Когда Мазепа, узнал, что сын переяславского полковника Павел Полуботок во время, когда Соломон сочинял свои зловредные письма, встречался в Москве с Михаилом Самойловичем, то решил, что в числе заговорщиков против него, Мазепы, был и Леонтий Полуботок! Конечно, и сын устраненного гетмана Михаил Самойлович мог замыслить самому сделаться гетманом, а потому затеял смуту в Малороссии. И Леонтий Полуботок сам был не против стать гетманов, потому и поддержал Михаила.
Мазепа приказал взять под караул и отца, и сына Полуботок и предал их обоих суду старшин и совета полковников. При разбирательстве этого дела оказалось, что Павел Полуботок, услыхавши от Михаила Самойловича недобрые речи о Мазепе, сообщил об этом находившемуся в Москве миргородскому полковнику Апостолу, а последний известил Мазепу. Но гетман все-таки придрался к Павлу Полуботку: зачем он сам прямо не предостерег своего гетмана?
Старшина в своем суде над Полуботками поступили так, как хотелось Мазепе. У них были отняты все имения. Часть их вернули городу Чернигову, найдя по документам, что в старинное время они принадлежали этому городу. Другие имения обращены были в достояние войсковой казны для раздачи иным лицам.
Этот страшный для Полуботков приговор приведен был в исполнение без предварительного представления его на утверждение верховным московским правительством. Только по совершении всего Мазепа сообщил о том царям Иоанну и Петру. На место Леонтия Полуботка назначен был переяславским полковником Иван Мирович.
Семья Полуботков была, таким образом, низвержена, лишена материальных средств и должна была, по-видимому, испытать участь многих других, быстро возвышавшихся и быстро сходивших в общий уровень народной массы. Но с Полуботками этого не случилось.
Павел умудрился вновь войти в доверие к Мазепе. Тот вскоре вместо умершего черниговского полковника Лизогуба назначил Павла Полуботка полковником в Черниговском полку. Перед Полтавской битвой 1708 году Павел уже был одним из высокопоставленных лиц Малороссии.
Когда открылась измена Мазепы и его столица Батурин была взята приступом Меньшиковым, император Петр I потребовал всю малороссийскую старшину и начальствующих лиц со всех полков на раду в Глухов для выбора нового гетмана. Полуботок был одним из первых, явившихся на призыв государя. Уже тогда он был в большом уважении во всем казачестве. Избираемый сообразно царскому желанию на гетманский уряд стародубский полковник Скоропадский начал отказываться от предлагаемой чести. Так следовало ему поступить по старинному казацкому обычаю.
Тогда казаки заявили было стремление провозгласить главою казачества Павла Полуботка. Но Петр I заявил, что не утвердит казацкого выбора, если этот выбор падет на Полуботка. Как написал Н. Костомаров, государь отозвался о Павле так:
«Этот человек хитер; с него может выйти другой Мазепа».
Само собой разумеется, что никто, узнавши о таком отзыве государя, не решился настаивать на избрании Полуботка. В гетманы выбран был Скоропадский.
Предательство Мазепы заставило государя ужесточить порядки в Малороссии. Царь не соглашался с просьбой Скоропадского изъять малороссийские войска во время походов от командования великорусскими полковыми воеводами и генералами. Петр I, несмотря на просьбы Скоропадского, не возвращал в войсковое достояние взятые у мазеповских изменников орудия. Скоропадский по поводу разорения, постигшего Малороссийский край в предшествовавшее военное время, испрашивал на несколько лет льгот казакам от служб. Царь соизволил дать им льготу только на одно лето.
Гетман доносил Петру, что войсковая казна оскудела и нечем платить жалованье тем полкам, что существовали в Малороссии на особом жалованье
Однако вместо того, чтобы выделить требуемую сумму, государь велел в срочном порядке доставить ему финансовые документы собираемых в Малороссии доходов для содержания состоявших на жалованье полков для того, чтобы разобраться в том, есть ли хищения доходов.
Когда Скоропадский стал увиливать, Петр в ответ недвусмысленно выразился, что малорусский народ не должен терпеть казнокрадов и быть признателен за великое благодеяние, оказанное ему защитою против шведов.
После того, в течение последующих лет гетманства Скоропадского государем были предприняты ряд мер, вызывавших недовольство у полковников и старшин.
