Петр требовал от Сената быстроты и точности исполнения; трудно было удовлетворять этому требованию по новости дела, по привычке к неповоротливости: Сенат шлет несколько указов губернии, нет ни исполнения, ни ответа, а царь все спрашивает на Сенате, «понеже теперь все у него в руках». Чтоб иметь возможность увеличивать доходы и уменьшать расходы, Сенат прежде всего должен был знать состояние тех и других и потребовал присылки из губерний подлинных приходных и расходных книг. Легко понять, сколько могло быть важных причин, заставлявших медлить этою присылкой. Сенат ждал, посылал новые указы, наконец 28 декабря 1711 года приговорили: «За неприсылку по многим указам подлинных приходных и расходных книг на сибирском, архангелогородском губернаторах, а на московском управителе на самих, для того что они нигде в отлучках от правления своего не были, а Казанской, Азовской, Киевской губерний на ландрихтерах, которые в небытности самих губернаторов от них во всем губернском отправлении были, взять штрафу по 1000 рублев». Чтоб заставить исполнять немедленно указы, в ноябре 1715 года определен был при Сенате особый «генеральный ревизор, или надзиратель, указов». Должность эта была поручена Василию Зотову, сыну знаменитого Никиты Моисеевича. Генеральный ревизор должен был смотреть, «чтоб все исполнено было, а ежели кто не исполнит в такое время, в которое можно было исполнить, или указ точный имеет с сроком, на того объявлять в Сенате, которому немедленно штрафовать виновных; если же в Сенате станут тянуть время несколько сенаторов или все, то на них доносить государю. Ревизор должен иметь столик в той же избе, где Сенат сидит, и записывать указы».
Обер-секретарь Сената Щукин в 1714 году писал Макарову: «Ныне у нас в Сенате во всем большое правление, и все приказные палаты зависят на господах месячных сенаторах, а общий всех съезд для общего дел решения бывает не по вся дни, но временно; итак, слава богу, правление стало быть изрядное». Но некоторые сенаторы находили, что правление не совсем изрядное. Сенатор граф Петр Матвеевич Апраксин подал извет: «По указу царского величества велено нам в правлении Сената дела всякие управлять всем сообща, без всяких прихотей, по настоящим указам, с исполнением правды, под опасением его царского величества гневу. А в нынешнем 717 году привезен из Киевской губернии фискал Безобразов, у которого в Курске была брань с тамошними подьячими; в этой брани говорил он подьячим: „Что вы бунтуете?“ Подьячие подали на него доношение; он в Сенате допрашиван и сказал, что эти слова говорил только в брани при свидетелях. Надлежало бы по тех подьячих и по свидетелях послать, и если бы кого довелось по очным ставкам пытать, то этот розыск довелось чинить при всех них, о чем и другие господа сенаторы приговорили согласно; но сенатор князь Долгорукий (Яков), без приговору всех сенаторов общего, самовластно, своею силою, являя всем страх свой и по каким-то своим злобам, поехав в застенок один, того фискала Безобразова пытал жестоко, а другие сенаторы для той пытки, кроме племянника его, князь Михайлы Долгорукого, никто не ездили, для того что прежде времени, не дождався помянутых подьячих, пытать его не надлежало, в чем я ему, будучи в Сенате, многими словами спорил при господине сенаторе Самарине и при господине генеральном ревизоре бригадире Зотове, чтоб он такого своевольства не делал. И потом, видя, он, князь Долгорукий, что Безобразова пытал без приговора общего, один, спустя больше недели велел дьяку о той пытке написать приговор задним числом, как не только в Сенате, но и в других канцеляриях не бывает, а лежал оный приговор на столе не закреплен долгое время, и по многим словам его закрепили, которого неправдивого приговору закрепить я не мог». Долгорукий оправдывался тем, что Безобразов пытан во многом воровстве и в бунтовых словах, а что не все сенаторы в том застенке были, то для этого отлагать пытки до другого дня было нельзя, потому что Безобразов приличился в воровских бунтовых словах, а такие дела разыскиваются неотлагательно; приговор о том застенке хотя и после написан, однако это сделано для его, графа Апраксина, слов по повелению сенаторов, да и после сего извета Безобразов пытан без приговору же, при которой пытке он, доноситель, и сам был. Граф Апраксин в улику говорил, что Долгорукий Безобразова пытал один прежде времени, а про приговор и сам он, князь Долгорукий, сказал, что писан после пытки. Дело было передано лейб-гвардии майорам Дмитриеву-Мамонову и Лихареву и поручику Бахметеву; они решили, что за неправое доношение графа Апраксина на князя Долгорукого, по военному артикулу 6 главы, надлежит взять на Апраксине штраф 300 рублей в лазарет на дачу солдатам, потому что Безобразов пытан по настоящей его вине. Под приговором подписано собственною рукою царя: «Взять». В 1719 году положены были штрафы за два неправые вершения на сенаторов князя Якова Долгорукого, графа Мусина-Пушкина, князя Михайлу Долгорукого, Самарина и Стрешнева.
