30 октября приехал в Погребки Меншиков; созван был военный совет, где решено — отправить немедленно Меншикова для овладения Батурином, прежде чем не вошли туда шведы с Мазепою.
Мазепа ушел к Карлу с немногими людьми, но он надеялся поднять оставшихся своими прелестными письмами; вот что писал он Ивану Скоропадскому, полковнику стародубскому: «Враждебная нам власть московская от многих лет во всезлобном своем намерении положила истребить последние наши права и вольности; теперь приводит она это в исполнение, как ясно из того, что без всякой важной причины начала прибирать в свои руки города малороссийские: выгоняя из них людей наших, до конца обнищавших и порабощенных, войсками своими наполняет. Пусть бы это делалось в полках Стародубском, Черниговском и Нежинском под ложным предлогом, что это необходимо для обороны от шведов, но для чего же делать это с городами отдаленными, в которые шведы и не думают идти? Зачем, например, посылать полки в Полтаву? Мы о злодейском намерении царя не только от приятелей имели тайные предуведомления, но и сами совершенно узнали из ясных признаков; нас, гетмана, старшину, полковников и все войско, хотел захватить в свою тиранскую неволю, имя войска нашего изгладить, козаков обратить в драгуны и солдаты и народ поработить себе навеки. Не для этого ли Александр Меншиков и князь Дмитрий Голицын спешили к нам с войсками? Не для этого ли заманивали нас в свои обозы? А между тем бессильная и невоинственная московская рать, бегающая от непобедимых войск шведских, спасается только истреблением наших селений и захватыванием наших городов. Поэтому-то мы, гетман, с общего согласия панов генеральной старшины, полковников и всего войска, предались в непобедимую протекцию наияснейшего короля шведского, всегдашнего всемогущего заступника обидимым, любящего правду и ненавидящего лжи, в несомненной надежде, что его шведское величество милую отчизну нашу и войско непобедимым оружием своим оборонит от московского тиранского ига и не только вольность и права наши сохранит, но и расширит, в чем нас не только королевским своим неотменным словом, но и письменною ассекурациею уверил. Поэтому и вы, как истинный сын отечества, старайтесь нечаянным нападением истребить московское войско, находящееся в Стародубе, согласясь с полковниками переяславским и нежинским. Вам это сделать можно, потому что непобедимое оружие шведское вас покрывает. Если же вам, паче чаяния, истребить московское войско не удастся, в таком случае спешите с войском своим в Батурин, дабы не попался он в московские руки».
Скоропадский не спешил к Батурину; к Батурину спешил Меншиков; к Батурину спешил и Мазепа вместе с шведскою армиею. 31 октября Петр писал Меншикову: «Сего моменту получил я от Флюка (ведомость), что неприятель, пришед, стал у реки (Десны) на батуринском тракте, и для того изволь не мешкать». На другой день, 1 ноября, новое письмо: «Когда сие письмо получишь, тогда тотчас, оставя караулы довольные, поди к тому месту, где ныне неприятель мост делает». В тот же день письмо из Субочева: «Объявляем вам, что нерадением генерала-майора Гордона шведы перешли сюды, и того ради извольте быть опасны, понеже мы будем отступать к Глухову; того ради, ежели сей ночи к утру или поутру совершить возможно (взятие Батурина), с помощию божиею окончавайте; ежели же невозможно, то лучше покинуть, ибо неприятель перебирается в четырех милях от Батурина». 2 ноября из деревни Чаплеевки царь писал; «Паки подтверждаю, что шведы перешли на сю сторону реки, и хотя наши крепко держали и трижды их сбивали, однако за неудобностию места одержать не могли, понеже на той стороне реки у неприятеля место было зело удобное, где поставлены были на горе пушки в три боя, и болши держаться нашим было ни по которому образу нельзя: того для извольте быть опасны и потому смотря поступать, ибо неприятель перебрался от Батурина только во шти милях, и наши войска почали отступать к Глухову». Вслед за тем другое письмо в тот же день: «Сей день и будущая ночь вам еще возможно трудиться там, а далее завтрашнего утра (ежели чего не сделано) бавиться (оставаться) вам там опасно».
