В 1651 г. в Москве был собран новый церковный собор, подчинившийся решениям константинопольского патриарха: "Петь во святых Божиих церквах чинно и безмятежно на Москве и по всем градам единогласно… псалмы и псалтирь говорить в один голос тихо и неспешно со всяким вниманием". Тогда Никон не придал значения повороту, произошедшему в отношении патриарха Иосифа к грекам, а поворот этот был значителен. Московский собор под председательством патриарха не счел нужным даже упомянуть о решениях константинопольского, но демонстративно сослался на русский источник — постановление Стоглавого собора XVI века.
Более того, московский собор принципиально отверг на будущее согласование древних русских церковных книг и обрядов с греческими. Не в силах бороться с окружением царя, патриарх отвергал официальную грекофилию как оружие светской власти против российского священства. Пройдет время, и Никон должен будет пойти по тому же пути. Тогда он вспомнит вызывавшие насмешку жалобы Иосифа, что "уже третье лето есть биен от свадник, терпя клеветные раны", когда сам захочет воскликнуть: "Переменить меня, скинуть меня хотят!" Но учиться на чужом примере будет поздно…
Сочувствовать Иосифу в 1649 — 1650 гг. Никону мешало не только самомнение, но и грозные события в епархии. Восставшие граждане бревном вышибли ворота Софийского дома, в котором Никон спрятал воеводу и тех дьяков и стрелецких голов, что сумели бежать под защиту митрополита. Остальные были убиты или брошены в застенки вместе с немцами, скупавшими по указу боярина Б. И. Морозова хлеб, мясо и рыбу в голодное время. Никон, вскинув руки, пытался остановить народ, и пал под ударами камней и дубин как "самый заступник изменничей и ухранитель". Благонамеренные граждане защитили упавшего, а устрашенный преступлением народ рассеялся, не разгромив митрополичьих покоев, где был скрыт воевода.
Очнувшись, Никон приказал звонить в большой колокол Святой Софии, собрать всех архимандритов и игуменов Великого Новгорода. С иконами и крестами духовенство двинулось по мосту на Торговую сторону. Народ пропустил их до собора Знамения Богородицы и позволил совершить литургию, после которой израненный Никон на санях поехал на Ярославово дворище, где бушевало народное собрание. "Если зрите во мне какую вину или неправду к царю или Российскому царствию, то мне сказав, убейте меня!" Возмутители не подняли на него руку, толпа стала расходиться. Никон велел отвезти себя в Софийский собор и поименно проклял главных бунтовщиков. Но это не остановило новгородцев. Послав царю Алексею Михайловичу челобитную об очищении государства Российского от изменников, они освободили из темницы прикованного цепью за шею митрополичьего дворецкого Ивана Жиглова и избрали его воеводой, придав в помощь других избранных начальников.
Близ Новгорода поставили стражу, слугам митрополита опасно было ходить по городу, он отсиживался на Софийском дворе, но не прекращал борьбы с восстанием. Никон нашел человека, способного тайно доставить в Москву его послание, вступил в переговоры с богатыми и влиятельными новгородцами, убеждая ради спасения города склонить народ повиниться перед государем. От Алексея Михайловича Никону были тайно доставлены две грамоты. Одна содержала похвалы его действиям, другая предназначалась для объявления народу перед земской избой. Она гласила, что новгородцы должны просить у митрополита прощения своим великим согрешениям. Если митрополит простит, то и великого государя будет милость, иначе все будут смерти преданы.
Наступающая на город армия князя Ивана Хованского заставила восставших прислушаться к обещанию Никона в случае покаяния добиться у государя прощения участникам волнений. Церемония покаяния была обставлена пышно. Новгородцы в Софийском соборе со слезами просили Никона о заступничестве. После трехчасового поучения митрополит отпустил им грехи и освободил от проклятия. Новгород успокоился, хотя митрополит не думал о всепрощении. По его указаниям до подхода карательной армии без шума были схвачены и заточены триста человек. Хованский вступил в город и сообщил Никону, что решение о наказаниях возмутителей возложено на митрополита. Духовный отец Новгорода одного велел обезглавить, Ивана Жиглова с десятком "главных завотчиков" сечь кнутом и сослать в Сибирь, остальных бить батогами и разбросать по тюрьмам, а некоторых освободить.
