Солтыков продолжал доносить, что болен. 30 августа ему послан был рескрипт: «Содержание ваших реляций нам очень прискорбно. От болезни вашей армия естественно приводится в некоторое бездействие, по меньшей мере решения не могут быть так быстро исполняемы, как надобно. И это делается в такое время, когда должно ожидать решения кампании, когда против нашей армии никакого неприятеля нет, когда ничего не препятствует принимать меры по благоусмотрению, когда малейшие движения нашего войска могли бы много значить, неприятеля в великую заботу приводить, а австрийской армии сильную помощь доставлять. Из перехваченного собственноручного письма короля прусского да и по числу являющихся к вам дезертиров вам открыто, что неприятель находится в крайне дурных обстоятельствах и, однако, из отчаяния замышляет что-то очень важное, именно напасть со всеми силами на графа Дауна. Вы, однако, зная все это подлинно, не только не делаете ничего для отвращения или уменьшения опасности, но даже не уведомили о ней графа Дауна, тогда как мы знаем, что это важное письмо короля прусского безо всякой нужды многим в нашей армии известно. Теперь в точности сбылось то, о чем мы вам твердили, а именно что король прусский не будет уже искать случая напасть на вас так нахально, как прежде, но будет избегать всякого к тому случая, что для него гораздо важнее устремляться всеми силами против австрийского войска; однако мы не видим, чтоб прежние ваши убеждения совершенно исчезли. Мы слышим стороною, что воинская дисциплина в нашей армии крайне ослабела, будто многие, будучи совершенно здоровы, нарочно сказываются больными. Вы имеете под собою таких генералов, что благодаря их усердию и в случае самого вашего отсутствия исполнение наших намерений не может остановиться или замедлиться. Поэтому повелеваем всем генералам именем нашим объявить, что если что-либо будет упущено, то болезнь ваша не послужит им в оправдание, а, напротив, будет для них обвинением. Для вашей болезни им и всей армии ослабевать не надобно. Преодолейте ваше состояние, отважьтесь исполнить нашу волю и заставить других строго исполнять ее. Мы вам давно уже предписывали, что на хорошее намерение будем больше смотреть, чем на самую удачу, и что заслуги подчиненного вам генералитета будут умножать ваше достоинство пред нами. Уполномочиваем вас, что если случится предпринять что-нибудь важное и полезное, то вы можете употребить того, кто способнее и усерднее, несмотря на старшинство. Вы должны соединить с генералом Лаудоном 25 или хотя 20000 нашего войска для прикрытия осады Глогау, которую крепость вы должны осадить с остальною нашею армиею. Теперь не сбылось ни одно из ваших опасений, король прусский на вас не пошел; так уверьте себя хоть теперь, что нет для нашей армии никакой такой опасности, какую вы себе воображаете». Указание на ослабление дисциплины в войске, встречающееся в этом рескрипте, объясняется докладом конференции императрице: «Ваше императ. величество из последней реляции генерал-фельдмаршала графа Солтыкова усмотреть изволили, что он, получая от одной болезни свободу, не только, однако ж, в крайней слабости и час от часу хуже себя находит, но едва ль не другую еще внутреннюю болезнь чувствовать начинает. К сему неприятному обстоятельству присовокупляется другое еще неприятнейшее, а именно генерал-поручик граф Чернышев к канцлеру пишет, что анархическое правление в армии продолжается, что фельдмаршал в такой гипохондрии, что часто плачет, в дела не вступает и нескрытно говорит, что намерен просить увольнения от команды, что послабление в армии возрастает и к поправлению почти надежды нет». Конференция тут же представила об отправлении главнокомандующим в армию фельдмаршала графа Александра Борисовича Бутурлина.
От 31 августа Солтыков уведомил, что болезнь его продолжается и что он принужден сдать команду графу Фермору, причем просил позволения отъехать в Познань. Рескриптом от 18 сентября ему дано было это позволение и тут же сообщалось, что главным командиром над армиею назначен фельдмаршал граф Бутурлин. К Фермору тогда же был отправлен рескрипт, в котором говорилось: «Хотя бы вы на один день были главным командиром, то вам надобно так думать, как будто вы всегда команду имели, и потому ничего не откладывать. Прусский генерал Гольц из слабого своего и без того корпуса отправил еще генерал-майора Вернера к Франкфурту. Зная о кольбергской экспедиции, вам нетрудно было догадаться, что это отправление сделано для спасения этой досадной нам крепостцы: но к крайнему сожалению нашему, не только не сделано этому препятствие и не взято в рассуждение, что слабый гольцов корпус оттого стал еще слабее, но даже не послана легкая партия остеречь наш корпус, находящийся под Кольбергом, так что теперь наилучшие меры разрушены и возобновится оружию нашему бесславие, происшедшее в 1758 году от неудавшейся осады этого гнезда. Так как еще есть время поправить испорченное, то желаем, чтоб генерал Гольц потерпел чувствительное поражение или по крайней мере чтоб генерал Вернер не возвратился из Померании хвастать своим счастьем, но был наказан за свое покушение».
