Таким образом, Потей уже одержал над братством и вообще над православными в Вильне немалые успехи. Он оттеснил братство от Троицкого монастыря, запечатав придел Троицкой церкви, в котором проповедовал Зизаний и который один только и принадлежал братству; отнял у братства обоих священников, которых оно имело у своей церкви Святого Духа, и если еще не совсем отнял при помощи бурмистров самые привилегии братства, то сделал их спорными и сомнительными. Оттеснив братство от Троицкого монастыря. Потей основал при нем еще в 1601 г. свой униатский митрополичий коллегиум, или семинарию и 15 августа «иеромонах и презвитер надворный» митрополита Потея по его приказанию «подал в моц и в держане честному Петрови Федоровичу Сурометниковичу, старшому на тот час того семинариум», фольварк Печерск с двумя селами, принадлежавшими митрополиту. Этот Петр Федорович был первым ректором основанной в Троицком монастыре униатской семинарии и в 1604 г., конечно по поручению Потея, издал книгу под заглавием: «Оборона Собору Флорентийского Осмаго против фальшивому, недавно от противников згоды выданному» (т. е. против «Истории о листрийском, разбойническом... Соборе», изданной в 1598 г. в Остроге; а какой-то виленский архимандрит Геласий Русовский перевел названную книгу и на польский язык и издал тогда же.
Впрочем, братство старалось вознаградить свои потери и в 1605 г. имело уже при Свято-Духовской церкви свой братский православный монастырь, мужской, с особым отделением для женского, как было и при Троицком монастыре: с этого года и можно считать существование виленского Свято-Духова монастыря. Имело также у себя и двух новых священников, Иосифа Яцковича и Ивана Семеновича, и пригласило к себе из Дерманского монастыря ученого иеродиакона Антония Грековича, которому кроме иеродиаконской должности в своем монастыре поручило как бакалавру в заведование и свою братскую школу. К сожалению, этот самый иеродиакон скоро подал повод к новому и весьма сильному столкновению братства с митрополитом Потеем. Грекович был уличен в преступной связи с черницею того же монастыря Екатериною Лычанкою в ее келье и, опасаясь последствий, тайно бежал из монастыря чрез ограду и отдался под защиту Потея. Священники и старшины братства подали на Грековича донос как на преступника и беглеца в виленский трибунальный суд. Грекович лично на суд не явился, но прислал лишь объяснение (16 июля 1605 г.), что он как лицо духовное подлежит суду только своего митрополита Ипатия Потея, а не трибунальному. В тот же день и Потей написал трибунальным судьям, чтоб они не нарушали его прав и не судили иеродиакона Грековича, как подлежащего его суду. Но уполномоченный от братства доказывал, что заявления Грековича и Потея не заслуживают уважения, потому что Грекович посвящен в сан иеродиакона не Потеем, а Белградским митрополитом Лукою, экзархом Цареградского патриарха, и служил доселе в братском православном монастыре, где и учинил свой проступок, состоя под духовною властию не Потея, а патриаршего экзарха Гедеона, епископа Львовского, и потому вообще, что православные в Вильне и во всей Литве и Польше не признают Потея своим архипастырем за его отступление в унию, как не раз заявляли в своих протестах. Трибунальный суд судил Грековича заочно (20 июня) и осудил его на смерть или на всегдашнее изгнание, о чем и положил представить королю. Потей пожаловался королю на нарушение его митрополичьих прав трибунальным судом, и король своею грамотою (23 июля) отменил решение трибунального суда.
Не довольствуясь этим, иеродиакон Грекович подал еще Потею жалобу на братских священников, будто бы они совершенно невинно его обесславили, выдумав на него небылицу, и притом позвали его, лицо духовное, не на духовный суд, как следовало бы, а на светский. Потей и его капитула обвинили обоих братских священников за то и другое и положили им наказание, не обращая внимания на их протесты. Братство чрез двух своих старост принесло жалобу на Потея в главный трибунальный суд, и суд решил (12 августа), что Потей вышел из пределов своего права, что братство и его попы как православные не подлежат его юрисдикции и что он мог и должен был ведаться с ними только пред Цареградским патриархом или его экзархом, т. е. епископом Гедеоном Балабаном. Такое решение трибунального суда тотчас огласилось между православными повсюду и произвело между ними общую радость, но ненадолго. Король по просьбе Потея издал указ (29 августа), которым отменил приговор трибунального суда, объявляя, что последний не имел права судить митрополита Потея и что все вообще светские суды не должны вмешиваться в дела духовные, как и духовные суды – в дела светские, и в тот же день издал декрет о баниции обоих братских священников как бунтовщиков, по доносу Потея. Тогда братство принесло на Потея жалобу чрез тех же своих старост в генеральный сейм, и возный повета Виленского два раза передавал в Вильне Потею господарские позвы (22 октября 1605 г. и 11 января 1606), чтобы он по той жалобе явился на суд генерального сейма. Чем кончилось дело, неизвестно. Но братство опять лишилось своих священников и воротить их не могло.
