Правительствующий Сенат, у которого в руках было теперь все, по выражению самого царя, считал себя вправе брать дела из одного приказа и передавать их в другие ведомства, ибо, как мы знаем, разнородные дела соединялись в известных приказах случайно и оставались вместе по обычаю, по старине. Но теперь, когда всякая старина была тронута, что мешало, например, возникнуть вопросу: с какой стати набор рекрут и работников принадлежит к числу занятий Поместного приказа? При усложнении правительственной машины, при новых потребностях и взглядах старые приказы не могли долго держаться. Чем же они могли быть заменены? В преобразующейся России на всякий подобный вопрос обыкновенно отвечали другим вопросом: а как дела делаются за границею, в образованных государствах? Там были коллегии, следовательно, они должны были явиться у нас. Знаменитый Лейбниц писал Петру, что хорошее правление может быть только при условии коллегий, которых устройство похоже на устройство часов, где колеса взаимно приводят друг друга в движение. Сравнение не могло не понравиться Петру, который именно стремился к тому, чтоб русские люди во всем приводили друг друга в движение, ибо все зло происходило от разобщенности колес. Итак, надобно старинные приказы заменить коллегиями; но где взять колеса для часовых машин, для которых старые колеса не годятся? Первый способ для этого, разумеется, взять готовое, взять иностранцев. В августе 1715 года Петр поручил генералу Вейде достать иностранных ученых и в правостях (правах) искусных людей для отправления дел в коллегиях; иностранцу давали асессорский чин, 500 рублей жалованья и квартиру; отправлять должность свою иностранцы должны были чрез толмачей. Это неудобство, разумеется, заставляло искать другого способа наполнить коллегии в «правостях» искусными людьми; в конце того же года царь дал наказ резиденту при императорском дворе Веселовскому: «Старайся сыскать в нашу службу из шрейберов (писарей) или из иных не гораздо высоких чинов из приказных людей, которые бывали в службе цесарской, из бемчан (чехов), из шленцев (силезцев) или из моравцев, которые знают по-славянски, от всех коллегий, которые есть у цесаря, кроме духовных, по одному человеку, и чтоб они были люди добрые и могли те дела здесь основать. Также сыщите книги: лексикон универсалис, который печатан в Лейпциге у Симона; другой лексикон, универсалис же, в котором есть все художества, который выдан в Англии на их языке, и оный сыщите на латинском или на немецком языке; также сыщите книгу юриспруденции. И как их сыщешь, тогда надобно тебе съездить в Прагу и там в езуитских школах учителям говорить, чтоб они помянутые книги перевели на славянский язык, и о том с ними договоритесь, по чему они возьмут за работу от книги, и о том к нам пишите; а понеже некоторые их речи несходны с нашим славянским языком; и для того можем к ним прислать из русских несколько человек, которые знают по-латыни, и оные лучше могут несходные речи на нашем языке изъяснить. В сем гораздо постарайся, понеже нам зело нужно». Но охотников нашлось немного, и потому в августе 1717 года приглашены были шведские пленники, хорошо познакомившиеся с русским языком, вступить в службу при коллегиях. И этим способом, как видно, не могли добыть много людей в коллегии; по крайней мере Измайлов, имевший поручение приглашать шведских пленных, живших в Сибири, писал Макарову в сентябре 1718 года: «В Тобольске и в других сибирских городах в службу царского величества пошло шведских офицеров 9, драгун и солдат то же число, а более никаким образом призвать не мог, потому что имеют довольство немалое, чего и в отечестве своем многие не имели, и в калеги (коллегии) никто не пошел, а больше для того нейдут, что ожидают в скором времени мира». Между тем хотели приготовить и своих, русских: в январе 1716 года велено послать в Кенигсберг человек 30 или 40 молодых подьячих для научения немецкому языку, дабы удобнее в коллегиум были, и послать за ними надзирателями, чтоб они не гуляли.
