Как и большинство лидеров белой борьбы в Сибири, Анненков не признавал над собой начальников, и прежде всего адмирала Колчака. Хотя официально поддержал Александра Васильевича одним из первых: «Омск. Верховному правителю России адмиралу Колчаку. Ваше высокопревосходительство!Ваше назначение Верховным правителем, в руках которого сосредоточивается вся полнота государственной власти, дало мне с первого же момента глубокую уверенность в том, что наконец настал тот час, когда наша измученная, истерзанная внутренними и внешними врагами Родина вновь подымется и пойдет по пути возрождения и станет такой же великой, какой и была. Я как атаман партизан, добровольно собравшихся отдать жизнь свою в любой час за нашу Родину, приветствую Ваше назначение и заверяю своим словом Атамана, что веемой силы и помыслы будут направлены к тому, чтобы вы уверенно и твердо могли бы опереться на нас, и мы готовы каждую минуту, по первому Вашему приказу, исполнить наш святой долг перед Отчизной. С нами Бог. Атаман Анненков».
Противостояние с Колчаком дошло до того, что атаман отказался от присвоенного ему Верховным правителем России звания генерала, указав в ответной телеграмме, что ему и чина полковника вполне достаточно. Уговоры офицеров на Анненкова не действовали. Только спустя несколько месяцев он появился перед своим конвоем в новых погонах. Пожалуй, ни о ком из лидеров белых армий большевики не распустили столько лживых слухов, как об атамане Борисе Владимировиче Анненкове. Один из историков даже договорился до того, что тот, убежденный монархист, оказывается, презирал священников и церковь посещал неохотно. Почему при этом на знамени его партизанского отряда было написано «С нами Бог», не объяснялось. И все-таки каким же запомнился своим современникам генерал Анненков? «Среднего роста, физически развит, может заставить играть каждый свой мускул, обладает большой силой воли, умеет гипнотизировать. Любит посещать солдатские вечеринки, где сам пляшет и учит этому казаков, подпевает, хотя голосом не обладает». Стоит подчеркнуть, что за годы советской власти боевой генерал вообще трансформировался в карателя, который перевешал половину Сибири. А вот в эмиграции об Анненкове отзывались как о человеке, до последнего вздоха сохранившего чувство ненависти и брезгливости к власти убийц, грабителей и палачей народа.
В освобожденных от большевиков районах Сибири Анненков устанавливал свои порядки. Он полностью запретил продажу спиртных напитков. Виновные в их изготовлении и продаже предавались военно-полевому суду. Китайские подданные, привозившие алкоголь, высылались с конфискацией товара. Атаман распорядился также арестовывать на 14 суток пьяных и налагать на них штраф в размере 1 тысячи рублей. Эти средства распределялись следующим образом: 500 рублей — в лазарет, 300 — в бюджет района, 200 — в пользу поимщика. Но главным для Анненкова все же оставалась борьба с Третьим интернационалом, для которой к тому времени уже не было сил. Красноармейская разведка докладывала в Реввоенсовет республики, что в партизанских сотнях нет орудий и пулеметов, патронов на человека не более пяти. 29 февраля 1920 года большевики предложили атаману добровольно сдать оружие, однако анненковцы категорически отказались. Генерал в сопровождении 4 тысяч бойцов и отступавшего населения ушел за границу, объявив специальным приказом о прекращении вооруженной борьбы и праве каждого солдата и офицера самостоятельно определить свою дальнейшую судьбу. В Китае белые воины оказались в сложном положении. Они выполнили главное требование властей — сдали оружие. Взамен ежедневно получали лишь по 300 граммов хлеба. Голодающие казаки были вынуждены есть своих лошадей. Многие не выдерживали, уходили из отряда с обещанием вернуться, если будет объявлено о продолжении борьбы с Третьим интернационалом. К июлю 1920 года осталось только 670 самых стойких бойцов. Но среди них не было самого Анненкова, впрочем, по вполне уважительной причине. Он отбывал тюремное заключение. Официально — по обвинению в подготовке вооруженного восстания. На самом деле — от генерала требовали передать китайскому правительству «золото Колчака», к которому Анненков не имел никакого отношения. В своих мемуарах он писал: «Китайцев неотступно преследовала мысль о наличии у меня крупных ценностей, и они рассчитывали путем моего заключения вынудить меня к передаче этих денег им. Но я действительно не имел при себе больших ценностей. Переходя границу, у меня были лишь обесцененные колчаковские деньги».
