Второе поучение Иосифа озаглавлено «Поучение христолюбивым князем и судиям и всем православным христианом» (л. 16–40 об.). Здесь патриарх резко порицает современников за их нечестие и вместе не только учит и убеждает их, но и повелевает им исправиться, как облеченный высшею церковною властию. «Всем повелеваем иметь в уме страх Божий, ибо известно, что все возлюбившие Бога и ходящие в заповедях Его сподобляются Его милости и благодати. Но некоторые только имя христианское на себе носят, а будучи омрачены окаянно диаволом, впадают в клятвы, и в хулы, и в телесные нечистоты и бесстудно творят содомский грех, чего нет и между бессловесными... Сим всем завещеваем содержать в уме страх Божий и грядущий Суд и удаляться от таковых нечистот... Учим вас от св. писаний, что за такие грехи грады Содом и Гоморра и другие окрестные с живущими в них до конца погублены были... А что сказать о тех, которые о Боге ротятся, и клянутся, и крест целуют ротою, и призывают Бога на погубление свое? Тем запрещаем судом святительства и царства находиться в соединении с нами и учим словом Господним: Не клянитеся всяко, ни небом, ни землею... Проповедуем всем христианам, да удаляются от лютых прегрешений, каковы: рота, клевета, лесть, лжесвидетельство, убийство... блуд, прелюбодеяние, содомское блужение, скотоблужение, пьянство и пр. Повелеваем начальникам городов казнить по закону хульников, ротников, мужеложников, убийц, растлителей девства... В каждой стране свои законы, и каждая держится своих обычаев... А мы, принявши истинный закон от Бога, осквернились беззакониями разных стран, заимствовав от них злые обычаи, за то и терпим томление от тех стран... Итак, оставим путь злобы, конец которого – пагуба, и познаем путь Божий, возводящий на небо». К этим своим обличениям и наставлениям патриарх присовокупил несколько небольших Слов, или отрывков, известных по рукописям, каковы: а) «Слово Сирахово на немилостивыя судии и князи, иже неправдою судят»; б) «Слово о гордости»; в) «Слово о судиях и о властелех, емлющих мзду и неправду судящих»; г) «Слово Аввакума пророка на обидящия и насильствующия»; д) «Слово св. Василия о судиях и о властелех»; е) «Слово иже во святых отца нашего Иоанна Златоустаго о милостыни, како подобает от праваго труда творити милостыню, а не от лихоимства». Впрочем, надобно заметить, что и это второе поучение Иосифа ему не принадлежит, а целиком заимствовано им из Кормчих XVI в., где оно помещалось под заглавием «Поучение епископле всем христолюбивым князем и всем правоверным христианом боголюбивым», равно как оттуда же заимствованы и все приложения к поучению: Слово Сирахово, Слово о гордости, Слово о судиях и др. В заключение последнего приложения, заимствованного из Златоуста, Иосиф выразился: «Посему молю вас, рассуждайте сами собою о всякой вещи и понуждайте себя творить заповеди Господни да обрящете покой душам вашим».
И непосредственно за тем патриарх так озаглавил третье свое поучение: «Посем еще паки рцем к чистителем иереом христианскаго народа» (л. 40–48), чем ясно показал, что три поучения его, напечатанные вместе, составляют собственно одно поучение. В последнем поучении Иосиф преподает пастырям наставления преимущественно каноническаго свойства. «Слушайте, сыны и братья нашего смирения о Господе, что говорит правило. Если говорит: да извержется, то уже извержен; если говорит: да отлучится, то отлучится на время соответственно греху... Если впадет поп или дьякон в блуд или другой грех, возбраняющий священство, да отлучится и не служит. Не должно служителю Божию, имеющему на кого гнев, входить в алтарь, но прежде примириться и тогда начинать службу. Неприлично попу носить красных (светлых) одежд и коротких, но смиренные и длинные. Все церковные службы он должен совершать со страхом и трепетом... Не должно подавать Св. Даров недостойным, пребывающим во грехах, возбраняющих причащение, пока не понесут эпитимии и не покаются... Внимай, иерей, что должно причащать людей от части Владычней, от которой сам приобщаешься, а не от частей Богородичной, Предтечевой и прочих, как поступают некоторые священники, не ведающие Писания... Антидор раздавать сперва чтецам и потом простым людям. Чтецы и клирики не должны подавать Божественных Даров простецам, а простецы да не касаются к св. сосудам и не входят в алтарь... Умеющие Божественные Писания могут писать свои согрешения на хартии и подавать отцам духовным, а прочие должны исповедовать свои грехи устно... Женщин повелеваем исповедовать при отверстых дверях церкви во избежание соблазна. Священноинокам заповедуем не принимать на исповедь мирских людей, мужей и жен, кроме крайней нужды... Юный священноинок и мирской иерей никак да не дерзнет принять даже одну душу к исповеди... Священноинок да не принимает черниц на исповедь...» и пр. Нет сомнения, что и это третье поучение Иосифа заимствовано им если не целиком, то по частям из каких-либо прежних сборников.
