В 1891 году Борис принял монашеский постриг с именем Трифон в честь святого мученика Трифона — так исполнился обет, данный матерью. Вскоре отец Трифон был рукоположен в иеродиаконы, а затем в иеромонахи. Старец Амвросий благословил его на учёбу в Московской Духовной академии. Во время учёбы иеромонах Трифон избрал служение в пересыльной тюрьме. В 1895 году отец Трифон окончил Академию со степенью кандидата богословия, защитив диссертацию на тему «Древнехристианские и Оптинские старцы». Он знал пять языков: греческий, латынь, французский, немецкий и английский.
С 1895 по 1901 год отец Трифон был смотрителем Московского Духовного училища, ректором Вифанской[124], а затем Московской Духовных семинарий. 18 июля 1901 года он стал епископом Дмитровским, викарием Московской епархии, и был на этом посту почти 15 лет. Епископ Трифон часто совершал богослужения, очень полюбившиеся москвичам, много проповедовал, вёл огромную церковную и общественную работу, не оставляя и своих научных трудов. За удивительный дар слова верующий народ прозвал его «Московским Златоустом». Владыка был духовно связан со многими подвижниками Русской Церкви — Оптинскими старцами Анатолием и Варсонофием (которого возвёл в сан архимандрита), старцем Гефсиманского скита Варнавой, старцем Захарией. После начала первой мировой войны епископ служил в действующей армии. На польском фронте он получил контузию и вынужден был возвратиться в Москву с расстроенным здоровьем. В 1916 году епископ Трифон ушёл на покой в Ново-Иерусалимский Воскресенский монастырь. После поездки на фронт он снова возвратился в 1917 году в Новый Иерусалим.
С 1918 года епископ Трифон жил в Москве, не принимая участия в административных делах Церкви. К нему постоянно шёл поток посетителей за советом и по духовным и по житейским вопросам. Верующий народ уже почитал его как великого архиерея, замечательного проповедника и духоносного старца-подвижника. Его советы и мнения нередко были решающими не только для судеб его многочисленных духовных детей, но и во многих событиях, связанных с судьбой Русской Православной Церкви после революции. Святой патриарх Тихон любил владыку, часто служил вместе с ним, а в 1923 году возвёл его в сан архиепископа. Они были двумя великими духовными столпами, которые поддерживали святую Русскую Церковь в жестокое и многоскорбное для России время.
После кончины патриарха Тихона в 1925 году роль архиепископа Трифона ещё более возросла. Находясь формально на покое, он был поистине одним из главных водителей Российского Православия. В 1931 году в годовщину 30-летия своего епископского служения архиепископ Трифон был возведён в сан митрополита.
В 20–30-е годы слово владыки Трифона было законом для тех, кто сохранил истинную веру и духовный разум в ужасах российской жизни; народ верил, что его устами говорил сам Господь. Художник Павел Корин, написавший с натуры портрет митрополита Трифона, вспоминал, что большинство портретов духовных лиц для «Руси уходящей» он смог написать только благодаря владыке. Те, кого художник приглашал в мастерскую, соглашались позировать лишь после того, как узнавали о благословении почитаемого всеми митрополита.
Незадолго до своей кончины митрополит Трифон написал этот удивительный акафист, который стал его духовным завещанием. «Слава Богу за всё» — в этих словах главный духовный опыт Русской Православной Церкви во время самых жестоких гонений, когда-либо в истории переносимых Церковью Христовой. Вспомним, что этими же словами закончил своё выступление на суде в 1924 году митрополит Петроградский Вениамин (Казанский), невинно осуждённый и приговорённый к расстрелу на процессе по делу об изъятии церковных ценностей.
Сам Христос сказал: «Мужайтесь: Я победил мир» (Ин. 16:33), и потому, какими бы трудными и печальными ни были события земной истории, сила Божия всегда побеждает. Идёт смертельный бой, и мы знаем, что Христос уже победил врага рода человеческого, но должен победить и каждый человек. Воскресение стало возможным только после Голгофы, и кажущееся поражение миллионов умирающих за веру и правду становится победой — путём к жизни вечной, нескончаемой радостной. Об этом и поёт вдохновенно великий сын России, благодаря Бога за «все ведомые и сокровенные благодеяния Твои, за земную жизнь и за небесные радости Царствия Твоего будущего», чтобы, «умножив вверенные нам таланты мы вошли в вечную радость Господа своего с победной хвалой: Аллилуйя!»
