Шуйских самого знаменитого из них, Ивана Петровича, сослали в его вотчину село Лопатичи, но позже под караулом перевели в Кирилло-Белозерский монастырь. Иван Петрович был насильственно пострижен и якобы убит лично приставом князем И. С. Турениным.
Князь Андрей Иванович Шуйский был отправлен в Каргополь, где через полгода скончался при невыясненных обстоятельствах. Опять же антигодуновские источники утверждают, что он был убит приставом С. Мамонтовым.
В родовые вотчины у Галича и Шуи были сосланы братья Василий, Дмитрий, Александр и Иван Шуйские. На Скопиных-Шуйских опала вообще не накладывалась.
Видимо, Шуйские действительно вступили в связь с польско-литовскими феодалами, поскольку московское правительство было вынуждено дать послам, отправлявшимся в Польшу, подробные инструкции относительно судьбы Шуйских. Так, если любопытные паны спросят, за что государь на Шуйских наложил опалу и за что казнили земских посадских людей, надо отвечать: государь князя Ивана Петровича за его службу пожаловал своим великим жалованьем, дал в кормленье Псков с пригородами, чего ни одному боярину не давал. Братья же его, князь Андрей и другие, стали государю изменять, замышляли недоброе с торговыми мужиками, а князь Иван Петрович им потакал и был с ними заодно. Естественно дело, за добрые дела жаловать, аза лихие — казнить. Государь же наш милостив, ко всем людям милосердие своё показал, а мужики, надеясь на государеву милость, заворовали. Государь велел это дело расследовать и тех мужиков, человек пять-шесть, которые такое лихо учинили, велел казнить, а князя Андрея Шуйского сослал в деревню за то, что к ворам пристал, а опалы же на него никакой не наложил. Братья же князя Андрея Василий, Дмитрий, Александр и Иван оставлены в Москве. Князю Василию Фёдоровичу Скопину-Шуйскому государь пожаловал Каргополь, но он тоже теперь в Москве. Боярин князь Иван Петрович поехал к себе в новую вотчину, пожалованную государем, в Кинешму. Этот большой город на Волге государь ему пожаловал за псковскую осаду.
Истинные масштабы репрессий против Шуйских наиболее достоверно показывают не пропагандистские инструкции послам и антигодуновские источники, приписывающие Борису смерть всех лиц, начиная с царя Ивана Грозного, а писцовые книги конца XVI века. Там говорится, что большая часть владений Шуйских так и осталась за ними. В казну же были отобраны все вотчины Ивана Петровича Шуйского, все вотчины, ранее принадлежавшие Горбатым-Шуйским, часть земель Шуйских была переведена из вотчин в поместья, то есть земли оставались за Шуйскими, но их статус был изменен, в частности, осложнялась проблема наследования.
В ссылке в своих вотчинах братьям-Ивановичам Шуйским пришлось пробыть около двух лет. Не позднее конца 1590 года они были возвращены в Москву. А в начале 1591 года бояре Василий и Дмитрий Ивановичи Шуйские уже заседают в Думе. Заметим, что на всякий случай Годунов оставил в ссылке сторонников Шуйских-Головиных, Колычевых и других.
Причин для возвращения молодых Шуйских в Москву было несколько. Главная — противостояние Годуновых и Романовых. Борису были нужны союзники, так почему же не привлечь на свою сторону уже неопасных врагов. Братья же Шуйские, отдохнув пару лет в вотчинах, не имели особых обид на Бориса.
В мае 1591 года молодой глава рода Василий Иванович Шуйский назначается главой комиссии по расследованию смерти царевича Дмитрия в Угличе. В главе «Борис Годунов» подробно рассказано, что Василий Иванович грамотно — для того времени, разумеется, — провёл расследование и не он, а церковный собор во главе с патриархом Иовом вынес окончательный вердикт, что смерть Дмитрия «учинилась божиим судом». Но, увы, участие в работе комиссии будет пожизненно крестной ношей Василия Ивановича.
В 1597 году на берег реки Оки было выведено большое войско для защиты Москвы от предполагаемого нападения крымских татар. Командовал войском сам Борис Годунов, воеводами была назначена вся московская знать — Мстиславский, Голицын и другие. Василий Иванович Шуйский занимал довольно почётную должность воеводы правой руки. Крымские татары в тот раз так и не появились, зато наши доблестные воеводы насмерть сцепились друг с другом в местнических спорах.
Иван Голицын, воевода левой руки, «бил челом» (то есть местничал) на князя Трубецкого, князь Черкасский местничал с князем Ноготковым, Буйносов — с Голицыным, Шереметев — с Ноготковым и Буйносовым, Кашин — с Буйносовым и Шереметевым. Не минула сия чаша и нашего героя. Князь Тимофей Романович Трубецкой, воевода сторожевого полка, «бил челом» на Василия Ивановича Шуйского. Надо ли говорить, что Шуйский выиграл местнический спор.
В конце царствования Фёдора Иоанновича наблюдается всё большее сближение Шуйских с Годуновым. В 1595 году царь Фёдор с подачи Бориса жалует боярством братьев Александра и Ивана (Пуговку) Шуйских. В 1597 году в Боярской думе заседают уже все четыре брата Шуйские.
При избрании Бориса Годунова на царство братья Шуйские вели достаточно осторожную политику, они не поддерживали Бориса, но и не выступали активно против. С воцарением Бориса Шуйские ничего не выгадали и ничего не проиграли. Все четыре брата имели высокий чин — боярство, детей или малолетних родичей у них не было, за исключением одиннадцатилетнего Михаила Васильевича Скопина-Шуйского, которого царь Борис в 1602 году произвёл в стольники.
Шансов овладеть престолом в 1598 году у Шуйских практически не было. Они были слишком слабы, а глава рода сорокашестилетний Василий Иванович ещё ничем не проявил себя, за исключением спорного угличского дела. Умри Годунов в 1598 году, к власти гарантированно пришли бы Романовы, и Шуйские в самом лучшем случае остались бы в прежнем положении.
По этой причине и в 1600 году Шуйские не только не поддержали попытку переворота, затеянную Романовыми, но и на суде в Боярской думе «пышаха аки звери и кричаха» вместе с другими боярами на Фёдора Никитича Романова с братией.
В 1600—1604 годах братья Шуйские жили припеваючи в Москве и прекрасно ладили с царём Борисом. Позже необъективные, настроенные против Годунова летописцы напишут, что царь-де окружил Шуйских доносчиками и запрещал Василию Ивановичу жениться, дабы тот, придя к власти, не мог иметь наследника. Ну так все наши цари окружали наиболее известных людей доносчиками. Например, тот же Николай II вёл агентурное наблюдение за Витте, Столыпиным и даже за родным братом Михаилом. Насчёт же запрещения жениться, чтобы Василий Иванович не мог иметь наследника, так это явная чушь. У Василия Ивановича были братья, младший из которых Иван умер аж в 1638 году Так что Василию Ивановичу при необходимости могли наследовать родные братья Шуйские и их потомство, не говоря уже о Скопиных-Шуйских. И, наконец, разве злодей Годунов помешал зачать наследника первой жене Василия Ивановича и жёнам всех его братьев?
В 1601 году