В наказе новому главнокомандующему говорилось: «Порядок и строгая дисциплина есть душа и главная сила армии; но вам известно, что частью от продолжительной болезни графа Солтыкова, частью же от других обстоятельств много произошло здесь упущения и послабления, так что армия наша не получает никакого пропитания от плодоносной земли, которая совершенно разорена и жители разогнаны. Кроме того, мы с крайним огорчением слышим, будто армейские обозы умножены невероятным числом лошадей. Лошади эти, правда, взяты в неприятельской земле; но кроме того что у невинных жителей не следовало отнимать лошадей, лошади эти взяты не на армию, не для нашей службы, не для того, чтоб облегчать войско и возить за ним все нужное: оне возят только вещи частных людей в тягость армии, к затруднению ее движений, к лишнему расходу в людях, к их изнурению и, наконец, своим множеством оголаживают ее. Повелеваем, сократив собственный ваш обоз, сколько можно, тотчас всех лошадей в армии переписать, у кого сколько, и, оставя каждому, сколько решительно необходимо, всех остальных взять на нас; из них хорошими лошадьми снабдить казенные повозки и артиллерию, а слабых отослать на кормы в Пруссию, дабы хотя та польза была, чтоб для будущей кампании отсюда лошадей не гонять или в Польше на покупку их великих денег не тратить. Что касается военных действий, то теперь ничего предписывать нельзя, потому что и время коротко, и вы сами на месте все лучше видеть и учреждать можете. Если б король прусский решительно побит был австрийцами, то мы очень желали бы, чтоб зимние квартиры наши заняты были близ реки Одера; почти равно были бы мы довольны, если бы это было сделано в Померании, и иначе, по нужде, надобно возвратиться на реку Вислу, ибо в Польше зимовать крайне убыточно, а на реке Висле магазины уже устроены».
Между тем на военном совете, который держал Фермор, было решено двинуться в Бранденбург и привести в исполнение указ императрицы о занятии легкими войсками Берлина. 12 сентября армия находилась при Королате, по сю сторону Одера, а корпус графа Чернышева и генерал-майор Тотлебен с частью легких войск по ту сторону Одера, при Бейтене. 15 числа армия переправилась за Одер. Тотлебен с легкими войсками шел впереди, за ним в недальнем расстоянии Чернышев. 22 числа главная армия была в Губене; того же самого числа в 10 часов утра Тотлебен явился под Берлином с гусарами и козаками и занял все три дороги от Котбуса, Кепеника и Бранденбургских ворот. Из последних выехали прусские гусары, но почти все были перебиты или взяты в плен. Устроив между Котбусскими и Бранденбургскими воротами батарею, Тотлебен послал требовать сдачи города и, получив отказ, велел с означенной батареи стрелять по королевскому замку и литейному двору; хотя эта стрельба и производила в городе пожары, но они немедленно были потушаемы жителями, и к ночи русские перенесли свои батареи и поставили у Бранденбургских ворот. Дезертиры говорили, будто в городе только три батальона пехоты и небольшое число конницы, да и то все набрано из русских, саксонских и французских военнопленных, которые готовы сейчас же положить оружие. На основании этих известий Тотлебен решился ночью взять силою Бранденбургские и Котбусские ворота. В 10 часов ночи началось опять бомбардирование, в самую полночь гренадеры пошли на штурм ворот, но были отбиты, а в три часа пополуночи прекратилось и бомбардирование за недостатком зарядов.
После этого к Берлину, подошел на помощь принц Фридрих Виртембергский и генерал Гильзен (Hьlsen), а к Тотлебену – русские генералы Чернышев и Панин и австрийский граф Леси. Начались ежечасные сшибки, а 29 сентября Чернышев назначил на рассвете напасть вдруг на весь неприятельский корпус, тогда как Тотлебен должен был сделать приступ к городу. Но Гильзен не дождался нападения и ночью с 28 на 29 число, пользуясь темнотою, вобрался в близлежащий лес и скрылся. Узнавши об этом на рассвете, Чернышев отправил немедленно требовать сдачи города, но его посланный встретился на дороге с офицером, посланным от Тотлебена объявить, что город сдается и он, Тотлебен, занимается составлением условий сдачи. Условия состояли в том, что все военные, находившиеся в Берлине, получили свободный выход со всем имуществом; королевский замок и другие публичные здания остались нетронутыми. Берлин должен был заплатить полтора миллиона талеров контрибуции и 200000 талеров на войско. Два дня (29 и 30 числа) победители занимались сбором контрибуции, забранием королевской казны и очисткою арсеналов и магазинов; чего забрать было нельзя, то все было истреблено; все пороховые мельницы около Берлина, литейные пушечные дворы, потсдамские и близ Шпандау находившиеся ружейные и шпажные заводы были разорены до основания.