Скончался митрополит Трифон 14 июня 1934 года и был погребён на Введенском кладбище в Москве. Могила его и доныне является предметом почитания миллионов православных россиян.
Акафист за единоумершего
Читается ежедневно в течение 40 дней по смерти и столько же перед годовщиной смертиКондак 1Избранный Ходатаю и Первосвященник, о спасении мира грешного душу Свою положивший, давший нам власть чадами Божиими быть и обитать в невечернем дне Царствия Твоего! Даруй прощение и вечную радость усопшему, о нём же с мольбою взываем к Тебе: Иисусе, Судья Всемилостивый, рая сладости сподоби раба Твоего.
Икос 1Господом данный Ангел хранитель святой, приди помолиться о рабе твоём, его же на всех путях жизни сопровождал, хранил и наставлял его и, воззови с нами к Спасу Всещедрому.
Иисусе, истреби рукописание грехов раба Твоего (имя).
Иисусе, уврачуй его язвы душевные.
Иисусе, да не будет на земле горьких воспоминаний о нём.
Иисусе, сего ради помилуй огорчавших его и обиженных им.
Иисусе покрой его несовершенства светоносною ризою Твоего искупления.
Иисусе, возвесели его милосердием Твоим.
Иисусе неизречённый, великий и чудный, явись ему Сам.
Иисусе, Судья Всемилостивый, рая сладости сподоби раба Твоего.
Кондак 2Словно безутешная горлица носится душа над юдолию[125] земною, созерцая с высоты божественного разумения грехи и соблазны минувшего пути, горько скорбя о каждом невозвратном дне, ушедшем без пользы, но помилуй раба Твоего, Владыка, да войдёт он в покой Твой, взывая: Аллилуйя.
Икос 2Если Ты страдал о всём мире, если Ты проливал слёзы и кровавый пот о живых и мёртвых, то кто нас удержит от молитвы за усопшего. Подражая Тебе, сошедшему даже до ада, молимся о спасении раба Твоего.
Иисусе, жизни Податель, озари его светом Твоим.
Иисусе, да будет он едино с Тобою и Отцом.
Иисусе, всех призывая в виноградник Твой, не забудь озарить его светом Твоим.
Иисусе, щедрый Раздаятель вечных наград, яви его светом чертога Твоего.
Иисусе, верни душе его благодатные силы первозданный чистоты.
Иисусе, да умножатся во имя его добрые дела.
Иисусе, согрей осиротевших Твоею таинственною отрадою.
Иисусе, Судья Всемилостивый, рая сладости сподоби раба Твоего.
Кондак 3Связанный узами плоти раб Твой падал греховно, но дух его томился по Твоей вечной правде и святости, ныне же, когда немощь плотская скована могильным тлением, да вознесётся душа его превыше солнца к Тебе Всесвятому и воспоёт песнь избавления: Аллилуйя.
Икос 3Верховный апостол Твой в холодную ночь у костра Трижды отрёкся от Тебя и Ты спас его. Единый ведый человеческого естества немощь, прости и рабу Твоему (имя) многовидные отпадения от воли Твоею.
Иисусе, всели его там, где нет заблуждений.
Иисусе, избавь его от тягостных терзаний совести.
Иисусе, да сгинет навеки память грехов.
Иисусе, соблазнов юности его не помяни.
Иисусе, от тайных беззаконий очисти его.
Иисусе, осе́ни его тихим светом спасения.
Иисусе, Судья Всемилостивый, рая сладости сподоби раба Твоего.
Кондак 4Бури жизни миновали, страдания земные окончены, бессильны враги с их злобою, но сильна любовь, избавляющая от вечного мрака и спасающая всех, о ком возносится Тебе дерзновенная песнь: Аллилуйя.
Икос 4Ты без числа милосерден к нам. Ты единый Избавитель, что мы прибавим к подвигу спасающей любви Твоей, но Симон Киринейский помогал нести Крест Тебе Всесильному, так и ныне благости Твоей угодно спасение близких совершать с участием нашим.
Иисусе, Ты заповедал друг друга тяготы носить.
Иисусе, союз любви положивший между мёртвыми и живыми.
Иисусе, да послужат подвиги любящих во спасение рабу Твоему (имя).