Заведующий Учёным военно-морским отделом, помощник начальника ГМШ: контр-адмирал Вирениус Андрей Андреевич (начальник Отдельного отряда судов идущих в Тихий океан)
Помощник начальника ГМШ: контр-адмирал фон Нидермиллер Александр Георгиевич
Морской технический комитет (МТК)Председатель Морского технического комитета: вице-адмирал Дубасов Фёдор Васильевич
Главный инспектор кораблестроения: генерал-лейтенант по адмиралтейству Кутейников Николай Евлампиевич
И.д. главного инспектора морской артиллерии: генерал-лейтенант по адмиралтейству Кротков Аполлон Семёнович
Главный инспектор минного дела: вице-адмирал Остелецкий Константин Степанович
Главный инспектор механической части флота: генерал-лейтенант по адмиралтейству Нозиков Николай Гаврилович
Главный инспектор строительной части: инженер генерал-майор Будзынский Станислав Константинович
Главное управление кораблестроения и снабжений (ГУКС)Начальник ГУКС: генерал-лейтенант по адмиралтейству Любимов Лев Александрович
Начальник Отдела сооружений: контр-адмирал Родионов Александр Ростиславович
Начальник Отдела заготовлений: генерал-майор по адмиралтейству Мальцов Алексей Дмитриевич
Начальник Счетного отдела: действительный статский советник Симакин Николай Андреевич
Главное гидрографическое управлениеНачальник Главного гидрографического управления: вице-адмирал Гильтербрандт Яков Аполлонович
Канцелярия Морского министерства
Директор канцелярии: действительный статский советник Стеблин-Каменский Егор Егорович
Главный военно-морской судПредседатель военно-морского суда: адмирал Пилкин Пётр Павлович
Главное военно-морское судное управлениеГлавный военно-морской прокурор: тайный советник Виноградов Константин Фёдорович
Товарищ главного военно-морского прокурора: генерал-лейтенант Извеков Николай Нилович
Управление главного медицинского инспектора флота
Главный медицинский инспектор флота: почетный лейб-хирург, действительный тайный советник, доктор медицины Кудрин Владимир Сергеевич
Наместничество Е.И.В. на Дальнем Востоке
Наместник Его Императорского Величества на Дальнем Востоке и командующий войсками в областях наместничества и морскими силами в Тихом Океане
генерал-адъютант, адмирал Алексеев Евгений Иванович
Помощник командующего войсками Квантунской области: генерал-лейтенант Волков Владимир Сергеевич
Начальник временного морского штаба наместника: контр-адмирал Витгефт Вильгельм Карлович
И.д. начальника временного военного штаба наместника: генерал-майор Флуг Василий Егорович
В распоряжении временного морского штаба наместника
Мореходная канонерская лодка "Гремящий" (в ремонте): капитан 2-го ранга Николаев 1-й Пётр Егорович
Мореходная канонерская лодка "Отважный": капитан 2-го ранга Давыдов 1-й Александр Васильевич
Мореходная канонерская лодка "Бобр": капитан 2-го ранга Бубнов 2-й Михаил Владимирович
Мореходная канонерская лодка "Гиляк": капитан 2-го ранга Алексеев 1-й Василий Алексеевич
Учебные суда в Талиенване
Крейсер 2 ранга "Джигит": капитан 2-го ранга Назаревский Александр Петрович
Крейсер 2 ранга "Разбойник": капитан 2-го ранга князь Ливен Александр Александрович
Стационеры в ЧумульпоКрейсер 1 ранга "Варяг": капитан 1-го ранга Руднев Всеволод Фёдорович
Мореходная канонерская лодка "Кореец": капитан 2-го ранга Беляев 2-й Григорий Павлович
Стационер в ИнкоуМореходная канонерская лодка "Сивуч": капитан 2-го ранга Стратанович Александр Николаевич
Стационер в ШанхаеМореходная канонерская лодка "Манджур": капитан 2-го ранга Кроун Николай Александрович
Командир порта Артур
контр-адмирал Греве Николай Романович
В распоряжении командира порта Артур
Крейсер 2 ранга "Забияка": капитан 2-го ранга Лебедев 2-й Александр Васильевич
Транспорт "Ермак": подполковник корпуса флотских штурманов Эйхен Пётр Петрович
