7 декабря 1941 года линкор встретил на рейде одного из портов Метрополии. На следующий день 8 декабря он в составе соединения выходит в море к островам Бонин и 13 декабря прибывает на якорную стоянку Хасирадзима, в окрестностях Хиросимы. Практически весь начальный период войны линкор находился там, временами выходя во внутреннее Японское море на маневры. С 21 по 25 февраля 1942 года «Фусо» находился у заводской стенки в Куре, где были выполнены работы по замене стволов орудий главного калибра, а также установлено размагничивающее устройство. Затем линкор вернулся на рейд Хасиридзимы.
18 апреля американские бомбардировщики «В-25», стартовавшие с авианосца «Хорнет» (CV 8). бомбили Токио. «Фусо» в составе эскадры вышел в море, пытаясь обнаружить «наглых» янки, но опоздал — американское соединение было уже далеко. 19 апреля самолет-разведчик с линкора обнаружил советское торговое судно «Ангарстрой», в точке с координатами 30° 00, N/135° 20, Е, в зоне, где было запрещено торговое судоходство, поэтому с самолета был сброшен приказ остановиться и ждать подхода военных кораблей.
Главный калибр линкора «Фусо» (2 фото вверху) «Фусо» в походе. Конец 1920-х гг.
Вскоре к «Ангарстрою» подошел эсминец, с которого была высажена досмотровая партия. Из судовых документов удалось установить следующие: судно следовало из Сан-Франциско во Владивосток с грузом сахара и продовольствия. Транспорт был отконвоирован для дальнейшего расследования в порт Кашимото (остров Хонсю). Вскоре судно было отпущено, но в порт назначения оно не прибыло. 1 мая оно было потоплено американской подводной лодкой «Гренадир» (SS-210, командир капитан-лейтенант Лент), к счастью, жертв среди экипажа не было.
Японские корабли продолжили поиск и 22 апреля вернулись в базу. 5 мая 2-я дивизия линкоров вышла в море на стрельбы. Во время очередного залпа в башне №5 линкора «Хьюга» произошел «затяжной» выстрел, начался пожар. Во избежание катастрофы пришлось затопить все кормовые погреба. «Фусо» сопровождал поврежденного собрата до Куре и затем ушел к месту постоянного базирования. На этот раз стоянка была короткой. С 19 по 23 мая линкор принимал участие в больших совместных маневрах 1-го и 3-го флота — императорский флот заканчивал подготовку к большой операции в районе атолла Мидуэй и Алеутских островов.
29 мая 2-я дивизия линейных кораблей выходит в море, составив основу соединения прикрытия высадки на Алеутах. Эта эскадра была достаточно мощной: в неё входили 4 линкора, 2 легких крейсера и танкеры. Операция закончилась катастрофой у атолла Мидуэй, Япония потеряла 4 авианосца и тяжелый крейсер, а самое главное — почти всех великолепно обученных морских летчиков.
Высадка на Алеутские острова была отложена, и все соединения отозваны на базу. 14 июня флот прибыл в Йокосуку, 22 июня перешел на рейд Хасирадзимы и 24 июня в порт назначения.
«Фусо», как и все остальные корабли соединения, находился в полной готовности к выходу в море. 14 июля была произведена реорганизация Японского флота. «Фусо» по-прежнему оставался в составе 2-й дивизии линкоров, в это соединение были также включены линкоры «Нагато» и «Мутсу». Отныне 1-я дивизия линейных кораблей включала в себя только корабли типа «Ямато». 2-я дивизия линкоров продолжала находиться в готовности к выходу в море, изредка выходя на ученья.
В августе 1942 года обсуждался вопрос о перестройке кораблей типа «Фусо» в линкор-авианосец. Конечно, на подобное японцы решились не от хорошей жизни, а пытаясь хоть как-то восполнить потери, понесенные в сражении у Мидуэя. Работы на «Фусо» должны были начаться в августе 1943 года, но вскоре от этого плана отказались.
С 3 по 5 сентября линкор прошел текущее докование в Куре. До начала ноября корабль находился на рейде Хасирадзимы, временами выходя в море на учения. 15 ноября 1942 года он был передан военно-морской академии в Этадзиме для использования в качестве учебного корабля. В декабре 1942 года во внутреннем Японском море прошли учения, в которых приняли участие линкоры «Ямато», «Фусо», «Ямаширо» и авианосец «Дзуйкаку».
«Фусо» во время модернизации. 1936 г.