В этом же 1605 г. Потей имел и другие успехи. Он случайно нашел в одной сельской церкви (Кревской) старую славянскую рукопись, в которой, между прочим, было помещено послание Киевского митрополита Мисаила к папе Сиксту IV, писанное в 1476 г.; лично принес найденную рукопись в виленский магистрат, прося засвидетельствовать ее древность, и, получив свидетельство бурмистров и радцев, напечатал послание Мисаила к папе на русском и польском языках. Мы знаем, что это послание было не более как попытка к унии, и притом не увенчавшаяся успехом (нашей «Истории» 9. 43–61). Но Потей с торжеством указывал на это послание как на доказательство, что уния действительно существовала в Киевской митрополии при Мисаиле, и не только при Мисаиле, но и при следующих митрополитах, и выводил заключение, что все привилегии, данные польскими королями русскому духовенству, даны собственно униатскому русскому духовенству, а не православному. К концу года Потей, несмотря на то что виленские бурмистры и радцы русской веры действовали с ним заодно против православного братства, донес королю, что они, имея Троицкий монастырь под своею опекою, вовсе о нем не заботятся и доходы с его имений неизвестно на что употребляют, а одно имение неизвестно кому отдали. Поэтому король отнял (16 ноября) у бурмистров и радцев Троицкий монастырь и отдал по просьбе Потея только что поставленному им архимандриту Самуилу Сенчиле, с тем чтобы он держал монастырь «в единости святой с Костелом Римским и в послушенстве старшего пастыря своего – митрополита». Отселе Троицкий монастырь, при котором несомненно существовал тогда и женский, окончательно перешел в руки униатов.
Одновременно с тем, как Потей вел борьбу с православными в Вильне, он боролся с ними и в других местах. В тот самый день (26 сентября 1599 г.), когда король пожаловал Потею грамоту на митрополию со всеми ее имениями, Потей получил от короля и грамоту на архимандритство в Киево-Печерском монастыре со всеми его имениями. Спустя неделю король объявил об этом и всем своим подданным другою своею грамотою (от 2 октября) и в ней провел ту мысль, излюбленную Потеем, что прежние литовско-польские государи наделили русских епископов и прочее духовенство многими привилегиями за принятие унии, состоявшейся во Флоренции (известна только одна такая грамота – Владислава III), что впоследствии русское духовенство потеряло все свои привилегии по отступлении русских в прежнюю свою схизму (известно, напротив, бесчисленное множество королевских грамот, пожалованных именно православному русскому духовенству) и что теперь, когда удалось вновь утвердить между русскими унию, он, король, не только восстановляет прежние права и вольности русскому духовенству, но готов дать и большие, почему и пожаловал митрополиту Михаилу Рагозе Киевскую лавру, а ныне по смерти его жалует ее преемнику Рагозы Ипатию Потею. Между тем братия лавры, еще не успевшие избрать себе собственною властию по силе давнего своего права нового архимандрита на место скончавшегося Никифора Тура (†1599), и не думали принимать Потея, как прежде не приняли Рагозу. Зная по прежнему своему опыту, как трудно бороться с лаврскими иноками, королевский дворянин Ян Кошиц, назначенный для передачи Потею лавры и ее имений, решился начать передачу не с самой лавры, как пытался сделать при Никифоре Type, а с ее имений, и притом таких, которые находились далеко от Киева, в повете Оршанском, но ошибся в расчете. Лишь только Кошиц с оршанским возным Зенковичем, двумя шляхтичами и несколькими слугами митрополита прибыл 12 октября в первое из этих имений – Печерск, как встретил здесь двух лаврских монахов с множеством казаков, могилевских мещан и других вооруженных людей. Монахи затворили пред Кошицем ворота, не пустили его во двор и кричали прибывшим, чтобы они удалились, а когда Кошиц начал было читать королевские листы, то не захотели его слушать и начали стрелять в него и его спутников и у одного из шляхтичей убили коня. Спустя два дня Потей принес на этих монахов жалобу чрез своего слугу в оршанском суде, а спустя год, сделав внезапное нападение (22 ноября 1600 г.) на Печерск, насильно отнял его и другие соседние села у лавры и подарил (21 генваря 1601 г.) на содержание своей униатской семинарии в Вильне. За лавру заступилось киевское дворянство. Оно чрез своих послов на варшавском сейме настоятельно доказывало королю, что он не вправе назначать архимандритов в Печерский монастырь, что это право принадлежит самим печерским инокам и киевским дворянам.