После восстаний в столице и других городах в 1648 — 1649 гг. искры недовольства тлели повсеместно, в соседнем Пскове пылал настоящий пожар. Купцы, продававшие хлеб за границу и взвинтившие цены, были перебиты, как государственные изменники, воевода брошен в темницу. Славленый полководец князь Федор Федорович Волконский-Меринов взялся подавить восстание силой убеждения, вошел в город без войска и с проломленной головой сидел в застенке вместе с архиепископом. Слух о жестоком подавлении восстания в Новгороде мог помешать усмирению псковичей, они способны были расправиться с арестованными.
По совету Никона командующий карательной армией Хованский посылал для переговоров множество дворян и горожан. Никон писал новоизбранному совету Пскова и всем гражданам, обещая в случае раскаяния выступить их заступником перед царем. "Передайте своему митрополиту, — заявили псковичи, — что его мы отписок не слушаем. Будет с него и того, что Новгород обманул, а мы не новгородцы, повинных нам государю слать незачем и вины над собой никакой не ведаем!" "Хотя бы и большая сила ко Пскову пришла, — заявили они, — так не сдадимся!" Первыми атаковав царские войска, горожане отбросили их от стен и день за днем ходили на вылазки. Никону раньше, чем в столице, стало известно о поддержке псковичей крестьянами, отряды которых практически окружили войско Хованского под городом, как и о переходах солдат на сторону восставших. Послания Новгородского митрополита помогли остудить слишком горячие головы в Боярской думе. На переговоры с восставшими был отправлен епископ Коломенский Рафаил с большой свитой духовенства.
Псков, как и Новгород, должно было умиротворить священство, а не царство. Успех переговоров предопределили милостивые условия, которые священнослужители сумели выговорить у светской власти перед отъездом из столицы. Царь Алексей Михайлович, согласно желанию Никона и его единомышленников в освященном соборе, снимал с псковичей обвинение в государственной измене и позволял объявить им свою милость. Восставшие получали прощение, "не принося своих вин", только освободив арестованных и впустив в город нового воеводу. Разумеется, после "утишения" восстания главных смутьянов можно было тайно схватить, но в целом дело закончилось мирно [9].
Никон показал самодержцу силу священства в поддержании внутреннего мира, столь драгоценного для России, едва оправившейся от гражданской войны начала XVII в. и вновь сотрясаемой народными бунтами. Алексей Михайлович понимал, что если во время восстания 1648 г. он потерял пуговицу, отверченную излагавшим требования москвичей простолюдином, то при другом стечении обстоятельств он мог потерять голову, что и произошло с его братом Карлом [10], или столицу, подобно брату Людовику" [11]. Знали в Москве и о кровавом восстании в Турции [12]. Российское правительство, первым в Европе разорвавшее отношения с цареубийственным английским народом и последовательно боровшееся за реставрацию Стюартов, не могло не связывать успех парламентского мятежа с жестокой религиозной смутой, много лет потрясавшей островное королевство. Укрепление веры и Церкви было необходимо Алексею Михайловичу не только для внешнеполитических успехов, но и для поддержания трона. Начинать следовало с себя.
В начале 1652 г. царь решил перенести в Успенский собор Кремля мощи низвергнутых его предшественниками московских первосвященников: митрополита Филиппа с Соловков, патриархов Иова из Старицы и Гермогена из Чудова монастыря. Убиенный по приказу Ивана Грозного Филипп был самым важным в глазах Никона — за его останками он поехал из Москвы лично, презрев непогоду [13]. Даже в устье Онеги ветер поднимал большие валы, но Никон не устрашился вывести флот в бурное море. Ужасный шторм унес в пучину ладью с государевым дьяком и дворянами, прочие были выброшены на берег. Никон сел в новую ладью и повел караван к Соловкам. Он знал, что храним благодатью Божией и не погибнет, пока не исполнит миссию освобождения Российской церкви от власти земных владык. Взяв мощи Филиппа митрополита на Соловках, Никон под плач монахов тронулся с ними к Москве. В городах и селах люди выходили встречать святыню с крестами и иконами. В разгар триумфального шествия Никон получил от царя весть, что умер патриарх Иосиф, просивший похоронить себя у ног многострадального Иова. Никон отмахнулся от этой подробности, его увлекли слова: "ожидаем тебя, великого святителя, к выбору".