Лишь в результате неоднократных обращений бывшего начальника штаба его дивизии полковника Денисова к властям, а также к посланникам стран Антанты в Китае Анненков в феврале 1924 года был освобожден. Он решил полностью отойти от участия в эмифантском движении и уехать в Канаду, но не смог найти средств на визу. Практически сразу 35-летний генерал стал получать многочисленные настойчивые предложения включиться в деятельность антисоветских организаций. Однако казачий атаман предпочел уклониться от активной борьбы. 10 апреля 1926 года неожиданно для всех Анненков со своими ближайшими сподвижниками был отправлен китайцами через Монголию в Советскую Россию. Известно, что большевики в это время добивались передачи им ряда руководителей Белого движения, в том числе генерала. 20 апреля газета «Новая шанхайская жизнь» опубликовала письмо Бориса Владимировича в ЦИК СССР «с искренней и чистосердечной просьбой о прощении» и помиловании если не его самого, то менее виновных бывших его соратников. Кроме того, атаман выступил с обращением к своим сторонникам прекратить борьбу с большевистской властью: «Строгий анализ своих прошлых поступков и действий привел меня к выводуt что Гражданская война и борьба с Советами были глубоким заблуждением, ибо то, что сделала советская власть после того, как окончила борьбу на всех фронтах, говорит, что она твердо и неуклонно ведет народ к достижению намеченных идеалов». Решение Анненкова вызвало бурю негодования и возмущения в белоэмигрантской печати. А между тем обстоятельства, вследствие которых атаман был отправлен в СССР, до сих пор остаются неясными. К примеру, газета «Шанхайская заря» 25 апреля 1926 года писала, что генерал был арестован китайским командованием по распоряжению советского военного руководства, так как отказался перейти на сторону большевиков. Подругой версии, он вместе с начальником штаба полковником Денисовым был захвачен в гостинице известным красным командиром Примаковым. В качестве доказательства приводилось все то же письмо Анненкова о признании им советской власти. Действительно, непохоже, чтобы этот документ принадлежал перу генерала. Уж слишком часто в нем повторяется слово «Родина» в отношении Советской России. А ведь атаман постоянно подчеркивал, что у Третьего интернационала не может быть родины и сам он никогда не признает «вавилонскую башню» большевизма. Открытый процесс над Анненковым и Денисовым состоялся в Семипалатинске летом 1927 года. Вердикт всем был ясен еще до первого заседания. Вряд ли сам генерал тешил себя иллюзиями. Вот лишь короткий отрывок из показаний свидетелей обвинения:
«В июле-августе 1918 года в Лепсинском уезде Семиреченской области появьикя белый отряд, пришедший со стороны Сибири и прославивший «силу русского оружия» рубкой голов и порками мирного населения. Отсутствие сопротивления давало возможность пьяной, разнузданной банде офицеров и присоединившимся к ним казакам безнаказанно пороть и рубить мирных жителей, насиловать женщин и даже малолетних девочек, грабить их имущество. Горе тому, кто пытался не то что защитить, а лишь только высказать свое неудовольствие по поводу грабежей и насилий. Его сразу объявляли большевиком и в лучшем случае пороли плетьми, а то и рубили, да не просто рубили, а истязали. Отрубят ногу, руку, разрежут живот.
Всех больных и раненых, находившихся в лепсинском лазарете, зверски изрубили... Больной тифом старый партиец, незадолго перед этим приехавший из Перми, был жестоко избит, затем ему распороли живот и выбросили в огород, где он умер через сутки.
В городе Сергиополе расстреляно, изрублено и повешено 800 человек. Сожжено село Троицкое, где анненковцами забито насмерть 100 мужчин, 13 женщин, 7 грудных детей. В селе Никольском выпорото 300 человек, расстреляно 30 и пятеро повешено. В селе Знаменка, что в 45 верстах от Семипалатинска, вырезано почти все население, здесь у женщин отрезали груди. В селе Колпаковка изрублено, расстреляно и повешено 733 человека, в поселке Подгорном — 200. Сожжены села Болгарское, Константиновка, Некрасовка. В селе Покатиловка изрублена половина жителей. В Карабулаке Учараль-ской волости уничтожены все мужчины. По словам свидетеля Тур-чинова, трупы не зарывались, и собаки до такой степени откармливались и привыкли к человечьему мясу, что, зверея, бросались на живых людей. Возле китайской границы в урочище Ан-Агач было насчитано 900 трупов, а за озером Ала-Куль — 600. Все они являлись бывшими воинами анненковских полчищ и уничтожены своими за нежелание оставаться под властью атамана».