Петр I стал посылать малороссиян на работы за пределы Малороссии. Возобновляя свой давний проект о соединении Дона с Волгой, Петр приказал взять из Малороссии несколько тысяч казаков английскому инженеру Джону Перри, заведовавшему канальным делом в Волжско-Донском крае. То были, как говорит пословица, еще только цветики: надобно было ждать ягодок.
В 1717 году Скоропадский снова просил государя о разных облегчениях для Малороссии. Царь в 1719 году дал ответ, в котором вместо ожидаемых милостивых льгот заметил, что великорусский народ при строительстве современного государства несет разные тягости в податях и в людях и во всем прочем, а малороссийский народ по царской милости не знает таких тягостей, не принимая участие в совершенствовании страны.
В следующем, 1720 году царь указал Малороссии, что ей необходимо готовиться не к новым льготам и не обосабливаться от прочих частей государства, а, напротив, теснейше соединяться со всеми частями России и участвовать во всех российских государственных делах. Надо делить все тяготы государственного строительства со всеми россиянами, а не отделяться от них.
Царь потребовал от гетмана выделить двенадцать тысяч казаков на строительство Ладожского канала. Старшина приуныли. Они привыкли воевать и возвращаться домой с богатой добычей. А им царь предлагал стать не воинскими добытчиками, а заняться строительством водно-морской сети каналов для создания водного пути между Белым морем и Балтийским. Он был нужен для поднятия экономики страны.
Запорожские казаки не понимали этого и не хотели этого понять. Историю Древней Руси они не знали. Мало кто из них слышал о древнем купеческом пути «из варяг в греки». Благодаря ему возник стольный град Киев. Когда прекратился путь «из варяг в греки», исчезли торговые связи Севера Европы с Византийской империей по Днепру, разрушилась экономика Киева, не стало преуспевающего стольного града.
Жалобы к царю сыпались со всех слоев населения Малороссии. Низы не хотели выполнять приказы своих полковников, посылавших своих представителей с новыми денежными поборами. Казацкая верхушка не видела смысла в рытье Ладожского канала, не приносившего им прибыли. И все таки Павел Полуботок отправился с десятью тысячами казаков на Ладогу
В 1722 году приехал гетман Скоропадский в Петербург за новой царской милостью. Вместо нее получил царский указ о создании в Малороссии параллельно с гетманством Коллегии с царскими чиновниками, которые должны были ограничить права гетмана. Эта коллегия должна была войти в общую систему учрежденного еще в 1719 году коллегиального управления по всей России.
Гетман не захотел понять, что Украина становится неотъемлемой частью централизованного государства. Заявил Петру I о вольностях, гарантированных договором, заключенным Богданом Хмельницким с московским царем. В ответ Петр I в свою очередь указал Скоропадскому о незнании им текста договора.
Скоропадский договор не читал и не слышал о таком пункте договора, на какой указывал Петр, и во всей Малороссии не знали и не слышали, чтобы Переяславский договор давал право великорусским воеводам встревать во внутренние дела Малороссии. Скоропадский промолчал и уехал на родину со смертельною раною в сердце. Он жил недолго.
После смерти Скоропадского гетманский пост остался незанятым. Надобно было избрать нового главу малороссийского казачества по указу императора. Но у Петра I были другие неотложные дела. Он готовил поход в Персию. Понимая, что указа ждать долго, казаки без соизволения императора избрали временным, то есть наказным гетманом черниговского полковника Павла Полуботка.
Временное малорусское гетманское правительство отправило своих посланцев Рубца и Быковского в Петербург, в сенат с челобитной: просим назначить выборы настоящего гетмана.
Вот тут-то и заварилась «каша». Петр I, получив одновременно прошения наказного гетмана о новых льготах и о самоуправстве президента Малороссийской коллегии Вельяминова, наотрез отказался проводить выборы нового гетмана. Он заявил: (цитирую по очерку Н. Костомарова «Павел Полуботок», журнал «Русская старина», том XVI, 1876 год):
«Всем ведомо, что с Богдана Хмельницкого до Скоропадского все гетманы явились изменниками, от чего много потерпело государство Русское, особенно Малороссия, и потому надобно приискать в гетманы верного и надежного человека, а пока такой найдется, определено правительство, которому надлежит повиноваться и не докучать насчет гетманского выбора».