Но, несмотря на все испытания, Савабе ни на минуту не падал духом. К нему все более и более стекались с разных концов Японии алчущие новой истины, и он, до последней крайности нуждаясь сам, никому из них не отказывал ни в приюте у себя, ни в утешении и непрерывно проповедовал слово Христово. Следуя за эпопеей всех постигавших его, одно за другим, испытаний, кажется, будто языческий пандемониум вдруг восстал на него за одну лишь мысль о Христе и опрокинул на него чашу всевозможных бед и несчастий, чтоб устрашить и заставить его вернуться к прежней вере. Во время гонения на туземных христиан в феврале 1872 года, Павел Савабе снова был схвачен и посажен в подземелье, откуда редкий выходит, не утратив навсегда здоровья. Но Бог помог ему вынести и это испытание, которое, к счастью, было уже последним. Японское правительство издало акт полной веротерпимости, после чего освобожденный Павел Савабе вскоре был рукоположен преосвященным Вениамином, епископом Камчатским, во священника. В настоящее время он с семейством, обращенным ко Христу, без особенной нужды живет и священствует в Токио, непрестанно проповедуя и распространяя веру Христову.
Юная православная церковь японская мужественно выдержала все воздвигавшиеся на нее невзгоды. Во время февральских гонений 1872 года власти в провинции Сендай и в Хакодате хватали всех мало-мальски подозреваемых в сочувствии христианскому учению, причем многие чиновники-христиане лишились своих мест и многие были подвергнуты заключению в самых суровых условиях. На следствии были приводимы к допросу даже десяти— и двенадцатилетние дети, которые, как свидетельствует епископ Николай, поражали своими ответами верующих. Хотя между схваченными было еще много некрещенных, но никто из них не изменил перед угрозами властей своим убеждениям: напротив, это гонение еще более укрепляло их в вере. "Врагам Христа, — писал в то время отец Николай, — не было утешения слышать ни даже от жен и малых детей ни одного слова слабодушия и боязни в исповедании Христа. Гонение, видимо, послужило к славе Божией". Во всем этом опять-таки невольно чувствуется нечто апостольское, нечто напоминающее первые века христианства с их высоким подъемом духа и готовностью на всякие жертвы во имя Христово.
В настоящее время при миссии в Токио имеются три училища: катехизаторская школа, семинария для мальчиков и женское училище. В катехизаторской школе, или школе благовестников, преподаются только богословские науки и притом исключительно на японском языке. Это — школа для взрослых, между коими есть даже седые старики: тем не менее все они безусловно подчиняются дисциплине и исправно слушают лекции. По окончании двухгодичного курса собирается в миссии сбор японских священников и старших проповедников, который производит слушателям серьезный экзамен по основному догматическому и нравственному богословию, церковной истории, каноническому праву, литургике и толкованию Священного Писания. В настоящее время, по сведениям, сообщенным нам отцом Владимиром, в катехизаторской школе находится 67 слушателей. Преподают там наш иеромонах-миссионер отец Анатолий и священник-японец отец Павел Сато, человек весьма ученый, изучивший всего Конфуция и долгое время находившийся под непосредственным образовательным влиянием отца Николая. Кроме преподавания нравственного богословия и канонического права в школе благовестииков он же преподает Закон Божий в женском училище и исправляет требы в своем приходе, распространяя в городе свет христианского учения при помощи восьми проповедников. Женское училище находится под ведением двух воспитательниц-японок и нашей русской миссионерки Марии Александровны Черкасовой, которая трудится теперь над основательным изучением японского языка и потому не может пока взять на себя преподавание. До пятидесяти учениц слушают там уроки по общеобразовательным и церковным наукам, а преподают им отец Павел Сато, несколько семинаристов старшего возраста и нанятые учителя. Обучение ведется на японском языке. Мужское училище организовано по типу наших семинарий, но без иностранных языков, за исключением коих в нем проходятся почти все науки нашего училищного и семинарского курса. Преподавание ведется двумя миссионерами на русском языке, при помощи старших воспитанников, успешно преподающих по-русски в младших классах. Исключение составляют только математика, физика, география Японии и китайский язык: учителя по этим предметам — нанятые японцы, которые