грозный и другие поселения перед штурмом подвергались интенсивным артиллерийским обстрелам и ударам с воздуха, что приводило к многочисленным жертвам среди мирного населения. Освобожденные от сепаратистов города и села подвергались жестоким «зачисткам», «фильтрациям» и другим полицейским операциям, в ходе которых федеральные силы, по данным правозащитников, применяли к населению грубое насилие. Грозный был окончательно взят в феврале 2000 г., а затем под контроль федеральных сил перешли и горные районы.
Историческая справка
Бой за село Комсомольское шел с 5 по 20 марта 2000 г. Село было практически стерто с лица земли ударами авиации и артиллерии. Боевики потеряли до 1000 человек убитыми и 70 пленными, но командиру группы Руслану Гелаеву с небольшим отрядом удалось прорваться в Грузию.
Драматические события развернулись на пути следования отряда Хаттаба, численность которого превышала 2500 человек. Путь ему преградила 6-я рота 104-го парашютно-десантного полка 76-й Псковской дивизии ВДВ недалеко от города Аргун на высоте 776. 28 февраля командир 104-го полка полковник Мелентьев приказал командиру 6-й роты майору Сергею Молодову занять господствующую высоту Исты-Корд. Рота выдвинулась в усиленном составе с 13 офицерами и 28 февраля заняла высоту 776, а на находящуюся в 4,5 километра гору Исты-Корд были отправлены 12 разведчиков. В 12.30 разведывательный дозор вступил в схватку с группой численностью около 20 боевиков и вынужден был отойти к высоте 776, где в бой вступил командир роты майор Молодов со своими бойцами. Когда он погиб от пули снайпера, командование принял на себя подполковник Марк Николаевич Евтюхин. Десантники, несмотря на десятикратное численное превосходство противника, отвергали все предложения о сдаче и уничтожали боевиков, невзирая ни на какие трудности и гибель товарищей. Командир разведывательного взвода гвардии старший лейтенант Алексей Воробьёв уничтожил полевого командира Идриса.
1 марта в 3 часа утра к окружённым смогла прорваться группа солдат во главе с Александром Доставаловым (15 человек), который, нарушив приказ, покинул оборонительные рубежи 4-й роты на соседней высоте и пришёл на подмогу. Однако по непонятным причинам помощь от федеральных сил не приходила. К 5 часам утра большинство героев-десантников погибло. Капитан Виктор Романов после гибели командира роты Марка Евтюхина вызвал огонь на себя. Высоту накрыли артиллерийским огнём, однако боевикам удалось прорваться из Аргунского ущелья. На выручку боевым товарищам стремились бойцы 1-й роты их батальона. Но во время переправы через реку Абазулгол они попали в засаду и были вынуждены закрепиться на берегу. Только утром 2 марта 1-я рота сумела прорваться к позициям 6-й роты. После гибели Александра Доставалова в живых остался последний офицер – лейтенант Дмитрий Кожемякин. Он приказал рядовому Александру Супонинскому ползти к обрыву и прыгать, сам взял в руки автомат, чтобы прикрыть его. Выполняя приказ офицера, рядовые Александр Супонинский и Андрей Поршнев проползли к обрыву и прыгнули, а к середине следующего дня вышли в расположение российских войск. Лейтенант Дмитрий Кожемякин погиб. В бою пали смертью храбрых 84 десантника, в том числе 13 офицеров. В живых остались только 6 бойцов. Потери боевиков превысили 500 человек. Указом Президента России 22 десантника были представлены к званию Героя России (из них 21 – посмертно), 69 солдат и офицеров 6-й роты награждены орденами Мужества (63 из них – посмертно).
Успех русских войск был во многом обеспечен решительной и бескомпромиссной позицией премьер-министра, а с 31 декабря – главы Российского государства Владимира Путина, который тем самым снискал большую популярность среди избирателей и победил на президентских выборах в марте 2000 г. уже в первом туре.
Не менее решительно действовал новый президент в создании в Чечне гражданской администрации. В июне 2000 г. он назначил ее главой А. Кадырова. Это было непростое решение, так как во время первой чеченской войны Кадыров участвовал в боевых действиях на стороне Дудаева и в качестве муфтия еще совсем недавно объявлял России джихад. Однако он пользовался в Чечне реальным влиянием, хотя и главным образом в северных, равнинных районах. Крайне важно было вовлечь в процесс урегулирования конфликта самих чеченцев.
В середине 2001 г. Кадыров решился перенести свою резиденцию из родного Гудермеса в формально контролировавшийся российскими «силовиками» Грозный. Несмотря на официально объявленное завершение войны и переход к мирному строительству, в Чечне не прекращалась активная диверсионно-террористическая деятельность. Практически еженедельно гибли российские военнослужащие и лояльные России чеченские чиновники и милиционеры. Сепаратисты устроили и несколько крупных террористических акций с большим числом жертв, в том числе взрыв Дома правительства в центре Грозного, призванных продемонстрировать миру, что сопротивление продолжается. Они применяли хорошо освоенную ими тактику партизанских действий мелкими группами. В новых условиях основная тяжесть борьбы легла на плечи спецподразделений МВД России. Боевики, используя все возможности, начиная от подкупа чиновников и кончая шантажом и угрозами, легализовывались, добывая себе российские паспорта, и становились якобы законопослушными гражданами. Живя, как обычные обыватели, они накапливали оружие в тайниках и ждали сигнала к выступлению, которым, как правило, служил приход на банковские счета денег из-за границы. В связи с этим изменилась и тактика действий подразделений СОБР. В задачу офицеров входило проведение оперативной работы, выявление и ликвидация главарей боевиков и обезвреживание складов с оружием.