Но, в то время как Курбатов писал это письмо, голландский резидент Деби подал мемуар о несправедливых и жестоких поступках архангельского вице-губернатора. В январе 1714 года Курбатов приехал в Петербург; Деби, узнавши об этом, несколько раз ходил к Головкину и Меншикову, водил и двоих своих купцов, жаловавшихся на обиды вице-губернатора. С голландцами Курбатов уладился полюбовно, не дожидаясь сенатского решения, и был отпущен в Архангельск, но тут Волконский представил на него обвинение во многих взятках. Тогда Петр, наученный опытом не полагаться ни на кого и решившийся не щадить никого, отправил Лодыженского на смену Курбатову и написал собственноручно новому вице-губернатору в мае 1714 года: «Приехав к городу, объявить бывшему вице-губернатору Курбатову, что писал на него во многих взятках Волконский: для того вам велено его переменить, а от города (ему) не уезжать, пока паки будет Волконский; а о чем будет Волконский писать про него, и тех сыскивать и держать, дабы при прибытии его скорее розыск кончиться мог, и того Волконского, Курбатова и прочих, до кого розыск сей касаться будет, отправить с начала сентября месяца сюды, а далее чтоб отнюдь не было». Но Петр напрасно надеялся, что к сентябрю все дело могло кончиться. Следствие перенесено было в Устюг, центральное место Архангелогородской губернии; в августе месяце Курбатов был допрошен в разных пунктах; дело, по его мнению, должно было принять благоприятный для него оборот, и он после допроса с торжеством писал Макарову: «Волконский с плутом Пивоваровым и бездельниками устюжскими фискалами советуют нам тщетная; но знаю, в надежде на бога и на мою правду, что советы их злонамеренные разорятся, потому что этот господин едва уже не в дисперации, во многом и сам узнал, что понапрасну оклеветал меня перед царем, а именно будто сверх оклада общего платежа приписано и взято с губернии лишку 84817 рублей: в том явилась ложь; будто со всего Важского уезда собирали на меня по 6 алтын со двора, и в проезд с Вологды к городу поднесено мне в почесть 805 рублев: и в том явилась самая ложь. И едва не во всем писал ложно, кроме того, что мне подносили в городе харчевые припасы и малое нечто от камок из мирских сборов, и то я принимал по их многому прошенью истинно без моих запросов. И ныне он и сам говорил так: „Хотя я и писал к государю, а теперь явилась и неправда, то я писал не с вымыслу, сколько мог справиться, в то время не было у меня подлинных ведомостей“. И поэтому изволь, мой государь, рассудить: уязвив меня смертельно, да чем мне извиняется? Кто его заставил писать, не справившись? Сбирает ныне со всей губернии всякие ведомости, по которым ничего не сделать ему и в три года, и никакого не найдет погрешения нашего. Свидетель бог, что я работал от души и сердца моего и, сколько мог, народ берег. Слышу, будто светлейший князь доносил государю, что я со 100000 рублей у него, государя, украл и губернию разорил: донеси, мой батька, что не только 100000 рублей, даже 100 копеек вымышленно не похитил; а что малое ради прокормления от денег и питей и провианта себе брал, о том явно в канцеляриях и в Сенате, и то делал, надеясь на его, государеву, милость, ведая свое усердие и многосотных тысяч приложение; а если бы так я жил, то мог бы прожить и без того жалованья, еще бы осталось и внучатам моим. Если жив буду и приеду в Петербург, подам государю ведомость всему моему богатству, что я в 16 лет нажил; изволит познать тогда, как я богат; а можно было в ратуше в шесть лет косых мешков нажить сотню».
