В 1764 году окончила свое дело комиссия о церковных имениях, или Духовная комиссия. Указом Сенату 26 февраля императрица объявляла об утверждении доклада комиссии. Монастырских крестьян было исчислено до 911000, исключая Малороссии и губерний: Харьковской, Екатеринославской, Курской и Воронежской, где исчисление было произведено позднее; каждый крестьянин обложен был оброком по рублю 50 копеек в год, что доставляло сумму в 1366299 рублей. Так как архиерейские домы имели крестьян и должны были получать за них вознаграждение в постоянном окладе, то все епархии разделены были на три класса: в первый зачислены были только три епархии – Новгородская, Московская и Петербургская; во второй – 8 и в третий – 15; на все архиерейские домы отчислено было в год по 149586 рублей. Всех монастырей было 947, из них мужских – 728, женских – 219, но из них большая часть не имела населенных земель, а из имевших некоторые имели очень много крестьян, а другие очень мало. Имевшие крестьян монастыри и, следовательно, имевшие право получить за них вознаграждение в постоянном денежном окладе вошли в число штатных и разделены были на три класса: в первом мужских считалось 15 монастырей, во втором – 41, в третьем – 100; на все эти штатные монастыри положено было выдавать в год 174750 рублей; женские монастыри были также разделены на три класса, и на них назначено было в год 33000 рублей. Монастыри, не имевшие крестьян, оставлены были на прежних своих средствах существования, и из них остался только 161 монастырь, а прочие были упразднены или обращены в приходские церкви. Каждый архиерейский дом должен был иметь богадельню с определенным по классам епархий количеством призреваемых; всех богаделенных обоего пола полагалось 765 человек, каждому шло по 5 рублей в год, следовательно, вся назначенная для них из коллегии Экономии сумма простиралась до 3825 рублей. Содержание отставных военных при архиерейских домах и в монастырях признано неудобным, «ибо духовным властям таковых отставных, яко воинских людей, в надлежащем порядке содержать, а тем военным людям в спокойствии под правлением и смотрением духовных быть весьма несходственно. К тому же отставные, имеющие у себя жен и детей, с трудом могут себя положенным окладом продовольствовать, и для того дети их принуждены скитаться по миру или кормиться работою у посторонних людей, а другие к вотчинникам в подушный оклад записывались». Поэтому решено было отставных военных отправлять не в монастыри, а в назначенные города числом 31 город, где им на первый раз отводились квартиры у обывателей, и давать жалованья: гвардии обер-офицерам – по 100 рублей, унтер-офицерам – по 20, капралам и рядовым – по 15; армейских полков подполковникам – по 120 рублей, майорам – по 100, капитанам – по 65, поручикам – по 40, подпоручикам и прапорщикам – по 33, унтер-офицерам – по 15, рядовым – по 10 рублей. Число таких отставных военных было определено именно 4353 человека, а сумма, на них отпускаемая, должна была простираться до 80600 рублей. Право на такое «вечное пропитание» из субалтерн-офицеров имели те, у которых было меньше 25 душ крестьян, из капитанов – меньше 30, а из штаб-офицеров – меньше 40 душ, включая в то число недвижимые имения, принадлежащие женам их. Вдова, оставшаяся после военного, если имеет не более сорока лет, а недвижимое имение ее не больше вышеозначенного, получает один раз годовое жалованье мужа; если же старше 40 лет и замуж идти не захочет, то получает по смерть осьмую долю мужнего жалованья; дети мужского пола до 12, а женского до 20 лет получают двенадцатую долю отцовского жалованья; с 12 лет мальчики поступают в школы, девицы выдаются замуж с приданым, равняющимся целому годовому жалованью отца их; если же по болезни или какому-нибудь увечью замуж идти не могут, то получают по смерть двенадцатую долю отцовского жалованья. Сумма, определенная на содержание вдов и сирот, простиралась до 34400 рублей. Устройством семинарий комиссия не имела еще возможности заняться, и потому это дело отложено было на будущее время.
Отобрание монастырских населенных имений оправдывалось и тем, что излишек доходов с них пойдет, между прочим, на содержание заслуженных воинов; поэтому легко представить себе беспокойство императрицы, на которую падала ответственность за эту меру, когда ей донесли, что мера лишается своего оправдания, что инвалиды ходят по миру; она не могла успокоиться и тогда, когда справедливость донесения была официально отвергнута.
