Прошение подал он в Академию не прямо на Теплова, а на Мюллера за то, что тот поместил в ежемесячных сочинениях стихи Сумарокова о беззаконной любви, также гимн в прославление «прескверной из богинь б………., которой имя Венера» и проч. «От наглости и гордости его (Мюллера) висит, без сомнения, над нами, академиками, множество напастей. Сии два его порока суть подобны вихрю: они станут нашим согласием кутить и мутить; они, чтоб изъяснить себе лучше, производить между нами будут раздоры. Прошу мне без малейшего сомнения верить, что лишимся мы все нашего покоя, когда вы за благо не рассудите сию сошедшуюся над нашими головами бурю отогнать и усмирить предосторожно и ревностно. Сам же я не могу ездить к его сиятельству г. президенту и не могу представлять ни словесно, ни письменно, ибо советник Теплов, живущий в его доме и ныне чрезмерным применением весьма доброжелательствующий похабственному Мюллеру, которого за несколько лет ненавидел крайне, – Теплов, говорю, ругал меня поносными браньми без всякого права» и проч.
Так всюду Тредиаковский трудился, чтоб подкопать всякое уважение к себе, и когда он объявил, что будет в 1757 году диктовать студентам правила красноречия и толковать Горация, то канцелярия Академии постановила представить президенту об увольнении Тредиаковского от лекций и определении его исключительно к переводам, или если уже допустить его до преподавания, то разве поручить толкование древней и новой истории, что он может делать и на русском языке. Такое решение понятно: у всякого был готов вопрос: как может преподавать красноречие человек, пишущий, как Тредиаковский? К несчастию для Тредиаковского, многие и многие в словах Теплова, что служба Тредиаковского всегда состояла в негодном и стыд Академии приносящем труде, не видали преувеличения, не видали только бранчивой выходки раздраженного человека.
Но Тредиаковский был глубоко оскорблен тем, что у него отняли должность профессора элоквенции, которою он так гордился. Он перестал ходить в Академию, и когда в следующем году президент велел потребовать от него объяснения причин этого нехождения, то Тредиаковский отвечал длинною жалобою: «Ненавидимый в лице, презираемый в словах, уничтожаемый в делах, охуждаемый в искусстве, прободаемый сатирическими рогами, изображаемый чудовищем, еще и во нравах оглашаемый, все ж то или по злобе, или по ухищрению, или по чаянию от того пользы, или, наконец, его собственной потребности, чтоб употребляющего меня праведно и с твердым основанием и в окончаниях прилагательных множественных мужеских целых всемерно низвергнуть в пропасть бесславия, всеконечно уже изнемог я в силах к бодрствованию, чего ради и настала мне нужда уединиться». Тредиаковский объявлял, что, несмотря на болезнь, он продолжает перевод Роллена и сочинил три большие диссертации: первую о первенстве славянского языка пред тевтоническим, вторую о родоначалии россов, третью о варягах-руссах словенского звания, рода и языка. Но этим не удовольствовались и потребовали, чтоб он ходил в Академию и должность свою отправлял по-прежнему, иначе не будет получать жалованья. Тогда Тредиаковский подал просьбу об отставке и получил ее в 1759 году, продолжая, однако, называться членом Академии. Так назвался он и при издании знаменитой «Тилемахиды», вышедшей в 1766 году. Тредиаковский умер в 1769 году, и уже по смерти его изданы упомянутые под 1758 годом три исторические диссертации под заглавием «Три рассуждения о трех главнейших древностях российских». Вопрос о происхождении варягов-руси Тредиаковский разрешает так, что варяги суть «предварители» (от варяю, предваряю), т. е. аборигены, а русь – ружане померанские. Таким образом впервые было научно высказано знаменитое мнение о рюгенском отечестве Рюрика, мнение, которого так сильно держатся поборники славянского происхождения варягов-руси, хотя при этом стараются прикрывать себя более славным именем Ломоносова, но Ломоносов выводил Рюрика из Пруссии, а пруссов делал славянами.
Поборник противного мнения о происхождении варягов-руси, Мюллер был последние пять лет царствования Елисаветы завален трудами, не относившимися к главному его занятию – русскою историей. В сентябре 1762 года он писал: «Здесь мой „Опыт новой русской истории“ не встретил вовсе благосклонного отзыва, почему я должен был отложить его в ожидании лучших времен, что мне легко при большом запасе архивных рукописей. Теперь, кажется, наступило благоприятное время, потому что ее императорское величество, нынешняя всемилостивейшая государыня наша, высказывает милостивое удовольствие к моим трудам. Жаль только, что у меня слишком много других академических занятий. Протоколы заседаний, внешняя и внутренняя переписка, издания в свет Комментарий и русского журнала (Ежемесячные сочинения), над которыми я, не имея помощников, работаю осьмой уже год, отнимают у меня чрезвычайно много времени, а между тем силы меня покидают и я едва в состоянии выносить работу до 12 и до часу ночи. Историк страны, о которой еще так мало писано, должен быть занят одною этою работою».
