План имел один недостаток: при внезапном нападении он был невыполним. Для выхода из крепости на восток можно было использовать только северные ворота, но именно по ним противник сосредоточил наиболее сильный артиллерийский огонь. Вырваться из цитадели смогли лишь отдельные подразделения, вывезти какую-либо материальную часть не удалось. В кратком отчете о действиях 6-й Орловской Краснознаменной дивизии описано начало борьбы за крепость:
«В 4 часа утра 22 июня был открыт ураганный огонь по казармам, по выходам из казарм в центральной части крепости, по мостам и входным воротам и домам начальствующего состава. Этот налет внес замешательство и вызвал панику среди красноармейского состава. Командный состав, подвергшийся в своих квартирах нападению, был частично уничтожен. Уцелевшие командиры не могли проникнуть в казармы из-за сильного заградительного огня. В результате красноармейцы и младшие командиры без управления со стороны средних командиров, одетые и раздетые, группами и поодиночке, выходили из крепости, преодолевая обводной канал, реку Мухавец и вал крепости под артиллерийским, минометным и пулеметным огнем. Потери учесть не было возможности, так как разрозненные части 6-й дивизии смешались с разрозненными частями 42-й дивизии, а на сборное место многие не смогли попасть потому, что примерно в 6 часов по нему уже был сосредоточен артиллерийский огонь».
Ежеминутно на территории цитадели разрывалось до четырех тысяч снарядов и мин, в том числе калибра 210 и 600 мм. «Мы думали, что в цитадели все обращено в прах и пепел», – вспоминал пастор 45-й пехотной дивизии Рудольф Гшопф.
С началом артиллерийской подготовки в городе и крепости погас свет, прервалась телефонная связь. Средних командиров в батальонах насчитывались единицы. Командиры, сумевшие пробраться к своим подразделениям, вывести их не смогли. Все выходы из бастионного кольца находились под таким плотным огнем, что 98-й противотанковый дивизион при попытке прорваться из крепости был уничтожен почти целиком. Советская артиллерия, находившаяся в открытых парках, была разбита на месте. Взрывами и пожарами было разрушено большинство складов с неприкосновенными запасами дивизий. Таким образом, большое количество личного состава 6-й и 42-й стрелковых дивизий остались в местах постоянной дислокации не потому, что имели задачу оборонять крепость, а потому, что не смогли из нее выбраться. Так, из находившихся в крепости на момент нападения пяти батальонов 6-й дивизии (благо большая часть подразделений была выведена в летние лагеря для участия в учениях, которые планировались на 22 июня) в районе сосредоточения удалось собрать менее двух батальонов бойцов 84, 333, 125-го стрелковых полков и девять орудий 131-го артполка.
В Бресте, в Южном городке, дислоцировалась и 22-я танковая дивизия. Положение дивизии совершенно не соответствовало решению каких-либо оборонительных задач, впрочем, наступательных тоже. Южный городок находился на ровной местности в 2,5 км от границы и был буквально набит боевой техникой. По тревоге танковая дивизия выходила в район Жабинки (то есть от границы на 25 км к востоку), при этом ей предстояло переправиться через реку Мухавец, пересечь Варшавское шоссе и две железнодорожные линии. Такой маневр и в мирное время представлял определенные трудности в исполнении. А в условиях внезапного нападения? Учитывали ли вообще советские планы прикрытия такую возможность? От ударов авиации и артиллерии, расстреливавшей военный городок чуть ли не прямой наводкой, дивизия потеряла сразу много личного состава, большую часть танков, артиллерии, автомашин и автоцистерн. Загорелись, а затем взорвались артиллерийский склад и склад горюче-смазочных материалов. Здесь же понес потери 204-й гаубичный артполк.
Командир 22-й танковой дивизии генерал-майор В.П. Пуганов с началом артиллерийского налета объявил боевую тревогу и приказал частям изготовиться для следования в назначенный по плану прикрытия район Жабинки. Командиры частей, как только артобстрел стал стихать, начали собирать людей, танки и автомашины. Для обеспечения сбора дивизии к реке Буг были высланы дежурные средства. Контратаковав противника в районе деревень Вулька и Волынка, батальоны 44-го танкового полка развернулись в боевой порядок на шоссе и при поддержке пеших танкистов 22-го мотострелкового полка прикрывали выход дивизии в район сбора. С 6 до 8 часов части 22-й танковой дивизии беспорядочно переправлялись через Мухавец, стремясь возможно быстрее выйти Варшавским шоссе и грунтовыми дорогами к Жабинке. Часть дивизии, оставшаяся без автомашин и танков, выходила пешком на Радваничи, вместе с ней следовали семьи офицерского состава. Значительная часть артиллерии дивизии и основных запасов была оставлена ввиду отсутствия автотранспорта. За это время погибли заместители комдива по политической и технической части, тяжело ранены начальник штаба и командир 44-го танкового полка.