И генеральный ревизор Зотов не находил, что правление в Сенате было изрядное. В 1718 году он донес царю: «В бытность мою при Сенате по многим указам не исполнено, и хотя сенаторам я неоднократно доносил, но те мои доношения уничтожены. Велено господам сенаторам съезжаться в канцелярию и сидеть в неделю три дни всем, а месячному каждый день, и ежели кто не будет, на том брать штрафу за каждый день 50 рублей; этот указ постоянно не исполняли, о чем значится во вседневной записке. По указу 1714 года велено в Сенате, в войсках и губерниях всем делам составлять протоколы и без того отнюдь не дерзать; а в Сенате по протоколам дел решено до моего прибытия одно да при мне в три года три дела. Годовые ведомости ниоткуда в Сенат не присылаются, без чего не видно ни приходу, ни расходу, ни доимок, ни губернаторских или других подчиненных неисправ. В недосылке из губерний денег с 714 по нынешний год близ 1 1/2 миллиона рублей; за эти и за иные неисправы положено было штрафов 31657 рублей, из которого числа взято 3368 рублей, да по указу отсрочено 5613, сложено 2834, не взято 19841 рубль. По нарядам с 714 года в С.-Петербург на житье не перевелено шляхетства со 150, купечества и ремесленных с 3000 домов, и за неисполнение никто не штрафован. На содержание гошпиталей сборных с венечных памятей денег из многих епархий с 714 года ничего не прислано, а из иных не на все годы, да и вычетных у офицеров денег за повышение чинов не присылают же, о разных рудах и красках, про которые объявляют доносители, решения не сделано».
Зотов жаловался на нерадение Сената, на послабление его людям, не исполнявшим указы; а с другой стороны, были жалобы на притеснения от Сената. Последние жалобы произошли вследствие столкновения Сената с ближайшим губернатором московским — князем Михайлою Григорьевичем Ромодановским. В 1712 году Ромодановский жаловался царю: «Купечество всякими делами и сборами и военными постоями ведалось в ратуше, а пожарным ведомством и объездами по Москве в Земском приказе. А в нынешнем 1712 году господа сенаты сами собою повелели купечество военными постоями, пожарным ведомством и объездами ведать в московском гарнизоне у Сената ж и обер-коменданта князя Голицына, по дружескому между ними совету, в чем купечеству есть обиды, а денежным сборам с них в губернском правлении остановка великая, потому и многих людей, из купечества взяв в гарнизон и к объезжим, напрасно держат. Пришел ко мне на двор дьяк и сказал словесно: сенатским повелением Поместный приказ мне не ведать, а ведать дьякам под ведением сенатским; а набор рекрут и работников из Поместного приказа ведать в губернской канцелярии. Сенаты сами собою, без моей вины Поместный приказ с поместными делами взяли у меня из губернского правления к себе под ведомство, чиня Московской губернии и мне напрасную обиду, знатно того ради: в том приказе есть их сенатские (сенаторов) многие дела, так чтоб им самим те дела вершить было всячески способно без всякого препятствия. А наинужнейшие государственные дела — набор рекрут, работников, плотников — они, сенаты, перенесли из Поместного приказа в губернскую канцелярию, не дав к тем наборам прежних дьяков и подьячих, в чем самая сильная государственная нужда и неуправление; а поместные дела челобитчиковы, а не вашего величества. Этих наборов они, сенаты, под ведомство к себе не взяли, знатно желая меня в тех наборах за какое-либо, хотя малое, от оного безлюдства неисправление видеть в сущей напасти и штрафовать, потому что без прежних дьяков и подьячих, за обычных ведомцов, управлять тех наборов невозможно. Слободскими посадскими людьми командуют господа обер-комендант и комендант и делают что хотят, и ни в чем нашему слову места нет. Слезно у тебя, государя, милости прошу: или вели коменданту с гарнизоном быть у меня, или губерниею управлять обер-коменданту. Указами от правит. Сената наряжают дела очень крутые, сроки определяют очень краткие, а штрафы сулят неслыханные, якобы великому злодею; посулили у меня отписать поместья и вотчины, ежели я не соберу и не пришлю в июне месяце 25000 рублей, чего мне сделать нельзя за их же указами, что о пустоте указу не чинят, а лишку собирать не велят».