По словам летописца, пришли изо всех городов в Москву именитые люди и молили со слезами царевича Феодора, чтоб был на Московском государстве царем и венчался царским венцом. Это известие очень любопытно: зачем явились именитые люди из городов в Москву? Был ли обычай прежде, что именитые люди из городов являлись в Москву поздравлять нового государя и теперь они, устрашенные смутами, умоляют Феодора поскорее принять царский венец? Или положение дел было так смутно и опасно, или действительно рождался вопрос, кому быть царем-возрастному, но неспособному Феодору или младенцу Димитрию-и было так много людей на стороне последнего, что Дума сочла за нужное вызвать именитых людей из городов? Англичанин Горсей, бывший в это время в Москве, говорит о соборе, бывшем 4 мая, на котором присутствовали митрополит, архиепископы, епископы, игумены и все дворянство.
В 1584 году 31 мая Феодор венчался на царство по прежним обычаям; митрополит Дионисий говорил поучение, увещевал царя иметь веру ко святым церквам и честным монастырям, ему, митрополиту, и всем своим богомольцам повиноваться, ибо честь, воздающаяся святителю, к самому Христу восходит; братью свою по плоти любить и почитать; бояр и вельмож жаловать и беречь, по их отечеству, и ко всем князьям и княжатам, к детям боярским и ко всему воинству быть приступну, милостиву и приветну; всех православных христиан блюсти, жаловать и попечение о них иметь от всего сердца, за обидимых стоять царски и мужески, не давать обижать не по суду и не по правде; языка льстивого и слуха суетного не принимать, оболгателя не слушать и злым людям веры не давать; быть любомудру или мудрым последовать, потому что на них, как на престоле, бог почивает: раздавать саны безвозмездно, ибо купивший власть мздоимцем бывает, и проч.
В 1586 году в апреле умер боярин Никита Романович, и на его место, по словам летописей, стал правителем брат царицы, Борис Годунов, хотя, как видно и прежде, при жизни Никиты Романовича, особенно пользуясь болезнию последнего, Борис не упускал случаев все более и более усиливать свое влияние на царя посредством сестры; Ирина же, как говорят современные свидетельства, была способна сама иметь влияние и проводить влияние брата. Но понятно, что утверждение на месте правителя не могло обойтись для Годунова без борьбы с людьми, которые считали за собою большие права на занятие этого места. Была вражда между боярами, говорят летописцы; разделились они на две стороны: на одной-Борис Годунов с дядьями и братьями, с некоторыми князьями, боярами, дьяками, духовными и многими служилыми людьми; на другой стороне-князь Иван Федорович Мстиславский, а с ним Шуйские, Воротынские, Головины, Колычевы и другие служилые люди, и чернь московская. Говорят, что сначала Годунов привлек на свою сторону князя Мстиславского, так что тот назвал его себе сыном, но потом Шуйские, Воротынские, Голицыны, другие бояре, служилые люди и чернь московская стали уговаривать Мстиславского, чтоб он, соединясь с ними, извел Бориса. Мстиславский долго отказывался, но потом согласился: положили убить Годунова "на пиру в доме Мстиславского. Известие вероятное: мы знаем, как действовали Шуйские в малолетство Иоанна, а потом в грозное царствование от насильственных, кровавых поступков некогда было отвыкнуть; родовой характер, т. е. родовая бесхарактерность Мстиславских, изображена также верно: сперва князь Иван отказывается, а потом соглашается на убийство названного сына. Как бы то ни было, свидетельства согласны, что на этот раз борьба с Годуновым велась во имя первенствующего боярина, князя Мстиславского, и Годунов, соединясь с дьяками Щелкаловыми, назвавши их себе отцами, осилил противников: князь Иван Мстиславский был схвачен и пострижен в Кириллове монастыре; Воротынских, Головиных и многих других схватили и разослали по городам, некоторых заключили в темницы; один из Головиных, Михайла, услыхав об опале родичей, ушел из своей медынской отчины в Литву к Баторию.
