Серпухов. Дворовыми воеводами при нём состояли князь И. В. Голицын и М. Г. Салтыков, ближними людьми — боярин князь В. М. Мосальский и окольничий князь Г. Б. Долгоруков, главными боярами в полках — князь В. В. Голицын, его родственники князь И. Г. Куракин, Ф. И. Шереметев, князь Б. П. Татев, князь Б. М. Лыков. Из Серпухова навстречу Лжедмитрию выехали князья Ф. И. Мстиславский и Д. И. Шуйский, стольники, стряпчие, дворяне, дьяки и столичные купцы — гости.
В Серпухове самозванец организовал несколько пышных пиров для своих приближённых и московских бояр. В промежутках между пирами Лжедмитрий вёл напряжённые переговоры с боярами.
Ещё в Туле самозванец издал манифест о своём восшествии на престол. Рассчитывая на неосведомлённость большинства жителей Московского государства, Отрепьев врал, что он-де был узнан патриархом Иовом, всем священным собором, Боярской думой и прочими чинами, как „прирождённый государь“. 11 июня Лжедмитрий, будучи ещё в Туле, на своей грамоте пометил: „Писана в Москве“. Вместе с этим манифестом самозванец разослал по городам текст присяги. Это был сокращённый вариант присяги, составленной при воцарении Бориса Годунова и его сына Фёдора. Лжедмитрий использовал тот же приём, к которому прибегли Борис и его сын. Борис, сразу же после смерти царя Фёдора Ивановича, велел принести присягу на имя вдовы его царицы Ирины и на своё имя. Фёдор Борисович в своей присяге тоже поставил на первое место вдовую царицу — свою мать.
Во время пребывания в Польше и северских городах России Лжедмитрий ни разу не упомянул о своей матери Марии Нагой, заточенной в Горицком Воскресенском женском монастыре под именем инокини Марфы. Теперь ситуация изменилась. Отрепьев знал о ненависти инокини Марфы к Годуновым и поэтому рассчитывал на её признание.
Самозванец велел разыскать Нагих или их родственников. Нашли лишь отдалённого родственника Марии Нагой дворянина Семёна Ивановича Шапкина. В Туле Отрепьев торжественно произвёл Шапкина в постельничии, заявив, что „он Нагим племя“. Затем Шапкин с эскортом был экстренно направлен в Горицкий монастырь.
После беседы с Шапкиным с глазу на глаз инокиня Марфа признала сына. Трудно сейчас установить, что больше повлияло на её выбор — ненависть к Годуновым или нежелание быть отравленной или утопленной по дороге. В Горицком монастыре хорошо помнили судьбу княгини Ефросиньи Старицкой и великой княгини Юлиании, жены Юрия, родного брата Ивана Грозного.
Присяга на имя вдовы Грозного была рассчитана на эмоции малограмотных людей. Как могла царствовать монахиня, даже если она и была 20 лет назад седьмой женой царя Ивана?
Из текста присяги самозванцу, по сравнению с присягой Годунову, были исключены запреты добывать ведунов и колдунов, портить его „на следу всяким ведовским мечтанием“, насылать лихо „ведовством по ветру“ и т. д. Подданные только кратко обещали не „испортить“ царя и не давать ему „зелье и коренье лихое“. Вместо пункта о Симеоне Бекбулатовиче и „воре“, называющем себя Дмитрием Углицким, в текст присяги вводился новый пункт о „Федьке Годунове“. Подданные обещали не подыскивать царство под государями „и с изменники их, с Федкой Борисовым сыном Годуновым и с его матерью и с их родством, и с советники не ссылаться письмом никакими мерами“.
Самозванцу было неудобно являться в Москву, пока там находились члены семьи Годуновых. Будь жив царь Борис, Лжедмитрий мог рассчитывать на какие-то политические дивиденды, устроив над ним судилище и приписав ему чудовищные преступления. Однако ни царица, ни царевич не успели совершить ничего ни хорошего, ни плохого, так за что же их казнить?
Однако время поджимало, и самозванцу пришлось пойти на мерзкое, с точки зрения морали, и глупое в политическом отношении убийство. В Москву была послана специальная карательная комиссия в составе князя В. В. Голицына, члена путивльской „воровской“ думы В. М. Мосальского и дьяка Б. Сутупова. Вместе с комиссией в Москву был направлен П. Ф. Басманов.
Прибыв в столицу, комиссия немедленно начала чинить расправу над противниками самозванца. Начали с патриарха Иова. Патриарх в Успенском соборе Кремля готовился к совершению литургии, когда в храм ворвались вооружённые люди. Иова выволокли из алтаря и потащили на Лобное место. Там сторонники самозванца пытались линчевать патриарха за то, что он-де „наияснейшего царевича расстригой называет“. Однако из Кремля сбежались попы и церковные служки, которые подняли крик в защиту патриарха. На помощь Иову кинулась и часть горожан. Стало ясно, что убийство патриарха приведёт к побоищу с непредсказуемыми последствиями. Тогда кто-то из агентов Отрепьева крикнул: „Богат, богат, богат Иов патриарх, идём и разграбим имения его!“ Довод был неотразим, и толпа кинулась грабить патриаршие палаты.
Тем временем агенты Отрепьева отвели Иова обратно в Успенский собор. Туда прибыл вскоре и боярин П. Ф. Басманов. Вооружённые люди в спешке и без особых формальностей произвели низложение патриарха. С Иова сняли панагию и святительское платье и надели простую чёрную ризу. Басманов спросил, куда хотел бы Иов отправиться на монастырское житие. Тот выбрал Старицкий Успенский монастырь, где он принимал постриг и стал игуменом. Затем Иова вывели из собора, посадили на простую телегу и под конвоем отправили в Старицу.
Разобравшись с патриархом, комиссия занялась царём Фёдором и его семьёй. На старое подворье Бориса Годунова, полученное им в приданое от Малюты Скуратова, явились члены комиссии во главе с В. В. Голицыным и отряд стрельцов. Голицын, Мосальский, дворяне Молчанов и Шерефединов и несколько стрельцов вошли внутрь дома. Там раздались отчаянные крики. Через несколько минут на крыльцо вышел Голицын и объявил, что „царица и царевич со страстей испиша зелья и пороша, царевна же едва оживе“. Естественно, что Голицыну никто их москвичей не поверил. Но утверждать, что народ оцепенел от ужаса, узнав о преступлении, и впал в безмолствие, нет никаких оснований. История — не драматический театр. Большинство населения восприняло убийство царской семьи как должное или отнеслось к нему безразлично.
Что касается дочери Годунова Ксении, то её, видимо, недодушили. Князь Мосальский взял её к себе в дом и некоторое время держал взаперти, а затем отдал самозванцу „для потехи“.
Желая угодить самозванцу, московские бояре надругались и над прахом семьи Годуновых. Царь Борис был по обычаю похоронен в Архангельском соборе Кремля рядом с другими московскими правителями. По боярскому приговору тело царя было выкопано, положено в простой гроб и перезахоронено в ограде бедного Варсонафьева монастыря на Сретенке. Следуя версии о самоубийстве, бояре запретили совершить традиционный погребальный обряд над телами царицы Марьи и царя Фёдора. Их отвезли в Варсонафьев монастырь и без всяких почестей и церемоний зарыли недалеко от Бориса Годунова.