Линейный корабль «Фусо». 1939 г. (Наружный вид)
15 января 1943 года линейный корабль вернули в состав действующего флота. Первое полугодие «Фусо» провел в водах Метрополии, не принимая участия в военных действиях. 8 июня 1943 года он находился на рейде Хасирадзимы, на соседней якорной стоянке находился линкор «Мутсу». Внезапно раздался взрыв, и этот линкор быстро затонул. Шлюпки «Фусо» спасли 353 человека. На всех кораблях, находившихся на рейде, была пробита боевая тревога и начат поиск вражеских подводных лодок, который вскоре прекратили.
«Фусо» использовался в качестве штабного корабля спасательных работ, в его салонах заседала комиссия «М» по расследованию обстоятельств гибели «Мутсу». Только 25 июня служба вошла в привычную колею, 2-я дивизия линкоров вышла в море на тактические учения и стрельбы. В начале июля корабль прибывает в Куре для прохождения небольшого ремонта и усиления вооружения, на его борту были установлены радиолокационная станция обнаружения надводных целей «Тип 21» и 21 25-мм зенитный автомат (2 спаренных, 17 одиночных). Позднее их число увеличили до 37. С 18 по 25 июля корабль проходит докование. Работы были завершены в начале августа. 15 августа все спасенные с «Мутсу» были переданы на борт линкора «Нагато».
16 августа «Фусо», сопровождаемый двумя эсминцами, выходит в море и 17 августа прибывает в Яшиму (о. Сикоку), там формировалось мощное соединение кораблей императорского флота, в которое вошли линкоры «Нагато» и «Ямато», эскортный авианосец «Тайо», тяжелые крейсера «Атаго» и «Такао» и пять эсминцев. Вскоре они вышли в море и взяли курс на Трук, куда прибыли 23 августа. После небольшого отдыха началась боевая подготовка. В начале сентября японская разведка узнала, что американцы планируют рейд на Тараву и другие атоллы. В связи с этим главные силы императорского флота были переведены в лагуну атолла Эниветок. На атолле Трук были оставлены, во избежание различных неожиданностей, линкоры «Мусаси», «Фусо», «Харуна» и «Конго». 25 сентября в лагуну вернулись так и не вступившие в бой главные силы Императорского флота.
5-6 октября американское авианосное соединение атаковало атолл Уэйк и объекты на Маршалловых островах.
Японская радиоразведка проанализировала данные радиоперехвата и сделала вывод о том, что вскоре состоится еще один такой же рейд. Были приняты необходимые меры. В море вышли главные силы императорского флота, в том числе и линейный корабль «Фусо». Рядом с ним находились 5 линкоров, 4 авианосца, 6 тяжелых, 3 легких крейсера и многочисленные эсминцы охранения. Корабли находились в постоянном ожидании боя. Какое-то время они крейсировали западнее острова Уэйк, но никого не обнаружили и 25 октября вернулись в базу.
До февраля 1944 года «Фусо» находился в лагуне Трука, изредка выходя в море на учения. Тем временем военное положение империи продолжало ухудшаться, Трук перестал быть безопасной базой, и было принято решение вывести оттуда главные силы флота. 1 февраля 1944 года с рейда ушли линейные корабли «Фусо», «Нагато», три тяжелых крейсера и 6 эсминцев. В 10 ч утра их обнаружила американская подводная лодка «Пермит» (SS-178), но выйти в атаку не смогла. 4 февраля эскадра прибыла в Паллау, но и эта база не была безопасной.
16 февраля соединение выходит в море для перехода на якорную стоянку в Линнга-Роудз, в окрестностях Сингапура. Первые четыре дня перехода прошли спокойно. 20 февраля японские корабли обнаружила американская подводная лодка «Пуффер» (SS-268), но и она не смогла выйти в атаку. 21 февраля флот прибыл в пункт назначения.
Линейный корабль «Фусо» после модернизации. Конец 1930-х гг.
25 февраля 1944 года 2-я дивизия линейных кораблей 1-го флота была расформирована, и в этот же день из тех же кораблей сформировали 2-ю дивизию линкоров Объединенного Флота. До апреля «Фусо» находился на рейде Линга-Роудз, временами выходя на учения в составе мобильного флота адмирала Одзавы. С 13 по 25 апреля он прошел докование на бывшей британской Военно-морской базе Солитере в Сингапуре. 27 апреля - 1 мая «Фусо» совершил переход в Линнга- Роудз, где стоя на якоре, занимался боевой подготовкой — кораблям японского флота приходилось экономить топливо. 11 мая сильное японское соединение выходит в море, и среди его кораблей находится линкор «Фусо», с целью перехода в бывшую американскую базу Тави-Тави в южной части Филиппин. Во время перехода проводились учения по совместному маневрированию и стрельбы. 14 мая корабли прибыли в пункт назначения. С 14 по 30 мая линкор совершенствовал боевую подготовку стоя на якоре. В это же время в штабах заканчивалась разработка операции «КОН» — проводка конвоя на остров Биак.