Меншиков окончил дело в срок. 31 октября он пришел к Батурину, где уже дожидался его князь Дм. Мих. Голицын. Голицын еще до приезда Меншикова имел переговоры с осажденными, которыми начальствовал полковник Чечел и генеральный есаул Кенигсек: и старшина и рядовые отвечали единогласно, что без нового гетмана великороссийских войск в замок не пустят, а гетмана надобно выбирать вольными голосами и пока швед из малороссийских пределов не выступит, до тех пор и гетмана им выбирать нельзя. Меншиков привел полки к реке и хотел по мостам пройти в город, как из замка мазепинцы вывезли шесть пушек и навели их на мосты. Меншиков велел войскам отойти ниже по реке, и когда они построились по берегу, то из замка выехали пять человек и кричали с другого берега, чтоб не ходили, а пойдут силою, то станут бить. Меншиков велел говорить им, чтоб прислали к нему человек двух или трех для разговора: отказали с бранью и уехали прочь. Тогда Меншиков велел переправить через реку на лодках человек с пятьдесят гренадер; увидя это, мазепинцы, стоявшие у мостов с пушками, побежали немедленно в замок с большею тревогою: таким образом мосты были очищены, и царские войска стали перебираться через реку. «Сея ночи, — писал Меншиков, — совсем переберемся, а завтра с божиею помощию будем чинить промысл, ибо никакой склонности к добру в них не является и так говорят, что хотят до последнего человека держаться».
Ночью осажденные выслали к Меншикову письмо, в котором объявляли о своей верности к царскому величеству и готовности впустить его войска в замок, впрочем, требовали, чтоб им дано было три дня сроку для свободного выхода. Но утром, не дожидаясь ответа и не видя еще никакого движения со стороны царского войска, начали стрелять в него из пушек и зажгли посад кругом города. Меншиков послал им ответ на их письмо, чтоб свободно выходили из замка, не боясь ничего; письмо Меншикова было прочтено в кругу. «Отвечать нам некогда!» — закричали мазепинцы и хотели было убить посланного, но потом одумались и выпустили его с криком: «Мы все здесь помрем, а царского войска не пустим!» День прошел в приготовлениях к приступу. 2 ноября, Петр, находившийся в местечке Воронеже (Черниговской губер.), получил письмо от Меншикова: «Доношу вашей милости, что мы сего числа о шти (шести) часах пополуночи здешнюю фортецию с двух сторон штурмовали и по двучасном огню оную взяли». Петр отвечал: «Сего моменту получил я ваше зело радостное писание, за которое вам зело благодарны, паче же бог мздовоздаятель будет вам; что ж принадлежит о городе, и то полагаю на вашу волю: ежели возможно от шведов в нем сидеть, то извольте поправить и посадить в гарнизон хотя драгун в прибавку стрельцам, пока пехота будет (однако ж несколько пушек лучших вывезть в Глухов). Буде же (как я от присланного слышал) оной не крепок, то зело лучше такую великую артиллерию вывезть в Глухов (которое там зело ныне нужно), а строенье сжечь, понеже когда в таком слабом городе такую артиллерию оставить, то шведы так же легко могут взять, как мы взяли, и для того не изволь время терять, ибо сего дня шведы перешли реку и чаю завтра конечно пойдут к Батурину или куды глубже: и того ради опасно, дабы не помешали вам в вывозе артиллерии; буде же не успеете вывезть, то лучше разжечь или разорвать и штуками, раздав, вывезть. P. S. Ежели есть булава и знамена, изволь прислать для нового гетмана; зело нужно, також канцелярию возми с собою всю их». Меншиков рассудил, что зело лучше сжечь Батурин.
Взятие и истребление Батурина было страшным ударом для Мазепы; люди, доказавшие на деле свою верность к нему, побиты или в руках царских; в тех же руках богатая казна гетманская, большой хлебный магазин сожжен, но всего вреднее впечатление, которое произведет взятие Батурина на малороссиян: почти в виду непобедимых шведов царские войска взяли и уничтожили столицу гетманскую; такое дело смелости и силы сдержит всех! «Злые и несчастливые наши початки! — говорил Мазепа. — Знатно, что бог не благословит моего намерения, а я тем же богом засвидетельствуюся, что не желал христианского кровопролития, но постановил было у себя в намерении, пришед в Батурин с королем шведским, писать до царского величества благодарственный за протекцию его лист и в нем выписать все наши обиды, прежние и теперешние, прав и вольностей отъятие, крайнее разорение, предуготованную всему народу пагубу, а наконец приложить, что мы как свободно под царского величества руку для православного восточного единоверия приклонились, так, будучи свободным народом, свободно теперь отходим и, за протекцию благодарствуя, не хотим руки нашей на кровопролитие христианское простирать, но под протекциею короля шведского совершенного нашего освобождения будем ожидать. Это освобождение я надеялся не войною, но покоем чрез трактаты получить, хотел короля шведского всякими способами преклонять к миру с царем, а теперь, в нынешнем нашем несчастном состоянии, все дела иначе пойдут, и Украйна, Батурином устрашенная, бояться будет заодно с нами стоять».