Портовое судно "Силач": лейтенант (к-л) Балк 2-й Сергей Захарович
Эскадра в Тихом океане (с 18.06.04 1-я эскадра Флота Тихого океана)
Начальник эскадры: вице-адмирал Старк Оскар Викторович (флаг на "Петропавловске")
Флаг-капитан штаба эскадры: капитан 1-го ранга Эбергард Андрей Августович
Младший флагман: контр-адмирал князь Ухтомский Павел Петрович (флаг на "Пересвете")
Младший флагман: контр-адмирал Молас Михаил Павлович (флаг на "Баяне")
Младший флагман: контр-адмирал Лощинский Михаил Фёдорович
Отряд броненосцев
1-е отделениеЭскадренный броненосец "Петропавловск" (флаг вице-адмирала): капитан 1-го ранга Яковлев 1-й Николай Матвеевич
Эскадренный броненосец "Севастополь": капитан 1-го ранга Чернышов Николай Кузьмич
Эскадренный броненосец "Полтава": капитан 1-го ранга Успенский Иван Петрович
Эскадренный броненосец "Цесаревич": капитан 1-го ранга Григорович Иван Константинович
2-е отделениеЭскадренный броненосец "Пересвет" (флаг контр-адмирала): капитан 1-го ранга Бойсман 1-й Василий Арсеньевич
Эскадренный броненосец "Победа": капитан 1-го ранга Зацаренной 1-й Василий Максимович
Эскадренный броненосец "Ретвизан": капитан 1-го ранга Шенснович Эдуард Николаевич
Отряд крейсеров
Дальние разведчикиКрейсер 1-го ранга "Баян" (флаг контр-адмирала): капитан 1-го ранга Вирен Роберт Николаевич
Крейсер 1 ранга "Аскольд": капитан 1-го ранга Грамматчиков Константин Александрович
Крейсер 1-го ранга "Паллада": капитан 1-го ранга Коссович Иосиф Васильевич (новый командир капитан 1-го ранга Сарнавский Владимир Симонович еще не прибыл)
Крейсер 1-го ранга "Диана": капитан 1-го ранга Залесский 1-й Василий Константинович (новый командир капитан 1-го ранга Иванов 1-й Николай Михайлович еще не прибыл)
Ближние разведчики
Крейсер 2-го ранга "Новик": капитан 2-го ранга фон Эссен Николай Оттович
Крейсер 2-го ранга "Боярин": капитан 2-го ранга Сарычев 1-й Владимир Фёдорович
Минный крейсер "Гайдамак": капитан 2-го ранга Иванов 6-й Фёдор Николаевич
Минный крейсер "Всадник": капитан 2-го ранга Стронский 3-й Николай Васильевич
Транспорт "Енисей": капитан 2-го ранга Степанов 2-й Владимир Алексеевич
Транспорт "Амур": капитан 2-го ранга Бернатович Генрих Андреевич
Транспорт "Ангара": временно командующий капитан 2-го ранга Сухомлин 1-й Александр Андреевич
1-й отряд миноносцев.
Командующий отрядом миноносцев и их командами: капитан 1-го ранга Матусевич 1-й Николай Александрович (командир Квантунского флотского экипажа)
Контрминоносец "Боевой": капитан 2-го ранга Елисеев Евгений Пантелеевич
Контрминоносец "Бдительный": лейтенант (к-л) Хмелёв Сергей Леонидович
Контрминоносец "Беспощадный": лейтенант (к-л) Лукин 1-й Вениамин Константинович
Контрминоносец "Бесстрашный": капитан 2-го ранга Циммерман Георгий Владимирович
Контрминоносец "Бесшумный": капитан 2-го ранга Скорупо Фома Ромуальдович
Контрминоносец "Внимательный": капитан 2-го ранга Симон Николай Людвигович
Контрминоносец "Внушительный": лейтенант (к-л) Подушкин Михаил Семёнович
Контрминоносец "Выносливый": лейтенант (к-л) Рихтер 1-й Павел Александрович
Контрминоносец "Властный": лейтенант (к-л) Карцов Виктор Андреевич
Контрминоносец "Грозовой": лейтенант (к-л) Шельтинга Владимир Владимирович
Контрминоносец "Бойкий": капитан 2-го ранга Цвингман 1-й Альфонс Карлович
Контрминоносец "Бурный": капитан 2-го ранга Погорельский 1-й Евсквий Михайлович
Миноносец "Лейтенант Бураков": капитан 2-го ранга Иванов 4-й Спиридон Матвеевич
2-й отряд миноносцев.
И.д. командующего отрядом миноносцев и их командами: капитан 2-го ранга Гинтер Анатолий Августович
Миноносец "Разящий": капитан 2-го ранга Симонов 1-й Павел Виссарионович
Миноносец "Расторопный": капитан 2-го ранга Сакс Николай Александрович
Миноносец "Решительный": капитан 2-го ранга Корнильев Алексадр Алексеевич (тяжело болен)