Борис Савинков писал о своем террористическом начальнике: «Я был связан с Азефом дружбой. Долговременная совместная террористическая работа сблизила нас. Я знал Азефа за человека большой воли, сильного практического ума и крупного организаторского таланта. Я видел его на работе. Я видел его неуклонную последовательность в революционном действии, его спокойное мужество террориста, наконец, его глубокую нежность к семье. В моих глазах он был даровитым и опытным революционером и твердым решительным человеком. Это мнение в общих чертах разделялось всеми товарищами, работавшими с ним».
В Европе 1903 года Азеф подробно изучил современные взрывчатые вещества и предложил сделать их главными техническими средствами террористической борьбы. Он докладывал в ЦК партии, что еще народовольцы 1880-х годов на основании своего богатого опыта пришли к выводу, что револьверы при покушении надо заменить бомбами, и повторял старую революционную поговорку «Мало вера в револьверы». Азеф, то ли согласовав, то ли нет, эту свою идею с Департаментом полиции, заявил, что основой террора должен стать динамит, и это позднее стало считаться в парии одной из самых крупных его заслуг. Азеф разработал систему приемов, обеспечивавших успех террористических актов и постоянно контролировал их строгое соблюдение. Члены Боевой Организации полностью отделялись от партии, не имели права пользоваться общепартийными конспиративными квартирами и явками, общаться с товарищами по партии, не являвшихся членами Боевой Организации, пользоваться нелегальными партийными паспортами. Азеф заявлял, что «при большой распространенности провокации в организациях массового характера, общение с ними для боевого дела будет губительно».
У Боевой Организации было много денег и добровольцев, из которых Азеф мог выбирать лучших боевиков. Для подготовки покушения создавались отдельные группы наблюдения за образом жизни и маршрутах сановников, их привычках и предпочтениях, частных знакомствах и деловых связях. Члены контрнаблюдательного отряда собирали информацию, как извозчики, продавцы газет, мелкие торговцы вразнос, посыльные, просто гуляющие, наниматели квартир рядом с местом жительства или работы объектов террористической атаки. В наружном контрнаблюдении изобретательность Азефа была поразительна, особенно с учетом того, что полицейские агенты наружного наблюдения постоянно находились на улицах и присутственных местах, где бывали члены имперского правительства, жили, работали, просто проезжали. Члены группы эсеровского контрнаблюдения деятельно собирали нужные для убийства очередного сановника сведения.
Отдельные группы боевиков занимались техническим обеспечением политических убийств, изготавливали взрывчатые вещества и снаряжали бомбы, держали «окна на границе», вели паспортное бюро, доставали револьверы, пистолеты, патроны, вели типографии. Отдельную обособленную группу составляли террористы – исполнители покушений. Контрнаблюдение, техника и боевики были строго отделены друг от друга. Отношения между тремя главными отделениями Боевой Организации поддерживались специальными посредниками-руководителями. До самого покушения исполнители политических убийств жили как обычные люди, стараясь не попадать в поле зрения полиции. Непосредственно на покушение шли только метальщики, техник, снаряжающий и разряжающий бомбы и руководитель-связник. Член ЦК эсеров В. Чернов писал, что блестящие успехи Азефа объяснялись его техническим гением, умением продумывать все взаимные случайности, затруднения, даже опасности. Все члены Боевой Организации соблюдали железную дисциплину, слепо подчинялись воле Азефа. Сам террористический акт становился конечной точкой большой, очень сложной и дорогостоящей работы.
Организовав роботу Боевой Организации в январе 1904 года Азеф вернулся в Россию. Почти сто боевиков с нетерпением ждали его приказа. По решению Центрального Комитета партии эсеров Боевая Организация должна была убить Плеве.
