Риме персонажи. Среди его поклонников был молодой священник Карло Борромео, один из многочисленных племянников Папы Пия IV. Впоследствии он тоже будет канонизирован. В те времена как раз проходил Вселенский собор католической церкви в Тренто с целью дать отпор движению реформации. Туда был отправлен генерал иезуитов отец Лайнес, и Франциску Борджиа пришлось его заменить в Риме почти на год.
Собор закрылся 4 декабря 1563 года, и отец Лайнес вернулся в Рим, но состояние его здоровья было очень плохим. Диего Лайнес, 2-й генерал ордена иезуитов, умер 19 января 1565 года в присутствии Франциска Борджиа, которому он долго смотрел в глаза перед смертью. Возможно, отец Лайнес хотел ему что-то передать, но уже не мог говорить? После его смерти Франциск стал сначала викарием, а потом, 2 июля 1565 года, 3-м генеральным настоятелем общества Иисуса. Из 39 присутствующих 31 проголосовали за него. Как сказал сам Франциск, это был день его распятия.
Так сбылось предсказание Игнатия де Лойола о том, что когда-нибудь Борджиа станет его последователем. На что Франциск неизменно отвечал, что это невозможно, потому что он грешник и грешит хуже самого дьявола. Игнатий в ответ возражал, что он и сам небезгрешен. И что особенно много грехов он сделал в молодости, когда был пажом министра финансов испанского короля Фердинанда II Арагонского. Франциску исполнилось уже 55 лет, здоровье было уже совсем не то – его беспокоила подагра и боли в желудке. Но он очень ответственно подошел к исполнению своих обязанностей. В молитвах Франциск просил Бога либо забрать его к себе, либо отнять у него эту должность, либо направлять его согласно своей воле. Он также просил у господа наделить его добротой отца Лайнеса и благоразумием отца Игнатия.
Первым его действием как генерала ордена была постройка большой церкви иезуитов в Риме. Постройку храма оплатил Алессандро Фарнезе, но землю Франциск купил сам, наделав при этом долгов. Очень большое внимание отец Франциск Борджиа уделял подготовке новых послушников. Постепенно под его руководством открывались колледжи иезуитов в других городах: Турине, Милане, Мондови, Шамбери, в Германии, Богемии, Польше. Он сам регулировал количество времени для молитвы, изучал и сам составлял нужные правила «Конституции» сообщества. Игнатий де Лойола советовал молиться час в день, а Франциск Борджиа постановил правило молиться не меньше двух часов в день.
Теперь, когда Франциск стал генералом ордена, у него появилась возможность проникнуть в секретные архивы Ватикана и поискать там документы, которые позволили бы узнать всю правду о его предках. Но, к своему разочарованию, он удостоверился, как трудно отличить истину от фантазии и настоящие сведения от фальшивых. Франциск пытался узнать, как на самом деле обстоят дела, у своей кузины Лукреции, настоятельницы монастыря Святого Бернардина. Она была одной из многочисленных внебрачных дочерей Чезаре Борджиа, но она ничего не знала, или не желала знать ни о своем отце, который умер, когда ей было всего несколько лет, ни о других членах династии Борджиа. Она даже не помнила своего отца и выросла в полном неведении о его делах.
В 1568 году здоровье отца Франциска значительно ухудшилось из-за постоянных постов и самоистязаний. К его многочисленным болезням добавилась инфекция в коленном суставе, которая вызывала жар. Тогда Франциск отправился в сантуарий Лорето поклониться Богородице и попросить здоровья. При этом он продолжал управлять орденом и окружал себя верными и надежными помощниками.
Франциск Борджиа стал первым основателем миссии иезуитов в Южной Америке. Сам генерал ордена не мог к тому времени передвигаться на такие дальние расстояния из-за состояния здоровья, вместо себя он отправлял туда молодых, полных энтузиазма членов ордена.
Так он впервые организовал миссию во Флориду, а когда из-за многочисленных сложностей эту миссию пришлось остановить, он переключился на Мексику. Затем отец Франциск отправил в Перу отца Джованни Баттиста ди Сегура со словами: «Ты избран для миссии в дикие земли, где другие пролили кровь в защиту слова Божьего. Конечно, ты гордишься таким назначением. Как бы я сам был счастлив, если бы только мог туда поехать. Ведь нет на свете радости большей, чем пролить свою кровь во славу Бога». Не знаю, обрадовало ли Джованни Баттиста такое напутствие, но особого выбора у него не было. Из Перу отец ди Сегура не вернулся – он был убит в этой дикой земле четыре года спустя. Всего отец Франциск организовал три миссии в Перу.
Другой неудачной миссией была экспедиция иезуитов в Эфиопию. Из всех членов ордена до Абиссинии добрался только отец Андреа де Овьедо, который по прибытии туда сразу же попал в тюрьму. Ему с трудом удалось освободиться только через несколько месяцев. Для того чтобы написать в Рим Папе Пию, V Андреа пришлось вырвать две единственные белые страницы из своеего молитвенника. Отец Франциск хотел, чтобы он вернулся из Африки и отправился в менее опасную Японию, но Андреа отказался.
Франциск Борджиа отправлял миссии в Азию, а также в Парагвай и в другие страны Латинской Америки. Многие из его миссионеров были убиты в этих странах, в том числе и самый первый их них – Пьетро Мартинес, который отправился во Флориду. Однажды Франциск снарядил корабль с миссионерами в Бразилию во главе с отцом Игнатием ди Адзеведо. Но в открытом море на них напал флот гугенотов под командованием Джакомо Сури. Тот приказал своим миссионерам убить всех иезуитов с корабля в Сантьяго и выбросить их останки в океан на съедение акулам. Франциск, услышав о страшной кончине братьев-иезуитов, испытал кроме горя еще и чувство гордости за их мученическую смерть во имя слова Божьего.
Многие недоброжелатели называли его эгоистом за то, что он посылал своих собратьев на неминуемую смерть в разные опасные уголки земли, а сам оставался в Риме молиться. Но на самом деле Франциск уже едва мог передвигаться из-за мучивших его болезней.
Папа Пий IV умер в еще декабре 1565 года и новым понтификом был избран Антонио Микеле Гизлиери родом из герцогства Миланского под именем Пия V. Он был в дружеских отношениях с Франциском Борджиа, так же, как и Карло Борромео, который к тому времени стал архиепископом Милана.
В 1566 году в Риме разразилась страшная эпидемия чумы. Инфекции распространялись из-за множества болотистых мест в городе с гнилой застоявшейся водой. Нужно было срочно перестраивать, расширять и мостить улицы Вечного города. Одной из немногих нормальных и широких была улица Юлия, проложенная в эпоху Папы Юлия II. Отец Франциск решил принять участие в борьбе с эпидемией. Он основал новую больницу в старом заброшенном