В конце ноября Екатерина дала секретную инструкцию капитану и поручику Семеновского полка Дурново: «Ехать вам надлежит отселе в Москву. Приехав туда, наведываться вам под рукою, есть ли на Москве остаточные сверх определения в инвалиды отставных солдат, прежде при монастырях живущих. Здесь слух носится, будто комиссия Духовная менее положила инвалидов, нежели при монастырях солдат было, и многие сотни остались без хлеба и по миру по Москве будто шатаются, почему от меня к графу Солтыкову писано и от него ко мне прислан рапорт, из которого противное значит; однако ж как Михаил Баскаков сам таковых милостыни просящих видел, то ныне вас посылаю, чтоб вы истину узнали, о таковых проведывали и, сколько возможно, именно их переписывали и обнадеживали их, что они мною не оставлены будут, а вы мне пришлите роспись и подавайте такую же графу Солтыкову, которому уже от меня приказано на первый случай выдать по два рубля на человека… Из Москвы поедете в Александрову слободу под видом богомольства, где вам проведовать, много ли стариц сверх штатных, сколько им дается и в чем их нужды состоят, и, обнадеживая их немедленным моим о том рассмотрением, приезжайте обратно сюда».
Раскол постоянно давал о себе знать. Крестьяне деревни Любача Медвецкой волости в Новгородской губернии, собравшись в количестве 35 душ в избу к крестьянину Ермолину, объявили, что сожгутся. Послан был поручик Копылов с командою; ему велено уговаривать их, обещать, что если они запишутся в раскол и подадут о том сказки, то будут отпущены по домам без всякого наказания за сборище; для увещания отправлены были также архимандрит и протопоп, но раскольники объявили: «Ваша вера неправая, а наша истинная христианская, крест четвероконечный прелестный, почитаем осьмиконечный, да и в Божественном Писании у вас много неправостей, и если нас станут разорять, то мы не дадимся и сделаем то, что Господь прикажет; а если нас разорять не станут, то мы гореть не хотим; пусть дадут нам грамоту за рукою государыни, чтоб быть нам по-прежнему, а в двойном окладе не быть и в церкви ходить нас принуждать не будут». На дворе вырыли себе колодезь, а в избе и на дворе днем и ночью горела свеча; потом пришли к ним еще 26 душ мужчин и женщин и заперлись вместе. 20 августа раскольники просили Копылова позволить им сходить в огород взять себе капусты и других овощей, что и было им позволено. Вышли из избы человек 20 мужчин и женщин с ружьями, рогатинами, топорами и дубинами и, набравши себе капусты и других овощей, возвратились в избу и опять заперлись, а на другой день выходили в поле для сбора бобов. Скот, платье и прочие пожитки продали за бесценок или отдали на милостыню, хлеб несжатый пропал. Копылов говорил им не раз, чтобы сжали хлеб, но они отвечали: «Пусть жнет кто хочет, а нас Господь и без того прокормит». Сенат приказал доложить императрице, не прикажет ли забрать их неприметно командою под караул и сослать в Нерчинск; Екатерина написала на докладе: «Выбрать из тамо живущих раскольников, поумнее которые и поблагонравнее, и послать оных уговаривать; а буде сего не послушают, то учинить по сему докладу». Новгородский губернатор Сиверс донес, что в исполнение этого указа сысканы им в Новгороде некоторые к тому способные люди, которые два раза отправлялись к запертым раскольникам и наконец успели уговорить их разойтись по домам и записаться в оклад. Мы видели, что Синод смотрел на Ржев Володимеров как на гнездо потаенного раскольничества. И теперь он потребовал отрешения от магистратского присутствия бургомистра Немилова, ратманов Видонова и Волоскова за содержание ими потаенного раскола и другие противности и продерзости и отсылки их вместе с другими купцами и раскольниками для следствия по требованию тверского архиерея. Сенат передал дело новгородскому губернатору. Оказывалось, что раскольники отбивали своих, за которыми архиерей присылал команду, причем Видонов бранил монахов блудниками и прелюбодеями. Когда на Пасхе священники пришли к Видонову с образами, то он запрестольный образ Богородицы положил себе на плеча, запел бездельную мерзкую песню, велел посадской женке Волосковой эту песню подтягивать, и оба плясали с образом. Тверской епископ Афанасий определил ржевского соборного протопопа Ивана Алексеева наблюдать за потаенными раскольниками. Протопоп начал прилагать об этом ревностное старание. Раскольники рассердились на него за это; трое из них – Иван Меньшой, Климентий Чупятов и Михайло Орлов – подкупили находившихся у ржевских кабацких откупщиков подпоручика Коробьина и отставного матроса Шеварина, с ними, с их солдатами и с кабацкими чумаками пришли к дому протопопа ночью под предлогом выемки запретного вина, разломали ворота и двери, заперли протопопа в избе, сломали у чулана замки, пограбили 84 рубля денег да на 42 рубля пожитков, взяли также поставленный у него на сбережение помещиком Рукиным бочонок вина, самого протопопа били смертно, также двенадцатилетнюю дочь его и малолетнюю служанку, потом связали протопопу руки и, надев на него женскую раскольничью шубу, привезли на квартиру кабацких откупщиков, а после отвезли в воеводскую канцелярию и отдали под караул.