Этот «Опыт новой русской истории», о котором говорит здесь Мюллер, представляет замечательный труд; на нем мы должны остановиться. Опыт начинается с правления Бориса Годунова. Причину, почему сочинение начато с этого времени, автор объясняет так: «Труды покойного тайного советника Татищева известны не только в России, но и за границею. Хотя сочиненная им русская история еще не издана, однако кто не пожелает видеть ее напечатанною? Его тридцатилетнее прилежание заслуживает, чтоб воздали ему эту справедливость. Татищев заблагорассудил окончить свою историю смертию царя Феодора Иоанновича как последнего из варяжской династии. Мне показалось приличным начать там, где он кончил, и таким образом довершить здание российской истории». В начале рассказа о событиях нас останавливает определение характера Бориса Годунова, потому что это определение надолго осталось в русской истории. «Борис Годунов по остроте ума и необыкновенному искусству в делах правления должен быть включен в число величайших людей своего времени. Но его нравственный характер не соответствовал достоинствам умственным, отчего и происходит, что об нем обыкновенно слышится мало хорошего… Борис принадлежит к числу тех людей, которые для достижения верховной власти считают все средства позволенными… Это был другой Сеян и разнился от последнего только тем, что не было Тиверия, который мог бы покарать его злодеяния». Произнося этот общий приговор, Мюллер, однако, не позволил себе быть неразборчивым относительно всех известий о преступлениях Годунова, встречаемых у разных писателей, особенно иностранных: он подвергает эти известия критике и отвергает те из них, которые ее не выдерживают. С такою же осторожностию поступает Мюллер и относительно других известий, передаваемых иностранными писателями, вносившими в свои сочинения все, что слышали, без разбору; заслуга Мюллера как критика видна особенно из того, что последующие писатели уже только сообразуются с его приговорами. Вообще, как легко заметить, Мюллеров «Опыт новой русской истории» послужил для позднейших писателей образцом при изображении тех же времен: характер Годунова, характер его правления, решение вопроса о происхождении самозванца, выведенное из критического рассмотрения иностранных известий, определение характера Лжедимитриева – все это перешло из книги Мюллера и в сочинения первой половины XIX века.
В 1765 году последовала перемена в судьбе Мюллера: он переехал в Москву, где получил место главного надзирателя (директора) Воспитательного дома: обещание, данное ему Паниным и Бецким, поручить ему со временем в заведование московский архив коллегии Иностранных дел служило важным побуждением для Мюллера к такой перемене рода службы.
Еще в 1762 году Мюллер выписал себе помощника, то был Август Людвиг Шлецер.
Германская наука в первой половине XVIII века дала русской науке для обработки русской истории двух ученых: Байера и Мюллера. Байер явился в России уже ученым, приобретшим известность; но поприще его здесь не было продолжительно, а незнание языка русского позволяло ему касаться только немногих вопросов, при решении которых он мог довольствоваться одними иностранными языками. Мюллер приехал в Россию 20-ти лет и все силы своей долгой молодости посвятил России: от берегов Невы до берегов Амура, в архиве московском и в областных архивах, по сю и по ту сторону Уральского хребта неутомимый Мюллер черпал известия о судьбах необозримой страны, так недавно еще открытой для Европы, собирал, сводил материалы, беспрерывно развлекаемый вопросами, сыпавшимися на него со всех сторон; архивариус, профессор, академик, историограф, путешественник, географ, статистик, журналист, Мюллер был неутомимым работником при громадной, тяжко, медленно двигавшейся машине русской цивилизации. Мюллер работал неутомимо над отысканием, собиранием и разработкою материалов из разных эпох русской истории, для объяснения той или другой стороны в настоящей жизни русского народа; а между тем в его старом отечестве, в Германии, наука шла вперед; и, когда утомленный Мюллер потребовал у Германии себе помощника, который бы трудился подобно ему, содействовал ему в отыскивании и собирании материалов, в приведении их в порядок, в составлении каталогов, Германия выслала ему Шлецера, представителя новой науки. Мюллер не понимал уже, чего хотел Шлецер; требования Мюллера Шлецер считал странными, унизительными для себя; и двое ученых, хотевшие жить и действовать вместе, скоро растолкнулись двумя враждебными силами, из которых одна называется старым, а другая новым.