поэтому и преподают лекции по-японски. Масса учеников весьма прилежна. По свидетельству отца Владимира, японцы до страсти любят учиться, особенно по-европейски: старшие весьма бойко владеют уже русским языком, часто роются в библиотеке (которая, кстати сказать, благодаря стараниям епископа Николая и его помощников-миссионеров, уже не мала и прекрасно подобрана), берут лучшие книги, упражняются в сочинениях, переводят книги религиозного содержания, и как переводы, так и оригинальные свои сочинения помещают в "Кеоквай Коци", то есть "Церковном Вестнике", издающемся при нашей духовной миссии для православных христиан Японии. Этому помогает раннее развитие японцев, а отчасти и вошедший во внутреннюю жизнь катехизаторской школы и семинарии обычай собираться всем по субботам в залу для совместного обсуждения богословских, научных и жизненных вопросов. Отец Владимир говорит, что умственные способности и переимчивость японцев замечательны и что в науках они пойдут далеко. Но развитию русской школы, по его словам, мешает теперь болезнь какке, свирепствующая между воспитанниками. Это страшная болезнь: начиная с оконечностей ног, опухоль и омертвление тела постепенно доходят до желудка и сердца, и человек во цвете сил умирает… Так умер недавно один ученик нашей миссионерской школы, сын японского камергера. Единственное лекарство от какке — это как можно скорее оставить Токио и переехать в горы, верст за двадцать пять от столицы, тогда болезнь сама собою проходит. Она совпадает с началом жаркого времени года, И, чтоб избежать этой страшной гостьи, ежегодно останавливающей успехи учебного дела, миссия наша озабочена теперь устройством помещения в горах Одовары, чтобы переводить туда своих воспитанников на летние месяцы, тем более, что это помещение соответствует и религиозным нуждам православной общины (168 человек) города Одовары, где необходимо бороться нашей школе и с буддизмом, и с недавно основанною католическою школой.
Число православных христиан между японцами достигает ныне уже до 9.000 человек, а через катехизаторов, из японцев же, православие с каждым годом все более распространяется и внутри страны, в провинциях, недоступных для европейцев. Все признаки говорят за то, что Япония готова принять свет евангельской истины. Вот что по этому поводу еще в 1872 году писал отец Николай в Россию. "Взгляните на этот молодой, кипучий народ. Он ли не достоин быть просвященным светом Евангелия? Желание просвещаться, заимствовать от иностранцев все хорошее, проникает его до мозга костей… К вере ли одной останется равнодушен этот народ? О, нет! С каждым днем ко всем миссионерам, в том числе и к русским, приходят новые люди, любопытствующие знать о Христе. С каждым днем число обращенных растет. У католиков на юге только, говорят, оно возвысилось до восьми тысяч; у протестантов кто сочтет число обращенных, когда миссионеров так много, средств такое изобилие и когда пол-Японии учится английскому языку? И у православных было бы немало, если бы были средства рассылать катехизаторов… Вследствие приказания от центрального правительства, наши христиане, бывшие в тюрьме, выпущены на свободу, бывшие под надзором полиции, освобождены от надзора, и лишь только это состоялось, вдвое большее количество новых лиц притекло с желанием узнать Христа… Но вот и в другом месте слышно, желают иметь христианского прповедника, вот и в третьей провинции есть расположенные слушать проповедь о Христе; там и здесь народ обнаруживает впечатлительность мягкую, как воск. Не заболит ли после сего у вас сердце, видя, как другие опережают, потому что у них есть средства, а у вас их нет? Не заноет ли у вас грудь, видя, как инославные миссионеры по всем провинциям рассылают толпы своих катехизаторов, а у вас нет денег, чтоб отправить хоть в те места, где прямо желают слушать православного проповедника? Не вырвется ли у вас с глубоким стоном: "О, Господи!", когда к вам приступают с просьбами со всех сторон дать или прислать православных книжек, а вы не имеете что дать и в то же время видите, как инославные книжки грудами расходятся по стране?.. Не выразишь вам всей великости нужд, гнетущих нас, не выльешь всей печали душевной… Не утешит ли чем матушка Россия? О, помогите, ради Бога!.. Не о себе молим, о деле Божием молим… юные чада наши, полные ревности о Христе, вопросительно глядят на нас. Есть и у нас кого послать на проповедь: слово одно — и десяток разойдется по всем направлениям".