Первым ректором киевской братской школы был не Исаия Копинский, который, как скоро увидим, в том же 1616 г. перешел на должность настоятеля в Межигорский монастырь, а известный уже нам по своему образованию Иван Матвеевич Борецкий, воспитанник львовского училища, занимавший в нем с 1604 г. должность ректора и преподавателя латинского и греческого языков. Теперь он священствовал в Киеве при Воскресенской церкви на Подоле и обучал детей в своей приходской школе, которую содержал в собственном доме. Этого-то опытного педагога новообразовавшееся Киевское братство и пригласило стать во главе открываемого им училища. Сохранилась собственноручная расписка Борецкого, которою он как «ректор школы братское в Киеве» 3 июня 1617 г. обязывался уплатить в следующем году львовским братчикам двадцать злотых польских за взятые у них в долг экземпляры греческой грамматики, конечно, для киевской школы. К сожалению, ректорствование здесь Борецкого было очень непродолжительно. В 1618 г. он и жена его по взаимному согласию приняли монашество: он под именем Иова в Киево-Михайловском монастыре, где вскоре после скончавшегося (22 декабря 1618 г.) настоятеля Иоасафа Мировского и избран братиею во игумена; а жена – в Богословском женском монастыре, находившемся вблизи Михайловского, где также скоро сделалась игумениею. Первую же церковь для вновь возникшей обители на дворе, пожертвованном Анною Гулевичевною, деревянную, во имя Богоявления, соорудил в 1620 г. воспитанник острожских школ, знаменитый гетман Петр Конашевич Сагайдачный. Так получили свое начало в Киеве училище и монастырь, существующие доселе, из которых первое известно ныне под именем Киевской Духовной Академии, а последний – под именем Киево-братского училищного Богоявленского монастыря.
Киевское братство не завело у себя типографии, как делали другие большие братства, но типография в Киеве заведена была тогда Печерскою лаврою по воле настоятеля Елисея Плетенецкого, который купил для этого типографию, бывшую в Стрятине и остававшуюся праздною по смерти основателя ее Федора Юрьевича Балабана. Первая книга, вышедшая из Лаврской типографии в 1617 г., Часослов, была издана «тщанием и попечением» архимандрита Елисея Плетенецкого, как свидетельствует в предисловии архидиакон Захария Копыстенский, вероятно непосредственно трудившийся над изданием книги, и издана по просьбе правоверных, чтобы удовлетворять потребностям киевского училища и других. Этот Захария был будто бы сыном или родственником Перемышльского епископа Михаила Копыстенского и получил образование, вероятно, во Львове или Остроге. Другая книга, вышедшая из той же типографии в генваря 1619 г., была Анфологион, или избранная Минея на весь год. Ее предварительно исправили чрез сличение с греческим текстом игумен Киево-Михайловского монастыря Иов Борецкий, «учитель сый благочестия и достоверен в Божественных писаниях», и отчасти архидиакон Захария Копыстенский, «муж ревности презельныя в благочестии, словесен же и премудр в богословии и исповедании православныя веры», как сказано в предисловии к книге. А над печатанием ее потрудился известный уже нам типограф Памво Берында, перешедший сюда из Львова. Третья книга, напечатанная в Лаврской типографии в том же году, называлась «Книга о вере единой, святой, соборной, апостольской Церкве». Книга эта, слагающаяся из двух главных частей, из которых в первой говорится «о Пресвятей Троици и о иных артикулех веры», а во второй – «о образех (т. е. иконах), о Кресте... и о иных артикулех веры», составлена неизвестным в конце XVI или в самом начале XVII в., направлена против протестантов и в первый раз была издана в Вильне, по догадкам, в 1602 г. Теперь вновь издал ее в Киеве Захария Копыстенский, сделав в ней некоторые изменения, более или менее значительные, и дополнив ее статьями против латинян, каковы статья о чистилище и две статьи Максима Грека об исхождении Святого Духа. В 1618 г. напечатана была в Лаврской типографии небольшая книжка, имевшая более частный характер, под заглавием «Везерунк цнот (образец добродетелей) превелебнаго отца Елисея Плетенецкаго». Это панегирик в стихах достославному архимандриту, восхваляющий его род, ревность по вере, заслуги для Церкви и, между прочим, основание им типографии и написанный каким-то Александром Митурою, – не был ли это один из учителей киевской братской школы?
