Наступили последние дни Казанского ханства. После отъезда Шах-Али в Казани произошел очередной переворот. Казанцы закрыли ворота перед русским воеводой, направлявшимся в крепость, чтобы ликвидировать ханство и установить воеводское управление, и пригласили на престол астраханского царевича Ядыгар-Мухаммеда (Едигера). Шах-Али с касимовскими татарами участвовал в походе Ивана IV на Казань в 1552 г., закончившемся падением ханства.
Иван IV и русские воеводы доверяли Шах-Али и касимовцам, но во время решающего штурма Казани, закончившегося страшной резней, царь и его татары были определены в войско, расположенное вокруг города с тем, чтобы не дать осажденным вырваться, и в самом штурме не участвовали. Зато в торжественном въезде Ивана IV в Казань Шах-Али ехал вслед за русским царем, а перед этим поздравлял его с победой. С падением Казани отпала необходимость в существовании ханов, находящихся «под рукой» великого князя московского, но Касимовское ханство продолжало существовать, причем до заката ему оставалось более полувека.
Касимовские татары очень скоро понадобились Ивану Грозному на новом фронте – в Ливонской войне (1558– 1583). Активным участником Ливонской войны был Шах-Али. В 1557–58 гг. он возглавлял полк в походе на Ливонию и произвел большое опустошение в этой стране. В 1561 г. он был послан под Смоленск, а в 1564 г. стоял в Вязьме. Касимовские татары и «царев Шигалеев двор» участвовали без своего государя в усмирении мятежей в Казанской земле в 1553, 1554 гг.; в походах на шведов в 1555, 1556 гг.; в 1556 г. стояли в Серпухове. Европейские писатели с ужасом пишут о жестокостях и бесчеловечности Шах-Али и татар. В части, касающейся пленных европейцев, эти сообщения недалеки от истины. Особым указом Иван IV запретил продавать пленных в Германию и Польшу, и они отправлялись, по словам иностранных писателей, в Татарию, Персию, Турцию и Индию. В Казанском ханстве издавна была хорошо налажена работорговля. Надо полагать, что волна ливонских пленников не миновала и Касимова.
Во второй половине XVI в. в положении Касимовского ханства существенных перемен не происходило. Преемником Шах-Али стал правнук хана Ахмата царевич Саин-Булат. Впервые его имя упоминается в 1570 г. на дипломатических переговорах между русским и турецкими представителями. Тогда русский посол говорил: «Мой государь вовсе не есть враг мусульманской веры. Слуга его, царь Саин-Булат господствует в Касимове, царевич Кайбула в Юрьеве, Ибак в Сурожике, князья ногайские в Романове: все они свободно и торжественно славят Магомета в мечетях…» В этих словах содержится указание на еще один аспект вопроса о судьбе Касимовского ханства после падения Казани – международный. Касимовское ханство играло важную роль в русско-крымских, русско-ногайских, русско-турецких и даже русско-казахских отношениях второй половины XVI в. Вассальное мусульманское государство было необходимо русскому правительству и как объект пожалования возможным претендентам, изгнанным со своих престолов, и как свидетельство лояльного отношения к исламу и отсутствие ущемления прав российских подданных-мусульман. В 1573 г. Саин-Булат принял крещение с именем Симеона Бекбулатовича, и сразу же лишился и касимовского престола. Правда, Симеона Бекбулатовича ждало более высокое призвание – в 1575/76 г., по воле Грозного, он занимал московский престол, а затем получил в удел Тверь. В Смутное время он стал династическим соперником сначала Годунова, затем Лжедмитрия I и Василия Шуйского, был ослеплен при помощи яда, а затем насильственно пострижен в монахи и отправлен в Соловецкий монастырь. Скончался Симеон Бекбулатович глубоким стариком в 1616 г.
О внутреннем состоянии и устройстве Касимовского ханства нам известно крайне мало. Касимовский хан назначался из представителей мусульманских (в основном, татарских) династий, выехавших, бежавших или взятых в плен в Россию и обязавшихся служить московскому государю. Все касимовские ханы, выходцы из Казани, Крыма, Астрахани, Казахстана и Сибири, были потомками Чингисхана, представителями старшей линии Джучидов, т. е. ханов Золотой Орды. При вступлении в должность хан приносил шерть. До нас дошла присяга Абдул-Латифа, данная им в 1508 г. при получении в удел Юрьева. В основные обязанности хана входило: верно служить великому князю; не вступать в сношения с недругами великого князя; не принимать к себе татар, служащих великому князю; в свою очередь Василий III обязался не принимать к себе татар, служащих Абдул-Латифу, за исключением представителей четырех знатнейших родов – Ширин, Барын, Аргын и Кипчак; татары Абдул-Латифа, проходя по русским землям, не грабят и не обижают христиан; преступников хан обязан выдавать, а пойманных на месте преступления – казнить. По-видимому, обязательства касимовских владельцев были весьма близки к этим.