Родившийся в 1846 году Вячеслав Плеве в тридцать пять лет стал директором Департамента полиции, с 1884 по 1894 год прослужил заместителем министра внутренних дел, затем восемь лет прослужил статс-секретарем по делам Финляндии и в 1902 году был назначен министром внутренних дел после убийства Сипягина. После прихода к власти большевики называли его палачом, боровшимся с переместившимся в Россию центром революционного движения. Как только Плеве возглавил имперское МВД, он увеличил количество охранных отделений и охранников, усилил Департамент полиции и жандармские управления. Плеве широко применял полицейский террор. Сначала с помощью Зубатова Плеве пытался развратить рабочее движение и взять его под опеку полиции, а потом стал давить рабочие забастовки и демонстрации, посылал карательные экспедиции на волновавшихся крестьян. Министр увеличил и так необъятные права губернаторов и заявил им на совещании в Петербурге: «При превышении власти вы всегда найдете во мне защиту, но при бездействии власти – никогда».
Плеве был одним из руководителей авантюры безобразовцев, которая привела к позорно проигранной войне с Японией. Ленинцы называли его «отъявленным реакционером, кровавым псом царизма и предателем национальных интересов России». Под его давлением в 1904 году был подписан российско-германский торговый договор, представлявший немецкой промышленности чрезвычайно благоприятные условия на имперском рынке. Политика Плеве на Кавказе, построенная не на объективном анализе ситуации, а на желании сделать приятное Зимнему дворцу, закончилась тем, что в обществе стали говорить, что благодаря деятельности МВД Кавказ нужно покорять снова. О том, что у кавказских народов особая психология, особые понятия о гражданственности и чувстве собственного достоинства, Плеве, конечно, знал, но ему было все равно.
Плеве вел жесткую политику в отношении евреев в империи. С. Витте писал: «Не существует другого решения еврейского вопроса, кроме как предоставления евреям равноправия и другими подданными государя. Так как вся груда еврейских законов представляет смесь неопределенностей с возможностью широкого толкования в ту или другую сторону, то на этой почве создалась целая куча всяких произвольных и противоречивых толкований. Ни с кого администрация не берет столько взяток, сколько с евреев. В некоторых местностях прямо создана особая система взяточнического налога на евреев. Это способствовало крайнему революционизированию еврейских масс, в особенности молодежи. Ни одна национальность не дала в России такого процента революционеров, как еврейская. Громадное количество евреев пристало к самым крайним партиям. Душой же и сочинителем всех антиеврейских проектов был Плеве. Он против евреев ничего не имел, он был настолько умен, что понимал, что эта политика неправильна, но она нравилась великому князю Сергею Александровичу, по-видимому, и его величеству, а потому Плеве старался вовсю. Еврейский вопрос сопровождался погромами. Плеве, ища психологического перелома в революционном настроении масс во время Японской войны, искал его в еврейских погромах, а потому при нем разразились еврейские погромы, из которых был особенно безобразен дикий и жестокий погром в Кишиневе. Еврейский погром в Кишиневе, устроенный попустительством Плеве свел евреев с ума и окончательно толкнул их в революцию. Ужасная, но еще более идиотская политика! Государство есть живой организм, а потому нужно быть очень осторожным в резких операциях. Плеве старался всячески развалить сильно развившееся революционное настроение, но так как он был лишь умный, культурный и бессовестный полицейский, то для этого он использовал полицейские меры силы и хитрости. Зубатов говорил мне, что политика Плеве заключается в том, чтобы вгонять болезнь внутрь, и что это ни к чему не приведет, кроме самого дурного исхода. Он прибавил, что Плеве убьют, и что он его уже несколько раз спасал. Для меня было совершенно очевидно, что все это повышенное революционное настроение России кончится или катастрофой, или большим переворотом, что и случилось 17 октября 1905 года, и что меры, принимаемые Плеве, приведут к тому, что он будет убит, ибо если есть тысячи и тысячи людей, которые решаются пожертвовать собою, для того чтобы убить того или другого сановника, то можно избегать этой катастрофы месяцы, наконец, год, но в конце концом этот человек будет непременно убит. Нужно сказать, что петербургский режим создал массу людей, которые занимаются тем, что травят друг друга ложью и клеветой, ища для себя через это мимолетной выгоды. Многие личности, в том числе и государь, легко поддаются на эти наветы. Плеве так долго добивался поста министра, что, добившись своей цели, он был готов задушить всякого, кого он мог подозревать в способствовании его ухода с министерского места».