В конце 1717 года уже определено было число коллегий — девять: 1) чужестранных дел, что ныне Посольский приказ. 2) Камер, или казенных сборов. 3) Юстиция, т.е. расправа гражданских дел. 4) Ревизион, счет всех государственных приходов и расходов. 5) Воинский (т.е. коллегиум). 6) Адмиралтейский. 7) Коммерц. 8) Штатс-контор, казенный дом, ведение всех государственных расходов. 9) Берг— и Мануфактур. Назначены были президенты и вице-президенты в каждую коллегию: в коллегию Иностранных дел президентом — канцлер граф Головкин, вице-президентом — вице-канцлер барон Шафиров; в Камер-коллегию президентом — князь Дм. Мих. Голицын (киевский губернатор), вице-президентом — барон Нирот; в Юстиц-коллегию президентом — тайный советник Андрей Артем. Матвеев, покончивший свое дипломатическое поприще, вице-президентом — Бревер; в Ревизион-коллегию президентом — князь Долгорукий, вице-президента не было назначено; в Военную коллегию президентом — князь Меншиков, вице-президентом — генерал Вейде; в Адмиралтейскую президентом — адмирал граф Апраксин, вице-президентом — Крейс; в Коммерц-коллегию президентом — Петр Андр. Толстой, вице-президентом — Шмидт; в Штатс-контору президентом — граф Мусин-Пушкин, вице-президента не было назначено; в Берг— и Мануфактур-коллегию президентом — Брюс, без вице-президента. Таким образом, кроме последней, Берг— и Мануфактур-коллегии, президентами были назначены русские, вице-президентами (кроме Иностранной коллегии) — иностранцы.
Назначенные президенты должны были выбирать советников и асессоров, но с тем, чтобы последние не были их родственники или собственные креатуры; на всякое место должны были выбрать по два или по три человека и потом представить списки имен в собрание всех коллегий, где должна происходить баллотировка. В конторы по губерниям отправлены были добрые люди, чтоб и там выборы происходили таким же образом, с присягою. В коллегиях должны были быть русские: президент и вице-президент (впрочем, вице-президент мог быть и иностранец); потом из русских должны были быть четыре советника, четыре асессора, один секретарь, один нотарий, один актуарий, один регистратор, один переводчик и подьячие трех статей (старые, средние и младшие). Из иноземцев были: один советник или асессор, один секретарь, один шкрейвер. В апреле 1718 года царь дал указ: «Всем коллегиям надлежит ныне на основании шведского устава сочинить во всех делах и порядках (регламент) по пунктам; а которые пункты в шведском регламенте неудобны или с сетуациею сего государства несходны, и оные ставить по своему рассуждению и, поставя, об оных докладывать, так ли им быть?» С 1720 года уже все коллегии были в полной деятельности.
Колеса в новых машинах не пошли вдруг хорошо; вместо того чтоб приводить взаимно друг друга в движение, иногда зацеплялись друг за друга и мешали общему действию. Еще в 1719 году царь жаловался на бессоюзство, разности и свары между членами Юстиц-коллегии, вследствие чего был издан указ о пресечении местничества и о порядке старшинства коллежских членов В том же году в коллегии Иностранных дел произошло столкновение между президентом и вице-президентом. Мы уже видели, что вице-канцлер Шафиров, находясь в Константинополе, подозревал канцлера Головкина в нерасположении к себе. По возвращении его в Россию это подозрение, как видно, не уничтожилось. 19 мая означенного года были в коллегии Иностранных дел канцлер граф Головкин да подканцлер барон Шафиров, и от канцлера было предложено, чтоб по именному указу великого государя дела слушать, решать и подписывать всем членам коллегии. На это предложение подканцлер барон Шафиров объявил, что он с находящимися теперь налицо членами дел подписывать не будет, в том протестует, причем назвал одного из членов, Курбатова (Петра), канцлеровою креатурою; Шафиров говорил, что потребно полное число членов и что коллегия Иностранных дел другим не пример, а с членами, которые из подьячих, и сидеть стыдно. Канцлер ему отвечал, что эти члены коллегии написаны уже прежде в ведомостях, поданных за их руками в Сенат, в Камер— и Штатс-коллегии: Василий Степанов написан советником канцелярии, Петр Курбатов — секретарем-асессором, и, пока не набрано будет полное число членов, публичные дела коллегии, кроме чужестранных, надобно управлять с ними по-прежнему, мнение каждого должно записывать в протокол и крепить приговоры вместе с ними. Подканцлер сказал на это: «Я с ушниками и бездельниками дел не хочу делать»; и когда канцлер заставлял советника Степанова подписываться к указам, то Шафиров сказал: «Когда у нас такой спор, то надобно требовать определения от его царского величества». Сказавши это, подканцлер с сердцем встал и пошел вон, но, остановясь в дверях, закричал канцлеру: «Что ты дорожишься и ставишь себя высоко? Я и сам такой же!» Канцлер ему отвечал: «Как ты моей старости не устыдишься такими словами мне досаждать и кричать!» Шафиров, вышедши в переднюю палату, перед просителями — гетманским посланцом Кегичем, калмыцкими посланцами и волохами — говорил служителям канцелярии, что канцлер хочет коллежские дела делать с своими креатурами и хочет заставлять их с собою подписывать. Протокол об этом, подписанный Головкиным, Степановым, Курбатовым, Губиным, Аврамовым, был представлен государю.