Почти полностью были уничтожены немцами части, собранные по приказу округа на артиллерийском полигоне для проведения запланированных учений. Здесь находились два батальона 84-го стрелкового полка 6-й дивизии, подразделения 459-го стрелкового и 472-го артполков 42-й дивизии, танковая, артиллерийская и другая техника, а также 455-й полк корпусной артиллерии, выведенный для проведения стрельб. Начало артподготовки противника этими войсками было воспринято как неожиданное начало учений с боевой стрельбой, а то, что снаряды начали рваться в их расположении, отнесли к чьей-то халатности. Дело в том, что перед войной в Красной Армии практиковали применение на учениях боевых снарядов, отрабатывая наступление пехоты вслед за огневым валом. Чтобы обратить внимание на «ошибку», с полигона стали подавать световые и звуковые сигналы. И только понеся значительные боевые потери, командиры и войска поняли, что началась война.
204-й гаубичный полк сумел вывести из своего городка 33 орудия, но не смог переправиться через Мухавец, так как оба моста были забиты переправляющейся 22-й танковой дивизией. В ожидании возможности переправиться полк нес потери от ударов авиации и, потеряв надежду, ушел на Радваничи. Таким образом, ни 84-й стрелковый, ни 204-й гаубичный полки, отвечавшие за оборону Бреста, не смогли в ней участвовать. Учитывая, что третий батальон 84-го полка остался в крепости, у его командира для защиты города осталась лишь полковая школа, остатки полковой артиллерии и других подразделений. Большое количество личного состава 6-й и 42-й дивизий осталось в Брестской крепости, не успев из нее выйти.
Из Северного городка удалось выбраться 447-му корпусному артполку с 19 орудиями (из штатных 36) и двум дивизионам 17-го гаубичного полка. С уходом из Бреста 22-й танковой дивизии город остался беззащитным. К 7 часам утра части 45-й и 34-й пехотных дивизий 12-го германского корпуса заняли Брест.
Около 4 тысяч бойцов и командиров 6-й и 42-й стрелковых дивизий, запертые в ловушке Брестской крепости, вместе с пограничниками 9-й заставы и конвоирами 132-го батальона НКВД составили «бессмертный гарнизон».
Первый эшелон 4-й советской армии фактически был уже разгромлен, хотя ее командование этого не осознает. Во время бомбежек и обстрелов советские штабы потеряли почти все средства связи, под развалинами остались все документы, уцелел лишь узел связи штаба армии, расположенный в подвале в городе Кобрин. Нет знания обстановки, никаких данных о противнике и представления о собственных потерях. Генерал Сандалов вспоминает: «…командиры корпусов и дивизий, не имея постоянной связи с частями, не знали в первые часы войны истинных потерь и предполагали, что в районы сбора по тревоге части выйдут достаточно боеспособными, и противник не рискнет вторгнуться большими силами и направит на нашу территорию лишь отдельные банды».
Поэтому, например, командир 28-го стрелкового корпуса генерал-майор В.С. Попов считал, что ничего серьезного не произошло, и в 5.30 приказал командиру 6-й стрелковой дивизии «коротким контрударом выбить противника из Бреста», хотя выполнить эту задачу было не по силам не только уже небоеспособной 6-й дивизии, половина которой оказалась запертой в цитадели, но и всему корпусу. Но характерен стиль мышления советского генерала, а вернее, всего советского генералитета образца лета 1941 года.
Командование 4-й армии в первые два часа войны никаких самостоятельных решений не приняло. Убедившись, что действительно началась война, и получив из округа приказ «действовать по-боевому», оно пыталось проводить в жизнь довоенные схемы, которые не соответствовали реальности. К 10 утра в полосе армии создалась тяжелая обстановка, но осознать и оценить ее по-настоящему никто не смог. Только к полудню в адрес командования поступило несколько донесений о боевых действиях войск. После этого генерал Коробков отдал первые распоряжения: 28-му стрелковому корпусу не допустить дальнейшего продвижения противника на Жабинку; 14-му механизированному в составе 22-й и 30-й танковых дивизий сосредоточиться в районе Видомля, Жабинка, атаковать противника в Брестском направлении и восстановить положение.