Меншиков доносил на Курбатова в то время, когда его собственное положение было очень плохо вследствие открывшихся злоупотреблений по управлению С.-Петербургскою губерниею. Отношения его к царю переменились, прежняя фамильярность исчезла, исчез в письмах дружественный, товарищеский, шутливый тон. Меншиков стал писать к Петру, как подданный к государю. Горе и невоздержание расстроили здоровье светлейшего князя. В мае 1714 года сделался с ним такой припадок, что лекаря объявили: если немедленно же не произойдет перемены к лучшему, то останется мало надежды спасти его. Уже более трех лет Меншиков харкал кровью и, видимо, ослабел, но не переменял образа жизни, по-прежнему много пил, и говорили, что у него сильная чахотка. Железная природа Данилыча обманула лекарей; он оправился, несмотря на невоздержанную жизнь и усиливавшиеся неприятности: в конце 1714 года, приехавши к Меншикову по-старине, на семейный праздник, царь укорял его в самых строгих выражениях за его поведение и за поведение его креатур, говорил, что все они обогатились в короткое время от грабежей, а казенные доходы истощились. Вслед за тем были перехватаны все чиновники Ингерманландской канцелярии, также городской и адмиралтейской; схвачены были два сенатора: Волконский и Опухтин; мы видели жалобу на злоупотребления Волконского по управлению тульским заводом; Опухтин провинился по управлению монетным двором. Петербургский вице-губернатор Корсаков подвергнут был пытке: царь видел в нем самого тонкого и хитрого из слуг Меншикова. Арестован был и Александр Кикин, считавшийся царским любимцем и стоявший в челе адмиралтейского управления; арестован был Синявин, главный комиссар при постройках, в четыре года наживший огромные деньги. В апреле 1715 года Корсакова публично высекли кнутом. Ходили слухи, что светлейший потеряет свое Ингерманландское наместничество, которое перейдет к царевичу Алексею Петровичу. Говорили, что сильные враги Меншикова, потеряв надежду погубить его, стараются по крайней мере удалить его от царя и от правления. Вместе с Корсаковым подвергнуты были публичному наказанию два сенатора — князь Волконский и Опухтин, которым жгли язык раскаленным железом за то, что подряжались сами чужими именами под провиант, брали дорогую цену и тем народу приключили тягость. Присутствовавшие при экзекуции говорили, что царь очень раздражен на Волконского и называл его Иудою. Кикин писал к царю умилостивительное письмо, каялся, что совершил преступление, не смеет просить милости, просит только позволения жить в деревне у брата. Он заплатил денежный штраф и получил позволение жить в Москве.
Между тем дело Курбатова тянулось; в марте 1715 года он написал Макарову: «Великою печалью объят я ныне, боюсь, не отвратил ли кто по ненависти вашей от меня милости, на которую я больше всего имел несомненную надежду. Несколько раз писал я, бедный, к царскому величеству, чаще к вам, изъясняя мою невинность; но письма мои нисколько мне не помогли, а письма Волконского, лукаво писанные, идут в дело. Или я уже порочнее всех, обращавшихся у дел монарших, что так со мною поступают? Я не бегу от правосудия, но прошусь к нему». В 1716 году Волконского отставили от следствия, производить которое было поручено полковнику Кошелеву, но Волконский медлил сдачею дел, и Курбатов в июне жаловался царю: «Вашего величества повелением следуют дела наши, и г. полковник Кошелев, а паче дьяк Воронов усердие в том имеют доброе; но дело замедляется тем, что Волконский в сдаче дел умышленно тянет время, боясь, чтоб не обнаружились вскоре его несправедливости: с 15 мая по 18 июня не очистил сдачею ни одного сундука, а дела у него в четырех сундуках». Новый следователь не мог скоро окончить дела, заключавшегося в четырех сундуках. В октябре Курбатов писал Макарову: «Всемилостивейший государь изволил ко мне своею рукою написать: если я сделаю три корабля, то буду пожалован в губернаторы; я сделал не три, но семь кораблей и не только не получил губернаторства, но и прежнего чина лишился и уже нищенствую».
Курбатов находился в это время в Петербурге и не мог не беспокоиться, видя, что светлейший князь по-прежнему силен. Несмотря на перемену своих отношений к прежнему любимцу, царь не мог забыть его заслуг в прошлом и нуждался в его способностях для настоящего. Постройки в Ревеле и Петербурге шли успешно благодаря тому, что ими заведовал энергический Данилыч. Петр снова начал ласкать его, осведомлялся об его здоровье, прислал из Данцига фунт табаку. Меншиков теперь мог отвечать на эту ласку только почтительными письмами. Так, от 20 апреля 1716 года написал: «Зело соболезную, что ваше величество в прямое состояние здравия своего еще не пришел; но молю всевышнего, да ниспошлет духа своего святого на воды, которыми изволили пользоваться, к совершенному исцелению здравия вашего. Что же о моей скорби, и оная с помощью божиею, почитаю, миновалась, о внутренней же моей болезни описание, по вашему милостивому повелению к доктору Арескину на будущей почте пошлю, и за оное ваше обо мне милостивейшее отеческое попечение всепокорнейше благодарствую; но понеже ваши милостивейшие писания паче всякого медикамента меня пользовать могут, того ради всепокорно прошу, дабы и впредь таким же образом, как и ныне, по превысокой вашей ко мне милости, жаловать меня ими изволили».
В отсутствие Петра, 18 июня 1716 года, умерла в Петербурге любимая сестра его, царевна Наталья Алексеевна. Меншиков, извещая об этом царя, писал: «И понеже, как вы сами, по своему мудрому рассуждению изволили знать, что сие необходимо есть, к тому же мы все по христианской должности такие печали сносить повинны: того ради всепокорно прошу, дабы не изволили вы сию печаль продолжать, но последовать своему мудрому рассуждению, которым и других обыкли от таких печалей отводить, к чему извольте вспомнить свою бабушку Анну Леонтьевну, ибо во многих бывших ее печалях мужество ее сами вы изволите всегда похвалять и, отводя других от печалей, за эксемпель брать».