Первые годы патриаршествования Иосифа ознаменовались в Москве довольно жаркою и продолжительною полемикою против лютеранизма, в которой принимал участие и сам патриарх. В 1643 г., октября 28-го по приказу государя было объявлено патриарху, что государь посылал в Данию для переговоров с королем Христианом IV одного проживавшего в Москве иностранца, Петра Марселиса, и что вследствие этих переговоров скоро прибудет в Москву сын короля датский королевич Вольдемар для сочетания законным браком с царевною Ириною Михайловною, – объявлено с тем, чтобы патриарх со всем освященным Собором молился Богу и Пречистой Богородице о счастливом окончании начинающегося дела. В начале следующего года Вольдемар действительно прибыл в Москву с посольством от датского короля и пастором своим Матвеем Фильгобером и 28 генваря представился царю. Через десять дней (8 февраля) патриарх Иосиф по царскому приказу послал к королевичу бывшего в Швеции резидентом Димитрия Францбекова и велел ему сказать: «Великий святитель со всем освященным Собором сильно обрадовался, что вас, великого государского сына. Бог принес к великому государю нашему для сочетанья законным браком с царевною Ириною Михайловною, и вам бы, государскому сыну, с великим государем нашим, с царицею и их благородными детьми и с нами, богомольцами своими, верою соединиться». Королевич отвечал, что он не может переменить своей веры; в договоре, заключенном Марселисом, прямо сказано, что ему, королевичу, принуждения в вере не будет, и если теперь его царское величество не изволит делать по статьям того договора, то пусть прикажет отпустить его, королевича, назад к отцу. Францбеков заметил, что теперь ехать ему, королевичу, назад в свою землю было бы нечестно, а лучше бы он поразмыслил и согласился поговорить о вере от книг с духовными людьми. Королевич отвечал: «Я сам грамотен лучше всякого попа, Библир прочел пять раз и всю ее помню; если царю и патриарху угодно поговорить со мною от книг, я готов говорить и слушать». Скоро он объяснился с царем и на словах и письменно и стоял на одном, что переменить веры не может, ссылался на договор, на волю отца. Царь отвечал, что вовсе не хочет принуждать его, королевича, к перемене веры, а лишь просит и молит его о том, потому что иначе и законному браку его с царскою дочерью никак быть нельзя. Королевич просил отпуска в Данию, но царь не отпустил. Он все надеялся, что королевича можно склонить к принятию православия силою убеждений, и приказал действовать патриарху.
21 апреля явился к королевичу посланный от патриарха и сказал: «Послал меня к тебе государев отец и богомолец святейший Иосиф, патриарх Московский и всея России, велел о твоем здоровье спросить и известить тебя: слух до него дошел, что ты, государь королевич, у царского величества отпрашивался к себе, а любительного великого дела, для чего приехал, с царским величеством не хочешь совершить. Так святейший Иосиф о том к твоему величеству советное за своею печатью письмо прислал, чтоб тебе пожаловать вычесть и любительно ответ учинить». В письме патриарх убеждал королевича не упрямиться, послушаться царя государя и соединиться с ним в вере, потом кратко объяснял различие между православным исповеданием и лютеранским и наконец вновь убеждал королевича принять православие и креститься в три погружения, присовокупляя, что возьмет грех на себя, если королевич считает это грехом. Через два дня королевич прислал ответное письмо к патриарху, заключавшее в себе двадцать одну статью, и говорил, что твердость в вере нельзя называть упрямством и в делах веры надобно больше слушаться Бога, чем людей, доказывал правоту своего лютеранского исповедания и достаточность обливательного крещения, просил патриарха походатайствовать пред царем об отпуске его, королевича, в Данию вместе с датскими послами и, между прочим, писал: «Вы призываете нас соединиться с вами в вере и говорите, что если мы видим в этом грех, то вы со всем освященным Собором возьмете грех тот на себя. Мы думаем, что всяк грехи свои несет сам; если же вы убеждены, что по своему смирению и святительству можете брать на себя чужие грехи, то сделайте милость, возьмите на себя грехи царевны Ирины Михайловны и позвольте ей вступить с нами в брак». Патриарх отправил к принцу второе послание, в котором изложил опровержения и возражения на каждую из статей его ответного письма.