Но Шуйские, искусно действуя через других, остались нетронутыми. Годунов с своими советниками держал на них большой гнев; они с своей стороны ему противились и ни в чем не поддавались; гости все и московские торговые черные люди стояли за Шуйских и, говорят, хотели побить Годунова камнями, что заставило его искать мира с Шуйскими. Митрополит Дионисий хотел быть посредником: он позвал и Годунова, и Шуйских к себе, умолял помириться, и они послушались его увещаний. Но в то время, как бояре были у митрополита, у Грановитой палаты собралась толпа торговых людей; князь Иван Петрович Шуйский, вышедши от митрополита, подошел к купцам и объявил им, что они, Шуйские, с Борисом Федоровичем помирились; тут из толпы выступили два купца и сказали ему: "Помирились вы нашими головами: и вам от Бориса пропасть, да и нам погибнуть". В ту же ночь эти два купца были схвачены и сосланы неведомо куда. Любопытно это сильное участие торговых людей московских в борьбе Шуйских с Годуновым; мы не можем не видеть здесь следствия поступков Грозного, который, враждуя к боярам, поднял значение горожан московских, призывая их на собор, обращаясь к ним с жалобою на бояр по отъезде в Александровскую слободу. Понятно, что поступок Годунова с купцами не мог поддержать мира между ним и Шуйскими. Последние придумали самое удобное средство-сломить в корню могущество Годунова, убедивши Феодора развестись по примеру деда с неплодною Ириною и вступить в новый брак; князь Иван Петрович Шуйский и другие бояре, гости московские и все люди купеческие согласились и утвердились рукописанием бить челом государю о разводе. Митрополит, которого голос больше всех имел.значения в этом деле, также был согласен действовать заодно с ними. По Годунов узнал о замысле врагов и постарался уговорить Дионисия не начинать дела. Между прочим, говорят, Борис представлял митрополиту, что и лучше, если у Феодора не будет детей, ибо в противном случае произойдет междоусобие между ними и дядею их, Димитрием Углицким. Естественно, что, отклонивши эту беду, Годунов не мог долго оставлять в покое Шуйских, давать им время еще что-нибудь придумать против него; естественно, что и Шуйские также не могли долго оставаться в покое. Летописцы говорят, что Борис не умягчил своего сердца на Шуйских и научил людей их, Феодора Старого с товарищами, обвинить господ своих в измене. Вследствие этого в 1587 году Шуйских перехватали; князя Ивана Петровича схватили на дороге, когда он ехал в свою суздальскую вотчину; вместе с Шуйскими схватили друзей их, князей Татевых, Урусовых, Колычевых, Бакасывых и других; людей их пытали разными пытками и много крови пролили; пытали крепкими пытками и гостей московских, Феодора Нагая с товарищами, и на пытках они ничего не сказали. По окончании следствия князя Ивана Петровича Шуйского сослали в отчину его, село Лопатничи, с приставом, из Лопатнич отправили на Белоозеро и там удавили; князя Андрея Ивановича Шуйского сослали в село Воскресенское, оттуда - в Каргополь и там удавили; князя Ивана Татева сослали в Астрахань, Крюка-Колычева - в Нижний Новгород, в тюрьму каменную, Бакасывых и других знатных людей разослали по городам, а гостям московским, Феодору Нагаю с шестью товарищами, в Москве на пожаре отсекли головы, других торговых людей заключили в тюрьмы, некоторых разослали по городам на житье. Не знаем, верить ли безусловно показанию летописца об участи двоих князей Шуйских, Ивана и Андрея? Действительно ли они были удавлены и именно по приказанию Годунова? Или это был только слух? Дело Романовых научает нас осторожности. Любопытно, как само правительство, т. е. Годунов с своею стороною, старалось представить это дело правительствам иностранным. В наказах послам, отправлявшимся в Литву, находим: спросят, за что на Шуйских государь опалу положил? И за что казнили земских посадских людей, отвечать: государь князя Ивана Петровича за его службу пожаловал своим великим жалованьем, дал в кормленье Псков и с пригородами, с тамгою и кабалами, чего ни одному боярину не давал государь. Братья его, князь Андрей и другие братья, стали пред государем измену делать, не правду, на всякое лихо умышлять с торговыми мужиками, а князь Иван Петрович им потакал, к ним пристал и не правды многие показал пред государем. То не диво в государстве добрых жаловать, а лихих казнить. Государь наш милостив: как сел после отца на своих государствах, ко всем людям свое милосердие и жалованье великое показал; а мужики, надеясь на государскую милость, заворовали было, не в свое дело вступились, к бездельникам пристали; государь велел об этом сыскать и, которые мужики воры такое безделье учинили, тех пять, или шесть, человек государь велел казнить; а Шуйского князя Андрея сослал в деревню за то, что к бездельникам приставал, а опалы на него никакой не положил; братья же князя Андрея, князь Василий, князь Димитрий, князь Александр и князь Иван, в Москве; а князь Василий Федорович Скопин-Шуйский, тот был на жалованье на Каргополе, и теперь, думаем, в Москве; боярин князь Иван Петрович поехал к себе в отчину новую, в государево данье, на Кинешму: город у него большой на Волге, государь ему пожаловал за псковскую осаду; а мужики, все посадские люди теперь по-старому живут. Если спросят: зачем же в Кремле-городе в осаде сидели и стражу крепкую поставили? - отвечать: этого не было, это сказал какой-нибудь бездельник: от кого, от мужиков в осаде сидеть? А сторожа в городе и по воротам не новость-так издавна ведется: сторожа по воротам, и дети боярские прикащики живут для всякого береженья.