В Касимове церемония возведения в звание хана проводилась торжественно. В мечети хана поднимали на золотой кошме. Этот обряд, восходящий к монгольскому обычаю, сохранялся в Казани, Крыму, Ногайской Орде и среднеазиатских ханствах. После этого три дня отмечался праздник, и хан раздавал пожалования и милости. Выше уже говорилось, что касимовский хан получал «выход» от великого князя московского и дань с Рязанской земли. В последний раз «выход» упоминается в договоре князя Владимира Старицкого с Иваном Грозным в 1553 г., но выплачивался ли он на самом деле или это только юридическая формула – неизвестно. Кроме того, хан собирал дань, пошлины и ясак с татар, мещеры и мордвы, живших на подвластной ему территории. В Касимовском ханстве жили мишари, бессермяне и ногайцы. Русское население до первой четверти XVII в. в судебном отношении подчинялось ханам (за исключением тяжких уголовных преступлений – «разбоя и татьбы с поличным»); хану же шли и судебные пошлины. Ямская слобода, возникшая в Касимове в середине XVI в., указом Ивана IV была освобождена от всех податей и государственных повинностей. Территорию ханства определить трудно. Известно, что она изменялась. В 1552 г. Шах-Али получил в придачу к имеющимся землям села на Мещере. Русский летописец, сообщая о пожаловании в 1600 г. касимовского престола хану Ураз-Мухаммеду, говорит, что Борис Годунов дал хану «Касимов со всеми волостьми и доходами».
Среди касимовских татар преобладали военные служилые люди. Они владели поместьями в Касимовском, Елатомском, Кадомском уездах и на Мещере. Помещики-мусульмане держали за собой села и деревни с православным населением. По социальному составу касимовцы делились на князей, мурз и простых татар, которых в источниках нередко называют казаками (казак – тюркское: вольный человек, бродяга). Касимовского хана окружали представители знатнейших татарских родов. В Казани, Крыму и Касимове они назывались карачиями. Эти роды, по договору Абдул-Летифа с Василием III имели право перейти от хана на службу к великому князю. Почти все они известны и в Касимовском ханстве: Аргын, Кипчак, Джалаир, Мангыт, Ширин. Отдельные ветви этих родов вошли в XV–XVII вв. в состав российской аристократии. Так, потомками Ширинов были князья Мещерские и Ширинские-Шихматовы, а потомками Мангытов – князья Урусовы и Юсуповы. Среди придворных упоминаются чины, встречающиеся при дворах казанского и крымского ханов – аталыки (воспитатели ханских сыновей) и имильдаши (молочные братья, ровесники и приближенные лиц ханского дома).
Сложнее определить положение сеидов. Сеидами называют потомков пророка Мухаммеда от его дочери Фатимы и пророка Али. В мусульманском мире они пользуются особым уважением. Помимо этого, в Казани и Крыму сеидом называли главу местного духовенства. В Касимове также сеидом назывался глава духовенства. В конце XVI–XVII вв. эта должность сохранялась в роде Шакуловых. В то же время, сеиды неоднократно упоминаются в документах как командующие отдельными отрядами касимовских татар. В 1573 г. князь Иван Сеитов Городецкий был включен в состав особого «двора» Ивана Грозного и получил высокий оклад в 200 рублей. В 1587 г. «Кошкей сеит» возглавлял касимовцев в одном из походов. В Смутное время активно действовал воевода князь Третьяк Сеитов. Эти сеиды, по-видимому, потомки халифа Али, которые занимали высокое положение и в Касимове.
Кроме сеидов, стоявших во главе касимовского духовенства, в Касимове известны муллы, данишменды (наставники в мусульманских училищах – медресе) и хафизы (мудрецы, наизусть знающие Коран). О татарах купцах и ремесленниках как о существенном социальном слое в Касимове ничего не известно.
Заканчивая обзор внутреннего состояния ханства, следует также отметить немаловажное значение Касимова как пункта на пути посольств и торговых караванов, шедших с низовьев Волги к Москве и обратно. В Касимове останавливались астраханские и ногайские послы, и касимовский владелец сообщал об их приезде в Москву. Через Касимов гнали многотысячные табуны скакунов татарские и ногайские купцы.