Недолго пришлось отцу Исаии Копинскому потрудиться для вновь устроявшегося Киево-братского училищного монастыря. В 1616 г. по просьбе иноков Межигорского монастыря и по настоятельным убеждениям печерского архимандрита Елисея Плетенецкого Исаия сделался игуменом межигорским. Вместе с тем он принял под свою власть и монастырь Густынский, который недавно (1614) основан был в имении князя Михаила Корибута Вишневецкого, под городом Прилукою, на острове Густыне межигорским иеросхимонахом Иоасафом по благословению межигорского игумена Афанасия и потому находился в подчинении Межигорскому монастырю. Густынская обитель была близка Исаии, потому что он по приглашению первого настоятеля ее Иоасафа приходил сюда из Киева при самом начале ее и принимал ближайшее участие в ее основании – в выборе для нее места, в заложении ее церкви, келий и других зданий; путешествовал вместе с Иоасафом к князю Михаилу Корибуту Вишневецкому и выпросил у него землю под обитель и на ее содержание. Теперь, управляя Межигорским монастырем сам непосредственно, Исаия назначал от себя и посылал для управления Густынским монастырем игуменов из своих межигорских иноков и, кроме того, основал неподалеку от Густынского монастыря новый монастырь, или скит, Подгорский Ладинский, так названный по имени веси Ладинской. В 1618 г. жена уже скончавшегося князя Михаила Корибута Вишневецкого Раина Могилянка пожаловала (11 генваря) отцу Исаии грамоту, в которой, называя его игуменом и «починателем» обоих прилуцких монастырей, Густынского и Подгорского Ладинского, утверждала за ними все земли, полученные ими от ее мужа, жертвовала им некоторые новые угодья и предоставляла Исаии иметь над обоими монастырями власть до его живота. А вскоре за тем (18 генваря) по просьбе отца Исаии княгиня позволила ему обратить Подгорский Ладинский монастырь в монастырь женский, с тем чтобы здесь игумениею была сестра Исаии инокиня Александра. И в тот же день подписала грамоту, которою поручала отцу Исаии основать новый мужской монастырь под Лубнами в лесу Мгарском, наделила этот будущий монастырь землями и угодьями и отдала его в пожизненное управление самого Исаии. Таким образом, православное монашество мало-помалу укреплялось и усиливалось не только в Киеве, но и в окрестных странах.
Все, что происходило в Киеве, что свидетельствовало о ненависти киевлян к унии и приверженности их к православию, очень огорчало униатского митрополита Рутского. И он, перебирая разные меры, как бы подчинить Киев своей духовной власти, составил в 1619–1620 гг. следующий проект: 1) необходимо иметь союз с Киевскими бискупом и воеводою и с ними обо всем сноситься. 2) Так как митрополит (униатский) сам не может жить в Киеве, получая там доходу не более тысячи злотых и не имея никакой мызы, то рукоположить бы в Киев епископа-суфрагана, который, живя в Киеве, заведовал бы униатскими попами в имениях латинских бискупов и помещиков и, вступая в близкие сношения с жителями, старался бы распространять между ними унию. 3) В помощь суфрагану содержать при святой Софии монастырь добрых униатов, людей благочестивых, ученых, и при монастыре училище. 4) Стараться занять этими униатскими монахами киевские монастыри Николаевский, Кирилловский, Златоверхий Михайловский и другие; одни из них могут быть заняты по смерти теперешних игуменов, а другие, особенно Златоверхий, на который у митрополита есть право, теперь же, пусть только киевский воевода спросит каждого игумена, по какому праву он управляет монастырем, и, кто не представит королевской привилегии, у того отнимет монастырь, а митрополит именем короля пусть предаст суду игуменов за такое незаконное владение монастырями.
5) Не может быть в Киеве ничего доброго для унии, если подвоеводою будет еретик или схизматик, как доселе показывал опыт, и потому нужно стараться об устранении этого неудобства. 6) Наибольшею помехою для унии в Киеве служит новое братство, основанное схизматиками три года тому назад, без привилегии от короля. Они имеют там свои сходки и совещания, следствием которых было то, что, во-первых, официал митрополита (Антоний Грекович) был утоплен, потом слуга, собиравший двойной сбор, был схвачен с деньгами, отведен в дикое поле и прикован к пушке, а теперь схвачен также униатский поп, который один только был здесь, и неизвестно куда запрятан. Трудно думать о чем-либо добром, если это братство не будет уничтожено; уничтожить же его можно как властию воеводы, так и позывом в задворный королевский суд.